Search

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Sõltuvalt maailmajaost ja riigis kättesaadavast tervishoiuteenuse kvaliteedist mõjutab preeklampsia (PE) 3–5% kõigist rasedustest. Selle peamisteks kliinilisteks sümptomiteks on raseduse teisel poolel arenev hüpertensioon ja proteinuuria. PE võib põhjustada emal organpuudulikkust ning ka ema ja/või loote surma. PE-d iseloomustav uteroplatsentaarne puudulikkus põhjustab raskendatud ainevahetust ema ja loote vahel, laguproduktide eemaldamist ja üldist regulatiivset pärsingut. Kliiniliselt eristatakse varajast, enne 34. rasedusnädalat avalduvat ja hilist, alates 34. rasedusnädalast avalduvat PE-d. Tänapäeval peetakse oluliseks varajast PE ennustust aspiriinil põhineva profülaktika alustamiseks ning hilisemas raseduse faasis haiguse kinnitamist või välistamist. Varajane ennustus põhineb ema baasnäitajatel (eelnev raseduste arv, vanus, varasem PE, rass), ultraheli uuringul ja vereseerumist määratavatel PlGF või PAPP-A tasemetest. Kombineeritud riskihinnang võimaldab tuvastada 90% varajastest PE juhtudest, hilise PE korral aga ainult 40%. PE riskihinnang sFlt-1/PlGF kaudu on raseduse teisel poolel efektiivne ainult varajase PE korral. Hilise PE korral on see lähenemine spetsiifiline ainult 75% juhtudel. Käesoleva doktoritöö eesmärk oli luua uuenduslik multimarker-immuunuuring ja kombineerida selle abil saadud mõõtmiste andmestikust PE ennustusmudelid: 1. Töötada välja uudne Luminex® xMAP-il põhinev immuunuuring 6PLEX PE seoseliste seerumi biomarkerite määramiseks: ADAM12, sENG, leptiin, PlGF, sFlt-1 ja PTX3. 2. PE ennustus oli III trimestril kogutud proovidest kõige parem, kui ennustusmudelisse kaasati viis biomarkerit (sFlt-1, PlGF, ADAM12, sENG, leptiin) koos ema lisa-faktoritega. Nimetatud mudeli PE ennustustäpsus oli 96,5%. 3. I trimestri PE ennustusmudeli väljatöötamisel kasutati masinõppel põhinevat algoritmi, mis tagas parima PE ennustusmudelina 88,2% täpsuse (kaasates ADAM12, PTX3, sFlt-1 ja emapoolsed faktorid). Platsenta FLT1 rs4769613 genotüübi kaasamisel paranes I trimestri PE ennustusmudeli täpsus 93,5%-ni. Doktoritöö tulemusena töötasin välja kõrge tundlikkuse ja spetsiifilisusega innovaatilise multimarker-immuunuuringu 6PLEX, mis võimaldab ema vereproovi alusel kõrge täpsusega hinnata PE tekkeriski raseduse esimesel ja teisel poolel. Sellise uuringu eeliseks on kuluefektiivsus ja aja kokkuhoid, kuna huvipakkuvad biomarkerid määratakse samaaegselt ühest proovimaterjalist., Preeclampsia (PE) affects in total close 3-5% pregnancies worldwide, depending on the access and level of local healthcare. PE is defined as mother`s new hypertension after 20 weeks of gestation with most common additional symptom being proteinuria. It can also cause maternal organ dysfunction (hepatic, renal, haematological) and in worst case mother`s/baby`s death. One of the core causes of PE is uteroplacental pathology, leaded by inadequate spiral artery modification and poor villous development. PE is divided based on its symptomatic presence to be early- (before 34th gestational week) or late-onset (from 34th gestational week). Modern practice for PE management holds two concepts - early phase prediction for prophylaxis with aspirin or late pregnancy PE rule-out in-case of PE suspicion. First, general today to assess PE prediction based on FMF model (screening on gestational weeks 11-14) and assessing maternal characteristics and measuring preferably UtA-PI, PAPP-A or PlGF reaches to correct prognosis in 90% of cases with early-onset PE but moderate 40% with late-onset. PE rule-out method, in case of developed symptoms, by assessing sFlt-1/PLGF ratio only works effectively for early-onset situation. Use in case of late-onset increases false-positive PE predictions sharply. The aim of this thesis was to explore the dynamics and value of proposed serum biomarkers of PE in predicting the risk for the disease, and to combine informative biomarkers and clinical data to develop novel PE prediction models applicable either in early or late pregnancy: 1. The novel Luminex® based 6PLEX assay detects six PE related biomarkers ADAM12, PlGF, sENG, sFlt1, PTX3 and leptin in multiplex format with high precision and low intra- and interassay variation. 2. 6PLEX assay based multicomponent modelling (sFlt-1, PlGF, ADAM12, sENG, leptin) enables superior PE prediction in III trimester with 96.5% accuracy. 3. Applying the 6PLEX assay on I trimester, specifically between 10-14 gestational weeks, allows 88.2% precise PE prediction without any false negative cases and 80% specificity (ADAM12, PTX3, sFlt-1). Incorporation of fetal FLT1 rs4769613 data even improves the prediction performance to 93.5%, raising the precificity metrics. This thesis presents innovative experimental research developing and applying multiplex immunoassay measurements of PE related biomarkers in either early or the late pregnancy. Modelling the PE prediction using this novel assay enable timely identification of high-risk pregnancies, application of preventive measures and targeted monitoring of patients. Benefit of such approach is cost-effectiveness and time-savings as multiple biomarkers are detected at the same time in single reaction., https://www.ester.ee/record=b5561151

Mobiilsed andmed, nagu kõneandmete kirjed (CDR) ja digitaalsed andmed, loovad suure hulga andmeid, mis sisaldavad väärtuslikku teavet inimeste käitumise kohta. Käesolevas lõputöös keskendume ühiskonna heaolu kolmele tahule. Esiteks pakume välja kaks mobiilsusepõhise SIR-mudeli versiooni, (i) täielikult segatud ja (ii) keeruliste võrkude jaoks, mis võtavad arvesse CDR-i tegelikke interaktsioone. See töö on inspireeritud eeldusest, et mõne epideemia pandeemiaks muutumise peamine põhjus on globaalne seotus, mis muudab lihtsamaks suurema geograafilise piirkonna, sageli globaalse, mõjutamise. Lisaks ei ole rahvastiku jaotus, inimeste liikuvus ja sotsiaalne sidusus kogu maailmas ühtlane, mis mängib kriitilist rolli. Kasutasime oma mudelit COVID-19 juhtumite prognoosimiseks Eestis ja Prantsusmaal Rhône-Alpes. Teiseks uurime CDR-andmete abil ühiskondlikku segregatsiooni Eestis. Meie tulemused viitavad sellele, et (i) Eestis esineb sooline segregatsioon ja selle jäljed on nähtavad nii inimeste helistamisaegades, vanuserühmade ühenduvuses, eelistatud suhtluskeeles kui ka maakonnas; (ii) Peamised töötavad isikud (st (25–54) vanuserühm) ja vanurid (s.o (64–100) vanuserühm) on rohkem segregeeritud; (iii) Eesti- ja venekeelsed isikud on keelepõhiselt eraldatud. Kolmandaks uurime sotsiaal-majanduslike tingimuste (SEC) ennustamiseks mobiilirakenduste (nt Twitter ja Facebook) digitaalseid jälgi. Need tingimused hõlmavad haridust, sugu, vaesust, tööhõivet ja muid tegureid. Seetõttu on usaldusväärne ja täpne teave sotsiaaluuringute ja valitsuse politseitöö jaoks ülioluline. Rakenduste kasutusmustreid kasutades suudab meie parim mudel hinnata majanduslikke, hariduslikke ja demograafilisi näitajaid (saavutades R-ruudu skoori kuni 0,66). Lisaks anname aru nende mudelite seletatavuse kohta, et teha kindlaks prognoosimise olulised tunnused. Avastame, et mobiilirakenduste kasutusmustrid võivad paljastada sotsiaalmajanduslikke erinevusi., Mobile data such as call data records (CDR), and digital data generate a large volume of data that carries valuable information about people’s behavior. In this thesis, we focus on three facets of societal well-being. First, we propose two versions of the mobility-based SIR model, (i) fully-mixed and (ii) for complex networks, which take into account real-life interactions from CDR. This work is inspired by the assumption that the fundamental cause for some epidemics becoming pandemics is global connectedness, which makes it easier to affect a larger geographical area, often globally. Furthermore, population distribution, people’s mobility, and social coherence are not uniform across the globe which plays a critical role. We also used our model to forecast the COVID-19 cases for Estonia and Rhône-Alpes region in France. Second, we study societal segregation in Estonia using CDR data. Our findings suggest that (i) gender segregation exists in Estonia and its traces are visible in individuals calling hours, connectivity among age-groups, preferred language of communication, and in the county; (ii) The prime working individuals (i.e., (25-54) age-group) and elderly (i.e., (64-100) age-group) are more segregated; (iii) Estonian-speaking and Russian-speaking individuals are segregated based on language. Third, we investigate digital traces from mobile apps (like Twitter and Facebook) to predict socio-economic conditions (SEC). These SEC include education, gender, poverty, employment, and other factors. Therefore, reliable and accurate information is critical for social research and government policing. Using the app's usage patterns, our best model is able to estimate economic, educational, and demographic indicators (attaining an R-squared score up to 0.66). Furthermore, we report on the explainability of these models in order to identify the important features for prediction. We discover that mobile app usage patterns can reveal socio-economic disparities., https://www.ester.ee/record=b5563050

How do individuals’ employment or financial resources affect childbearing in Finland? Are these resources equally important to men and women, or in couples? This study examines the relationship between individuals’ socioeconomic resources – employment, education, and income– and entry into parenthood. The results show that employment stability is a key prerequisite for family formation among young adults in Finland. Being unemployed or having fewer financial resources is related to postponement of parenthood in most population groups, notably among those who are approaching age 30, or above it. A lack of economic resources appears to be an obstacle to family formation at several stages: first through union formation, and next, within unions. The associations are very similar among men and women, indicating that policies that support gender equality in employment are advantageous to childbearing.

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Aastakümneid on püütud tuvastada kehakaalu psühholoogilisi korrelaate. Suur osa sellest uurimistööst on olnud ajendatud eesmärgist leida ülekaalu muudetavaid, sekkumisele alluvaid põhjuseid. Kehakaalu mõjutavate tegurite hulka võivad kuuluda ka isiksusejooned: kuna mitmed isiksusejoontega seotud käitumised võivad mõjutada kalorite tarbimist või kulutamist, peaksid nende käitumiste mõjud ajapikku kuhjuma ja kehakaalus peegelduma. Kuigi isiksusejoonte ja kehakaalu seoseid on juba omajagu uuritud, ei ole põhjuslikkust nende vahel siiski veel piisavalt testitud. Käesoleva doktoritöö esimeseks põhieesmärgiks oli testida põhjuslikkust isiksusejoonte ja kehakaalu vahel. Põhjuslike seoste olemasolu ja suuna väljaselgitamiseks kasutati kaksikute, geeni- ja longituudandmeid. Vastupidiselt levinud arvamusele ei leidnud isiksusejoonte mõju kehakaalule selget kinnitust, kuigi tulemused ei välista, et isiksusejoonte tahtlik muutmine mõjutab kehakaalu, mida käesolevas doktoritöö raames ei uuritud. Seevastu näitasid kolme analüüsi tulemused, et kehakaal mõjutab isiksust: geneetiliste analüüside põhjal võib kehakaal mõjutada mitmeid kitsaid isiksusejooni ning longituudandmed näitasid kehakaalu võimalikke mõjusid meelekindlusele, sotsiaalsusele ning mitmele spetsiifilisemale isiksusejoonele. Seoseid võivad vahendada nii kehakaaluga seotud sotsiaalne tagasiside, füüsilised piirangud kui füsioloogilised protsessid. Doktoritöö teiseks põhieesmärgiks oli kehakaalu ja isiksusejoonte seoste senisest täpsem kirjeldamine, mis võimaldab edaspidi ka põhjuslikkuse kohta täpsemaid hüpoteese püstitada ning neid testida. Kaks kirjeldavat uuringut pakkusid kinnitust mitmetele varem kirjeldatud seostele (näiteks aktiivsuse, korralikkuse ja vihaga), tõid välja uusi seoseid (näiteks altruismi, kuulekuse, konventsionaalsuse ja tuttava eelistamisega) ning näitasid, et kehtestavuse ja kehamassiindeksi korrelatsiooni aluseks võib eeskätt olla seos rasvavaba, mitte rasvamassiga, nagu varem arvatud., Motivated by the objective to identify modifiable causes of excess weight, several decades of research has explored psychological correlates of body weight. For instance, body weight is commonly believed to be influenced by personality traits: if some trait-related behaviours affect energy intake or expenditure, their effects on weight should accumulate as they are repeated. However, tests of causality between them have been scarce and inconclusive. One of the two objectives of the dissertation was to test causality in personality trait–body weight associations. Across two studies, molecular genetic, twin, and longitudinal data were employed. Contrary to widespread beliefs, no robust effects from personality traits to body weight were found, although this does not preclude deliberate trait change affecting body weight—a question left for future studies. Instead, both studies indicated that causality may predominantly flow from body weight to personality traits. While the two genetic analyses suggested that body weight may influence numerous narrow traits, longitudinal analyses identified influences on agreeableness, conscientiousness, and several finer-grained traits. Several mechanisms could plausibly account for these links, including social feedback, physical limitations, and physiological processes like inflammation. The other objective of the dissertation was to provide more accurate descriptions of trait–body weight correlations, which could also provide input for novel (causal) hypothesis and further empirical investigations. The two studies devoted to this objective replicated several well-known associations (with traits like activity, organization, and anger), but also identified novel associations (with traits including altruism, obedience, conventionality, and preference for the familiar), besides indicating that the oft-reported link between BMI and assertiveness is more likely driven by lean mass than fat mass., https://www.ester.ee/record=b5561169

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Heidi Erbsen uurib oma doktoritöös, kuidas inglise- ja venekeelne rahvusvaheline meedia räägib venekeelse lugejaskonnaga ja samast lugejaskonnast erinevates riikides. Uuurimismaterjal on kogutud ja analüüsitud enne Venemaa täiemahulist sissetungi Ukrainasse. Eesti-Venemaa piirilinnast Narvast ning selle elanikest kirjutati rahvusvahelises inglisekeelses meedias aastatel 2015-2018 (st pärast Krimmi hõivamist Venemaa poolt ja enne täiemahulist sissetungi Ukrainasse 2022. aastal) orientaliseerival viisil, see tähendab loodi püsivaid stereotüüpe. Rahvusvaheliste venekeelsete uudiste illustratsioonidena kasutati stereotüüpseid pilte nagu Vladimir Putin, matrjoškad, Lenini kuju, tekstis kujutati seda kui konfliktipiirkonda Venemaa ja Lääne vahel. Samal ajal narvakad ei võtnud seda kujutusviisi omaks ning rääkisid oma kodulinnast kui ajalooliselt Rootsi ja Hansalinnast, tänasest Ida ja Lääne kohtumiskohast. Yandexi algoritmi poolt pakutud uudissisu Venemaal, Eestis, Lätis ja USAs on erinev, mis näitab, et Venemma kontrollitud infovood on üsna killustunud. Rahvusvahelise uudismeedia toodetud kujutluspilt ei väljenda ajalooliselt, poliitiliselt või kultuuriliselt aktuaalseid teemasid kohalike venekelsete auditooriumide jaoks piisava nüansirikkusega. Seega rahvusvaheline meedia, mis peaks ideaalis olema väga paindlik, seda tegelikult ei ole. Vene keelt kõnelevate vähemusgruppidele eri riikides pakutakse uudissisu ja kujutluspilti venekeelsest auditooriumist, mis ei kujuta tõepäraselt inimesi (inglisekeelne sisu) ega kõneta neid (venekeelne sisu). Eesti venekeelne auditoorium suhestub aga rohkem kohalikest allikatest tuleva informatsiooniga ning vähem uudistega, mida Yandexi algoritm Eesti venekeelse lugeja jaoks pakub. Veelgi vähem huvitavad kohalikke venenekeelseid lugejaid Venemaa lugeja jaoks pakutavad uudised, sest need jäävad kaugeks., The dissertation The making of ‘Imagined Global Communities’: the ‘orientation’ and ‘orientalization’ of Russian speaking audiences considers how international online media in English and Russian reports about and to Russian speaking audiences in different countries. The author shows how the city of Narva, Estonia (a city on the border with Russia) was reported on in international English news media from 2015-2018 (after the Russian annexation of Crimea in 2014 and before the full-scale invasion of Ukraine in 2022). This reporting used fixed and stereotyped images of the city, such as pictures of Vladimir Putin, Russian nesting dolls, the statue of Lenin, etc., as a starting point to discuss larger international conflict between Russia and the West and demonstrate that Russia is an ominous and real threat. At the same time, from interviews with local Russian speakers in Narva in 2018, the author understood how residents worked to ‘slightly correct’ the way their city was represented: rather than being a historically Russian city, it is a city with a Swedish and Hanseatic past, and instead of a place for future conflict, Narva is a potential bridge between the East and West or a place for “a handshake or even a hug between Russia and Europe”. In investigating how Russian news media generated by the Yandex News algorithm reports based on the country filters for Russia, Estonia, Latvia, and the USA the author also found several differences in reporting to confirm that the Russian information space, even that controlled by the Russian Federation, was, as of 2019 quite fractured. Interviews with local Russian speakers in different cities in Estonia further showed how Russian speaking audiences in Estonia connect mostly with local information (shared by peers or known sources), to a lesser extent with content generated for Estonia, and lease of all with content from Russia which seemed rather ‘distant’ for respondents. Keeping in mind that this research took place before the Russian invasion of Ukraine, this thesis sheds a great deal of light on how communication between international news media and increasingly diverse audiences, including Russian speaking minorities in Estonia, continues to operate in times leading up to larger international conflict., https://www.ester.ee/record=b5561157

Poliitilised protsessid ja majandustegevus on üksteisest sõltuvad. Poliitiliste tegurite, eriti avaliku sektoriga seotud tegurite, mõistmine majanduspoliitika väljatöötamisel, analüüsimisel ja hindamisel on palju keerulisem kui kirjandusest nähtub. Avalikud reformid on osa poliitilisest protsessist, mis hõlmab paljusid osalejaid ja huvirühmi, nagu erakonnad, valitud ametnikud, valijad, lobistid, välispoliitikud ja meedia. Avalikud reformid mõjutavad ja on mõjutatud paljudest institutsioonidest, nagu seadusandlikud organid, kohtud, valimiskampaaniad, rahvusvahelised organisatsioonid, bürokraatlikud institutsioonid, finantsasutused ja pangad. Kõigi nende suhete samaaegne mõistmine ühes töös on võimatu ülesanne. Kuid laiema teooria loomine, mis seletab avaliku sektori muutusi seoses poliitiliste muutustega, nagu selles töös sõnastatud mudel, on esimene samm selles suunas. Doktoritöö lõimib poliitilise majandustsükli teooria avaliku sektori evolutsiooniprotsessidega, töötades välja uudse makromajandusliku mudeli. Töö on ka empiirilise suunitlusega. Selles tehakse kindlaks empiirilised suundumused Euroopa riikides, esitatakse Ühendkuningriigi juhtumianalüüs ja võrreldakse teoreetilise mudeli tulemusi protsesse kirjeldavate empiiriliste suundumustega. Doktoritöö näitab, et valitsussektori poliitika kujundamine ja rakendamine on põhimõtteliselt poliitiline. Võimuerakonnad, kes reforme välja töötavad ja ellu viivad, tegutsevad poliitilises süsteemis, mis kujundab nende tegevust. Majandustingimused, konkreetsemalt avaliku ja erasektori suurus ning nende omavaheline suhe, on olulised valimistulemusi määravad tegurid. Valijate eelistused on otseselt seotud avaliku sektori poliitiliste valikutega. Poliitilisi valikuid, mida kujundavad poliitilised tegurid, mõjutavad ka majandusnäitajad., Political processes and economic activities are interdependent. Understanding political factors in developing, analyzing and judging economic policy, especially factors related to the public sector, is far more complex than identified in the literature. Public reforms are part of the political process, which involves many actors and interest groups, such as political parties, elected officials, voters, lobbyists, foreign politicians and the media. It also functions alongside many institutions, such as legislative bodies, courts, electoral campaigns, international organizations, bureaucratic institutions, financial institutions and banks. Understanding all the interactions simultaneously in a single course is an impossible task. However, establishing a broader theory that explains the changes in the public sector in relation to political shifts, such as the model formulated in this thesis, is the first step to unlocking other doors in this direction. This thesis integrates political business cycle theory with the evolutionary processes of the public sector by developing a novel macroeconomic model. The thesis is also empirically oriented. It identifies the empirical trends in European countries, provides a case study of the United Kingdom and compares the findings of the theoretical model with the empirical observations of the processes. The thesis shows that the formation and implementation of policies in the public sector are fundamentally political. Parties in power that develop and pass reforms function in a political system that shapes their actions. Economic conditions, specifically the size of public and private sectors and the ratio between them, are important determinants of election results. Voters’ preferences are directly related to policy choice on public sector. Policy choice, which is shaped by political factors, is also influenced by economic indicators., https://www.ester.ee/record=b5555403

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Funduse sinine ja lähi-infrapuna autofluorestsentsuuring autosoom-retsessiivse Stardgardti tõve, koroidereemia, PROM1-maakuli düstroofia ja okulaarse albinismi patsientidel Pärilikud võrkkestahaigused on juhtivaks nägemiskaotuse põhjuseks tööealise elanikkonna seas arenenud riikides. Tegemist on kliiniliselt ja geneetiliselt väga heterogeense haiguste grupiga, mistõttu diagnostika ja haiguse patogeneesi uurimine on olnud vaevarikas. Võrkkesta piltdiagnostika on oluline mitte-invasiivne meetod haiguste diagnoosimiseks ja uurimiseks. Konfokaalne skanneeriv laseroftalmoskoop valgustab võrkkesta erineva lainepikkusega laserkiirega ning salvestab tagasikiirgavat valgust luues silmapõhjast pildi. Funduse autofluorestsents (AF) uuringul kasutatakse ära silmapõhja enda naturaalseid fluorofoore. Lipofustsiini ergastamiseks kasutatakse sinise spektri laserkiirt (sinine AF) ja melaniini jaoks lähipuna laserkiirt (lähipuna AF). Nende fluorofooride jaotus ja kogus silmapõhjas muutub erinevate haigusprotsesside mõjul ning need muutused on tuvastatavad AF uuringul. Antud doktoritöös uurisime sinise ja lähipuna AF uuringu pilte autosoom-retsesiivse Stargardti tõve (STGD1), koroidereemia, PROM1-maakuli düstroofia ning okulaarse albinismi patsientidel. Töö eesmärgiks oli paremini mõista sinise ja lähipuna AF signaali allikaid erinevate haigusseisundite korral, kus võrkkesta fluorofooride jaotus ning kogused on muutunud. Lisaks kvalitatiivsele piltide hindamisele kasutamise kvantitatiivset AF signaali tugevuse mõõtmist hindamaks lipofustsiini ja melaniini taset. Uurimustöös näitasime, et melaniin on lähipuna AF signaali peamiseks allikaks. Lisaks näitasime, et melanin võib kaudselt moduleerida lipofustsiinist tuleneva sinise AF signaali, sest okulaarse albinismi kandjate hüpopigmenteeritud võrkkesta alade sinise AF signal oli tavapärasest kõrgem. AF signaali tugevuse mõõtmisel leidsime, et lipofustsiini kuhjumine võrkkestas põhjustab lisaks sinise AF signaali tõusule ka lähipuna AF signaali tõusu STGD1 patsientidel. Kvantitatiivsel analüüsil näitasime ka, et PROM1-maakuli düstroofia patsientide sinise AF signaal oli võrreldav terve silmapõhja signaali tugevusega, eristades seda fenotüübiliselt sarnasest STGD1 haigusest ning viidates ka sellele, et lipofustsiini üleliigne kuhjumine ei ole antud haigusele omane mehhanism. Koroidereemia ja STGD1 haigete uurimisel leidsime, et pigmentepiteeli rakkude kärbumine on nähtav AF signaali hääbumisena, samas lähipuna AF uuringaitab tuvastada varasemaid muutusi kui sinine AF uuring. Lipofustsiin ja melanin on mõlemad olulised võrkkesta rakkude seisundi biomarkerid, mida on võimalik mitte-invasiivsel moel AF uuringu abil analüüsida ning hinnata haiguse progressiooni., Inherited retinal diseases are the leading cause of visual impairment among the working age-group in the developed countries. Because of genetic and phenotypical heterogeneity, diagnosis and understanding pathogenesis of inherited retinal disease has been challenging. Retinal imaging studies which are noninvasive, are an invaluable source of information. Fundus autofluorescence (FAF) utilizes natural fluorophores to create an image of the retina. Lipofuscin is the primary source for short-wavelength autofluorescence (SW-AF) and melanin for near-infrared autofluorescence (NIR-AF). The amount and distribution of these fluorophores changes in the different disease processes and is detectable in FAF images. In this study we analyzed SW-AF and NIR-AF images in cases of genetically confirmed recessive Stargardt disease (STGD1), choroideremia, PROM1-macular disease and ocular albinism. The aim was to qualitatively describe FAF in conditions with varying levels of lipofuscin or melanin as well as to quantify FAF signal intensities. We also aimed at finding new clinical implications for autofluorescence imaging in evaluating inherited retinal disease. We confirmed that melanin is the major source of NIR-AF signal by analyzing ocular albinism carriers and mice models with varying fundus pigmentation, but we also found that presence of melanin can modulate SW-AF signal strength. As a novel finding we confirmed that lipofuscin contributes to NIR-AF signal intensity in cases with excessive bisretinoid lipofuscin levels like seen in STGD1. The analysis of choroideremia and STGD1 patients showed that retinal pigment epithelium atrophy causes loss of signal in both SW-AF and NIR-AF, but NIR-AF could be more sensitive in detecting early cell degeneration. Quantifying the autofluorescence signal intensity helps to further understand disease processes as it is an indirect measure for levels of retinal fluorophores. We showed PROM1-macular dystrophy does not present with elevated levels of SW-AF indicating that excessive lipofuscin accumulation is likely not part of its disease mechanism. That knowledge is valuable in differentiating it from phenotypically similar STGD1 or when developing therapeutic approaches. Lipofuscin and melanin are both valuable retinal biomarkers for evaluating retinal health by using non-invasive autofluorescence imaging., https://www.ester.ee/record=b5557381

