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The establishment of large populations of yellow-legged gull Larus michahellis in coastal and urban areas can lead to strong changes in vegetation cover and composition through creating physical disturbance in the vegetation and impacting the soil quality through defecation. In this study, we evaluated the effects of breeding yellow-legged gull populations on tall and short vegetation cover and plant species composition in old (occupied for 13 years) and new (occupied for 3 years) colony sites in grey dunes of the Algarve, southern Portugal. In each site, sampling plots were used to measure the percentage of vegetation cover in areas with and without breeding gulls. In the old colony site, the cover by tall vegetation was substantially reduced and the cover by short vegetation substantially increased in the areas where gulls are breeding in comparison with the adjacent areas. In the new colony sites, there were only minor differences. The increase in cover of short vegetation in the breeding area of the old colony site was mostly by nitrophilous species (Paronychia argentea and Malcolmia littorea) and should be explained by the decrease in vegetation cover of tall plant species and by feces deposition. Tall and slow-growing species Suaeda maritima and Helichrysum italicum covers were negatively affected. Our results showed that yellow-legged gulls affected vegetation cover and composition of grey dunes after 3 years of consecutive breeding, and this should be considered in the management of these habitats where breeding yellow-legged gulls are increasing. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

The alongshore response of dunes to storm events can be extremely variable and,consequently, their capacity to maintain their services, including the protection ofhinterland communities. In this study, the role of biotic and abiotic factors determin-ing the magnitude of dune retreat driven by a severe storm along a 60 km barrierisland system was investigated. Data from high-resolution satellite imagery, digitalterrain models, and wave propagation models were used in this assessment. Theassessed abiotic factors included the backshore volume, dune height, downdrift inletdistance, and incident wave power. The evaluated biotic factor was the vegetationcover, characterized by a vegetation index retrieved from the multispectral imagery.The results revealed large alongshore variability on dune retreat, ranging from negli-gible impact to ca. 40 m of retreat. All combined factors allowed us to explain up to70% of the dune retreat variability through a multi-regression analysis. Among allinvestigated factors, the major contributor controlling the magnitude of dune retreatwas the backshore volume (more robust berms reduced the retreat) followed by thewave power (normal and longitudinal components). Moreover, the removal of localsalient features in the dune line caused the straightening of the coastline, highly con-tributing to the development of dune retreat hotspots. The other evaluated factorshad a smaller influence on reducing coastal retreat, including the vegetation, whosecontribution to dune protection was around one order of magnitude lower than thatprovided by the backshore volume. The results highlight the importance of regionalassessments to understand the causes behind the large alongshore variability ofstorm impacts at dunes. They also state the relatively low influence of the vegetationfrom this climatic region to enhance dune resistance to storms. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Coastal lagoons are among the most productive ecosystems in the world, and they provide a wide range of ecosystem services and resources. In the Ria Formosa (southern Portugal), phytoplankton production has rarely been addressed. The main goal of this study is thus to evaluate the variability of phytoplankton production and photosynthetic characteristics over the seasonal cycle and in different locations (landward, urban, intermediate, and seaward boundaries) of the Ria Formosa coastal lagoon, subjected to distinct natural and anthropogenic stressors. Primary production was evaluated using the 14C incorporation technique, and photosynthetic parameters were estimated by fitting photosynthesis-irradiance curves. Primary production showed significant seasonal variations, with higher values in the summer associated with lower euphotic depths, higher water temperatures, and higher nutrient concentrations. No spatial differences were found for primary production or photosynthetic parameters. Primary production values were lower than previous estimates, which reflects an improvement in water quality in the Ria Formosa, but values are higher than primary production estimates for other temperate coastal ecosystems, which reflects the highly productive nature of this coastal lagoon. LA/P/0069/2020 DL57/2016/CP1361/CT0017 info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Purpose There is an increasing interest in visiting protected areas in the Algarve (Portugal). Tourists are interested in contact with nature activities. However, protected areas are quite sensitive to human pressure and are limited in their carrying capacity. The purpose of this study is to fill a literature gap concerning which features attract tourists who visit saltpans via a pedestrian tour and what sort of pressure they inflict on waterbirds’ behaviour. Design/methodology/approach The tour consists of a predefined path with interpretive boards and guides who provide explanations to visitors. This study is threefold: to find out if waterbirds are disturbed by the presence of tourists, if tourists prefer to learn more about saltpans instead of finding waterbirds and if tourists have any preferred waterbird species. The methods used are direct observations with binoculars of the saltpan area and a short questionnaire. With the data collected, three hypotheses are tested. Findings The results show that the occurrence of waterbirds does not vary according to the presence or absence of tourist visits, tourists prefer visiting saltpans rather than watching waterbirds and there is some waterbird species preference. Practical implications Few people can visit the saltpan while keeping disturbance of both waterbirds and workers to a minimum. This study gives insights into sustainable ecotourism practices and how to articulate them with saltpan works. Originality/value The value of this study can be demonstrated by the interconnection between traditional salt production, waterbirds’ habitat, visitors’ interest and their interaction.

