1. Establishing the background level of base oxidation in human lymphocyte DNA: results of an interlaboratory validation study
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Gedik, Catherine, Collins, Andrew, Dubois, Jacques, Duez, Pierre, Kouegnigan, Léonard, Rees, Jean-François, Loft, Steffen, Möller, Peter, Jensen, Annie, Poulsen, Henrik, Riis, Bente, Weimann, Allan, Cadet, Jean, Douki, Thierry, Ravanat, Jean-Luc, Sauvaigo, Sylvie, Faure, Henri, Morel, Isabelle, Morin, Bénédicte, Epe, Bernd, Eckert, Inge, Hartwig, Andrea, Schwerdtle, Tanja, Dolara, Piero, Giovannelli, Lisa, Lodovici, Maura, Guglielmi, Francesco, Olinski, Ryszard, Bialkowski, Karol, Foksinski, Marek, Gackowski, Daniel, Duračková, Zdena, Muchová, Jana, Korytar, Peter, Sivonová, Monika, Dusinska, Maria, Mislanova, Csilla, Petrovska, Helena, Smolkova, Bozena, Vina, José, Lloret, Ana, Saez, Guillermo, Hofer, Tim, Möller, Lennart, Eriksson, Hanna, Gremaud, Eric, Herbert, Karl, Wild, Chris, Kelly, Frank, Dunster, Christina, White, Ann, Wood, Sharon, Vaughan, Nicolas, Department of Computer Science [Liverpool], University of Liverpool, France, Amériques, Espagne – Sociétés, pouvoirs, acteurs (FRAMESPA), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université libre de Bruxelles (ULB), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Universität Ulm - Ulm University [Ulm, Allemagne], Laboratoire Lésions des Acides Nucléiques (LAN), Service de Chimie Inorganique et Biologique (SCIB - UMR E3), Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST ), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), CHU Grenoble, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble, Université de Rennes (UR), Université de Bordeaux (UB), Department of Preclinical and Clinical Pharmacology, Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Norwegian Institute for Air Research (NILU), Interface Physique et Chimie pour le Vivant (IPCV), Centre d'Etudes Nucléaires de Bordeaux Gradignan (CENBG), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
Guanine ,Analytical chemistry ,Biology ,Biochemistry ,03 medical and health sciences ,chemistry.chemical_compound ,0302 clinical medicine ,[CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry ,Cell Line, Tumor ,Genetics ,Humans ,AP site ,Lymphocytes ,Molecular Biology ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,Chromatography ,8-Hydroxy-2'-deoxyguanosine ,Deoxyguanosine ,DNA oxidation ,Formamidopyrimidine DNA glycosylase ,DNA ,Orders of magnitude (mass) ,Comet assay ,chemistry ,8-Hydroxy-2'-Deoxyguanosine ,030220 oncology & carcinogenesis ,[SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology ,Laboratories ,Oxidation-Reduction ,Biotechnology ,HeLa Cells - Abstract
Accurate measurement of low levels of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodGuo) in DNA is hampered by the ease with which guanine is oxidized during preparation of DNA for analysis. ESCODD, a consortium of mainly European laboratories, has attempted to minimize this artifact and to provide standard, reliable protocols for sample preparation and analysis. ESCODD has now analyzed 8-oxodGuo in the DNA of lymphocytes isolated from venous blood from healthy young male volunteers in several European countries. Two approaches were used. Analysis of 8-oxodGuo by HPLC with electrochemical detection was performed on lymphocytes from 10 groups of volunteers, in eight countries. The alternative enzymic approach was based on digestion of DNA with formamidopyrimidine DNA glycosylase (FPG) to convert 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoGua) to apurinic sites, subsequently measured as DNA breaks using the comet assay (7 groups of volunteers, in six countries). The median concentration of 8-oxodGuo in lymphocyte DNA, calculated from the mean values of each group of subjects as determined by HPLC, was 4.24 per 10(6) guanines. The median concentration of FPG-sensitive sites, measured with the comet assay, was 0.34 per 10(6) guanines. Identical samples of HeLa cells were supplied to all participants as a reference standard. The median values for 8-oxodGuo in HeLa cells were 2.78 per 10(6) guanines (by HPLC) and 0.50 per 10(6) guanines (by enzymic methods). The discrepancy between chromatographic and FPG-based approaches may reflect overestimation by HPLC (if spurious oxidation is still not completely controlled) or underestimation by the enzymic method. Meanwhile, it is clear that the true background level of base oxidation in DNA is orders of magnitude lower than has often been claimed in the past.
- Published
- 2004
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