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Baktereid võib leida kõikvõimalikest keskkondadest nii vabalt elavate organismidena kui ka päristuumsete organismide sümbiontide ja haigustekitajatena. Vastastikku kasulike suhete korral saavad bakterid peremehelt süsinikuühendeid ja elupaika, pakkudes peremehele vastutasuks mitmesuguseid hüvesid. Taoliste sümbiontsete suhete uurimine on oluliselt panustanud inimese tervise parendamisse, aga aidanud ka soodustada kultuurtaimede kasvu, parandada nende stressitaluvust ja suurendada vastupanuvõimet haigustele. Taimede ja loomade kõrval moodustavad päristuumsete riigi ka seened, kuid teadmised nende mikrobioomide kohta on piiratud. Seened on looduses olulised nii orgaanilise aine lagundajatena kui ka erinevates sümbioosides. Inimese seisukohast on eelkõige tähtsad taimede ja loomade haiguste tekitajad, aga ka söögiks tarbitavad seente viljakehad. Hiljutised uuringud on näidanud, et seente viljakehad on elupaigaks mitmekesistele bakterikooslustele, mis võivad mõjutada oma peremehe kasvu, toota seenele vajalikke vitamiine ning soodustada eoste idanemist. Siiski on meie teadmised seente bakterikoosluste koosseisust ja funktsioonidest praegu veel küllaltki piiratud. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada bakterikoosluste mitmekesisust ja nende varieeruvuse mustreid seente viljakehade eri arengustaadiumide, aga ka peremehe taksonite ja geograafiliste piirkondade lõikes. Lisaks analüüsiti bakterigenoomides kajastuvaid tunnuseid, mis võiksid olla määravad seente asustamiseks vajalike kohtastumiste kujunemisel. Saadud töö tulemused näitasid, et bakterid, kes võivad kasvu soodustada, on viljakehas arvukad kogu selle arengutsükli vältel, samas kui viljakeha vananedes kasvab seenele kahjulike ja surnud orgaanikast toituvate bakterite osakaal. Selgus, et bakterite mitmekesisus ja koosluste koosseis varieerub sõltuvalt peremeesseene evolutsioonilisest päritolust, samas kui kliima ja mulla omaduste osa selles ei ole oluline. Bakterite genoomide analüüs näitas, et neil on mitmesuguseid ensüüme, mis võimaldavad saada peremeesseene biomassist energiat, aidates samas peremehel oma keskkonnast toitaineid hankida. Seentes elavate bakterite funktsiooni ja koosluse struktuuri selgitamine aitab kaasa bakterite ja seente vaheliste keerukate suhete mõistmisele erinevates ökosüsteemides., Bacteria are ubiquitous in various habitats either as free-living organisms or as symbionts and pathogens of eukaryotic hosts. In case of mutually beneficial interactions, bacteria obtain carbon and shelter from the host while providing various benefits for the host. Research on such interactions, has contributed to improving human health as well as to enhancing plant growth, stress tolerance and resistance to pathogens. While fungi represent one of the three major kingdoms of eukaryotes performing crucial ecological functions as decomposers and symbionts, their microbiomes have been much less studied. Although fungi draw the attention of humans mainly as pathogenic microorganisms, many also produce conspicuous fruiting bodies that humans consume. Recent studies have revealed that fungal fruiting bodies harbor diverse bacterial communities that perform various functions including host growth promotion, spore dissemination, and germination. However, our understanding of these communities and their functioning remains limited. The aim of the current PhD thesis was to study the diversity and assembly mechanisms of bacterial communities during fruiting body growth, as well as the distribution patterns of fungus-inhabiting bacteria across host taxa and geographical regions. In addition, genomic features important for bacterial adaptation to fungal habitats were analyzed. The results indicate that bacteria potentially promoting fruiting body growth remain abundant throughout the growth cycle but are replaced by pathogenic and saprotrophic bacteria in mature fruiting bodies. It was also found that the diversity and composition of bacterial communities varies depending on the phylogenetic relationships of host fungi, while climate and soil properties are not significant in this respect. Furthermore, results presented in this thesis point to the complementary role of bacteria for the functioning of the fungal holobiont, as has been shown for plants and animals. By elucidating the functions and community structure of fungus-inhabiting bacteria, this thesis offers novel insights into the intricate dynamics and distribution patterns of bacterial-fungal interactions across diverse ecosystems., https://www.ester.ee/record=b5560217

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Asa-peptiidid on peptiidi analoogid, mis lagunevad elusorganismis aeglasemalt ja on seetõttu paljulubavad ravimikandidaadid. Nende bioaktiivsete omaduste laiemat uurimist takistavad aga asa-peptiidsideme sünteesil ilmnevad probleemid, eelkõige madal saagis ja aeglane reaktsioon. Reaktsiooni kineetiliste parameetrite määramine on üheks võimaluseks eksperimentaalselt hinnata amino- ja asa-aminohapete N-terminaalse aminorühma reaktsioonivõime erinevust ning uurida tahkefaasi peptiidsünteesi protokolli sobivust asa-peptiidsideme moodustamiseks. Tulemustest selgus, et tavalist tahkefaasi peptiidsünteesi protokolli ei saa rakendada otseselt asa-peptiidsünteesis. Asa-peptiidsideme reaktsiooni mõjutavad nii kasutatava aktivaatori efektiivsus kui ka aminohappe ja asa-aminohappe kõrvalahela steeriline efekt. Seega on vajalik asa-peptiidide sünteesimeetodeid arendada suunas, mis võimaldaks asa-aminohappe N-terminaali efektiivsemat atsüülimist. See on oluline automatiseeritud asa-peptiidide sünteesimeetodite loomiseks, mis omakorda annaks võimaluse nende ühendite bioaktiivsuse laiaulatuslikumateks uuringuteks., Aza-peptides are peptide analogues that degrade more slowly in the living organisms and are therefore promising drug candidates. However, the problems encountered in the synthesis of the aza-peptide bond, especially the low yield and slow reaction, hinder the wider investigation of their bioactive properties. Determining the kinetic parameters of the reaction is one way to experimentally evaluate the difference in the reactivity of the N-terminal amino group of amino and aza-amino acids and to study the suitability of the solid-phase peptide synthesis protocol for aza-peptide bond formation. Performed kinetic studies showed that standard solid-phase peptide synthesis protocol cannot be applied directly to aza-peptide synthesis. The reaction of the aza-peptide bond is influenced by the effectiveness of the activator used as well as the steric effect of the side chain of the amino acid and the aza-amino acid. Therefore, it is necessary to develop the synthesis methods for aza-peptides in a direction that would enable more effective acylation of the N-terminal of the aza-amino acid. This is important for the creation of automated aza-peptide synthesis methods, which in turn would provide an opportunity for more comprehensive studies of the bioactivity of these compounds., https://www.ester.ee/record=b5558662

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Kuidas vaadelda inimesi ilma neid nägemata? Öeldakse, et ei ole viisakas jõllitada. Õigus privaatsusele on lausa inimõigus. Siiski on inimkäitumises palju sellist, mida teadlased tahaksid uurida inimesi vaadeldes. Näiteks tahame teada, kas lapsed hakkavad vahetunnis rohkem liikuma, kui koolis keelatakse nutitelefonid? Selle välja selgitamiseks peaks teadlane küsima lapsevanematelt nõusolekut võsukeste vaatlemiseks. Eeldusel, et lapsevanemad annavad loa, oleks klassikaliseks vaatluseks vaja tohutult palju tööjõudu – mitu vaatlejat koolimajas iga päev piisavalt pikal perioodil enne ja pärast nutitelefoni keelu kehtestamist. Doktoritööga püüdsin lahendada korraga privaatsuse probleemi ja tööjõu probleemi, asendades inimvaatleja tehisaruga. Kaasaegsed masinõppe meetodid võimaldavad luua mudeleid, mis tuvastavad automaatselt pildil või videos kujutatud objekte ja nende omadusi. Kui tahame tehisaru, mis tunneb pildil ära inimese, tuleb moodustada masinõppe andmestik, kus on pilte inimestest ja pilte ilma inimesteta. Kui tahame tehisaru, mis eristaks videos madalat ja kõrget kehalist aktiivsust, on vaja vastavat videoandmestikku. Doktoritöös kogusingi andmestiku, kus video laste liikumisest on sünkroniseeritud puusal kantavate aktseleromeetritega, et treenida mudel, mis eristaks videopikslites madalamat ja kõrgemat liikumise intensiivsust. Koostöös Tehonoloogiainstituudi iCV laboriga arendasime välja videoanalüüsi sensori prototüübi, mis suudab reaalaja kiirusel hinnata kaamera vaateväljas olevate inimeste kehalise aktiivsuse taset. Just see, et tehisaru suudab tuletada videost kehalise aktiivsuse informatsiooni ilma neid videokaadreid salvestamata ega inimestele üldsegi näitamata, võimaldab vaadelda inimesi ilma neid nägemata. Väljatöötatud meetod on mõeldud kehalise aktiivsuse mõõtmiseks koolipõhistes teadusuuringutes ning seetõttu on arenduses rõhutatud privaatsuse kaitsmist ja teaduseetikat. Laiemalt vaadates illustreerib doktoritöö aga raalnägemistehnoloogiate potentsiaali töötlemaks visuaalset infot linnaruumis ja töökohtadel ning mitte ainult kehalise aktiivsuse mõõtmiseks kõrgete teaduseetika kriteerimitega. Siin ongi koht avalikuks aruteluks – millistel tingimustel või kas üldse on OK, kui sind jõllitab robot?, How to observe people without seeing them? They say it's not polite to stare. The right to privacy is considered a human right. However, there is much in human behavior that scientists would like to study via observation. For example, we want to know whether children will start moving more during recess if smartphones are banned at school? To figure this out, scientists would have to ask parental consent to carry out the observation. Assuming parents grant permission, a huge amount of labour would be needed for classical observation - several observers in the schoolhouse every day for a sufficiently long period before and after the smartphone ban. With my doctoral thesis, I tried to solve both the problem of privacy and of labor by replacing the human observer with artificial intelligence (AI). Modern machine learning methods allow training models that automatically detect objects and their properties in images or video. If we want an AI that recognizes people in images, we need to form a machine learning dataset with pictures of people and pictures without people. If we want an AI that differentiates between low and high physical activity in video, we need a corresponding video dataset. In my doctoral thesis, I collected a dataset where video of children's movement is synchronized with hip-worn accelerometers to train a model that could differentiate between lower and higher levels of physical activity in video. In collaboration with the ICV lab at the Institute of Technology, we developed a prototype video analysis sensor that can estimate the level of physical activity of people in the camera's field of view at real-time speed. The fact that AI can derive information about physical activity from the video without recording the footage or showing it to anyone at all, makes it possible to observe without seeing. The method is designed for measuring physical activity in school-based research and therefore highly prioritizes privacy protection and research ethics. But more broadly, the thesis illustrates the potential of computer vision technologies for processing visual information in urban spaces and workplaces, and not only for measuring physical activity or adhering to high ethical standards. This warrants wider public discussion – under what conditions or whether at all is it OK to have a robot staring at you?, https://www.ester.ee/record=b5559726

Müüontomograafia on suhteliselt uudne kuvatehnika, mis kasutab kosmiliste kiirte vastastikmõjus atmosfääriga tekkivat vaba looduslikku müüonite kiirgusvoogu. Müüonite hajumisel põhinevas tomograafias mõõdetakse müüonite levikut ja hajumist uuritavas ruumalas või kehas, mis sõltub peamiselt aine aatomarvust, materjali tihedusest ning paksusest. Käesoleva doktoritöö eesmärk on karakteriseerida müüonite käitumist valitud tomograafilises süsteemis ja materjalides, nagu näiteks tuumamaterjalid. Uuringud on läbi viidud nii kvantitatiivses kui ka kvalitatiivses vormingus. Esiteks, hindasime sissetulevate müüonite kineetilist energiat, kasutades polüvinüültolueenist valmistatud detektorikihtide poolt tekitatavaid müüonite trajektooride hälbeid. Teiseks, hindasime keha positsioneerimise teostatavust triangulatsioonkorrelatsiooni meetodil ning määrasime homogeniseeritud ja homogeniseerimata tuumajäätmete konteinerite mõõtmise jaoks sellised iseloomulikud parameetrid, nagu hajumisjaotus, müüoni neeldumine ja müüonite trajektooride nihked. Püüdsime täiustada ka müüoniallikaid. Selle asemel, et kasutada diskreetse või ühtlase energiajaotusega laiapindset vertikaalset müüonkiirgusallikat, lõime ise keerulisemad, piiratud ulatusega, diskreetse energiaspektriga allikad., Muon tomography is a relatively novel imaging technique that makes use of the free natural flux of muons originating from the interaction of cosmic rays in the atmosphere. The principle behind the muon scattering tomography is to track the propagation of the cosmic ray muons within the target volume through which the incoming muons of a certain energy deviate from their initial trajectories after a series of physical processes predominantly depending on the atomic number, the material density, and the material thickness. In this PhD thesis, our objective is to summarize a number of presentations and publications that are devoted to the computational aspects of muon tomography, the purpose of which is to characterize the target materials such as nuclear materials in diverse applications. We present our outcomes in a quantitative as well as in a qualitative format when/if necessary. First, we attempt to estimate the kinetic energy of the incoming muons by using the deflection angle through the detector layers fabricated from polyvinyl toluene. Secondly, in addition to the derivation of the triangular correlation, we determine the characteristic parameters such as the scattering angle, the muon absorption, and the muon displacement for the bulky nuclear waste barrels as well as the homogenized nuclear waste barrels. Finally, rather than using the vertical muons with either a constant energy or a uniform energy distribution, we try to sophisticate the muon sources by utilizing a restrictive plane and a discretized energy spectrum., https://www.ester.ee/record=b5558934

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Doktoritöös käsitletakse kahe filosoofilise vaatekoha, teadusliku realismi ja antirealismi vahelise vaidluse üht konkreetset tahku. Teadusliku realismi järgi on teadvusest sõltumatu maailmaosa olemas ja me teame seda teaduslike teooriate kaudu. Et seletada teadusteooriate edu, peavad realistid neid tõesteks maailmakirjeldusteks. Antirealistid, teiselt poolt, ja instrumentalistid iseäranis, peavad teaduslikke teooriaid fenomenide klassifitseerimise ja tulevikusündmuste ennustamise instrumentideks, neile tõeväärtusi omistamata. Esitan argumendid instrumentalismi vastu, et valmistada ette pinda omaenda seisukoha kaitsmiseks. See puudutab vaidluse tahku, mis paistab realismi positsioone ohustavat. Teaduspraktikas kasutatakse edukalt fiktsionaalse iseloomuga mudeleid, mis ei esinda mingit tegelikus maailmas eksisteerivat reaalset süsteemi. Sellega seatakse realismile omane edukuse ja tõesuse vaheline seos kahtluse alla. Seda probleemi on ulatuslikult käsitlenud Alisa Bokulich. Tema vastuseks sellele realismile esitatud väljakutsele on mõõdukas teadusliku realismi vorm, mis sobib kokku sääraste mudelite seletusliku, ehkki fiktsionaalse iseloomuga. Minu alternatiivne ettepanek on realismi muutmise asemel modifitseerida teooria või mudeli poolt loodava füüsikalise situatsiooni representatsiooni mõistet. Sel eesmärgil näitan, kuidas fiktsionaalne mudel võib pakkuda süsteemi osalise representatsiooni, tabades selle olulisi aspekte, ehkki süsteemi täielikku esitust ei saavutata. Minu argument on rajatud sellele, et on võimalik, et fiktsionaalsed mudelid esindavad teooriaid kindlaksmääratud viisil. Selle võimaluse teostamisel on otsustava tähtsusega „abstraktsiooniredeli“ mõiste. Selle abil on võimalik säilitada seos teooriate tõesuse ja edukuse vahel, ehkki see pole enam otsene. Illustreerimaks keerukat seost tõe ja edukuse vahel, nimetan selle seose loomise kompleksset protsessi „Laiendatud determinatsiooniks“. Oma väitekirja lõpuosas uurin, kuidas saab kitsendada nähtuste võimalike seletuste ala tegelikult kohaseimale. See toimub pidevas teadusliku uurimistöö võimaluste laiendamises ja kitsendamises, mis näitab, et teadus on jätkuv teadmiste loomise protsess maailma kohta., This thesis aims at discussing an aspect of the debate between the philosophical positions of scientific realism and antirealism. Scientific realism is the view that there is a mind independent world which is knowable trough scientific theories. To explain the success of scientific theories, scientific realists consider those theories to be true depictions of the world. Antirealists, in particular the trend of so-called instrumentalists, do not accept truth assignments to theories; instead, they claim that theories are only instruments to organize and predict observable phenomena. I present arguments against instrumentalist positions, preparing the ground for the subject of my own interest. This is an aspect of the debate, which seems to undermine the realist position. It concerns the successful use in scientific practice of a kind of models that are fictional, in the sense that they do not represent any real system existing in the world. Therefore, the realist connection between success and truth is challenged. Such models have been extensively studied by Alicia Bokulich. To answer the challenge, she proposes a ‘moderate’ version of realism. In this thesis I put forward an alternative solution. Instead of modifying realism, I propose to modify the notion of representation of a physical situation by a model or a theory. To this end, I explain how a fictional model can offer a partial representation of a system, capturing certain essential aspect of it despite failing to represent it in its totality. The main idea of my argument depends on the possibility of fictional models to act as ‘proxies’ for theories in a well-defined way. The notion of ‘a ladder of abstractions’ is crucial in establishing this possibility. In this way, the link between success and truth is maintained: however, now it is not straightforward. To highlight this more sophisticated link of truth with success, I dub the complex process of establishing it and ‘Augmented Determination’. I conclude my thesis by examining how a range of possible explanation of a phenomenon can be narrowed down to what is the actual case. This is the process of continuous expansion and restriction of possibilities in scientific research, showing that science is an ongoing enterprise producing knowledge about the world., https://www.ester.ee/record=b5557616

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Iga raseduse kulg on unikaalne aga iga ema soov on see läbida komplikatsioonideta ning saada endale täie tervise juures vastsündinu. Palju oleneb raseda elustiilist ja geneetikast millise tulemini jõutakse. Ma saame elustiili harjumusi muuta ja parandada aga geneetikaga saame hinnata võimalike probleemide riske. Selle jaoks vajame täpseid teadmisi kuidas platsentas geenide ja mikroRNAde ekspressioon on reguleeritud. Platsenta töötab kui ema ja loote vaheline suhtlusvahend, reguleerides hapniku ja toitainete transporti lootele ja sealsete jääkainete eemaldamist. Platsenta kasv on kiire ning selle jaoks on vajalik täpne geenide ekspressiooni taseme regulatsioon, et tagada lootele võimalikult soodne kasvukeskkond. Üheks geenide ekspressiooni regulaatoriteks on mikroRNAd, mis võimaldavad kiiresti reguleerida geenide ekspressiooni taset. Käesolev uuring keskendus geenide ja mikroRNAde profiili uurimisele platsenta koes tervete ja komplikatsioonidega raseduste korral. Lisaks hindasime millised regulaatorid on veel olulised mikroRNAde ekspressiooni taseme muutuseks. Leidsime, et preeklampsia korral on platsentas muutunud suurel hulgal geenide (n=215) ja mikroRNAde (n=66) ekspressiooni tase võrreldes normaalsete platsentadega. Lisaks leidsime, et tulenevalt gestatsiooni ajast on mikroRNAdel varieeruv ekspressiooni profiil. Platsenta spetsiifiliste mikroRNAde analüüsimisel leidsime, et vastavalt mikroRNA klastrile on neil kindel gestatsiooni ajast tingitud ekspressioon. Geenide ja mikroRNAde ekspressiooni andmestikku omavahelisel võrdlusel, leidsime nende vahelise tugeva seose, mis võimaldas mikroRNAd grupeerida funktsiooni alusel. Andmete analüüs, mis kasutab ühiselt nii geenide kui mikroRNAde ekspressiooni andmeid annab meile parema ülevaate kuidas erinevad raseduskomplikatsioonid mõjutavad geenide ja mikroRNAde ekspressiooni muutust., Every pregnancy is unique, but every mother’s dream is to have an uncomplicated pregnancy and a healthy newborn. Lifestyle and genetics are crucial factors for determining pregnancy outcomes. It is possible to adjust lifestyle, in the case of genetics, we can measure risk factors and mitigate their effect. We have the need to precisely understand how placental gene and microRNA expression regulates placenta function. The placenta connects the mother with the developing fetus, functioning as a nutrient exchange hub, supplying the fetus with nutrients and oxygen and removing waste products. Placenta development is fast and requires precise gene expression regulation for optimal fetal growth. MicroRNAs are small RNA molecules that regulate gene expression. This codependence is an informative study subject. This thesis aimed to analyze placental gene and microRNA expression in normal and complicated pregnancies and identify what could regulate their expression levels. Our findings show that in case of preeclampsia, gene and microRNA expression is shifted in placenta compared to normal pregnancy placentas (n=215 gene and n=66 microRNAs are differentially expressed). Describing microRNAs expression profiles in the context of gestation, we identified a distinct shift based on gestational progression. Placenta-specific microRNAs showed a similar expression change based on the cluster they are from. We found that microRNAs can be grouped based on their function when combining gene and microRNA expression datasets and evaluating their correlation. This kind of research gives more in-depth information on how placental gene and microRNA expression is regulated in different conditions and adds better understanding of gene and microRNA interactions., https://www.ester.ee/record=b5558660

