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A partir de mayo de 2020, la crisis sanitaria global causada por el virus SARS-CoV-2 traslada su epicentro hacia Latinoamérica, con foco en ciudades que presentan altos índices de pobreza, segregación y hacinamiento. Los avances en microbiología posibilitan comprender en profundidad las relaciones entre ciudad, COVID-19 y otros microorganismos, pero falta establecer un marco conceptual que las articule, especialmente en contextos donde las determinantes sociales son tan relevantes. Este artículo tiene como objetivo el proponer una aproximación integrada de microbiología, vivienda, ambiente y urbanismo, a partir de un modelo de interacciones y un análisis empírico para Santiago de Chile. En base a esto, se pudo analizar cómo el proceso de propagación en la ciudad se ve potenciada por vulnerabilidades de índole socio espacial, sanitaria intradomiciliaria y urbana, más una aproximación desde el concepto de pobreza energética. Al mismo tiempo, se pudo comprobar como las variables asociadas a estas vulnerabilidades permitían explicar la tasa de incidencia de casos confirmados por cada 100 000 habitantes a través de las distintas comunas en el área metropolitana de Santiago de Chile. Dentro de éstas, destacan el nivel de hacinamiento de las viviendas, la cantidad de hogares con jefes/as de hogar en trabajo precario y los viajes hacia el distrito central de negocios de la ciudad. Finalmente, se establece la necesidad de proponer una agenda de investigación para este nuevo equipo multidisciplinario de “Microbioma Urbano” en relación con la necesidad de realización de muestreos microbiológicos que permitan mejorar las condiciones de viviendas, barrios y ciudades, aportando en la superación de las vulnerabilidades identificadas en este estudio. A partir de maig de 2020, la crisi sanitària global causada pel virus SARS-CoV-2 trasllada el seu epicentre cap a Llatinoamèrica, amb focus en ciutats que presenten alts índexs de pobresa, segregació i amuntegament. Els avenços en microbiologia permeten entendre en profunditat les relacions entre ciutat, COVID-19 i altres microorganismes, però cal establir un marc conceptual que les articuli, especialment en contextos on les determinants socials són tan rellevants. Aquest article té com a objectiu el proposar una aproximació integrada de microbiologia, habitatge, ambient i urbanisme, a partir d'un model d'interaccions i una anàlisi empírica per a Santiago de Xile. En base a això, es va poder analitzar com el procés de propagació a la ciutat es veu potenciada per vulnerabilitats d'índole soci espacial, sanitària intra-domiciliaria i urbana, més una aproximació des del concepte de pobresa energètica. Al mateix temps, es va poder comprovar com les variables associades a aquestes vulnerabilitats permetien explicar la taxa d'incidència de casos confirmats per cada 100 000 habitants a través de les diferents comunes a l'àrea metropolitana de Santiago de Xile. Dins d'aquestes, destaquen el nivell d'amuntegament dels habitatges, la quantitat de llars amb caps de la llar en treball precari i els viatges cap al districte central de negocis de la ciutat. Finalment, s'estableix la necessitat de proposar una agenda de recerca per a aquest nou equip multidisciplinari de "Microbioma Urbà" en relació amb la necessitat de realització de mostrejos microbiològiques que permetin millorar les condicions d'habitatges, barris i ciutats, aportant en la superació de les vulnerabilitats identificades en aquest estudi. As of May 2020, the global health crisis caused by the SARS-CoV-2 virus moves its epicentre to Latin America, with cities showing high rates of poverty, segregation, and overcrowding. Current advances in microbiology make it possible to understand in depth the relationships between cities, COVID-19, and other microorganisms, but a conceptual framework to articulate them is lacking, especially in contexts where social determinants are so relevant. This article proposes an integrated approach to microbiology, housing, environment, and urbanism, based on a model of interactions and an empirical analysis applied to Santiago de Chile. It was possible to analyse how the propagation of COVID-19 in the city is enhanced by vulnerabilities of socio-spatial, residential and urban health, including an approach from the concept of energy poverty. At the same time, it was possible to verify how the variables associated with these vulnerabilities allowed to explain the incidence rate per 100 000 inhabitants through the different communes of Santiago de Chile. Among these, the level of housing overcrowding, the number of households with heads of household in precarious employment, and travel to the central business district stand out. Finally, the need for microbiological sampling to improve housing conditions, neighbourhoods, and cities propose a new research agenda for this Urban Microbiome" multidisciplinary team, contributing to overcoming the vulnerabilities identified in this research.