O estudo realizou-se durante a unidade curricular Prática do Ensino Supervisionada II, numa escola que alberga o 2.º e o 3.º Ciclos do Ensino Básico em Faro. A investigação foi concretizada com uma turma do 5.º ano, em concreto, no segundo e terceiro períodos do ano letivo 2021/22. Esta investigação dá ênfase às perceções das crianças do 2.º CEB relativas ao caranguejo-boca da Ria Formosa. Para aceder às perceções dos discentes, a intervenção educativa fornece momentos de reflexão acerca da identidade animal, da sua importância cultural e social, dos seus comportamentos e das suas características anatómicas através do trabalho autónomo e cooperativo. Para garantir a motivação e a dedicação dos alunos disponibilizaram-se diferentes recursos didáticos construídos por mim, como o Power Point interativo, os vídeos animados, os materiais manipuláveis não-estruturados e um aquário com dois caranguejos-boca. Neste contexto a presente investigação objetiva: 1) Aceder às perceções das crianças acerca do caranguejo-boca da Ria Formosa; 2) Articular as ciências naturais, a arte e a tecnologia na intervenção educativa relativa ao caranguejo-boca; e 3) Compreender a progressão das perceções das crianças relativas ao caranguejo-boca, durante a intervenção educativa. A pesquisa enquadra-se no paradigma interpretativo de cariz qualitativo, tendo como instrumentos de recolha de dados: as entrevistas semiestruturadas, as observações participantes, os registos escritos e os registos gráficos (fotografias). Salienta-se ainda que, a investigação permite a análise das questões problemas a partir de um estudo exploratório. Os resultados apresentam uma progressão consistente e, tendencialmente, positiva dos alunos relativamente ao caranguejo-boca. Os instrumentos pedagógicos concebidos foram cruciais para a construção e a formação de futuros cidadãos críticos e ativos na sociedade, pois os alunos demonstraram ter opiniões acérrimas sobre a temática, evidenciaram uma progressão significativa dos seus conhecimentos e mostraram uma postura cívica e democrática na prevenção do caranguejo-boca e do seu habitat. The study took place during the curricular unit Supervised Teaching Practice II, in a school that hosts the 2nd and 3rd Cycles of Basic Education in Faro. The research was carried out with a 5th grade class, specifically, in the second and third periods of the school year 2021/22. This research emphasizes the 2nd grade children's perceptions regarding the Ria Formosa's mitten crab. To access the students' perceptions, the educational intervention provides moments of reflection about the animal identity, its cultural and social importance, its behaviors, and anatomical characteristics through autonomous and cooperative work. To ensure the motivation and dedication of the students, I made available different teaching resources that I built, such as interactive Power Point, animated videos, unstructured manipulative materials, and an aquarium with two Mouth crabs. In this context, this research aims to: 1) Access children's perceptions about the Ria Formosa Mouthed Crab; 2) Articulate natural sciences, art, and technology in the educational intervention about the Mouthed Crab; and 3) Understand the progression of children's perceptions about the Mouthed Crab during the educational intervention. The research is framed within the interpretative paradigm of qualitative nature, with the following data collection tools: semi-structured interviews, participant observations, written records, and graphic records (photographs). It should also be noted that the research allows for the analysis of the problematic issues from an exploratory study. The results show a consistent and positive progression of the students regarding the Mouth Crab. The pedagogical tools designed were crucial for the construction and formation of future critical and active citizens in society, as the students demonstrated to have strong opinions on the topic, showed a significant progression of their knowledge and showed a civic and democratic attitude towards the prevention of the Mouth Crab and its habitat.