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Mitmetes Kesk- ja Ida-Euroopa (KIE) riikides on liitumine Euroopa Liiduga aidanud leevendada erinevate etniliste gruppide vahelisi pingeid ning edendada rahulikku kooselu eri riikidest pärit vähemuste vahel. Sellest siirdest on ühe edukaima ja olulisima näitena, kus on toimunud nii rahvuste- kui riikidevaheline leppimine, esile kerkinud Ungari, Rumeenia ja ungari vähemuse juhtum, mida on eeskujuks toodud tervele KIE regioonile ja ka Balkanile. Kolmikneksuse mudel, mille käis välja Rogers Brubaker (1996), on võimaldanud analüüsida nii endisi kui nüüdisaegseid rahvustevahelisi konflikte ning nende vältimise võimalusi. Viimase aja poliitilised arengud näitavad selle teooria jätkuvat olulisust. See doktoritöö aga kaasajastab Brubaker’i mudelit, asendades rahvusluse kontseptsiooni populismi ja illiberalismiga ning rakendades uuendatud mudelit kolmele ühe neksuse moodustavale toimijale (Rumeenia, Ungari, ja ungari rahvusvähemus Rumeenias), analüüsimaks nende mõjusid etnopoliitilistele protsessidele. Väitekiri hõlmab nelja uurimust, mis käsitlevad rahvusliku kodumaa aktivismi, mäluküsimusi, populistlikku diskursust ja poliitilist osalemist ning seda, kuidas need aspektid kujundavad avalikku diskursust ning poliitilisi eelistusi. Esimene uurimus keskendub rahvusliku kodumaa aktivismile ja selle rollile populistlike ja illiberaalsete vaadete levitamisel, mida tehakse rahvusvähemuste kultuurilise identiteedi säilitamise eesmärgil kultuurilise pärandi ja mälu-uuringute kaudu. Teine uurimus analüüsib populistlike illiberaalsete diskursuste ja praktikate mõju Rumeenia poliitilistele protsessidele. Kaks ülejäänud uurimust keskenduvad vähemuste reaktsioonidele, uurides ülalnimetatud stiimulite mõju Rumeenia ungarlaste avaliku diskursuse ja poliitiliste eelistuste kujunemisele. Kokkuvõtvalt näitavad doktoritöö järeldused kolmikneksuse mudeli kohandatavust, aga ka jätkuvat relevantsust, mõistmaks keerulisi dünaamikaid Rumeenia, Ungari ja rahvusvähemuste vahel ning pakkumaks sisendit ka Euroopa Liidu tasandi poliitikaloomele., The integration of certain Central and Eastern European (CEE) countries into the European Union has helped to ease tensions and promote peaceful coexistence among various ethnic groups from many countries. Because of this transition, one of the resulting and most important cases where interethnic and interstate appeasement was possible, and which was also proposed as a model in the region and the Balkans, is that of Hungary, Romania, and the Hungarian minority. The Triadic Nexus model, proposed by Rogers Brubaker (1996), has been used to analyse past and present interethnic conflicts and ways to avoid them. Recent political phenomena have rendered this theory important. This dissertation updates Brubaker’s model by replacing the concept of nationalism with populism and illiberalism and applies it to the three groups in the nexus (Romania, Hungary, and the Hungarian national minority in Romania) to examine these effects in ethnopolitical processes. The dissertation includes four studies that examine the role of kin-state activism, memory issues, populist discourse, and political participation and how these are shaping public discourse and political preferences. The first study focuses on the role of kin-state activism in transferring populist and illiberal viewpoints through cultural heritage and memory studies when maintaining the cultural identity of national minorities. The second study examines the impact of populist illiberalism discourses and practices on the political processes in Romania. The two studies encompassing the minority reactions investigate the effects of the above stimuli when shaping the public discourse and political preferences of the Hungarian minority in Romania. Overall, the findings of this dissertation demonstrate the adaptability and continued relevance of the Triadic Nexus model in understanding the complex dynamics between Romania, Hungary, and the national minority and offer insights for policymaking in the European Union., https://www.ester.ee/record=b5556111

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone., Avame (ravimi)tööstuse mõlemad silmad, Kujutleme klaasi, mis on poolenisti täidetud vee ja poolenisti toiduõliga. Peal on õlikiht ja all on veekiht. Need kihid, või “faasid”, on üksteisest eraldatud. Samas, nad mõjutavad teineteist ning kõike, mis neis faasides toimub. Midagi taolist esineb ka inimrakkude välispiiril. Kui tarbime mõnda ravimit, näiteks ibuprofeeni, tavalist apteegi käsimüügis oleva valuvaigistit, siis selle osakesed jaotuvad meie analoogis veefaasi ja õlifaasi vahel ja on vastasmõjus mõlemaga. Paljuski sõltuvad need vastasmõjud keemiliste ühendite happelisusest – võimest loovutada vesinikioone ning samaaegselt omandada negatiivne laeng, teisiõnu, käituda happena. Selle protsessi käigus muutuvad ühendite omadused drastiliselt. Ibuprofeen on just üks selline ühend. Eksperimendid, mille põhjal ibuprofeeni ja teiste ühendite happelisust kirjeldatakse, viiakse enamasti läbi vaid ühes faasis. Kui tuleme tagasi meie klaasi juurde, siis see vastab justkui olukorrale, kus klaas on täidetud ainult veega. Samas on ibuprofeen lipofiilne ühend ning vee ja õli süsteemis liigub eeskätt just õlifaasi, kus ibuprofeeni omadused oluliselt erinevad omadustest veefaasis. Ühes faasis läbi viidud eksperiment ignoreerib seda olukorda täielikult. Seda võib võrrelda silmaklapi kandmisega – pool pilti läheb kaotsi. Miks selline pealiskaudne lähenemine niivõrd olulise rakenduse jaoks? Kuni viimase ajani ei olnud teoreetilist baasi ja eksperimentaalselt meetodit, mis võimaldaks mõõta ainetele usaldusväärseid happelisuse väärtusi tingimustes, mis on lähedasemad inimorganismis esinevale. Minu doktoritöö keskendus sellele, et selline baas ja meetod luua ning nüüd on inimkonnal olemas tööriistad selleks, et adekvaatsemalt hinnata ravimite, nagu ibuprofeen, ning paljude teiste keemiliste ühendite happelisusi ning sellest lähtuvalt ka muid omadusi erinevates olulistes rakendustes. Loodetavasti aitab see tõsta nii ravimitööstuse, või ka tervikuna võttes, tööstuse efektiivsust., Expanding the vision of the (pharmaceutical) industry, Imagine a glass, half filled with cooking oil and half filled with water. On the top, there is the oil layer and, on the bottom, the aqueous layer. These layers, or phases, are visually separated from each other. But they still influence each other and the processes taking place in them. Something similar is present at the cell boundaries in every living organism. When a medicine, such as ibuprofen, a common over-the-counter painkiller, is consumed, it distributes between the water phase and the oil phase and interacts with both of them. Many of these interactions are influenced by the acidity of chemicals – the ability to donate a positively charged hydrogen atom to another molecule and become negatively charged, in other words, to act as an acid. As a result of this process, the properties of chemicals, such as ibuprofen, change dramatically. Experiments for measuring acidity of ibuprofen and other chemicals are almost always performed under monophasic conditions, something that in our glass example compares to a glass of just water. However, ibuprofen is a lipophilic compound, and in a water-oil system, it prefers the oil phase, where its properties are much different from its properties in an aqueous phase. Yet the interactions with the oil phase are completely ignored in a typical acidity measurement. It’s like seeing only half of the picture. Why is such an incomplete approach being used for something this important? Until recently, there was no theoretical basis or experimental method to conduct measurements of acidity under more relevant conditions. My doctor’s thesis focuses on providing the tools to measure acidity, and by extension, many other properties of molecules in biphasic systems in a more realistic and accurate way. Hopefully, these tools lead us to a more effective pharmaceutical industry, or industry as a whole., https://www.ester.ee/record=b5558168

Kaks isomorfset poolrühma on eristamatud. Siiski, kõikide poolrühmade kirjeldamine isomorfismi täpsuseni pole mõistlik ettevõtmine - neid on liiga palju. Öeldakse, et kaks poolrühma on Morita ekvivalentsed, kui kõikide püsivate parempoolsete polügoonide kategooriad üle nende poolrühmade on ekvivalentsed. Selline ekvivalentsiseos on oluliselt nõrgem isomorfismiseosest. Käesolevas töös uurime poolrühmade Morita ekvivalentsust kasutades selleks teiste autorite poolt uuritud algebralisi konstruktsioone kirjeldamaks Morita ekvivalentseid poolrühmi mitmetel poolrühmade alamklassidel. Meie eesmärgid on kirjeldada mõnede hästi tuntud poolrühmade, nagu rühmad või monoidid, tugevaid Morita ekvivalentsiklasse ning leida Morita invariante - need on parajasti kõikide ühest ja samast ekvivalentsiklassist pärit poolrühmade ühised omadused. Täpsemalt, näitame muu hulgas ära, et faktoriseeruv poolrühm on Morita ekvivalentne monoidiga parajasti siis, kui ta on selle monoidi laiend. Järeldame, et rühma laiendid on parajasti Rees'i maatrikspoolrühmad üle selle rühma ning et täiesti lihtsus on faktoriseeruvate poolrühmade Morita invariant. Kaks faktoriseeruvat poolrühma on Morita ekvivalentsed parajasti siis, kui nende vahel leidub unitaarne sürjektiivne Morita kontekst. Kahes peatükis uurime mõningaid Morita kontekstiga määratud morfisme ning võresid. Kirjeldame ära püsivate poolrühmade Morita ekvivalentsuse ning näitame, et Morita ekvivalentsetel poolrühmadel, mis mõlemad sisaldavad ühiseid nõrkasid lokaalseid ühikelemente, on isomorfsed kooskõlaliste seoste võred. Viimane peatükk on pühendatud poolrühmade perfektsuse uurimisele. Üldistame mitmeid perfektsete monoidide kirjeldused faktoriseeruvate poolrühmade juhule ning lisame ka uue kirjelduse. Saadud tulemuste põhjal järeldame, et kõik nilpotentsed ja täiesti (0-)lihtsad poolrühmad on perfektsed ning et perfektsus on Morita invariant faktoriseeruvate poolrühmade korral., Two semigroups are regarded to be one and the same if they are isomorphic. Up to isomorphism, however, there are far too many semigroups for it to be reasonable to try and characterise them. Two semigroups are said to be Morita equivalent if the categories of all firm right acts over them are equivalent. Such a relation is a significantly weaker equivalence relation on the class of all semigroups than isomorphism. The purpose of this thesis is to study Morita equivalence of semigroups in terms of algebraic constructions used by other authors to describe Morita equivalence for various subclasses of semigroups. The objectives are to describe strong Morita equivalence classes of some well known semigroups like groups or monoids and also determine Morita invariants - these are properties that are shared by all semigroups in the same Morita equivalence class. Specifically, we shall show among other things that a factorisable semigroup is Morita equivalent to a monoid if and only if it is an enlargement of that monoid. Consequently, the enlargements of a group are precisely Rees matrix semigroups over that group and complete simplicity is a Morita invariant for factorisable semigroups. Morita equivalence of two factorisable semigroups occurs if and only if the semigroups are connected by a unitary surjective Morita context. Two chapters are reserved for the study of some morphisms and lattices induced by a Morita context. We shall obtain a description for the Morita equivalence of firm semigroups as well as show that Morita equivalent semigroups with common weak local units must have isomorphic lattices of compatible relations. The final chapter is devoted to the perfection for semigroups. We generalise many known descriptions of perfect monoids to the case of factorisable semigroups and add one more to the list. Our results allow us to conclude that the class of perfect semigroups contains all nilpotent semigroups, all completely (0-)simple semigroups and that perfection is a Morita invariant for factorisable semigroups., https://www.ester.ee/record=b5559214

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Arteriaalne hüpertensioon on laialt levinud haigus, mis tõstab oluliselt riski kardio-vaskulaarseks haigestumuseks ja suremuseks. Arteriaalse hüpertensiooni varajane avastamine ja riskitegurite vähendamine on olulise tähtsusega haiguse prognoosi parendamisel. Doktoritöö käsitles arteriaalse hüpertensiooni levimust ja kardiovaskulaarset suremust ning nendega seotud riskitegureid Eesti ja Rootsi 35- ja 55-aastastes kohortides 13-aastases kahe lainega longituuduuringus. Riskiteguritest keskenduti psühhosotsiaalsetele teguritele, isiksuseomadustele, elustiili teguritele ja tervisenäitajatele. Uuringu tulemusena leiti, et arteriaalse hüpertensiooni levimus oli pärast 13-aastast jälgimisperioodi Eestis oluliselt kõrgem kui Rootsis. Mõlemas vanuskohordis oli eestlastel võrreldes rootslastega oluliselt kõrgem depressiivne meeleolu ja negatiivsete stressitekitavate elusündmuste mõju, kuid madalam üldine elukvaliteet nii uuringu I kui II laines. Võrreldes 55-aastaste arteriaalse hüpertensiooniga rootslastega oli sama diagnoosiga eestlastel uuringu II laines negatiivsete stressitekitavate elusündmuste mõju oluliselt kõrgem ja meisterlikkuse tase oluliselt madalam. 13-aastase jälgimisperioodi jooksul suri üks viiendik Eesti ja Rootsi 55-aastaste meeste kohordist, valdav enamus neist olid eestlased. Ligi pooled surmapõhjustest olid tingitud kardiovaskulaarsetest haigustest. Kardiovaskulaarset suremust ennustasid eelkõige suitsetamine ja kõrgem vereplasma interleukiin-6 tase. Eesti uuringu 55-aastaste kohordis näitasid mitmed psühhosotsiaalsed ja elustiili tegurid ning tervisenäitajad sõltumatut seost arteriaalse hüpertensiooniga, kuid lõplikus regressioonmudelis ennustas hüpertensiooni riski vaid rasvumus. Doktoritöö tulemused on rakendatavad arteriaalse hüpertensiooni haigestumuse ja kardiovaskulaarse suremuse ennetuses ja vähendamises Eestis. Sekkumised peaksid olema terviklikud, kus lisaks eluviisi teguritele tuleb varakult välja sõeluda psühhosotsiaalsed tegurid ja isiksuse omadused., Arterial hypertension is a widespread disease that significantly increases the risk of cardiovascular morbidity and mortality. Early detection of arterial hypertension and a reduction of risk factors are crucial in order to improve the prognosis of the disease. The doctoral thesis investigated the prevalence of arterial hypertension and cardiovascular mortality, and their risk factors among 35- and 55-year-old cohorts in a 13-year follow-up study with two waves in Estonia and Sweden. From risk factors, the focus was on psychosocial factors, personality traits, lifestyle factors and health indicators. The results of the study showed that the prevalence of arterial hypertension was significantly higher in Estonia than in Sweden after the 13-year follow-up period. Significantly higher depressive mood and influence of negative stressful life events, but lower total quality of life prevailed in 35- and 55-year-old cohorts in Estonia and Sweden in both study waves. Compared to 55-year-old cohort with diagnosis of arterial hypertension, influence of negative stressful life events was significantly higher, but mastery significantly lower among 55-year-old adults with a diagnosis of arterial hypertension in Estonia, but not in Sweden in the II wave of the study. One fifth of Estonian and Swedish men in the 55-year-old cohort died over the 13-year follow-up period, the vast majority of them were Estonians. Nearly half of all causes of death were due to cardiovascular diseases. Smoking and higher blood plasma level of interleukin-6 were the main predictors of cardiovascular mortality. In the Estonian study, several psychosocial and lifestyle factors, and health indicators had an independent association with arterial hypertension, but in the final regression model, only obesity predicted risk for arterial hypertension in the 55-year-old cohort. The results of the doctoral thesis can be applied in prevention and reduction of arterial hypertension morbidity and cardiovascular mortality in Estonia. Interventions should be comprehensive, where in addition to lifestyle factors, psychosocial factors and personality traits are screened early., https://www.ester.ee/record=b5557168

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Vähki võivad haigestuda kõik hulkraksed organismid. Liikide võime vähki alla suruda on erinev. Kuna suuremaks kasvamine ja kauem elamine suurendavad organismide vähiriski, on tugevaim kaitse suurekasvulistes ja pikaealistel liikidel. Näiteks kui inimeste vähkisuremus on umbes 17%, siis elevantidel on see alla 5%. Loomade risk haigestuda vähki ei sõltu mitte ainult elueast ja kehasuurusest, vaid ka keskkonnast. Reostus on nii inimeste kui ka teiste loomade vähki haigestumise riski suurendanud. Veekeskkonnas elavad loomad on reostuse vähki tekitava mõju osas eriti haavatavad, kuna reostus levib veekeskkonnas kiiresti ning kuhjub veekogude setetes. Oma doktoritöös uurisin reostuse ja vähitekke seoseid veeliikidel. Praeguseks on umbes 30 veeliigi puhul seost reostuse ja vähi vahel näidatud, kuid kõige paremini on see seos tõestatud kaladel. Kalad, kes kasvavad suureks ja elavad kaua, peavad suureks kasvamiseks vajalike geenide koopiate suuremat arvu kompenseerima vähikaitsegeenide koopiate arvu suurendamisega. Võrdlev uuring võimaldas ka ennustada, millised kalaliigid on kõige tugevama ja millised kõige nõrgema vähikaitsega. Merepõhjas elavate kalaliikide, jõelesta ja soomuslesta peal uurisin, miks on esimene neist liikidest vähile haavatavam kui teine. Leidsin, et vähi tekkeks peab jõelestadel olema alla surutud mitmete geenide avaldumise tase. Sama ei ole näha soomuslestade puhul. See viitab võimalusele, et jõelestadel on olemas vähikaitsemehhanismid, mis aitavad neil hoida madalamat vähitaset. Tänapäevases maailmas on looduslike vähikaitsemehhanismide mõistmine muutunud eriti oluliseks, kuna inimtekkelised keskkonnamuutused on suurendanud vähi esinemissagedust nii inimestel kui ka looduslikel liikidel. Liikide erineva haavatavuse mõistmine vähitekke kontekstis võib tulevikus aidata paremini mõista reostuse mõju looduslikele liikidele ning panustada ka parematesse regulatsioonimehhanismidesse, kaitsmaks looduslikke liike ja populatsioone väljasuremise eest., All multicellular organisms can get cancer, but species differ in their ability to resist this disease. Since large body size and longer lifespan increase the likelyhood of cancer, larger and longer living species have evolved stronger cancer defence mechanisms to protect themselves. For example, when the risk of dying because of cancer is 17% in humans, it is less than 5% in elephants. The likelihood that an animal develops cancer does not only depend on their lifespan and body size, but also of their environment. Pollution has increased cancer risk in both humans and other animals. Animals that live in aquatic environment are especially vulnerable to oncogenic pollution, since pollution spreads quickly in the water and accumulates for long time in the sediments. In my PhD thesis, I studied the links between pollution and cancer in aquatic species. This link has been so far demonstrated in 30 aquatic animal species, with most studies on fish. I have also found that fish who live longer and grow larger have to compensate the number of copies of genes allowing them to grow large with additional copies of genes suppressing cancer. My comparative study allowes also to predict which fish species have the strongest and which have the weakest genetic defences against cancer. By studying two species living in the bottom of the sea, flounder and dab, I asked why one of them is more vulnerable to cancer than the other. I found that for cancer to occur in flounder, many genes need to be suppressed. The same is not seen in dabs. This suggests that flounders have defence mechanisms against cancer that are not present in dab. Currently, understanding natural cancer defence mechanisms has become crucial, as human induced environmental change has increased cancer prevalence in both humans and wild species. Understanding the differences between species in cancer defences can help to predict the effect of pollution on wild species, and contribute to the development of better regulatory mechanisms for protecting wild species., https://www.ester.ee/record=b5557378

Turvalisel mitmeosalisel arvutusel põhinevate reaalsete privaatsusrakenduste loomine on SMC-protokolli arvutusosaliste ümmarguse keerukuse tõttu keeruline. Privaatsust säilitavate tehnoloogiate uudsuse ja nende probleemidega kaasnevate suurte arvutuskulude tõttu ei ole paralleelseid privaatsust säilitavaid graafikualgoritme veel uuritud. Graafikalgoritmid on paljude arvutiteaduse rakenduste selgroog, nagu navigatsioonisüsteemid, kogukonna tuvastamine, tarneahela võrk, hüperspektraalne kujutis ja hõredad lineaarsed lahendajad. Graafikalgoritmide suurte privaatsete andmekogumite töötlemise kiirendamiseks ja kõrgetasemeliste arvutusnõuete täitmiseks on vaja privaatsust säilitavaid paralleelseid algoritme. Seetõttu esitleb käesolev lõputöö tipptasemel protokolle privaatsuse säilitamise paralleelarvutustes erinevate graafikuprobleemide jaoks, ühe allika lühima tee, kõigi paaride lühima tee, minimaalse ulatuva puu ja metsa ning algebralise tee arvutamise. Need uued protokollid on üles ehitatud kombinatoorsete ja algebraliste graafikualgoritmide põhjal lisaks SMC protokollidele. Nende protokollide koostamiseks kasutatakse ka ühe käsuga mitut andmeoperatsiooni, et vooru keerukust tõhusalt vähendada. Oleme väljapakutud protokollid juurutanud Sharemind SMC platvormil, kasutades erinevaid graafikuid ja võrgukeskkondi. Selles lõputöös kirjeldatakse uudseid paralleelprotokolle koos nendega seotud algoritmide, tulemuste, kiirendamise, hindamiste ja ulatusliku võrdlusuuringuga. Privaatsust säilitavate ühe allika lühimate teede ja minimaalse ulatusega puuprotokollide tegelike juurutuste tulemused näitavad tõhusat meetodit, mis vähendas tööaega võrreldes varasemate töödega sadu kordi. Lisaks ei ole privaatsust säilitavate kõigi paaride lühima tee protokollide hindamine ja ulatuslik võrdlusuuringud sarnased ühegi varasema tööga. Lisaks pole kunagi varem käsitletud privaatsust säilitavaid metsa ja algebralise tee arvutamise protokolle., Constructing real-world privacy applications based on secure multiparty computation is challenging due to the round complexity of the computation parties of SMC protocol. Due to the novelty of privacy-preserving technologies and the high computational costs associated with these problems, parallel privacy-preserving graph algorithms have not yet been studied. Graph algorithms are the backbone of many applications in computer science, such as navigation systems, community detection, supply chain network, hyperspectral image, and sparse linear solvers. In order to expedite the processing of large private data sets for graphs algorithms and meet high-end computational demands, privacy-preserving parallel algorithms are needed. Therefore, this Thesis presents the state-of-the-art protocols in privacy-preserving parallel computations for different graphs problems, single-source shortest path (SSSP), All-pairs shortest path (APSP), minimum spanning tree (MST) and forest (MSF), and algebraic path computation. These new protocols have been constructed based on combinatorial and algebraic graph algorithms on top of the SMC protocols. Single-instruction-multiple-data (SIMD) operations are also used to build those protocols to reduce the round complexities efficiently. We have implemented the proposed protocols on the Sharemind SMC platform using various graphs and network environments. This Thesis outlines novel parallel protocols with their related algorithms, the results, speed-up, evaluations, and extensive benchmarking. The results of the real implementations of the privacy-preserving single-source shortest paths and minimum spanning tree protocols show an efficient method that reduced the running time hundreds of times compared with previous works. Furthermore, the evaluation and extensive benchmarking of privacy-preserving All-pairs shortest path protocols are not similar to any previous work. Moreover, the privacy-preserving minimum spanning forest and algebraic path computation protocols have never been addressed before., https://www.ester.ee/record=b5558652

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Rinnavähk mõjutab maailmas ∼2.3 miljonit inimest, põhjustades igal aastal peaaegu 700 000 surmajuhtumit. Eestis diagnoositakse igal nädalal keskmiselt 16 uut rinnavähi juhtu ja 5 inimest kaotavad selle vähi tõttu oma elu. Rinnavähk on väga heterogeenne, mis tõttu jagatakse see ravi paremaks planeerimiseks erinevatesse alatüüpidesse. Kolmiknegatiivne rinnavähk (ingl. triple negative breast cancer, TNBC) on kõige agressiivsem alatüüp, mis moodustab kuni 20% kõigist juhtudest. Tavaliselt mõjutab see alla 50-aastaseid naisi, kes ei osale rutiinsel mammograafial; seetõttu on tihti kasvaja diagnoosimise hetkeks jõudnud areneda juba hilisesse staadiumisse. Kolmiknegatiivne tähendab, et see on negatiivne östrogeeni ja progesterooni retseptorite ning inimese epidermaalse kasvufaktori 2 suhtes. Seetõttu on sellel rinnavähi tüübil vähem ravivõimalusi, kui teiste alatüüpide puhul. Keemiaravi ravimid üksinda pole spetsiifilised, mis tähendab, et need mõjutavad vähiravi ajal kogu keha. TNBC muudab organismi enda immuunsüsteemist pärinevad makrofaagid kasvaja poolt spetsiaalseteks makrofaagideks, mida nimetatakse kasvajat toetavateks makrofaagideks, mis aitavad kasvajal kasvada, metastaaseeruda ja kõrvale põigata keha normaalse kaitseliini, T-lümfotsüütide, eest. Selles doktoritöös kõrvaldasime me kasvajat toetavad makrofaagid või muutsime need kasvajavastasteks makrofaagideks ja uurisime, mis mõju see avaldab kasvaja progresseerumisele ja positiivse immuunvastuse aktiveerumisele. Selleks kavandasime ja arendasime välja uued ühendid, mis suunavad ravimid täpselt kasvajat toetavatesse makrofaagidesse, kuna nende küljes on peptiid, mis on spetsiifiline ainult nendele makrofaagidele. Meie peptiidipõhistel ühenditel oli terapeutilise mõju, nad aktiveerisid immuunsüsteemi ning olid ohutumad ja tõhusamad kui tavaline keemiaravi. Tulevikus näeme, et meie välja töötatud peptiid-juhitavaid ühendeid saaks kasutada kombinatsioonis teiste ravimeetoditega selle kliiniliselt raske haiguse ravimiseks., Breast cancer affects ∼2.3 million people world-wide, leading to almost 700 000 deaths each year. In Estonia, on average 16 people are getting a breast cancer diagnosis every week and 5 people die because of it. Breast cancers are very heterogenous and are divided into different subtypes. Triple negative breast cancer (TNBC) is the most aggressive subtype comprising up to 20% of all cases. It usually affects women under 50 years old who do not attend routine mammography; therefore, the tumour is often at a late stage at the time of diagnosis. Triple negative means that it is negative for oestrogen and progesterone receptors and to human epidermal growth factor 2. This results in fewer treatment options than with other breast cancer subtypes, leaving many patients without any good options. Moreover, chemotherapy drugs on their own are not specific, meaning they will affect whole body during cancer treatments. In TNBC, macrophages from the body’s own immune system are converted by tumour into special type of macrophages called pro-tumoural macrophages that help tumours to grow, metastasise and to escape the attack from body’s normal line of defence, T lymphocytes. Here, we eliminated those pro-tumoural macrophages or converted them into anti-tumoural macrophages and studied the effect on tumour progression and the activation of a positive immune response. For that we designed and developed new compounds to precisely guide drugs to pro-tumoural macrophages by coupling the drugs to a guiding peptide. Our peptide-guided therapies led to therapeutic effect, activation of the immune system and were safer and more effective than conventional chemotherapy. For the future we envisage the use of our peptide-guided compounds in combination with other treatments to treat this clinically difficult to manage disease., https://www.ester.ee/record=b5556120

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, „We, europeans are excellent in making science with money. But we are not so good at making money out of science,“ on öelnud Euroopa Komisjoni president Ursula von der Leyen. Oskamatust genereerida kõrgetasemelisest teadusest sisendeid innovatsiooni ja majanduskasvu on juba 1990. aastatel nimetatud Euroopa paradoksiks. See probleem ei kimbuta ainult Euroopat – kõik innovatsiooni väärtustavad riigid seisavad silmitsi väljakutsetega siirata teaduslikku ja tehnoloogilist teadmist kommertsialiseeritavateks toodeteks ja teenusteks. Seetõttu on ülikoolide ja ettevõtete koostöö mitme kümnendi jooksul pakkunud innovatsiooniteadlastele rikkalikku uurimisainest. Käesolev töö annab oma panuse ülikoolide-ettevõtete koostööalasesse teaduskirjandusse, avades seniste uuringutega võrreldes enam mehhanismi, mis kirjeldab potentsiaalselt eduka koostöö eeldusi ning pakkudes välja uue empiiriliselt testitud kontseptuaalse mudeli teadlaste ja ettevõtjate vahelise interaktsiooni uurimiseks. Töö põhineb kolmel uuringul, mis on omavahel sünergiliselt seotud, iga järgneva uuringu lähtekoht kasvas välja eelmise tulemustest. Uuringu objekt on koostööd tegevate ülikooli teadlaste ja ettevõtjate vaheline interaktsioon. Selle analüüsimiseks laenati interaktsioonimudel tunnustatud semiootik Jüri Lotmanilt ning täiendati seda koostöö jaoks oluliste eeldustega: motivatsiooni ning innovatsiooni absorbeerimisevõimekuse kontseptsioonidega. Uuringu tulemusel kerkis esile töö keskne mõiste – (a)sümmeetria. Eelduslikult sujuva koostöö huvides on tarvis, et partnerite sisemine motiveeritus ja absorbeerimisvõimekus oleksid võrreldaval tasemel ehk sümmeetrilised, mis loob tugeva aluse potentsiaalselt sujuvaks koostööks. Juhtudel, kus ettevõtluspartneri innovatsiooni absorbeerimisvõimekus on madalam ehk partnerite koostööeeldustes valitseb asümmeetria, on teadlastel võimalik pakkuda kompensatsioonimehhanismi juhul, kui nad aktiveerivad selleks teadlikult enda kasutusel olevad ressursid. Koostöös ettevõtetega toimib kompensatsioonimehhanismina teadlase kui väravavahi roll, mille eesmärk on soodustada teadmiste siiret. Lisaks on teadlaste avalikku kuvandisse n-ö ühiskondliku ootusena sisse kirjutatud panustamine ühiskonna heaolusse ning sellele ootusele vastamiseks koostöös ettevõtetega on teadlastel võimalik valida pro-sotsiaalne motivatsioon ehk keskenduda iseenda motiveerimisel koostööpartnerile., "We, Europeans are excellent in making science with money. But we are not so good at making money out of science," has said Ursula von der Leyen, President of the European Commission. The difficulty in generating outputs for innovation and economic growth from high-level science has been referred to as the "European paradox" since the 1990s. This problem is not unique to Europe, all countries that value innovation face challenges in managing the transfer of scientific and technological knowledge into commercial products and services. Therefore, collaboration between universities and companies has provided innovation scholars with rich research material for several decades. This thesis contributes to the literature on university-industry collaboration by opening up mechanisms that describe the prerequisites for potentially successful collaboration and proposing a new empirically tested conceptual model for studying the interaction between academic researchers and entrepreneurs. The work is based on three studies, with each subsequent study building on the results of the previous one. The object of the study is the interaction between collaborating university researcher and entrepreneur. To analyse this, the interaction model developed by the recognized semiotician Jüri Lotman was borrowed and supplemented with the important prerequisites for collaboration: motivation and absorptive capacity concepts for innovation. As a result of the study, the central concept of the work emerged - (a)symmetry. To ensure a potentially smooth collaboration, it is necessary for the internal motivation and absorptive capacity of the partners to be symmetrical. The symmetry of collaboration expectations between partners set a strong foundation for potentially smooth collaboration. In cases where the entrepreneurial partner's absorptive capacity for innovation is lower, or where there is asymmetry in collaboration expectations, researchers are able to provide a compensatory mechanism if they activated the resources in their possession. In collaboration with companies, researchers act as gatekeepers to facilitate knowledge transfer. In addition, contributing to societal well-being is a societal expectation that is built into the public image of academic researchers, and in collaboration with companies, they can choose prosocial motivation, focusing on the partner rather than themselves when motivating themselves., https://www.ester.ee/record=b5554597

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Eesti ühines ÜRO lapse õiguste konventsiooniga 1991. aastal, võttes riigina kohustuse kooskõlastada seadused konventsioonis sõnastatud õigustega ja arendada lapse heaolu tagavaid meetmeid. Laste subjektiivse heaolu uuringud on suhteliselt uus teadmusvaldkond, kus laste heaolu käsitletakse lapse õiguste konventsiooni normatiivses raamistikus. Käesolev doktoritöö keskendub laste subjektiivsele heaolule koolis kui laste jaoks olulisele eluvaldkonnale. Uurimuse empiiriliseks aluseks on 8-aastaste laste hinnangud rahvusvahelises laste subjektiivse heaolu uuringus ISCWeB, 12-aastaste laste fookusgrupiintervjuud ja noorte täiskasvanute tagasivaatelised arvamused oma koolielust. Uurimuse teoreetiliseks lähtekohaks on lapsepõlvesotsioloogiline suund sotsioloogias, mille kohaselt laps on aktiivne sotsiaalne tegutseja, kellel on oma vanusele vastav kompetentsus ja usaldusväärsus arvamustes ning hinnangutes. Doktoriuurimuse eesmärgiks oli välja selgitada laste subjektiivset heaolu suurendavad ja kahandavad aspektid lapse õiguste täidetuste raamistikus. Uurimusest selgusid järgmised olulised tulemused: 1. Heaolu on subjektiivselt kõrgem nendel lastel, kelle õigused on paremini täidetud. Selgus, et juba 8-aastased, kes tundsid end kodus ja koolis hoolituna, austatuna ning turvaliselt, olid kõrgema subjektiivse heaolu hinnanguga kui need lapsed, kes end nii ei tundnud. 2. Eesti lapsed on küll tublid PISA testi sooritajad, kuid maade võrdluses ühed kriitilisemad koolikeskkonna suhtes. Teiste riikidega võrreldes langeb Eesti laste koolimeeldivus vanusega enam. Doktoritööst ilmnes, et Eesti koolis jääb vajaka laste arvamusega arvestamise ning koolieluga seotud otsustusprotsessidesse kaasamise praktikast. Suur õppetöökoormus ning akadeemilise edukuse ootus paneb lapsi tundma end „õpimasinana“ ja kahandab nende koolirõõmu. 3. Probleemid seoses kooliga on ajas püsivad, st uurimuses selgusid praeguste ja endiste kooliõpilaste vastustes sarnased jooned. Näiteks koolikiusamine ja vähene abi sel puhul, samuti autoritaarne ja ebaõiglane kohtlemine kahandasid laste ja noorte täiskasvanute (tagasivaatelistes) hinnangutes nende eneseväärikust, õpimotivatsiooni ja kuuluvustunnet koolis. Kokkuvõtvalt näitas doktoritöö, et laste heaolu on tagatud ja nende akadeemiline areng toimub paremini sõbralikus, toetavas ja kaasavas koolikeskkonnas. See aga eeldab täiskasvanutelt/õpetajatelt suuremat laste õiguste teadvustamist ja nendega arvestamist., Estonia joined the UN Convention on the Rights of the Child in 1991, taking the obligation to bring legislation into line with the convention and to develop measures to ensure children’s rights and well-being. Research on children’s subjective well-being is a relatively new field of knowledge where children’s well-being is considered within the normative framework of the Convention on the Rights of the Child. This doctoral thesis focuses on the subjective well-being of children at school as an important setting in the children’s lives. The empirical data of the dissertation is based on the evaluations of 8-year-old children from the International Survey of Children Well-Being (ISCWeB), focus group interviews with 12-year-olds, and retrospective narratives of young adults about their school life. The theoretical starting point of the thesis relies on the approach of childhood sociology, according to which a child is an active social actor with age-appropriate competence and reliability in opinions and assessments. The aim of the doctoral study was to find out the aspects that increase and decrease the subjective well-being of children in the framework of the fulfilment of children’s rights. The findings of the dissertation revealed: 1. Well-being is subjectively higher for those children whose rights are better fulfilled. It turned out that even for 8-year-olds, those who felt cared for, respected and safe at home and school had higher subjective well-being ratings than those who did not feel that way. 2. Children in Estonia score well in the PISA tests, but compared to other countries, they are among the most critical of the school environment. They distinguish from children from many other countries by a sharp decline in school liking with age. This doctoral thesis showed that considering children’s opinions and involving them in school-related decision-making processes is not common practice in Estonian schools. A heavy workload and the expectation of academic success make children feel like “learning machines” and reduce their enjoyment of school. 3. Problems related to school are persistent over time, i.e., the thesis revealed similar features in the answers of current and former school students. For example, bullying at school and lack of help around it, as well as authoritarian and unfair treatment, were essential aspects that reduced children’s self-esteem, learning motivation and sense of belonging at school. In summary, the doctoral thesis indicated that children’s well-being is ensued, and their academic development better occurs in a supportive, cohesive and inclusive school environment. However, this expects adults/teachers to be more aware of and consider children’s rights., https://www.ester.ee/record=b5555195

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Kliima, sademete, õhuniiskuse ja lämmastiku muutus mõjutab metsaökosüsteeme, eriti probleemsed on metsad turbamullal. Puude peenjuured jagatakse imi- ja transpordijuurteks, nende kõrge eripind ja -pikkus aitavad puul paremini ressursse omandada. Töö eesmärk oli analüüsida leht- ja okaspuude peenjuure kohanemist kliima- ja mullaoludega. Selleks hinnati hübriidhaava, hõbekase ja männi juurte süsinikuvooge, juurte ehituste muutlikkust mulla niiskuse ja lämmastiku suurenedes. Kuivendatud metsades uuriti imijuurte ehituse muutumist sõltuvalt kaugusega kraavist, et teha kindlaks kase ja kuuse peenjuurte plastilisemad tunnused. Avaldatud uuringute põhjal analüüsiti ka puude juurte reageerimist mulla soojenemisele. Uuringus ilmnesid mulla süsinikutasakaalu mõjutavad muutused. Kliimakambris vähenes kõrgenenud õhuniiskuse juures transpiratsioon. Männi fotosüntees kiirenes kõrgema õhuniiskuse juures. Maa-all vähendas kõrgem õhuniiskus oluliselt süsiniku vooge, suurenes juure eripind kasel, vähenes männil. Kuivendatud turbametsades kohanesid imijuured mulla seisundiga kasel ja kuusel sarnaselt, kaugusega kraavist suurenes keskmine juure eripind, koe tihedus vähenes. Mulla soojenemine suurendas peenjuurte produktsiooni liigiti erinevalt, vähenes soojendav mõju massile. Mullatemperatuuri tõus suurendab juurte kasvukiirust. Soojemates oludes kasvatavad puud rohkem peenjuurte massi, morfoloogilist plastilisust mõjutatakse vähem. Otstarbekas oleks analüüsida peenjuurte tunnuseid koos mulla mikrobioomidega, eriti juurtega seotud ektomükoriisa seentega ja multifaktoriaalsetes keskkonnatingimustes., Changes in global temperature, precipitation, air humidity, and N deposition pose challenges to forest ecosystems. Of particular concern are peatland forests. Fine roots (, https://www.ester.ee/record=b5555189

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Vaimuhaigused on oma olemuselt heterogeensed häired, mille esinemine sõltub geneetilisest ja keskkonnast tingitud soodumusest. Vaimuhaiguste järkjärgulist avaldumist varjutab tihti loomulik areng, kaasneb ennustamatu kulg, teadmata ravi kõrvaltoimed ning inimese olemust määratleva kõrgema ajutalitluse ja tundeelu märkimisväärne häirumine. Vaimuhaiguste polügeneetilise olemuse tõttu on neid keeruline omavahel eristada, diagnoosida ja õigeaegselt ravida. Vaimuhaiguse varajane avastamine ja asjakohane ravi võimaldab haiguse süvenemist ning sellega kaasuvaid kulusid ennetada. Selleks on vaja leida ja õppida ära kasutama haiguse kulgu kajastavaid bioloogilisi markereid. Neid markereid tuleb otsida nii molekulaarsel, sünapsite, raku, koe, närvivõrkude ja kõrgematel närvisüsteemi tasanditel. Selle hoomamatu ülesande teevad võimalikuks erinevad lihtsustatud mudelid, sealhulgas geneetiliselt muundatud või farmakoloogiliselt manipuleeritud hiiremudelid. Käesolev väitekiri uurib kolme erinevat tahku mudelit: PPARGC1α vahendatud mitokondriaalse energiametabolismi rolli inhibitoorses neurotransmissioonis, metaboolset eelsoodumust psühhoosilaadses seisundis ja neuraalse adhesioonimolekuliperekonna IgLON puudulikust. Nende eri tahku mudelite mõistmine viib meid lähemale vaimuhaiguste paremale mudeldamisele ja võimalike raviteede avastamisele. Töös uuritud kolme mudeli leiud saab kokku võtta järgnevalt. PPARGC1α (PGC1α) üleekspressioonimutant võimaldab meeleoluhäirete mudeldamist. 129Sv hiireliini geneetiline taust lihtsustab psühhoosi mudeldamisel eelsoodumusega populatsioonis. IgLONite avaldumise muster viitab nende potentsiaalile peegeldada ebakorrapärasusi aju arengus ja töös., Mental disorders are inherently heterogeneous conditions arising from various genetic and environmental insults. The gradual manifestation of mental disorder is often overshadowed by natural development; displays an unpredictable course, unknown side effects, and significant disturbances of cognition. The polygenetic nature of mental disorders makes them challenging to distinguish, diagnose and treat on time. Early detection and appropriate treatment of mental disorders are necessary to prevent the progression of symptoms and associated costs. Scientific research prioritises finding early biological markers that reflect the course of these disorders. These markers should be searched for on a molecular, synaptic, cellular, tissue, network and higher-order systems level. Different simplified models, including genetically modified or pharmacologically manipulated rodent models, make this task feasible. The following dissertation examines three simplified models: the role of mitochondrial energy metabolism in inhibitory neurotransmission, metabolic predisposition in psychosis, and the expression pattern of IglON neural cell adhesion molecules. Understanding these models takes us closer to understanding mental disorders and discovering therapeutic opportunities. The findings of these three models can be summarised as follows. PPARGC1α (PGC1α) overexpression mutant displays labile mood phenotype allowing modelling of mood-related disorders. The 129sv mouse strain reflects a predisposed population and simplifies the modelling of psychosis. The expression pattern of IgLONs refers to their potential to reflect irregularities in brain development and maintenance., https://www.ester.ee/record=b5555426

See väitekiri kirjeldab Mesopotaamia kuningate jumalikustamist nende eluajal ja selle nähtuse ajaloolist arengut. Uurimus analüüsib ametlikke narratiive, mis pandi kirja kuninglikesse raidkirjadesse ja poeetilistesse tekstidesse (nn. “kuninglikud hümnid”) nende valitsejate endi eluajal ja esitasid neid kuningaid jumalike olenditena otsesel viisil. Termin “otsene jumalikustamine” viitab teatavate jumalikustamise markerite kasutamisele (nt determinatiivid kuningate nimede ees, tiitlid, epiteedid) ja ka kaudsetele markeritele, mis vihjavad kuninga pühaduse staatusele (peamiselt epiteedid). Käesolev dissertatsioon keskendub u 500-aastasele perioodile (2250–1750 e.m.a.) kui selliseid markereid leidub rohkesti säilinud allikates. Kogutud andmete analüüsiks kasutatakse kahte üksteist täiendavat lähenemist. Esimene lähenemine on kvalitatiivne, mis detailselt analüüsib valitud allikaid (peamiselt luuleteoseid ja kuninglike raidkirjade olulisemaid osi), pöörates tähelepanu tekstide struktuurile, jumalikkuse markerite kasutusele ja nende viidete kontekstidele. Teine lähenemine on kvantitatiivne, mis kasutab jumalikkuse markerite statistilist analüüsi lähtudes tekstide temaatilisest varieeruvusest. Kõik järeldused on tehtud nende kahe lähenemise tulemusi kokku võttes. Allikate temaatilist variatsiooni ja jumalikkuse markerite kasutust analüüsides pakub väitekiri asjaolude rekonstruktsiooni, mis viis kuningate otsese jumalikustamisele muistses Mesopotaamias, samuti arutleb see kuidas jumalikustatud valitseja kuvand arenes uuritava perioodi vältel ja võimalike põhjuste üle, miks kuningad hakkasid vältima enesele otsese jumalikkuse omistamist alates 18. sajandist e.m.a. oma kuninglikes kirjutistes., This dissertation describes the development of the historical phenomenon of the explicit deification of the Mesopotamian kings during their lifetime. The study discusses the official narratives reflected in the royal inscriptions and poetic compositions (hymns) written during the reigns of the respective kings and representing these rulers as divine beings in an explicit manner. The term “explicit deification” refers to the usages of certain direct markers of divinity (e.g. determinatives in front of the royal names, titles, and epithets) and the indirect markers indicating sacred status of the kings (mostly epithets). This dissertation focusses on the period of ca. 500 years (2250–1750 BCE), when such markers were abundant in the available sources. Two different approaches are used to analyze the assembled data. The first approach is qualitative, which engages into detailed analysis of selected sources (mostly poetic compositions and important segments of royal inscriptions) with attention to the texts’ structure, usage of divinity markers, and the context of these references. The second approach is quantitative, which employs statistical analysis of the divinity markers according to thematic variety of texts. All conclusions are drawn based on the combined results of these two approaches. Through the analyses of the thematic variety of the sources and the usage of divinity markers, this dissertation offers a reconstruction of the circumstances that led to the first explicit deification of kings in ancient Mesopotamia; it also discusses how the image of a deified king developed through the period under scrutiny and the possible reasons for kings to avoid claiming explicit divinity to themselves from the 18th century BCE onwards in their royal writings., https://www.ester.ee/record=b5551893

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Puhas vesi on eluks vajalik kõikidele elusolenditele, kuid inimtegevuse ja kliimamuutuste mõjul on paljudes piirkondades veekvaliteet halvenenud. Veekogude seisundi hindamiseks ja vajalike meetmete kasutusele võtmiseks, on tarvis neid seirata. Aastakümneid on tehtud kontaktmõõtmisi, kuid need on ajakulukad ja kallid ning nendega on keeruline jälgida kiireid muutusi suurtel aladel. Viimastel aastakümnetel on kasutusele võetud kaugseire meetodid, mis võimaldavad neid puudujääke täita. Selleks, et mõista mida kaugseire instrument mõõdab on vaja teada parameetreid, mis kaugseire signaali ja selle interpreteerimist mõjutavad. Üheks selliseks aineks on heljum. Heljum koosneb veemassis hõljuvatest mineraalsetest (setted) ja orgaanilistest osakestest ja see jõuab veemassi looduslike protsesside (lainetus, erosioon, jõgede transport) ja inimtegevuse (traalimine, süvendamine, ehitamine) tagajärjel. Kõrge heljumi sisaldus veemassis muudab vee häguseks, mõjutades valguse jõudmist sügavamatesse veekihtidesse, mis omakorda halvendab vee, kui elukeskkonna seisundit. Heljum võib sisaldada kahjulikke aineid, nagu orgaanilised saasteained ja raskemetallid. Seetõttu uurisime Portmani lahes (Vahemere üks reostatumaid alasid), Lõuna-Hispaanias põhjasetteid, milles on kõrge raskemetallide sisaldus, ning kuidas need setted jõuavad veesambasse traalimise mõjul. Suured osakesed settisid kiiresti. Väikesed osakesed, millega liitusid raskemetallid, jäid veemassi pikemaks ajaks. Seetõttu raskemetallide sisaldus vees tõusis. Eesti rannikualadel uuriti heljumi optilisi omadusi (valguse neeldumist, hajumist, tagasihajumise/hajumise suhet). Leiti, et tagasihajumise/hajumise suhe, mida kasutatakse bio-optilistes kaugseire algoritmides konstandina on tegelikult väga muutlik ning sõltub hetke tingimustest (vetikaõitseng, torm). Sellist varieeruvust täheldati ka muude optiliste omadustega seoses. Leiti, et väga väikese soolsuse ja vähese orgaanika sisaldusega Pärnu lahes agregeerisid väikesed tormi mõjul veemassi keerutatud osakesed suuremateks osakesteks (> 30 μm) mõjutades vee optilisi omadusi ning seega ka kaugseire signaali., Clean water is necessary for all living organisms, but human activities and climate change have deteriorated water quality in many regions. It is important to monitor water bodies to take the necessary measures. Conventional contact measurements have been carried out for decades. However, they are time-consuming and expensive and can cover only a small number of water bodies. This is insufficient as changes in waterbodies are often rapid and occur over large areas. Remote sensing methods have been introduced to fill these gaps in temporal and spatial coverage. On the other hand, there is a need to study parameters that impact the formation of water-leaving signal in order to increase the accuracy of remote sensing products. One such substance that requires further investigation is suspended particulate matter. It consists of mineral and organic particles suspended in the water column due to natural processes (waves, erosion, river transport) and human activities (trawling, dredging, construction). The high content of suspended particles increases the water turbidity, consequently reducing the light availability. In turn, this worsens aquatic organisms' living conditions and alters physical processes (like radiative heating) in the water environment. Suspended particles can contain harmful substances such as organic pollutants and heavy metals. We studied the behaviour of heavy metal-rich sediments in Portman Bay (one of the most polluted areas of the Mediterranean), in southern Spain, after trawling the sea bottom. Coarse and heavy particles and flocs settled quickly. Fine particles remained in suspension for a longer time. Therefore, the content of heavy metals in the water increased. From an optical point of view, the suspended particles mainly scatter light. The optical properties of suspended particles (light absorption, scattering, backscattering/scattering ratio) were studied in several Estonian coastal areas. The backscattering ratio, which is used as a constant in bio-optical remote sensing algorithms, was highly variable, depending on the conditions (algal bloom, storm). Such variability was also observed for other optical properties. It was found that small particles resuspended by a storm aggregated into larger flocs (> 30 μm), affecting the particles' optical properties in the Pärnu Bay, which has very low salinity and little organic content. This study shows that using an assumption that the backscattering ratio is a fixed constant reduces the accuracy of remote sensing products., https://www.ester.ee/record=b5553931

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Georadar on geofüüsikaline seade, mis võimaldab uurida pinnast kaudselt. Maapinda suunatud ja erinevatelt pindadelt tagasipeegeldunud signaalidest koostab radar pidevad läbilõiked (pildid). Koos paljanditest ja puursüdamikest saadud otseste vaatlusandmetega aitavad radaripildid täiendada meie ettekujutust maapõuest. Doktoritöö selgitab georadari potentsiaali erinevates settekeskkondades ning teeb ettepanekuid seadme laialdasemaks kasutamiseks. Autori kogemustele ja kirjandusallikatele tuginedes on soovitatav georadarit tarvitada geoloogilisel kaardistamisel ja maavarauuringutel. Seade aitab piiritleda turba, liiva, kruusa, moreeni ja lubjakivi levikut ning kirjeldada mitmesuguseid rikkestruktuure. Samuti on võimalik täpsustada maavarade levikut, mahtu ja kvaliteeti. Keerulisema maapõueehituse korral saab georadariga optimeerida puurimiskulusid ning suurendada kaevandamistulusid. Doktoritöö annab ülevaate Eesti radariuuringutest. Töö aluseks oleva nelja uuringu andmed on avalikustatud Maa-ameti geoportaalis. Lähiaastatel plaanib Maa-amet võtta kasutusele riikliku kaardistusplatvormi Geo3D, mille maapõuemudelisse on oodatud kõikide radariuuringute info. Suurema ühtlustatud andmekogumiga saaks arendada masinõpet, mis aitaks säästa radaripiltide tõlgendamisele kuluvat aega. Piltidel tuvastatud objektid koos muude Geo3D avaandmetega on väärtuslikuks sisendiks järgnevatele pinnaseuuringutele., Ground-penetrating radar is a geophysical device for indirect subsurface studies. Signals transmitted into the ground, and reflected back from different surfaces, allow the construction of continuous cross-sections (radar images). Hence the geological realm, generally known from the boreholes and outcrops, obtains a more consistent perception. The thesis specifies the radar potential in various depositional environments and provides recommendations for its additional applications. Based on the author's experiences and examined references, more intensive radar usage is promoted in two fields – geological mapping and mineral resource estimations. The method can successfully reveal the distribution of peat, sand, gravel, till, carbonate rocks, as well as various deformation structures. Similarly, the tool enables to adjust the mineral resource's spatial extent, quality, and quantity. In more complicated circumstances, the exploration costs can be decreased, whereas the extraction profits may increase with radar engagement. The thesis gives an overview of the Estonian radar surveys. The results of the four case studies are shown in the Estonian Land Board's geoportal. In the coming years, the Land Board will launch the new mapping environment Geo3D. All the radar interpretations are welcome to the Geo3D subsurface module. Larger standardised datasets allow developing machine learning procedures, thus reduce analysis time. Objects identified in the radar images along with other Geo3D open data become valuable inputs for the subsequent geological explorations., https://www.ester.ee/record=b5551900

Igaühel, kes on õppinud Eesti ajalugu, on vähemalt mingisugune ettekujutus nii baltisaksa aadlist kui ka ajast, mil tänapäevase Eesti territoorium kuulus Rootsi riigi koosseisu. Väljend „vana hea Rootsi aeg“ on enamikele tuttav, isegi kui ei olda päris kindlad, et milles siis ikkagi see Rootsi aja headus seisnes. Samamoodi kangastub hõlpsasti kujutelm julmast ja ahnest mõisnikust, kes üksnes enda kitsaste erahuvide eest seisis. Seadsin enda doktoritöös eesmärgiks pakkuda täiendavaid tõlgendusi Rootsi riigivõimu ja baltisaksa aadli püüdlustele ja hoiakutele. Keskendusin Rootsi riigi koosseisu kuulunud Liivimaale (tänapäevase Lõuna-Eesti ja Põhja-Läti aladel asunud haldusüksus) aastatel 1634—1680. Kõnealusel ajavahemikul kasvas Liivimaal märgatavalt kohaliku aadli mõjuvõim ning kujunes välja aadli hallatud institutsioonide võrgustik, mis moodustas mitmes mõttes paralleelse haldusstruktuuri riikliku oma kõrval. Soovisin töös muu hulgas teada saada, miks lasi Rootsi riigivõim sellisel olukorral tekkida ning mida üritasid Liivimaa aadlikud tugevnenud positsiooni abil saavutada. Jõudsin järeldusele, et kirjeldatud arenguid tõukas suuresti tagant vastastikuse kasu ootus. Rootsi riigivõim lootis Liivimaa aadlile järeleandmisi tehes hankida neilt vastutasuks täiendavaid ressursse ning kindlustada kohaliku aadli lojaalsus Rootsi riigi ees. Töös ilmnes, et peale maksude kogumise ja Liivimaa kaitsmise jagus riigivõimul vähe võimekust muude teemadega tegelemiseks. Olgugi et probleeme oli maal lokkava vägivalla, teede seisukorra, kohtute efektiivsuse ja palju muuga, näitasid riigivõimu esindajad üles vähest initsiatiivi nendega tegelemiseks. Siin astus mängu kohalik aadel, kes soovis vastutasuks ressursside loovutamise eest riigivõimu luba maad vaevanud probleeme lahendada. Selleks tehti riigivõimule ettepanekuid kõikvõimalike korralduste väljaandmiseks ning uute institutsioonide asutamiseks, kusjuures loodud ametikohad olid enamasti tasustamata. Kokkuvõtteks võib öelda, et kirjeldatud vastastikuse kasu ootus suuresti realiseerus – aadel üldjuhul nõustus riigivõimu nõudmistega ning sai vastutasuks kujundada kohalikku haldust neile sobivas suunas., Anyone that has studied Estonian history has at least some sort of a perception of both the Baltic German nobility and the time period when the territory of modern-day Estonia was a part of the Swedish empire. The expression “good old Swedish time” is well known to most Estonians, even if one is not entirely certain of what is meant by the expression. Similarly, the stereotype of a cruel and greedy landlord who only seeks personal gain is a familiar one. The goal of my dissertation was to offer additional interpretations about the aspirations and attitudes of the Swedish state authorities and the Baltic German nobility. I focused on Swedish Livland (an administrative unit on the territory of modern-day Southern-Estonia and Northern-Latvia) in the years 1634 to 1680. During this time there was a significant increase in the influence of the Livonian nobility and a network of institutions run by the local nobility developed in Livland, which in many respects formed a parallel governance structure to that of the state. Among other things, I wanted to find out why the Swedish state authorities allowed these developments to occur and what was the Livonian nobility trying to achieve with the help of their strengthened position. I reached the conclusion that the aforementioned developments were largely influenced by the expectation of mutual benefits. Swedish state authorities hoped that in return for certain favours, they could acquire additional resources from the Livonian nobility and affirm their allegiance to the Swedish crown. It became evident that besides collecting taxes and protecting the province, the state had very limited capacities to deal with other issues. Although there were problems with public violence, conditions of roads and bridges, efficiency of the courts and many other issues, the representatives of the state showed little initiative to deal with them. Here, the local nobility stepped in. In return for giving up resources, the Livonian nobility sought the permission of the state to deal with the issues troubling the land. For this end, proposals were made to state officials for the issuing of regulations and the founding of new institutions, the offices of which were in most cases without any kind of remuneration. To conclude, it can be said that the expectation of mutual benefits was largely met for both sides – the nobility generally acceded to the demands of the state and in return had the opportunity to influence local governance in a way that was suitable to them., https://www.ester.ee/record=b5553406

Doktoritöö fookuses on lugemisprotsess ja lugeja loominguline panus teose aja tõlgendamisel. Lähenen lugemisprotsessile kui kihilisele kogemusele, milles loetavat kogetakse nii füüsilise teksti kujul kui ka kujuteldavate sündmuste ja tegelaste kaudu. Kuna füüsilisel kujul on loo sisu tekstina kirjas, võib öelda, et teose sündmused on nii ruumiliselt kui ka füüsiliselt kohal juba enne lugemisprotsessi algust. Sündmused püsivad paigal, kuni lugeja teose avab ning loob staatilisest tekstist dünaamilise ja elava loomaailma. Teose ajalist struktuuri saab mõista teksti- ja looaja kaudu. Looaeg viitab sündmuste jadale loomaailma sees, ajale, mida kogevad teose tegelased. Tekst kui füüsiline objekt aga looaega ei esita. Tekst esitab fikseeritud narratiivi, kus sündmuste ajaline jada püsib muutumatuna. Samas looaeg, mille järgi kujuteldavas maailmas sündmused kulgevad, on palju paindlikum kategooria. Looaeg kulgeb dünaamiliselt, kujunedes lugeja ja teksti koosmõjul ning lähtudes kujunemisprotsessis lugeja tekstitõlgendusest. Doktoritöö teoreetiline raamistik põhineb fenomenoloogial, retseptsiooniteooriatel, ajafilosoofial ja narratiiviuuringutel. Erinevate lähenemisviiside kombineerimisel moodustub analüütiline tööriist, mis võimaldab uurida teose looaega, lähtudes lugeja tekstiaja tõlgendusest. Arutlemaks individuaalsete lugejate loodud looaja vormide üle, uurin tekstielemente, millel on looaja kujunemisele kõige suurem mõju. Olen analüüsiks valinud postmodernistlikud romaanid, mille tekstiajad on mõneti mitmetähenduslikud. Lähilugemise kaudu uurin valitud romaanide ajalisust ning seda, kuidas tekstid mõjutavad lugejaid lineaarse looaja loomisel, millised tekstielemendid soodustavad ning millised segavad ja takistavad looaja kujunemise protsessi. Doktoritöö põhieesmärk on mõista, kuidas lugeja ja teksti vahelise kommunikatsiooni kaudu moodustub loomaailm – tegelaste ja sündmuste tervikpilt, mille paneb kokku lugeja lugemisprotsessi vältel., The process of reading operates on multiple experiential levels: the experience of physical text, of words that can be read, as well as of fictional events within immersive storyworlds. The events of the novel are spatially and physically present before the beginning of our reading process. Each word and character is in its place before the reader begins her journey through the storyworld as the structure of the narrative is inscribed within the physical book. Before the reading process, the temporality of the novel is static, events stay still until the reader actualizes the narrative. When the reader enters the world of the novel, she will produce a temporalized story from the static text. Rooted in the traditions of phenomenology, reader-response theories, analytical philosophy, and narratology, the project focuses on studying narrative time through the perspective of the reader. The dissertation is devoted to identifying the ways in which readers collaborate with the text to produce story time. Story time refers to the sequence of events within the storyworld, the time period that is represented by narrative content, as if experienced by the characters. Since the organization of narrative of most novels does not consist of a real-time unfolding of events, the structure of story time is often distinct from the structure of narrative discourse. While I consider narrative discourse to be a fixed aspect of text, story time is a more fluid category. Guided by the form and content of the narrative, story time is ultimately shaped by the reader’s interpretation of narrative discourse. The fictional worlds that unravel in the reading process require an active reader who is ready to engage with the narrative in order to assemble stories. Through a close reading of postmodern novels, I study the temporalizing act of producing story time that the reader performs while reading literature. In order to discuss the different shapes story time may take in individual readers’ interpretations, I examine which textual elements have the greatest effect on the production of story time. Thus, the main objective of this dissertation is to understand how the intimate communication between reader and text produces stories – collections of characters and events that are shaped into a specific timeline of activities and processes that gradually unfold during the reading process., https://www.ester.ee/record=b5552639

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Endometrioos on sage günekoloogiline haigus, mis esineb kuni 10% viljakas eas naistest. Haigust iseloomustavad väljaspool emakat kasvavad endomeetriumi ehk emaka sisemise limaskesta kolded, mis tekitavad patsientidel kroonilist kõhuvalu ja sageli ka viljatust. Kasutusel olevad endometrioosi ravi- ja diagnostikavõimalused on piiratud. Tihti ei oma farmakoloogiline ravi pikaajalist efekti ning süsteemse manustamise tõttu põhjustab see kõrvaltoimeid. Seetõttu on vajalik uute endometrioosi ravistrateegiate väljatöötamine. Paljud potentsiaalsed ravi-sihtmärgid asuvad aga tegelikkuses haiguskoldes rakkude sees. Seetõttu on mitmete haiguste puhul suurimaks väljakutseks see, et ravimid peavad kohale jõudma oma rakusiseste sihtmärk-molekulideni. Sellest tulenevalt oli antud töö eesmärgiks välja töötada või uuskasutada peptiididel põhinevaid ravimkandjaid nanomeditsiini rakenduste jaoks, keskendudes põhiliselt endometrioosile. Alustuseks kasutati geeniekspressiooni reguleerivate lühikeste interfereeruvate RNAde (siRNA) transpordiks rakku sisenevaid peptiide ehk süstikpeptiide. Esmalt disainiti seeria uusi peptiide, mis reageerivad keskkonna füüsilistele parameetritele ja suudavad efektiivselt siRNAd rakkudesse sisse viia nii in vitro kui ka in vivo tingimustes. Teiseks testiti süstikpeptiid/siRNA nanopartiklite ravimpotentsiaali vähi ja endometrioosi eelkliinilistes rakukultuuri mudelites. Olenemata süstikpeptiidide kõrgest rakku sisenemise efektiivsusest ei oma nad koespetsiifilisust ja see võib süsteemse in vivo manustamise korral viia ravimite ebaspetsiifilise tervetesse kudedesse akumuleerumiseni. Seega uuriti viimase töö sammuna sihtmärk-kude spetsiifiliselt äratundvate peptiidide ehk kullerpeptiidide kasutusvõimalusi. Kõige edukamaks peptiidiks endometrioosi puhul osutus PL1 kullerpeptiid, millega kaetud hõbe-nanopartiklid näitasid spetsiifilist kuhjumist 2D ja 3D rakukultuurides ja seondumist kliinilistele endometrioosi koeproovidele. Kokkuvõtvalt näitasid antud doktoritöö tulemused süstikpeptiid/siRNA nanopartiklite abil kahe haiguskudede kasvu ja progresseerumist mõjutava geeni mahasurumise sobivust endometrioosi raviks. Kombineerides nanopartikleid hormonaalse ravimiga, suurenes raviefekt veelgi. Lisaks eelnevale näitasid PL1-kaetud nanopartiklid suurt potentsiaali endometrioosi koespetsiifiliste ravimite ja diagnostikameetodite väljatöötamiseks. Kõike arvesse võttes pakuvad käesoleva doktoritöö tulemused välja mitu siirdemeditsiinilise väärtusega peptiididel põhinevat nanomeditsiini rakendust endometrioosi raviks., Endometriosis is a frequent gynecological disease that influences up to 10% of women in reproductive age. The disorder is defined by the presence of uterus inner mucosal layer, endometrium, tissue outside the uterine cavity. The symptoms include chronic pelvic pain and often infertility. The current diagnostic and therapeutic strategies for endometriosis are limited. The treatment often lacks long-term efficacy and causes adverse effects due to systemic administration of pharmaceutics. Therefore, novel treatment strategies for endometriosis are needed. Many highly potential therapeutic targets are in fact located inside the diseased cells. Thus, the biggest challenge for successful treatment of various conditions is that the therapeutic candidates have to reach their intracellular target molecules at the intended target sites. Hence, the objective of this study was to develop or repurpose peptide-based drug carriers for nanomedical applications mainly focusing on endometriosis. To start with, highly potent drug delivery vehicles, cell-penetrating peptides (CPPs) were used as short interfering RNA (siRNA) carriers that aim to adjust the therapeutic gene expression levels. First, a series of peptides was designed that display adaptive response to the physical environment and are highly efficient in transporting siRNA into cells both in vitro and in vivo. Second, the therapeutic potential of CPP/siRNA nanoparticles was investigated in cancer and endometriosis preclinical cell culture models. Despite being very efficient in cellular internalization, most CPPs are not tissue specific and might lead to unspecific accumulation of therapeutics in healthy organs when administered in vivo. Thus, as a final step, a series of specific tissue targeting peptides was investigated. PL1 homing peptide proved to be most successful candidate for endometriosis targeting. Silver nanoparticles functionalized with synthetic PL1 peptide showed specific accumulation to 2D and 3D cell cultures and clinical endometriosis tissue samples. In conclusion, the results of this thesis proved the relevance of downregulating two genes related to growth and progression by CPP/siRNA nanoparticles for endometriosis treatment. Therapeutic effects were enhanced by the combination of nanoparticles with a hormonal drug. In addition, PL1-guided nanoparticles showed high potential in precision diagnosis and tissue specific therapy of endometriosis. All in all, the findings of this thesis propose several peptide-based nanomedical applications for the treatment of endometriosis that suggest translational relevance., https://www.ester.ee/record=b5550617

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Tume elurikkus – elupaigast puuduvad, kuid sinna sobivad liigid – on oluline mõistmaks, kuidas piirkonna elustik kujuneb. Tume elurikkus on vaadeldud elurikkuse vastaspool, mõlemad koos moodustavad elupaiga liigifondi ehk kõikide sobivate liikide nimekirja. Kuigi on teada, et globaalmuutused mõjutavad eluskooslusi nii ruumis kui ajas, ei ole varem otseselt käsitletud, kuidas tumeda elurikkuse kontseptsioon aitab uurida bioloogilise mitmekesisuse muutuseid antropotseenis ning tõhustada looduskaitset. Oma doktoritöös arendasin teoreetilist raamistikku, kuidas liikide saabumine ja kadumine võib toimuda nii ühe liigifondi piires kui ka nende vahel. Uurides tumeda elurikkuse muutusi tuhandete aastate jooksul sai edukalt eristada taimetaksoneid, mille levila laieneb viivitusega: liigid suudaks muutunud tingimustes elada, kuid on veel pikka aega puudu. Liikide tunnuste analüüs näitas, et holotseeni ajal tumedasse elurikkusesse kuulunud ja seega ka levimisviivitusega taksonid olid omavahel suhteliselt sarnase ehituse ja elukäiguga. Tumeda elurikkuse taksoneid iseloomustas kiire elustrateegia (madal levimissvõime ja stressitaluvus). Lisaks leidsin, et tumedat elurikkust ja liikide omadusi saab kasutada keskkonnatundlike organismide (nt samblike) looduskaitse tõhustamisel, selgitades, millised liigid ja tunnused on väljasuremisohus ja milliseid saaks kasutada taastamises. Kokkuvõtteks, tume elurikkus on rakendatav erinevate taksonoomiliste rühmade, ajaperioodide ja globaalmuutuste tegurite korral, näitamaks, kui palju, kui kiiresti ja mis suunas muutuvad vaadeldud elurikkus ja liigifond. Tumeda elurikkuse kontseptsioon on seega paljutõotav lähenemine bioloogilise mitmekesisuse uurimiseks muutuvas maailmas., Dark diversity - the set of suitable but locally absent species - is an important concept to understand how ecological communities are assembled from regional to local scales. Dark diversity is the counterpart of observed diversity, which together form site-specific species pool. However, given that global change drivers affect community assembly processes across space and time, prior to this thesis no studies had explored how dark diversity could be useful to examine biodiversity dynamics in Anthropocene. Dark diversity may improve how we quantify and assess biodiversity change, and, consequently, enhance nature conservation. In this thesis, I advanced the role of dark diversity as a tool to examine biodiversity change by developing a conceptual framework in which species gains and losses are decomposed within and between species pools, revealing different biodiversity flows with possible time lags. Over millennial temporal scales, the dark diversity concept successfully depicted plant taxa facing expansion lags in their geographic range; species becoming suitable for changed environments but remaining absent. Functional traits revealed that taxa persisting in dark diversity over the Holocene and, thereby, in expansion lags, were those displaying high functional redundancy, and fast-life history trait strategies (linked to low dispersal ability and high stress intolerance). Moreover, I propose that dark diversity and functional traits can be used to enhance the nature conservation of warming sensitive organisms (e.g. lichens) by revealing which species and traits are mostly threatened to go regionally extinct or could be used in restoration. To conclude, with this thesis, I suggest that, since dark diversity is applicable to any taxonomic group, time period and global change driver, revealing how much, how fast and in what direction the whole species pool is changing, it is a promising approach to examine biodiversity in a changing world., https://www.ester.ee/record=b5552619

Doktoritöös keskendutakse neljale Kuramaa liivi keeles sagedasti kasutatud asesõnade rühmale, milleks on isikulised asesõnad (nt minā, ma ‘mina, ma’), näitavad asesõnad (nt se ‘see’ ja tūo ‘too’), näitavad aseomadussõnad (nt seļļi ‘selline’) ja asemäärsõnad, mida saab omakorda jagada kohamäärsõnadeks (nt täsā, täs ‘siin’), viisimäärsõnadeks (nt ne’i ‘nii’) ja ajamäärsõnadeks (nt si’z ‘siis’). Kuramaa liivi keele provormid on nii morfoloogia kui ka kasutuse poolest mitmekesised: isikuliste asesõnade ja kohamäärsõnade hulgast leiab kas tüve või käänelõpu poolest pikki kui ka lühikesi vorme ning kohamäärsõnade puhul võib ühele tähendusele vastata ka mitu eritüvelist vormi, näiteks tähendusele ‘siin’ võivad Kuramaa liivi keeles vasteks olla nii vormid täsā, täs kui ka sī’ḑš, sī’ḑ, sīn. Provormide täpsema kasutuse uurimiseks on töös koostatud kaks korpust kuue emakeelse kõneleja spontaanse keele salvestistest Tartu Ülikooli eesti murrete ja sugulaskeelte arhiivis. Salvestised on tehtud aastatel 1986–2012. Doktoritöös keskenduti kuuele uurimisküsimusele provormide morfoloogilise mitmekesisuse, pikkade ja lühikeste vormide ilmnemise ja nende kasutuserinevuste kohta; uuriti, kas ja kuidas erineb tänapäevane provormide kasutus varasemates allikates kirjeldatust; kas grammatikate põhjal kadumas olev asesõna tūo esineb suulises keeles veel iseseisvas kasutuses ning milliseid erinevaid semantilis-pragmaatilisi kasutusfunktsioone provormidel on. Ilmnes, et suulise keele materjalis leidus ka seni kirjeldamata vorme, enim just isikuliste ja näitavate asesõnade nimetavas käändes, samuti on nominatiivis enamik pikki vorme sagedamini rõhutatud ning neid kasutatakse kontrastiivses, individuaalsust rõhutavas või narratiivses kontekstis. Kaugemat viidet märkiv asesõna tūo esines andmestikus ka iseseisvas kasutuses, kuigi sellest leidus materjalis siiski vaid üksikuid näiteid. Lisaks sõnaraamatutes kirjeldatud põhitähendustele oli provormidel materjalis mitmeid erinevaid semantilis-pragmaatilisi funktsioone, märkides muuhulgas näiteks äratuntavust või olles kasutusel ka partiklitena., The dissertation is focused on the four frequently used groups of pro-forms in Courland Livonian: personal pronouns (e.g., minā, ma ‘I’), demonstrative pronouns (e.g., se ‘this’ and tūo ‘that’), demonstrative proadjectives (e.g., seļļi ‘such’) and proadverbs which can be divided into locational proadverbs (e.g., täsā, täs ‘here’), manner-indicating proadverbs (e.g., ne’i ‘so’), and temporal proadverbs (e.g., si’z ‘then’). The use of them is diverse: for example, many personal pronoun forms show both long and short forms according to the stem or the case ending, and among locational proadverbs one meaning can have several equivalents of different stems, e.g., the meaning ‘here’ may be expressed with the forms täsā or täs, but also with sī’ḑš, sī’ḑ or sīn. For researching the pro-forms in more detail, two corpora of spontaneous language recordings with six native speakers were compiled. The recordings are taken from the University of Tartu Archive of Estonian Dialects and Kindred Languages and were made in 1986–2012. In the dissertation, there were six research questions about the diversity of the inflectional forms, the variety of long and short forms and their use differences; it was studied if the pro-forms in nowadays spoken language differ from these mentioned in earlier sources; if the distal demonstrative pronoun tūo said to be disappearing would occur; and which semantic-pragmatic functions do pro-forms show. It appeared that in the data there were also some this far undescribed forms, especially in the nominative case of personal and demonstrative pronouns. Also, in nominative, most of the personal pronouns were more often stressed and appeared in the context of marking the referent’s individuality or of contrasting or narrating. The pronoun tūo appeared in the data, although the examples of it were rare. In addition to the main meanings described in earlier grammars and dictionaries, the pro-forms showed several different semantic-pragmatic functions in the data, e.g., marking recognition or being used as particles., https://www.ester.ee/record=b5550304

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Hiirte geneetiline ülesehitus ühtib suuresti inimesega ning seetõttu on nad asendamatud mudelorganismid nii ravimitööstuses kui ka meditsiinilistes alusteadustes. Hiiri kasutatakse laialdaselt inimeste haiguste modelleerimiseks, et mõista haiguste algpõhjusi ja olemust. Kuid ka ravimite väljatöötamisel nende efektiivsuse ja ohutuse hindamisel. Teaduslaborites kasutatavates hiireliinides on alleelid reeglina homosügootses olekus. Selline geneetiline homogeensus vähendab tulemuste varieeruvust ja hõlbustab uuringute läbiviimist. Samas põhjustab see ka igale hiireliinile unikaalse fenotüübi tekke, mis mõjutab katsetulemusi. Eksperimentide planeerimisel on oluline valida katse eesmärkide jaoks sobilik hiireliin ning sellest lähtuvalt on oluline põhjalikult kaardistada hiireliinide funktsionaalseid erinevusi. Käesoleva doktoritöö eesmärk oli võrrelda kahte hiireliini, Bl6 ja 129Sv, pöörates erilist tähelepanu põletikule ja metaboolse sündroomi tekkele. Meie tulemused näitavad, et Bl6 hiired tulevad paremini toime nii põletiku kui kõrge rasvasisaldusega dieedi põhjustatud negatiivsete mõjudega. Seevastu 129Sv hiired on tundlikumad immuunaktivatsioonile ning suurema vastuvõtlikkusega metaboolse sündroomi tekkele, mis on mõlemad psühhiaatriliste häirete olulised tunnused. Kokkuvõttes võib väita, et Bl6 hiired sobivad paremini agressiivsuse ja sõltuvuskäitumise uurimiseks, seevastu 129Sv hiired sobivad paremini raskemate psühhiaatriliste häiretega seotud endofenotüüpide modelleerimiseks., The genetic makeup of mice largely corresponds to that of humans, which is why they are irreplaceable model organisms in both the pharmaceutical industry and biomedical research. Mice are often used as model organisms for human diseases to understand the causes and nature of disease. But they are also used in drug development for efficacy and safety testing. Mouse lines used in research laboratories are genetically homogeneous. Such genetic homogeneity reduces variability of results and facilitates experimentation. However, different inbred lines carry different fixed alleles and therefore exhibit different phenotypic characteristics, which affects experimental results. Choosing the right inbred strain for a particular experiment is an important consideration when working with laboratory mice and thus it is important to thoroughly map the functional differences between mouse lines. In this dissertation, two mouse lines, Bl6 and 129Sv, were compared with particular emphasis on inflammation and metabolic syndrome. Our results show that Bl6 mice are better able to cope with the negative effects of inflammation and a high-fat diet. In contrast, 129Sv mice are more sensitive to immune activation and more susceptible to metabolic syndrome, both important features of psychiatric disorders. In summary, Bl6 mice are better suited for studying aggressiveness and addictive behaviors, whereas 129Sv mice are better suited for modeling endophenotypes associated with more severe psychiatric disorders., https://www.ester.ee/record=b5549567

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Kliimamuutuste ja ulatusliku globaalse kaubanduse tagajärjel on Euroopas üha enam probleeme invasiivsete haigustekitajatega. Invasiivsetest seenhaigustest olulisimat kahju on põhjustanud saaresurma tekitav Hymenoscyphus fraxineus, kes on Kaug-Ida päritolu ja oma looduslikus levilas mandžuuria saarel (Fraxineus mandshurica) tagasihoidlik lehtede patogeen. Euroopas on aga seen ohtlik, vaid 5% siinsetest puudest on haigusele resistentsed. Doktoritöös selgus, et H. fraxineus osakaal saare lehtedes muutub kogu kasvuperioodi jooksul ja on suurim kasvuperioodi lõpus sügisel, kui saarelehtede kaitsevõime on madal. Euroopas samuti saare lehtedel elav lagundajaseen Hymenoscyphus albidus on ohutu saare lehtedele, kuid selle liigi arvukus on agressiivse võõrliigi H. fraxineus tõttu vähenenud. Siiski selgus, et ka H. albidus on võimeline sügisel kahjustama saare lehti. Olulise tulemusena leiti invasiivset seenpatogeeni H. Fraxineus 1978. ja 1992. aasta Tallinna botaanikaaia võõramaiste saareliikide herbaareksemplaridelt, mis näitab, et liik oli Euroopas olemas vähemalt 14 aastat enne oluliste kahjustuste ilmnemist Poolas ja Leedus ning 19 aastat enne seene senist esmaleidu Eestis. Erinevate seenpatogeenid kahjustavad ka harilikku mändi (Pinus sylvestris). Olulisemateks männiokkas elavateks haigustekitajateks on punavöötaudi tekitaja (Dothistroma septosporum) ja männi-pudetõve tekitaja (Lophodermium seditiosum). Uurides selgus, et punavöötaudi tekitaja osakaal on suurim suvel võrreldes kevadel ja sügisel kogutud okastega. See kinnitab, et liigi eosed levivad alates kevadest ja tõrjuda saab haigustekitajat ennetavalt samuti alates kevadest. Männi-pudetõbe esines okastes vähe, kuna polnud liigi puhanguaastat. Kumbki patogeen seente liigirikkust okastes oluliselt ei mõjutanud, kuid üllatuslikult mõjutas okkal elav seen Lophodermium conigenum okastes elavate seente liigirikkust. Seose olulisus männiokaste seeneelustikus vajab edasisi uuringuid. Doktoritöö tulemused kinnitavad, et erinevate haigustekitajate tõrjel ning seire metoodikate arendamisel tuleb arvestada liigi bioloogiast tulenevate eripäradega., Increasing global trade of plants and plant material and the ongoing climate change have accelerated the movement of alien fungal pathogens across continents. One of the most serious examples of which is ash dieback, caused by an invasive fungus Hymenoscyphus fraxineus. The pathogen originates from Far-East Asia and in its natural habitat it is a weak leaf pathogen on ash species. H. fraxineus is a close relative fungal species of European indigenous ash leaf decomposer H. albidus that is considered harmless to its host in Europe. H. albidus is relatively rare in European nature possibly due to outcompetition by H. fraxinues. In Europe H. fraxineus is a dangerous pathogen and only 5% of the trees have natural resistance against the pathogen. The results of this thesis showed that the propagule pressure of H. fraxineus is in its peak late in the growing season when natural defence mechanisms of the leaflets are low. This thesis found for the first time that H. albidus also possesses similar ability to cause necrotic lesions on ash leaflets in the end of growing season while the leaves are still attached to the tree. This thesis also found evidence of H. fraxineus on two herbarium specimens from exotic ash species Fraxinus chinensis and F. chinensis subsp. rhynchophylla collected in years 1992 and 1978 in Tallinn Botanic Garden. This is 14 years before the first damage of ashes in Poland/Lithuania and 19 years before the first finding of H. fraxineus from fungal herbaria documented in Estonia. Fungal forest pathogens also affect Scots pine (Pinus sylvestris). Two of the most important pine needle pathogens are Dothistroma septosporum and Lophodermium seditiosum. The results of this thesis showed that D. septosporum is most abundant in summer and that the spores of the pathogen already spread since spring. Spring is also the time when the prophylactic control of the fungus should start. Neither D. septosporum nor L. seditiosum had significant effect on fungal species richness of Scots pine needles. Sampling year was not an epidemic year for L. seditiosum, hence the low percentage of the pathogen on pine needles. The most significant driver of the fungal richness of Scots pine needles was surprisingly endophytic Lophodermium conigenum. The role of this fungus in pine needles requires further studies. In conclusion, the results of this dissertation show that different invasive pathogens should have a different strategy that also considers their specific biological traits in their monitoring and control., https://www.ester.ee/record=b5545933

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Kilpnäärme talitlushäired on ühed sagedasemad endokriinhaigused, mis vajavad kirurgilist sekkumist. Hääle- ja neelamishäired on laialt levinud tüsistused, mida võib seostada nii kilpnäärmehaiguste enda kui ka nende operatiivse raviga. Seoses kilpnäärme paiknemisega kõrinärvide vahetus läheduses, seostatakse antud sümptomaatikat enamasti operatsioonijärgsest närvikahjustusest tingitud muutustega. Tegelikkuses võivad sarnaseid kaebuseid anda ka operatsioonipiirkonna turse, verevalum, valu, narkoosi ajal kasutatava intubatsioonitoru põhjustatud kahjustus, kõri-neelu reflukshaigus vms. On leitud ka, et kuni 76% patsientidest on juba kilpnäärme operatsiooni eelselt probleeme häälekvaliteedi ja neelamisega. Käesoleva doktoritöö eesmärk oli hinnata kilpnäärme operatsiooni eelset ja järgset hääle- ja neelamiskvaliteeti ning dünaamilisi muutuseid operatsioonijärgses perioodis. Uuringu tulemustest selgus, et kilpnäärmehaigustest tingitud muutused kõri piirkonnas ei mõjuta oluliselt patsiendi häälekvaliteeti, küll aga põhjustavad muutuseid neelamisfunktsioonis. Lisaks leidsime viited suurenenud kilpnäärme võimalikule rollile kõri-neelu reflukshaiguse ägenemises. Seevastu operatsioonijärgselt leidsime hääle- ja neelamiskvaliteedi languse nii kõrinärvide kahjustuseta kui -kahjustusega patsientidel. Enam väljendunud ja pikema kestvusega on muutused püsiva häälepaela halvatusega patsientidel. Sõltumata operatsioonijärgse vigastuse olemasolust, paranesid nii hääle- kui neelamiskvaliteet 12-18-kuulise jälgimisaja lõpuks operatsioonieelsele tasemele nii kõrinärvide kahjustusega kui kahjustuseta patsientidel. Sealjuures kõrinärvide vigastuseta patsientidel täheldasime neelamisfunktsioonis isegi märkimisväärset paranemist võrreldes operatsioonieelse seisuga. Operatsioonijärgse kõrinärvi kahjustuse riskifaktoriks on suur kilpnäärme mass. Intubatsioonitoru põhjustatud kahjustus ei mängi hääle- ja neelamishäirete tekkes olulist rolli., Thyroid disorders are one of the most common endocrine disorders requiring surgical treatment. Voice and swallowing disturbances are well-known complications of both thyroid disease and surgery. Due to the close proximity of the laryngeal nerves, the most severe voice and swallowing problems are considered to be caused by postoperative nerve injury. However, other possible causes of voice and swallowing disturbances after thyroid surgery involve soft tissue edema, hematoma, localized neck pain, intubation tube induced tissue damage, laryngopharyngeal reflux disease etc. Previous studies have described alterations in voice and swallowing quality already in preoperative thyroid patients in up to 76% of cases. The goal of the present PhD thesis was to evaluate pre- and postoperative voice and swallowing disorders in thyroid patients and to identify dynamic changes during postoperative period. Analysis revealed that changes in the laryngeal area caused by thyroid disorders do not impact patient’s voice but do cause marked disturbances in swallowing quality. In addition, we found a possible role of the enlarged gland in the aggravation of laryngopharyngeal reflux symptoms in thyroid patients. However, postoperatively we detected deterioration in voice and swallowing quality irrespective of laryngeal nerve injury. More profound impairment is observed in the patient group with permanent paralysis. Regardless of postoperative laryngeal nerve injury, both voice and swallowing quality recovered to preoperative values by the end of 12-18-month follow-up period. Furthermore, in patients without laryngeal nerve injury, swallowing function improves following thyroid surgery. We found large thyroid mass to be a risk factor for postoperative laryngeal nerve injury. However, general anesthesia played no substantial role on postoperative voice and swallowing disturbances., https://www.ester.ee/record=b5537782

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Ekstratsellulaarsed vesiikulid (EVd) on nanoosakesed, mida eraldavad stressiseisundis olevad rakud . Nende nanoosakeste (NP) interaktsioonides erinevate bioloogiliste süsteemidega ja mängivad olulist rolli osakeste suurus ja pinnalaeng. EVd moodustavad kolloidlahuseid ning tänu nende pinnal olevatele lipiididele ning pinnavalkudele on nad tavaliselt negatiivselt laetud. EVde uurimisel ja nende eesmärgipärasel kasutamisel on vajalik nende struktuuri ja funktsionaalsuse säilimine ning agregeerumise vältimine. Selleks on vajalik iseloomustada EVde füsikokeemilisi omadusi ning leida tingimused, mille juures säilib nii kolloidlahuste stabiilsus kui ka osakeste bioloogiline aktiivsus. Standardne metoodika selle uurimiseks seni puudub. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oligi uurida EVsid sisaldavate kolloilahuste stabiilsust mõjutavad tegureid, ning rakendada fluorestsentseeruvate nanoosakeste jälgimise analüüsi (fNTA) membraanset päritolu ekstratsellulaarsete vesiikulite määramiseks. EVde pindlaengut (Z-potentsiaali) mõjutavatest teguritest uuriti puhverlahuse kontsentratsiooni, detergendi, ioonse jõu ning lahuse pH mõju. Leiti, et EVde Z-potentsiaali (ZP) negatiivne väärtus väheneb puhverlahuse kontsentratsiooni suurenemisel. Samas EVde ZP negatiivne väärtus lahuse pH väärtuse suurenedes kasvab. See on seotud EVde vaheliste elektrostaatiliste tõukejõudude suurenemisega, mis suurendab ka kolloidlahuse stabiilsust. Võrreldes tervete inimeste ning psoriaasihaigete vereseerumist eraldatud EVde füüsiko-keemilisi omadusi, olulisi erinevusi ZPde väärtustes ega osakeste suurusjaotustes ei täheldatud. Töös uuriti ka lipofiilse membraanvärvi CellMask™ Green (CMG) mõju erinevatel meetoditel eraldatud EVde füüsikalistele omadustele. Uurimise all olid nii inimese kooriokartsinoomi rakkudest kui veiste follikulaarvedelikust ja seemnevedelikust pärinevate EVd. fNTA analüüsil selgus, et CMG kontsentratsiooni suurendamine mõjutas fluorestseeruvate nanoosakeste mõõdetavat suurust. Samas sõltus osakeste keskmine suurus ka EVde puhastamiseks kasutatud metoodikast. Läbiviidud uuringud näitavad EVde iseloomustamiseks kasutatavate mõõtmismetoodikate standardiseerimise vajalikkust., Nanoparticle (NP) size is an important aspect of cellular uptake by different interactions with biological systems. Aside from their size, NPs also possess surface charge enabling their interaction with their surroundings. EVs are membrane-bound NPs secreted by most cell types under stress. Naturally, EVs exist as colloidal suspensions when resuspended in media and carry a net negative charge due to the presence of lipids, membrane and glycosylated proteins on their surface. It is crucial to maintain EV physical characteristics during storage and surface manipulation, and overcome the issue of EV aggregation for EVs applications. The colloidal stability of EVs is one of the crucial parameters for understanding their fates in different conditions. However, currently there is no a standard methodology to detect and quantify EVs or to assess the colloidal stability of EVs. The aim of this study was to determine the colloidal stability of EVs in different conditions and study the applicability of fluorescence NTA (fNTA) for the detection of membranous EVs. The ZP of EVs was influenced by the buffer concentration, detergent, ionic strength and pH. The ZP value of EVs shifts towards less negative values along the increase of buffer concentration. ZP of EVs also shifted to more negative values as pH increased, favoring electrostatic repulsions between EV particles and increasing their colloidal stability. We also assessed the physical characteristics of blood serum EVs derived from healthy and psoriasis patients, but no difference in particle size distribution and ZP values was found. Finally, we showed the effect of membrane dye CellMask™ Green (CMG) labeling on the physical characteristics of JAr EVs isolated using different methods, as well as EVs derived from biological fluids (e.g. bovine follicular fluid and seminal plasma). fNTA analysis revealed that the increase in CMG concentration altered the particle size of fluorescent nanoparticles. Our results also showed the mean particle size of fluorescent and total NPs of JAr EVs were affected by the EV purification method. Biologically derived EVs showed a greater variation CMG labelling than cell culture-derived EVs. Our studies highlight the importance of using standardized ZP measurements and the potential of exploiting fNTA for the detection of membrane dye-labelled EVs., https://www.ester.ee/record=b5540151

This article aims to provide an overview of local and regional journalism research in Brazil. To do this, we conducted a survey of theses and dissertations on local and/or regional journalism defended in postgraduate communication and journalism between 2010 and 2020. The data was collected from the Capes Catalog and the Brazilian Digital Library of Theses and Dissertations (BDTD) and then analyzed for content analysis and bibliometrics. We identified and analyzed a total of 115 academic writings, comprising 102 dissertations and 13 theses. Our results showed a predominance of regional studies, a concentration of empirical studies in state capitals and cities, and a presence of “research deserts” in the country. RESUMO Este artigo tem por objetivo traçar um panorama das pesquisas de jornalismo local e regional no Brasil. Para isso, realizamos um levantamento das teses e dissertações sobre jornalismo local e/ou regional defendidas em programas de pós-graduação em comunicação e jornalismo entre os anos de 2010 e 2020. Os dados foram coletados no Catálogo da Capes e na Biblioteca Digital Brasileira de Teses e Dissertações (BDTD) e analisados a partir dos parâmetros da análise de conteúdo e da bibliometria. Ao todo, identificamos e analisamos 115 produções, sendo 102 dissertações e 13 teses. Entre os resultados obtidos destaca-se a predominância de pesquisas classificadas tematicamente como regionais, a concentração dos estudos empíricos nas capitais estaduais e metrópoles e a presença de “desertos de pesquisa” no país. RESUMEN Este artículo tiene como objetivo proporcionar una visión general de la investigación periodística local y regional en Brasil. Para ello, realizamos un relevamiento de tesis y disertaciones sobre periodismo local y/o regional defendidas en programas de posgrado en comunicación y periodismo entre 2010 y 2020. Los datos fueron recolectadosen el Catálogo Capes y en la Biblioteca Digital Brasileña de Tesis y Disertaciones (BDTD) y analizados desde los parámetros de análisis de contenido y bibliometría. En total, identificamos y analizamos 115 producciones, de las cuales 102 fueron disertaciones y 13 tesis. Entre los resultados obtenidos, se destacan el predominio de investigaciones clasificadas temáticamente como regionales, la concentración de estudios empíricos en capitales de estado y metrópolis y la presencia de “desiertos de investigación” en el país.

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Me teame praegu üsna hästi, kui palju tavalist ainet (st barüone) peab universumis olema: umbes viis protsenti kogutihedusest. Ülejäänu on salapärane tume aine ja tumeenergia. Kuid üllatavalt, meie lähi- universumis on ka ligikaudu pool barüonidest jäänud senini vaatlustes tabamata. Seda erinevust oodatava ja reaalselt vaadeldud barüonide osakaalude vahel nimetatakse puuduvate barüonide probleemiks. Kuna puuduvate barüonide tekitatav vaatluslik signaal jääb allapoole meie instrumentide tundlikkuse läve, siis tundub vastuolu olevat eelkõige vaatluslik. Seetõttu kasutasime antud töös puuduolevate barüonide jaotuse ja termodünaamiliste omaduste teoreetiliseks uurimiseks kosmoloogilist numbrilist simulatsiooni EAGLE. Varasemates teoreetilistes uuringutes oli saadud, et puudu olevad barüonid asuvad kosmilistes filamentides olevas kuumas galaktikatevahelises gaasis. Me jätkasime neid töid, kasutades filamentide võrgustiku leidmiseks erinevaid algoritme, näiteks Bisous meetodit. Seejärel kirjeldasime sel viisil leitud filamentides paiknevat kuuma galaktikavahelist gaasi. Arvestades, et galaktikad ja galaktikatevaheline gaas eksisteerivad üheskoos nendes samades suuremastaabilise struktuuri elementides, uurisime lisaks ka simulatsioonides genereeritud galaktikate heleduste jaotust. See võimaldas meil saada optimaalse filamentide valimi, kus puuduvate barüonide tihedused olid suurimad. Ehk sisuliselt, parimad kohad praegu veel vaatluslikult leidmata tavalise aine otsimiseks on filamentide südamikud, mis asuvad suure galaktikate heledustiheduse piirkondades. Töös uurisime ka võimalust kasutada puuduvate barüonide leidmiseks kõrgelt ioniseeritud hapnikku. Kuna OVII on vaadeldav röntgen- lainepikkustel, on seda iooni võimalik kasutada kuuma galaktikavahelise gaasi leidmiseks. Kahjuks ei olnud meie EAGLE simulatsiooni uuringu tulemuste põhjal filamentides piisavalt kogus OVII ioone, et leida puuduvaid barüone. Sellegipoolest on meie töös saadud tulemustest kosmiliste filamentide puuduvate barüonide ja OVII jaotuse kohta abi tulevaste röntgenvaatluste planeerimisel., Currently, we have a good understanding of how much ordinary matter (i.e. baryons) there is in the Universe: ~5%. The rest are the mysterious dark matter and energy. However, in the nearby Universe, half of the baryons remain unobserved. This discrepancy between the expected and observed baryon fractions is known as the problem of the missing baryons. Since the observational signal of the missing baryons falls below the sensitivity of our instruments, the problem is seemingly of an observational nature. Thus, we used the cosmological simulation EAGLE to gain theoretical understanding of the distribution and thermodynamic properties of the missing baryons. Earlier theorethical studies concluded that the missing baryons are in the hot intergalactic gas, residing within cosmic filaments. We continued upon this by applying algorithms, such as the Bisous method, to detect this filamentary network. We then characterised the hot intergalactic gas within the detected filaments. In addition, given that galaxies and the intergalactic gas co-exist in the same large-scale structures, we studied the distribution of the luminosities of simulated galaxies. This allowed us to select a sample of optimal filaments, containing the highest densities of missing baryons. In essence, the best regions to search for the yet unobserved ordinary matter is in the cores of filaments, located in regions with a high density of galaxy luminosity. Finally, we studied the prospect of using highly ionised Oxygen to trace the missing baryons. Being observable in the X-ray range, OVII is a candidate to track the hot intergalactic gas. Unfortunately, based on our results on the EAGLE simulation, there is not enough OVII in filaments to trace the missing baryons. Nonetheless, the results presented in our work on the distribution of both the missing baryons and OVII within cosmic filaments will aid in planning future X-ray observations., https://www.ester.ee/record=b5539906

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Neuraalsed adhesioonimolekulid (nCAM) ekspresseeruvad närvisüsteemis ning reguleerivad neuronitevaheliste ühenduste kujunemist sünnieelsest arengust kuni täiskasvanu eani. Käesolevas uurimuses keskendusime ülegenoomsetes uuringutes psühhiaatriliste häiretega seostatud IgLON perekonna adhesioonimolekulide uurimisele, täpsemalt LSAMP ja NEGR1 funktsiooni selgitamisele. Hiiremudelit kasutades leidsime, et nii LSAMP kui NEGR1 on ekspresseerunud serotonergilistes rakkudes. Serotonergilist närviülekannet võimendava SSRI estsitalopraami krooniline manustamine tingib nii Lsamp- kui Negr1-puudulikkusega hiirtel ajus monoamiinide profiili muutuse võrreldes nende metsiktüüpi pesakonnakaaslastega. Kui Lsamp välja lülitamise järgselt domineerib kõrgem serotoniini käive, siis Negr1-puudulikus hiires nägime muutusi esmajoones dopamiinisüsteemis. Lisaks esineb Negr1-puudulikkusega hiirtel süvenev käitumusliku sensitisatsiooni tõus amfetamiinile, ravimile, mis võimendab dopaminergilisi ja noradrenergilisi ajuprotsesse. Kroonilise amfetamiiniga kaasneb Negr1-puudulikkusega hiirtel ka tõusnud dopamiini vabanemine juttkehas. Kuna NEGR1 geen seostub GWAS uuringutes lisaks psühhiaatrilistele häiretele oluliselt ka kehamassi indeksiga, viisime Negr1-puudulikkusega hiirtel läbi põhjalikumad süsteemse metabolismi uuringud. Leidsime, et kuigi isased Negr1 puudulikkusega hiired söövad vähem nii tavatoitu kui kõrge rasvasisaldusega toitu, koguvad nad rasvarikka toiduga rohkem kehakaalu, neil tekib oluliselt raskem glükoosi tolerantsuse häire ning rasva kuhjumine maksa. Kokkuvõttes viitavad töö tulemused, et IgLON adhesioonivalkude mõju psühhiaatrilistele häiretele toimib vähemalt osaliselt läbi monoamiinergiliste ühenduste mõjutamise. Meie leid, et NEGR1 mõjutab lisaks aju biokeemiale ka süsteemset metabolismi, kinnitab, et psühhiaatrilisi sündroome võiks käsitleda kui kogu keha homöostaasi häireid., Neural cell adhesion molecules (nCAMs) are important in creating connections between neurons in the development of the nervous system, as well as in the adult brain. The current study focuses on the function on the IgLON nCAMs NEGR1 and LSAMP which have been linked with a variety of psychiatric conditions in genome-wide association studies. Using a mouse model, we found that both LSAMP and NEGR1 were expressed in serotonergic cells. Chronic administration of SSRI escitalopram, a drug that increases serotonergic neurotransmission, caused changes in the monoamine profile in the brains of both Lsamp- and Negr1-deficient mice compared to their wild-type littermates. While higher serotonin turnover was predominant in Lsamp-deficient mice, in Negr1-deficient mice we saw changes primarily in the dopamine system. In addition, Negr1-deficient mice showed a time-dependent increase in behavioural sensitization to amphetamine, a drug which increases on dopaminergic and noradrenergic neurotransmission. This sensitization was accompanied with higher dopamine release in the striatum of Negr1-deficient mice. As NEGR1 gene is also significantly associated with body mass index in addition to psychiatric disorders in GWAS studies, we studied systemic metabolism in Negr1-deficient mice. We found that although male Negr1-deficient mice eat less of both regular and high-fat food, they gain more body weight on high-fat food, develop a stronger impairment in glucose tolerance and have more fat accumulation in the liver. Taken together, the results indicate that the effect of IgLON adhesion proteins on psychiatric disorders is mediated at least partially by the regulation of monoaminergic circuits. Our finding that NEGR1 affects systemic metabolism in addition to brain biochemistry, confirms that psychiatric syndromes should be considered as disorders of homeostasis in the whole-body., https://www.ester.ee/record=b5539904

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Päristuumsete hulgas on seened üks suuremaid ja liigirikkamaid eluslooduse riike. Kandseened on omakorda üks seente liigirikkam hõimkond, mille hulka kuuluvad nii surnud orgaanilise aine lagundajad kui ka taimejuurtega sümbioosis elavad organismid. Vaatamata kandseente olulisele ökoloogilisele rollile, on nende taksonoomia ja ökoloogia siiani ebapiisavalt uuritud. Käesolev doktoritöö hõlmab kandseente klassi pisarseened (Dacrymycetes) taksonoomia ja evolutsiooni uuringuid. Pisarseened kasvavad kõdupuidul ja neil areneb kahte tüüpi viljakehi: kollased sültjad või tuhmi värvi koorikjad viljakehad. Enne seda uurimistööd arvati koorikjate viljakehadega pisarseente liigid sugukonda Cerinomycetaceae ja selle ainsasse perekonda Cerinomyces. Selline lihtsustatud süstemaatika on viinud olukorrani, kus perekonda Cerinomyces kuulub palju liike, mis pole omavahel lähisuguluses. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oligi uurida perekonna Cerinomyces ja sellele morfoloogiliselt sarnaseid liike. Selleks kasutati nii DNA järjestusi kui ka morfoloogilisi ning anatoomilisi tunnuseid, mille põhjal viidi läbi fülogeneetilised analüüsid. Selle töö põhjal esitati teadusele uus monofüleetilise perekonna Cerinomyces kontseptsioon. Cerinomyces perekonda on nüüd arvatud nii sültjate kui ka liibuvate viljakehadega liigid. Esitati perekonnale Cerinomyces unikaalsete tunnuste kombinatsioon: seeneniitidel lihtsa ehitusega pandlad, kõver-silinderjad õhukesekestalised eosed ning vähene karotenoidsete pigmentide sisaldus seeneniitides ja eostes. Lisaks käsitleb doktoritöö perekonna Cerinomyces liikidele morfoloogiliselt sarnaseid taksoneid. Põhjalikult uuriti nn. dendrohüfiide, mis osutus perekonna Cerinomyces ja teisi lähedasi liike hästi eristavaks tunnuseks. Hüfiidid on ka doktoritöös kirjeldatud uue perekonna Dendrodacrys iseloomulikuks tunnuseks. Lisaks uuele perekonnale kirjeldati doktoritöös 27 teadusele uut liiki., Fungi represent one of the largest and diverse kingdoms of eukaryotes. Basidiomycota is the second most species-rich group within Fungi. Despite the ecological importance of Basidiomycota, i.e., its leading role in decomposition of wood in terrestrial ecosystems, its diversity and taxonomy are insufficiently known. Fulfilling the knowledge gap, the thesis presents taxonomic studies in dacrymycetes (Basidiomycota). Dacrymycetes occur only on dead wood and produce either of the two types of fruitbodies: gelatinous voluminous yellow or dry flat bleak-coloured. The latter type, also called corticioid fruitbodies, is the primary focus of the thesis. Traditionally, such corticioid fruitbodies in dacrymycetes were strictly associated with the family Cerinomycetaceae and its only genus Cerinomyces. This emphasis on a single character led to inclusion of dissimilar species into Cerinomyces, and over the time the genus became overly broad and polyphyletic. Thus, aim of the present thesis was to revise Cerinomyces and related taxa on a basis of DNA sequence-based phylogenetic analyses and morphological studies. As a result, Cerinomyces was reshaped to a more natural scope and became monophyletic. Priority for the corticioid morphology was abandoned, and gelatinous members were introduced to the genus. Instead of fruitbody type, the genus is now united by a set of microscopic characters: simple clamps, thin-walled aseptate basidiospores, and low amount of carotenoid pigments. Moreover, investigating taxa morphologically similar to Cerinomyces, the rest of dacrymycetes was partially revised. Special attention was paid to notable morphological structures called “dendrohyphidia” that are common in Cerinomyces, but were also found in other dacrymycetes. To accommodate such taxa in the Dacrymycetaceae family, a new genus Dendrodacrys was raised. In total, the thesis proposes 42 nomenclatural novelties to science, including one new genus, 27 new species, and 14 new combinations., https://www.ester.ee/record=b5539900

Eesti õiguses tuntud kommertspant kujutab endast generaalpandi liiki, mille koha on leitud, et tegemist on tagatisõiguste süsteemis nn „süsteemivälise elemendiga“, mis ei järgi asjaõigusele omast spetsialiteedipõhimõtet. Mida kommertspant kui generaalpant endast kujutab ja milleks on teda üldse vaja? Millised on kommertspandile iseloomulikud tunnused? Kuidas suhestub kommertspant teiste tagatisõigustega ja millises järjekohasuhtes ta nendega on? Millist mõju avaldab tagatisõiguste registreerimine nende järjekohasuhtele? Kuidas peaks kommertspanti realiseerima? Need on küsimused, millele doktoritöö otsib vastuseid. Töö eesmärgiks on selgitada välja kommertspandi kui generaalpandi olemuslikud eripärad ning teha kindlaks, kas kehtiv regulatsioon võtab neid eripärasid piisaval määral arvesse kogu kommertspandi elutsükli jooksul, st alates kommertspandi seadmisest kuni selle realiseerimiseni või vajaks kehtiv regulatsioon muudatusi. Töös jõutakse järeldusele, et kehtiv õigus vajab muutmist, kuna võrreldes mitmete teiste riikide õigusega, ei taga Eesti kehtiv õigus piisavat paindlikkust kommertspandi ulatuse kujundamisel. Kehtiv õigus vajab seetõttu muutmist, kas seeläbi, et luua üldine valduseta tagatisõigus, millega on võimalik koormata nii ükskuid esemeid, varakogumeid kui kogu ettevõtja vallasvara, nii olemasolevat kui tulevikus tekkivat või alternatiivselt laiendada kommertspandi ulatust. Kehtivas õiguses esineb olulisi puudujääke valduseta tagatisõiguste kolmandatele isikutele nähtavaks tegemise osa, mis mõjutab negatiivselt ka kommertspandi õiguskindlust. Lahendamaks eelnimetatud probleemi, tuleks luua valduseta tagatisõiguste registreerimiseks keskne tagatisõiguste register, mis oleks ettevõtjapõhine ja milles tuleks registreerida kõik valduseta tagatisõigused selleks, et nad oleksid kehtivad kolmandate isikute suhtes, st võlausaldajad, kohtutäiturid, saneerimisnõustaja, pankrotihaldur. Lähtudes tagatisõiguste registreerimisest tagatisõiguste registris on võimalik kindlaks määrata ka valduseta tagatisõiguste omavaheline järjekohasuhe põhimõttel, et eesõiguse saab alati tagatisõigus, mis esimesena registreeritakse. Samuti jõutakse töös järelduseni, et kehtiv õigus vajab muutmist ka saneerimis- ja pankrotimenetluse osas, tagamaks kommertspandipidaja kui tagatud võlausaldaja huvid ja kommertspandiga koormatud vara efektiivne realiseerimine., Estonian law knows the commercial pledge which is a type of general pledge. The commercial pledge has been found to be non-compatible with the “normal” system of security rights as it does not follow the principle of specificity inherent to property law. What is the essence of the commercial pledge as a general pledge and why is it needed? What are the characteristics of the commercial pledge? How does the commercial pledge relate to other security rights and how is the priority right determined between a commercial pledge and other security rights? What effect does the registration of security rights have on their ranking? How should a commercial pledge be realized? These are the questions that the dissertation seeks to answer. The aim of the dissertation is to define the essential features of the commercial pledge and to determine whether the current legislation takes these features sufficiently into account throughout the life cycle of the commercial pledge, i.e., from the establishment of the commercial pledge until its realization. It is concluded that the current law needs to be amended, because compared to many other countries, the current Estonian law does not provide sufficient flexibility in determining the scope of the commercial pledge. Existing law therefore needs to be amended, either by creating a universal non-possessory security right, which can be used to encumber individual objects, variable assets, and all movable property of the company, both existing and future. An alternative would be to extend the scope of the commercial pledge. There are significant shortcomings in the current law regarding the disclosure of non-possessory security rights to third parties, which also negatively affects the legal certainty of the commercial pledge. To address this problem, a centralized debtor-based register should be established to record all non-possessory security rights to make them effective against third parties, e.g., creditors, bailiffs, reorganization advisers, bankruptcy administrators. Based on the registration of the security rights in the register, it is also possible to determine the ranking between non-possession security rights on the principle that the priority is always given to the security right that is registered first. It is also concluded that the current law needs to be amended with regard to reorganization and bankruptcy proceedings in order to secure the interests of the commercial pledgee as a secured creditor and the effective realization of the assets encumbered by the commercial pledge., https://www.ester.ee/record=b5533327

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Alfaviirused (sugukond Togaviridae) on sfäärilise ümbrisega virionide ja positiivse polaarsusega RNA genoomiga viirused, mis enamasti levivad lülijalgsete vektorite vahendusel. Paljud alfaviirused on olulised inimeste patogeenid, sealhulgas ulatuslikke puhanguid põhjustav Chikungunya viirus (CHIKV), Austraalias leviv Ross River viirus (RRV), Ameerikas leviv ida hobuste entsefaliidi viirus (EEEV) ja ka Eestis leiduv Sindbis viirus (SINV). Alfaviiruste põhjustatud haigused sõltuvad viiruse liigist ja selle päritolust,kus üldistatult põhjustavad Vana Maailma alfaviirused palaviku, löövet ja artriiti, samal ajal kui Uue Maailma alfaviirused on sageli kõrge patogeensusega põhjustades neuroloogilisi haiguseid, sealhulgas entsefaliiti. Alfaviiruste RNA genoom kodeerib nelja viiruse RNA replikaasi allühikut, mis toodetakse liitvalgust eellase (polüproteiini) kujul. Liitvalk lõigatakse neljaks valmis replikaasi valguks viiruse nsP2 proteaasi abil. Viimastel aastakümnetel läbiviidud uurimistööd on võimaldanud välja selgitada viiruse replikaasi kompleksi kui ka selle komponentide peamised funktsioonid ning meie arusaamine viiruse valkude struktuuridest on oluliselt täienenud. Ka need uurimised on näidanud, et alfaviiruse infektsiooni üks esimesi ja kõige olulisemaid sündmusi on replikaasi valkude eellase lõikamine valmis valkudeks. Eelvalgu lõikamised toimuvad kindlas järjekorras ja onkindlalt ajastatud, mis määrab ära selle, kas vabanevad valgud moodustavad toimiva RNA replikaasi või mitte. Seega kujutab eelvalgu lõikamise protsessi läbi viiv nsP2 endast RNA replikatsiooni käivitamise ja efektiivsuse regulaatorit. Samas on tegemist multifunktsionaalse valguga, mis on lisaks RNA sünteesi reguleerimisele oluline nii raku viirusvastaste kaitsereaktsioonide aktiveerimisel kui ka nende mahasurumiseks. Sellest tulenevat mõjutavad muudatused nsP2 valgus, sealhulgas punktmutatsioonid valgu funktsionaalselt olulistes regioonides, oluliselt viiruse bioloogilisi omadusi. Seejuures ei ole mitmete nsP2 aktiivsuste taga seisvad molekulaarsed mehhanismid lõpuni selged. Küll aga on selgunud, et nsP2 funktsioone mõjutavad interaktsioonid alfaviiruse ülejäänute replikaasi valkude nsP1, nsP3 ja nsP4-ga. Käesoleva uurimistöö raames selgitati välja ja analüüsiti mitmeid nsP2 valgu ja RNA replikaasi seni tundmatuid funktsioone. Töö peamised tulemused saab kokku võtta järgnevalt: 1. alfaviiruste genoomide alusel konstrueeritud trans-replikatsiooni süsteemid võimaldavad uurida nsP2 valgu funktsioone, mis on seotud viiruse RNA replikaasi kompleksi moodustamisega, aga ka selle moodustamise blokeerimise ja/või selle aktiivsuse mahasurumisega. Viimati nimetatud aktiivsused on olulised viiruste superinfektsiooni blokeerimisel ja tõenäoliselt ka viiruse replikatsiooni ajalisel reguleerimisel. CHIKV ja SINV trans-replikatsiooni süsteeme kasutades tehti kindlaks, et superinfektsiooni blokeerimise puhul on võtmesündmuseks ühe viiruse replikaasi eellase lõikamine teise viiruse nsP2 poolt ja et seda mõjutavad mutatsioonid nii sihtmärk-liitvalgus kui ka nsP2 valgus; 2. leiti, et individuaalse nsP2 süntees sääse (vektorputuka) rakkudes surub maha alfaviiruse replikatsiooni aktiivsust. Seda nähtust ei põhjusta ainult nsP2 proteaasne aktiivsus – olulised on ka nsP2 proteaassest aktiivsusest sõltumatud mehhanismid. See, milline on konkreetsete mehhanismide osakaal, sõltub nii viiruse RNA replikaasi kui ka selle moodustamist inhibeeriva nsP2 valgu päritolust. Homoloogse viiruse replikatsiooni mahasurumisel domineerib nsP2 proteaassest aktiivsustest sõltuv mehhanism, kus nsP2 poolt teostatud replikaasi eelvalgu lõikamine 2/3 saidist välistab funktsionaalse RNA replikaasi moodustumise. Mõne alfaviiruse (SINV) puhul on nsP2 proteaassest aktiivsusest sõltuv mehhanism ka peamiseks mehhanismiks millega surutakse alla heteroloogsete alfaviiruste replikaaside moodustamist; 3. nii SINV kui ka CHIKV nsP2 valk takistab heteroloogsete alfaviiruste RNA replikatsiooni ka proteaassest aktiivsusest sõltumatute mehhanismide abil, kus CHIKV nsP2 puhul on need peamisteks meetoditeks heteroloogsete alfaviiruste replikatsiooni mahasurumisel. Selle inhibeerimise täpne põhjus on hetkel teadmata, küll aga näitasime, et erinevad mutatsioonid nsP2 valgus mõjutavad taolise inhibeerimise efektiivsust. Need andmed viitavad sellele, et proteaassest aktiivsusest sõltumatu replikatsiooni inhibeerimine saavutatakse tõenäoliselt mitmete paralleelsete mehhanismide abil; 4. väga patogeensele ja seetõttu vähe uuritud EEEV-le konstrueeritud trans-replikastiooni süsteem osutus kõrgelt efektiivseks nii inimese kui ka sääse rakkudes. Samuti osutus võimalikuks EEEV replikaasi eelvalku (P1234) kodeeriva järjestuse jagamine kaheks (P123 + nsP4) ja kolmeks (nsP1+P23+nsP4) komponendiks. See võimaldas uurida kas ja kuidas replikaasi komponentide vahekord mõjutab EEEV RNA replikaasi aktiivsust. Läbiviidud katsed näitasid, et erinevalt seni uuritud alfaviirustest sõltub EEEV RNA replikaasi aktiivsus teda moodustavate komponentide optimaalsest vahekorrast ja et RNA replikaasi katalüütilise allühiku (nsP4) ülehulk vähendab EEEV RNA replikaasi aktiivsust. Selline aktiivsuse langus tuleneb sellest, et väheneb nii rakkude hulk milles RNA replikatsioon aktiveeritakse, kuid ka RNA replikatsiooni aktiivsus nendes rakkudes. Hetkel pole veel selge kas tegemist on EEEV RNA replikaasi unikaalse omadusega või leidub ka teisi sarnaste omadustega alfaviiruste replikaase; 5. uuriti RRV loodusliku isolaadi RRV 2528 omadusi. Leiti, et see viiruse isolaat põhjustab väga tugevat tüüp-I interferoonide vastust. Viiruse genoomi analüüs tõi välja, et RRV 2528 erineb teistest vähemal määral interferoonide tootmist indutseerivatest RRV isolaatidest mitmete mutatsioonide poolest, millest paljud paiknevad just nsP2 valgus Näitasime, et need mutatsioonid mõjutavad RRV nakkuse käigus toimuvat interferoonide tootmist, kuid ei mõjuta viiruse replikaasi eelvalgu protsessimist valmis valkudeks, viiruse võimet suruda maha raku valgusünteesi ega viiruse struktuurvalkude sünteesi. Seega ei tulene suurenenud tüüp-I interferoonide vastus defektist RRV 2528 RNA replikatsioonikomplekside moodustamisel või võimetusest maha suruda raku üldist geeniekspressiooni., Over the last decades, the intensive studies of factors/activities responsible for multiple aspects of alphavirus infection have been performed. In particular, our understanding about structures and functions of viral RNA replicase and its components has significantly increased. Novel findings emphasize that one of the first and most essential event in alphavirus infection is processing of the ns polyprotein carried out by its nsP2 region and an individual nsP2; this process not only ensures the release of functional replicase subunits but also determines would these proteins form the active RCs or not. Thus, it is increasingly evident that nsP2 is one of the “main driving forces” of successful RNA replication. Furthermore, due to its versatile functions and various activities nsP2 is involved in other aspects of infection. It is one of the key determinants associated with activation as well as counteracting of antiviral response in infected cells. Therefore, different modifications of the protein, including point mutations, often have drastic impact on alphavirus infection. However, much of the precise mechanisms of P2 action remain enigmatic. What is clear is that nsP2 does not act alone, its activities are modulated by other components of viral replicase. The current study allowed us to identify and confirm new functions and properties of nsP2 and alphavirus RNA replicase. The general conclusions of this study can be presented as follows: 1. Alphavirus trans-replicase systems can be applied as a tool for studies of functions of nsP2 associated with inhibition of RC formation/activity. These functions are essential for SIE and are likely related to these used to regulate RNA replication in the alphavirus infected cells. Using trans-replicase systems of CHIKV and SINV, it was found that the key event in SIE is targeting of replicase precursor (P1234) by an individual nsP2 protein and that this ability of nsP2 can be altered by mutations present in its functionally important regions. 2. It was found that synthesis of an individual (free) nsP2 in mosquito cells has an inhibitory effect on the alphavirus RC formation/functionality. This is not, however, a result of a single mechanism but results from combination of nsP2 protease-activity dependent mechanism and protease-activity independent mechanisms. The level and dominant mode of inhibition of alphavirus RNA replication depends form the virus, source of free nsP2 and substitutions present in this protein. The protease-activity mediated mechanism is important for suppression of replication of matching virus and relies mostly on ability of nsP2 to cleave 2/3 site in ns polyprotein. For some viruses such as SINV it is also dominant mechanism used to suppress formation of RNA replicases of heterologous alphaviruses. 3. nsP2 of SINV and CHIKV can inhibit formation/activity of RNA replicase of heterologous alphavirus using protease-activity independent mechanisms; for nsP2 of CHIKV this is the dominant mechanism to suppress activity of RNA replicases of heterologous alphaviruses. The precise details of protease-activity independent mode of action of nsP2 remain unknown; however, it is clear that this property can be enhanced by introduction of certain mutations into nsP2. It is likely that the protease-activity independent inhibitory effect originates not from a single mechanism but from several mechanisms. 4. Trans-replicase of highly pathogenic EEEV was found to be highly active in human and mosquito cells. Splitting of construct of EEEV P1234 expression into two (P123 and nsP4) or three (nsP1, P23 and nsP4) expression construct allowed analysis of requirements of active RC formation. It was found that activity of EEEV RNA replicase depends from correct ratio of P123 (or nsP1+P23) component to nsP4 component and that in contrast to previously studied alphaviruses an excess of nsP4 reduced activity of EEEV RNA replicase. The reduction was due to the decrease of a number of cells were RNA replication was initiated as well as to the reduced RNA replicase activity in such cells. It remains unclear, is this property unique for EEEV RNA replicase. 5. Natural isolate RRV 2528 was found to be a prominent inducer of type-I IFN expression. This property was associated with specific amino acid substitutions in the nsP2 encoded by this isolate. None of these substitutions or their combination affected ability of RRV to induce shutdown of cellular protein synthesis or level of viral structural proteins expression. Similarly, no effect on the processing of P1234 was detected. Combined, these findings indicate that the excessive type-I IFN induction was not due to the lack of the ability to induce general shutdown of cellular gene expression or due to the defects in RC formation., https://www.ester.ee/record=b5535170

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone, Võõrliikide arv Läänemeres kasvab tõusvas tempos. 2015. aastaks oli Läänemeres raporteeritud 130 võõrliiki ja 2022. aastal on võõrliikide arv juba 220. Mitmed võõrliigid on loonud suuri populatsioone ja mõjutavad looduslikke Läänemere ökosüsteeme. Looduslikult on Läänemere põhjakooslused liigivaesed ja esineb palju väheasustatud funktsionaalseid nišše, seega on võõrliikidel palju võimalusi uues elupaigas kanda kinnitada ning oluliselt mõjutada kogu ökosüsteemi funktsioneerimist ja ökosüsteemi teenuseid. Käesolevas doktoritöös käsitletakse olulisi teadmiste lünki võõrliikide (ümarmudil ja harilik rändkrabi) levikus, käitumise eripärades ja mõjudes Läänemeres. Liikide mõju looduslikele ökosüsteemidele uuriti nii eksperimentaalselt kui ka pikkade põhjaloomastiku aegridade uuringutega. Laboratoorsed uuringud näitasid, et mõlemad uued merepõhja kiskjad suudavad süüa suures koguses looduslike põhjakoosluste dominantliike. Põhjaloomastiku pikkade andmeridade analüüs kinnitas, et eksperimentaalselt nähtud intensiivne toitumine toimub ka looduskeskkonnas. Ümarmudil on juba ära söönud suure osa Eesti rannikumere karbipopulatsioonidest, kes toimivad rannikumere loodusliku filtrina ja vähendavad eutrofeerumise ilminguid. Harilik rändkrabi vähendab põhjaloomastiku biomassi ja liigirikkust ning krabi mõju on ulatuslikum, kui kliimamuutustest eeldatavast toiteainekasvust tingitud suurem populatsiooni juurdekasv. Võõrliikide tekitatud muutuste mõju levib ka teistele ökosüsteemi tasemetele ning muutusi mõne piirkonna veesambas on juba täheldatud. Lisaks võivad võõrliigid ökosüsteemi mõjutada ka kui rannikukalade uute toiduobjektidena. Doktoritöö käigus näidati, et ümarmudil on muutunud oluliseks toiduobjektiks ahvenale, kuid hetkel veel ei mõjuta ümarmudila arvukus ahvena üldist toitumust. Seega, suure tõenäosusega ei suuda ahven hetkel ümarmudila arvukust kontrollida ja faktorid, mis hakkavad piirama võõrliikide arvukust, vajavad uurimist tulevikus. Antud doktoritöö näitab selgelt, et võõrliikidel on märkimisväärne roll Läänemere ökosüsteemides ja on oluline, et kõik Läänemere majandamise ja hea keskkonnaseisundi hoidmisega seotud otsused arvestaksid võõrliikide rolliga., Alien species are arriving to the Baltic Sea at high rates. By 2022, already 220 alien species have been recorded in the Baltic Sea. Many of these species have established large populations and are affecting the Baltic Sea ecosystems. Since there are low numbers of native species in the benthic communities of the Baltic Sea, many vacant functional niches are ready to be inhabited by the novel species. Addition of a functionally novel species has the potential to severely effect the Baltic Sea ecosystem functioning and the services they provide. In this thesis large knowledge caps on how these species spread and act in their new environment were addressed. The species long-lasting impact was investigated with both manipulative experiments and long timeseries investigations. Experimental studies showed that the novel benthic predators, the round goby and the Harris mud crab, are able to consume high amounts of all dominant native invertebrates. Field studies showed that the strong impact of alien species observed in experimental communities are also happening in natural communities. The round goby has removed substantial amounts of benthic bivalves from the Estonian coastal sea, who are acting as a natural filter and buffering eutrophication effects. The Harris mud crab reduced benthic invertebrate biomass, even in an elevated nutrient future climate scenario. These impacts are also cascading to other trophic levels with observed increases in phytoplankton biomass. In addition, the alien species directly affect the ecosystem as novel prey objects. The round goby is already a dominant component in the diet of European perch. This thesis shows directly that alien species are playing an important role in the ecosystem and all decisions management and protection of the Baltic Sea ecosystem should consider the role of invasive species., https://www.ester.ee/record=b5533290

Käesolev väitekiri panustab poliitilise esindatuse kontseptuaalsesse diskussiooni, osundades teatud puudujääkidele postfundamentalistlikus teoorias ja illustreerides seda Läti juhtumiuuringu kaudu. Doktoritöö uurib kodanike võõrandumist oma poliitilistest esindajatest ning usaldamatust nende vastu radikaalse demokraatia vaatenurgast. Radikaalsed teoreetikud peavad neid probleeme neoliberaalse demokraatia kriisi tagajärgedeks ja pooldavad uute kollektiivsete subjektsuste kujunemist, mis vastustaks olemasolevad hegemooniad. Selle lähenemise silmapaistvaks esindajaks on Ernesto Laclau ja tema koostöös Chantal Mouffe’iga välja arendatud populismi kontseptsioon ning hegemooniateooria. Doktoritöö analüüsib kriitiliselt esindusinstitutsioonide rolli Laclau töödes, käsitledes seda Läti juhtumi kontekstis, kus järjepidev valitsusvastane ja „rahva“-meelne diskursus ei ole suutnud tuua muutusi poliitilisele maastikule. Läti demokraatliku identiteedi konstrueerimine on toimunud hoopis esindusinstitutsioonide eitamise ja esindatuse tõrjumise kaudu, samas rõhutades „rahva“ demokraatlikku suveräänsust, mis tuleks saavutada otsedemokraatia kaudu. Läti riigi ja rahvuse pikaajalise diskursiivse konstrueerimise analüüsiga näidatakse, kuidas „rahva“ poliitiline subjektsus on moodustunud kas isolatsioonis või otseses vastuseisus esindusinstitutsioonidega nagu parlament, poliitilised parteid ja valitsus. Läti juhtum kinnitab demokraatlikus teoorias laialt levinud skeptitsismi otsedemokraatia kui esindusdemokraatia hädade parandaja suhtes. Samal ajal on see juhtum vastukaaluks paljudele radikaalse demokraatia suuna esindajatele omasele kriitikale, mille kohaselt on poliitilised institutsioonid pelgalt liberaalse demokraatia instrumentideks. Selle asemel võtab käesolev uurimus omaks Claude Lefort'i vaate demokraatliku võimu kohast (mis on institutsionaalselt määratletud) ja kasutab Läti juhtumit, näitamaks institutsioonide normatiivset ja praktilist väärtust demokraatia toimimise ja püsimajäämise seisukohast. "Rahva" oletatava vahetu kohalolu ja "rahva" institutsionaalse kehastuse vahelise esindatuse "lõhe" eitamine raskendab demokraatliku identiteedi ülesehitamist Lätis. Lefort'i jaoks on esindusinstitutsioonid peamiseks mehhanismiks, mis seda lõhet taastoodab. Doktoritöö kinnitab taas kord ja tõstab esile esindusinstitutsioonide sümboolset rolli radikaalse demokraatia teoorias. Lisaks avab doktoritöö uusi mõttesuundi demokraatlikust siirdest postkommunistlikus kontekstis. Levinumad teaduslikud käsitlused pigem ülehindavad kultuuriliste ja ajalooliste tegurite rolli Ida-Euroopas ning eeldavad hierarhilise suhte olemasolu Ida-Euroopa ja Lääne demokraatiate vahel. Piirkonna kultuurilised eripärad võivad tõepoolest aidata mõista seal esinevat rahulolematust demokraatiaga, kuid neid kultuurilisi eripärasid tuleb vaadelda kui identiteedi muutuvaid enesekäsitlusi, mitte kui monoliitseid plokke, milles poliitilised identiteedid on ette määratud. Doktoritöö väidab, et demokraatlike institutsioonide sümboolse rolli käsitlused vajavad värskendamist – need peaksid arvesse võtma olemasolevate poliitiliste süsteemide radikaalset kriitikat ja pakkuma uusi esindusinstitutsioonide vorme, tulemaks toime demokraatia nüüdisaegsete väljakutsetega., This dissertation contributes to the conceptual debate on political representation by identifying certain significant blind spots in post-foundational theory and illustrating this with an empirical case study of Latvia. It explores citizens’ alienation from and mistrust of their political representatives from radical democratic perspectives. Radical theorists view these issues as resulting from the crisis of neoliberal democracy and argue for the formation of new collective subjectivities that would challenge the existing hegemonies. A notable example of this position is Ernesto Laclau’s conceptualization of populism and the theory of hegemony he developed with Chantal Mouffe. The dissertation critically examines the role of representative institutions in Laclau’s work, drawing on the case of Latvia, where continuous anti-government and pro-‘people’ discourse has not brought any substantial change to the political landscape. Instead, Latvian democratic identity construction is defined by the negation of representative institutions and the rejection of representation while embracing the democratic sovereignty of ‘the people’, to be achieved via direct democracy. Through a long-durée analysis of the discursive construction of the Latvian nation and state, I show how the political subjectivity of ‘the people’ has been constituted either in isolation or in direct antagonism to representative institutions such as the parliament, political parties, and the government. Latvia’s case confirms the widespread scepticism in democratic theory about direct democracy being a corrective to the ills of representative democracy. At the same time, it counters the criticism, typical for many radical democratic perspectives, of political institutions being instruments of liberal democracy. Instead, this study adopts Claude Lefort’s view of the democratic place of power (institutionally defined), and uses the case of Latvia to demonstrate the normative and practical value of institutions for the functioning and survival of democracy. The rejection of the representative ‘gap’ between the presumed unmediated presence of ‘the people’ and its embodiment through institutions complicates the construction of a democratic identity in Latvia. For Lefort, representative institutions are the key mechanism for explaining how this gap remains open. The dissertation thus re-states and highlights the symbolic role of representative institutions in radical democratic theory. Furthermore, the dissertation opens new ways of thinking about democratic transition in the post-communist context. The dominant scholarly perspectives risk overstating the role of cultural and historical factors in Eastern Europe by assuming its hierarchal relation to Western democracies. The cultural specifics of the region can indeed help to understand its democratic discontents, but they must be viewed as shifting self-representations of identity, not monolithic blocks that pre-determine political identities. Overall, the dissertation argues for a revitalized perspective on the symbolic role of institutions in democracy, which should consider the radical critiques of existing political systems and envision new forms of representative institutions to tackle the contemporary challenges to democracy., https://www.ester.ee/record=b5533733

A Thesis for applying for the degree of Doctor of Philosophy in Veterinary Science. Väitekiri filosoofiadoktori kraadi taotlemiseks loomaarstiteaduse erialal. Dairy cow fertility and longevity are major concerns. A high prevalence of calving-related disorders and clinical diseases (DIS) in dairy herds is not unusual. One and a half months after parturition, approximately 30% of cows experience uterine inflammation, characterised by an increased proportion of white blood cells, more specifically polymorphonuclear neutrophils in the uterine lumen—a disease termed cytological endometritis (CYTO). CYTO is associated with a decreased conception rate and higher culling risk. In this thesis, we improved tools for CYTO diagnosis by developing an innovative device that allows the collection of uncontaminated uterine smear samples for cytological and microbiomic investigations. We studied the influence of CYTO on the fertility and culling of clinically healthy and unhealthy dairy cows and investigated the associations of metabolic stress during the periparturient period with the development of CYTO. We found that CYTO-positive health status, irrespective of DIS status, decreased the pregnancy rate and increased the culling risk. When DIS-positive and CYTO-positive health statuses were combined, they had an additive negative effect. This finding led us to conclude that the variation in the effects of clinical disease on reproduction can at least partly be explained by the occurrence of CYTO. Multiparous dairy cows were at greater risk of experiencing CYTO diagnosed at 40 days after calving if they showed low plasma insulin-like growth factor-1 concentrations at two weeks prepartum and/or at one week postpartum. In addition, a low precalving body condition score and DIS were associated with the development of a positive CYTO status. Practical advice to farmers would be to aim to minimise metabolic stress during the periparturient period to support dairy cow fertility. In dairy herds with fertility problems, special attention needs to be paid to the occurrence of CYTO, both in DIS-positive and clinically healthy cows Piimalehmade halb sigimisvõime ja karjast praakimine on suur probleem. Kliiniliste haiguste kõrge esinemus piimakarjades on tavaline. Poolteist kuud pärast poegimist tekib ligikaudu 30%-l lehmadest emakapõletik, mida iseloomustab valgete vereliblede, täpsemalt polümorftuumsete neutrofiilide osakaalu suurenemine emakavalendikus – haigus, mida nimetatakse tsütoloogiliseks endometriidiks (tsüto). Tsütot seostatakse tiinestumise vähenemisega ja karjast sundpraakimise suurenemisega. Tsüto diagnoosimise standardiseerimiseks töötati välja seade, mis võimaldab lehma emakast koguda saastumata materjali tsütoloogiliste ja mikrobioomiliste uuringute tarvis. Selgitati tsüto mõju lehmade sigivusele ja praakimisele ning uuriti metaboolse stressi seoseid tsüto tekkega. Leiti, et sõltumata kliiniliste haiguste olemasolust vähendas tsüto lehmade tiinestumist ja suurendas praakimisriski. Kliiniliste haiguste ja tsüto kombineerumisel lisandus aditiivne negatiivne mõju. See leid viis järelduseni, et üleminekuperioodi probleemide ja haiguste kaugeleulatuvat negatiivset mõju tiinestumisele ja karjas püsimisele on vähemalt osaliselt võimalik selgitada tsüto olemasoluga. Korduvpoeginud lehmadel oli tsüto tekke suurem risk 40. poegimisjärgsel päeval, kui neil oli vereplasmas metaboolset stressi peegeldava hormooni insuliinisarnase kasvufaktori-1 sisaldus madal juba kaks nädalat enne poegimist ja/või üks nädal pärast poegimist. Lisaks suurendasid tsütosse haigestumise riski looma poegimiseelne alatoitumus ning poegimisega seotud häired ja haigused. Praktiline nõuanne loomakasvatajatele oleks piimalehmade sigivuse parandamiseks püüda üleminekuperioodil minimeerida metaboolset stressi ja vältida poegimiseelset alatoitumust ning seeläbi vähendata tsütosse haigestumise riski. Sigimisprobleemidega karjades tuleks erilist tähelepanu pöörata tsüto esinemusele, seda nii poegimisega seotud häirete ja/või kliiniliste haigustega lehmadel kui ka kliiniliselt tervetel loomadel.

A Thesis for applying for the degree of Doctor of Philosophy in Veterinary Sciences. Väitekiri filosoofiadoktori kraadi taotlemiseks loomaarstiteaduse erialal. Calf diarrhoea is a common problem in cattle herds, and it has many causative agents including the protozoan parasites of the genus Cryptosporidium. This parasite is detected worldwide and has clinical importance particularly in pre-weaned calves. The most common species in calves is Cryptosporidium parvum. In this thesis, the prevalence of Cryptosporidium spp. in Estonian calves was determined, which species of this parasite were shed with faeces, and which subtypes of C. parvum were shed. Additionally, associations of Cryptosporidium species, general inflammatory response, and faecal microbiota were studied. The effects of treatment with halofuginone lactate were evaluated. Cryptosporidium spp. are widely spread among Estonian calves during their first two months of life. In this thesis, three species were detected, and ten subtypes of C. parvum were described, one of them being novel. Shedding of Cryptosporidium spp. oocysts was most common during the second week of life. The general inflammatory response was measured through blood serum concentrations of acute phase proteins (specifically serum amyloid A and haptoglobin), that are synthesised in liver as a result of pathogen invasion or tissue damage. The more Cryptosporidium spp. oocysts the calves shed in their faeces, the higher the concentration of these proteins in the blood, and the lower the microbial diversity in faeces. Some bacterial genera in faeces were positively associated with the serum concentrations of the acute phase proteins (e.g., Fusobacterium), or negatively with cryptosporidiosis (e.g., Ruminiclostridium 9). Halofuginone lactate treatment decreased mortality of calves and delayed the oocyst shedding. Understanding the interactions of Cryptosporidium spp., host responses, and the microbiota of the calf can help to comprehend the development of the calf as a whole. Based on this knowledge, factors benefiting the welfare and performance of production animals could be found and possibly influenced. Vasikate kõhulahtisus on levinud probleem veisekarjades ja sellel on palju võimalikke põhjustajaid, sealhulgas perekond Cryptosporidium parasiidid. Need parasiidid on ülemaailmase levikuga ja nendel on kliiniline tähtsus, eriti võõrutamata vasikatel. Levinuim liik vasikatel on Cryptosporidium parvum. Käesolevas väitekirjas uuriti Cryptosporidium’i perekonna levimust Eesti vasikatel, milliseid liike eritatakse, ja milliseid C. parvum'i alamtüüpe neil esineb. Lisaks uuriti seoseid Cryptosporidium'i liikide, üldise põletikuvastuse ja rooja mikrobioota vahel. Hinnati halofuginoon laktaadi ravi mõju krüptosporidioosi korral. Cryptosporidium'i liigid on Eesti vasikate seas laialt levinud nende esimesel kahel elukuul. Selles väitekirjas tuvastati kolm liiki ja kirjeldati kümmet C. parvum’i alamtüüpi, millest üks oli uudne. Cryptosporidium'i ootsüste eritati kõige rohkem teisel elunädalal. Üldist põletikuvastust mõõdeti ägeda faasi valkude (täpsemalt seerumi amüloid A ja haptoglobiini) vere seerumi kontsentratsioonide mõõtmise kaudu, mida sünteesitakse maksas patogeeni invasiooni või koekahjustuse tulemusena. Mida rohkem Cryptosporidium'i ootsüste vasikad oma väljaheidetega eritasid, seda suurem oli nende valkude kontsentratsioon veres ja seda väiksem oli rooja mikrobioota mitmekesisus. Mõned väljaheidete bakteriperekonnad olid seotud ka ägeda faasi valkude kontsentratsiooniga (nt Fusobacterium, positiivne seos) või krüptosporidioosiga (nt Ruminiclostridium 9, negatiivne seos). Ravi halofuginoon laktaadiga vähendas vasikate suremust ja lükkas edasi ootsüstide eritamist. Cryptosporidium'i liikide, peremeesorganismi füsioloogiliste reaktsioonide ja mikrobioota koostoime mõistmine võib aidata mõista vasika arengut tervikuna. Nende teadmiste põhjal on võimalik leida ja ehk mõjutada produktiivloomade heaolu ja jõudlust soodustavaid tegureid. The publication of this dissertation is granted by the Doctoral School of Clinical Medicine, supported by the European Union, European Regional Development Fund (Estonian University of Life Sciences ASTRA project „Value-chain based bio-economy“) and by the Estonian University of Life Sciences.

A Thesis for applying for the degree of Doctor of Philosophy in Engineering Sciences. Väitekiri filosoofiadoktori kraadi taotlemiseks tehnikateaduse erialal. The issue of land concentration in the EU and many parts of the world remains basic and is one of the most serious land issues in the district today. Agricultural land is becoming increasingly concentrated into the hands of large businesses, a situation in which small farmers are losing control over the agricultural land. This phenomenon is affecting Estonian agriculture. After the regaining of Estonian independence in 1991, restitution of farmlands based on the pre-Second World War ownership and privatisation of collective farms took place. The land reform law favoured agriculture based on small farms. In the first ten years of regaining independence, the number of farms in Estonia increased to 55,748 in 2001. Many small agricultural producers arose but in the following years this number decreased and in 2020 there were 11,369 farms left. While the average land use per agricultural household in Estonia has increased, the agricultural land in Estonia has become increasingly concentrated into the hands of corporate bodies. Not only land use is concentrating but landownership is concentrating as well. This is a dangerous sign. Control over the land is concentrating in the hands of small number of large corporations and there is a need to take action against this development in Estonia. Estonia needs policy direction and regulations for the agricultural land market that help to mitigate the impact of land concentration. Relationship between large agricultural producers and small-scale farms must be enabled so that both farming types can stay in fair market competition. The direction of the policy and extent of the area of land use or ownership in Estonia is a matter for further research and even debate, to determine appropriate regulations, possible limitations to land areas, the usage of pre-emptive right and the creation of land bank in Estonia. Definitely, there is a need for transparent structure of enterprises in Estonia. Põllumajandusmaa koondumine on põletav teema mitmes Euroopa riigis, kuid eriti on see päevakorral just endistes Nõukogude Liidu vabariikides. Selle protsessi tulemusel jäävad maakasutusest eemale seda seni harinud talumajapidamised, mis omakorda soodustab maapiirkondadest töö- ja elukohtade kadumist. Tegemist on üldjuhul pöördumatu protsessiga, mille olemasolust Eestis annab selgelt märku suurte põllumajandustootjate jätkuv kasv väikeste tootjate arvelt. 1991. aastal alanud maareformiga sooviti Eesti Vabariigis taastada talumajapidamistel põhinev põllumajanduslik tootmine. Reformi algusaastatel suurenes Eestis põllumajandustootjate arv ja 2001. aastaks oli Eestis 55 748 põllumajandustootjat. Aastate möödudes hakkas põllumajandustootjate arv Eestis vähenema ja 2020. aastaks oli alles jäänud 11 369 tootjat. Põllumajandustootjate arvu kahanemine on toimunud väiketootjate arvelt. Laienenud on allesjäänud põllumajandustootjate maakasutuse ja maaomandi pindala. Kõige suurema maakasutusega tootja maaomandi pindala on 2001.–2021. aasta jooksul kasvanud 312 347% ja keskmiselt on maakasutajate maaomandi pindala kasvanud 1036%. Põllumajandusliku maakasutuse koondumine soodustab ka maaomandi koondumist. Eestis on tähtis rakendada sellist poliitikat, mis toetab põllumajandusmaa koondumise asemel tööstuslike suurtootjate üleminekut väiksematele tootmisüksustele. Selleks tuleb kehtestada maksimaalne põllumajandusmaa pindala, mis saab kuuluda ühe tootja või seotud tootjate omandusse. Peale selle võiks põllumajandusmaa kuuluda üksnes nendele, kellel on vastavad teadmised selle kasutamiseks ja põllumajandusmaa ostu-müügitehingutel tuleks rakendada eelisõigust väikeste tootjate kasuks. Maapanga loomine soodustaks sektorisse sisenejatele põllumajandusmaa rentimist. Samuti on tähtis luua põllumajandusettevõtetele läbipaistev omandistruktuur. Publication of this thesis is supported by the Estonian University of Life Sciences and the Estonian University of Life Sciences ASTRA project „Value-chain based bio-economy“.

A Thesis for applying for the degree of Doctor of Philosophy in Forestry. Väitekiri filosoofiadoktori kraadi taotlemiseks metsanduse erialal. The purpose of wood drying is to obtain material with the desired final moisture content. During the process, it is necessary to find a balance between the quality of the wood and the energy and time spent. In order to find an optimal solution, it is important to know the condition of the material to be dried at a specific time. Often, the standard equipment of an industrial kiln is not enough when implementing a new drying schedule. In addition, there is a need for software that simulates wood drying, providing the initial drying regime, which can then be further optimized using the methodologies and sensors presented in this study. This work checks the occurrence of theoretically simulated moistening impulse response in experiments based on synchronous surface displacement, temperature and surface moisture sensors. For this purpose, it was necessary to develop specific sensors used for wood monitoring in the wood dryer climate. A physically justified measurement result is guaranteed when using sensors based on different working principles. When investigating the reliability of the sensors, typical issues and practically usable measurement ranges below and above the saturation point of the wood fiber were identified. The transition of the surface layer of wood from the first phase of drying to the second phase of drying was investigated. It was found that the transition of the surface layer to the second drying phase slows down the diffusion rate in the inner layers of the wood, which otherwise could still be in the first phase of drying due to their moisture content. In order to characterize the influence of the diffusion constant of the surface layer on the inner layers, the concept of critical diffusion constant was defined. In the process of wood drying, individually calibrated carbon fiber needle-electrodes were used to record the moisture content of wood at different depths from the surface of the board being dried. When creating an optimized drying plan taking into account the critical diffusion constant, it was possible to significantly shorten the drying time of a typical industrial drying plan at the same final moisture content. The optimized drying schedule was characterized by a higher drying strain, which can level down by a timed moistening pulse. In this thesis, the relative humidity value of the critical drying air corresponding to the critical diffusion constant for pine wood was found. It is easy for a timber company to use this information to modify its drying schedules on site. An electrical indicator of maximum wood drying stresses was also developed. Since the electrical resistance method is mostly used for wood drying monitoring in practice, the hardware and software of the patented polarization-type moisture meter prototype were improved. Galvanostatic charging mode and depolarization voltage monitoring capability was added. Puidu kuivatamise eesmärgik on saada soovitud lõppniiskusega materjali. Protsessi käigus on vaja leida tasakaal puidu kvaliteedi, kulutatud energia ning aja vahel. Optimaalse lahenduse leidmiseks on oluline teada millises seisus on konkreetsel ajahetkel kuivatatav materjal. Sageli ei piisa tööstusliku puidukuivati standardvarustusest uue kuivatusplaani juurutamisel. Lisaks on vaja puidu kuivatamist simuleerivat tarkvara, mis annab esialgse kuivatusrežiimi, mida saab edasi optimeerida, kasutades käesolevas töös toodud metoodikaid ja andureid. Käesolevas töös on kontrollitud kas teoreetiliselt simuleeritud niisutusimpulsi reaktsioon ilmneb ka katses, tuginedes sünkroonselt pinna nihke-, temperatuuri-, ja pinnaniiskuse andurile. Selleks oli tarvis välja töötatada spetsiifilised puidukuivati kliimas puidu monitooringuks kasutatavad andureid. Erinevatel tööprintsiipidel põhinevate andurite kasutamisel on tagatud füüsikaliselt põhjendatav mõõtetulemus. Andurite töökindluse uurimisel selgitati välja tüüpilised probleemid ja praktikas kasutatav mõõtepiirkond alla ning üle puidu kiu küllastuspunkti. Uuriti puidu pinnakihi üleminekut kuivatuse esimesest faasist teise kuivatuse faasi. Leiti, et pinnakihi üleminek teise kuivatuse faasi aeglustab difusiooni kiirust ka puidu sisekihtides, mis muidu oma niiskusesisalduse poolest võiksid veel olla kuivatuse esimeses faasis. Pinnakihi difusiooni konstandi mõju iseloomustamiseks sisekihtidele defineeriti kriitilise difusiooni konstandi mõiste. Puidukuivatuse protsessis puidu niiskusesisalduse registreerimiseks kuivatatava laua pinnast erinevatel sügavustel kasutati individuaalselt kalibreeritud süsinikkiud nõel–elektroode. Kriitilise difusioonikonstandi arvesse võtmisega optimeeritud kuivatusplaani koostamisel õnnestus tüüpilise tööstusliku kuivatamise plaani kuivatuse aega oluliselt lühendada sama lõppniiskuse juures. Optimeeritud režiimi iseloomustasid mõnevõrra suuremad suhtelised pinged mis on tasandatavad ajastatud niisutusimpulsiga. Käesolevas väitekirjas leiti männipuidu jaoks kriitilisele difusiooni konstandile vastav kriitilise kuivatusõhu suhtelise niiskuse väärtus. Seda infot on puiduettevõtetel lihtne kuivatusplaanide modifitseerimiseks kasutada. Samuti töötati välja puidukuivatuse pingete maksimumi elektriline indikaator. Kuna puidukuivatuse monitooringuks kasutatakse praktikas valdavalt elektrilist takistusmeetodit siis täiustati patendeeritud polarisatsioon-tüüpi niiskusmõõturi prototüübi riistvara ja tarkvara.