The Ria Formosa, Southern Portugal (Algarve) is a mesotidal lagoon with restricted exchange with Atlantic Ocean. Due to arid Mediterranean climate and absence of large freshwater inputs, the lagoon remains hypersaline relative to adjacent ocean (≥37 psu). Generally, fecal coliforms and land-derived bacteria do not survive long in seawater due to UV, osmotic shock, oligotrophy and competition with marine bacteria. However, survival of human pathogenic viruses in natural waters remains relatively unknown. In view of 2020–2021 SARS-CoV-2 pandemic, this preliminary study aimed to estimate potential contamination by wastewater and persistence in marine environment. Five sampling campaigns (45 total samples) were completed in 2020 and 2021 at three stations in the lagoon, as well as inflow and outflow from three wastewater treatment plants (WWTPs). Despite relatively high fecal contamination at lagoon stations, SARS-CoV-2 could not be detected in surface waters using improved methodology. Untreated wastewaters were positive at Faro-Aeroporto 21/10/2020, 14/12/2020, 08/03/2021; Vilamoura 21/10/2020, 14/12/2020; Olhão 14/12/2020. All treated wastewaters were negative, as well as environmental samples. Highest viral titers were observed in Faro-Aeroporto WWTP on 8 March 2021 (1.35 x 105 genomic copies L−1) coinciding with peak SARS-CoV-2 cumulative positive cases in Algarve (2.03 x 104), yet SARS-CoV-2 was not detected in Vilamoura and Olhão raw wastewater then. Thus, the contamination potential of SARS-CoV-2 seemed non-existent in the Ria Formosa during peak pandemic surges in Algarve. However, predicted climate change and its impact on microbial populations remains a challenge to be addressed by both health and tourist authorities.

The present work aims to characterize Ria Formosa water quality considering its spatial, and temporal variability at two scales: short-term (among seasons) and long-term to evaluate its evolution over the past 40 years, by comparing six historical datasets with data obtained in this study. To attain these goals, four field surveys under different seasons and/or weather conditions were conducted between 2017 and 2019 at seven sites along the Ria Formosa, covering the water bodies specified for this system. In situ measurements (temperature, salinity, pH and dissolved oxygen) and water sampling for determination of nutrients, chlorophyll a and suspended solids were taken every 2 h at each site, during complete semidiurnal tidal cycles. Moreover, these data were complemented with in situ data acquired at a high frequency (every 15 min) by a real time observational station deployed at an inner area, close to a main channel, where the anthmpogenic pressure is more intense. Data analysis clearly depict a spatial variability pattern along the Ria Formosa, as well as a temporal heterogeneity, influenced by the contribution of precipitation, sediments, wind and water exchanges with the adjacent ocean. Between sampling sites, the lowest variability of water quality parameters occurred at the boundary coastal station, at the main inlet, in permanent connection with the ocean, while the maximum variability was found at both the lagoon edges, mainly due to the shallowness of the water column. Temporally, the highest concentrations of nutrients were obtained during the Wet/rainy conditions survey, under the influence of runoff. The lowest concentrations of nutrients were attained during the Summer, except for phosphate, due to consumption by phytoplankton. Although the sampling frequency along time has been limited, Ria Formosa water quality data from the last 40 years shows a decreasing trend in nutrients concentration and a marginal increase of dissolved oxygen, suggesting a water quality improvement over time, in contrast with other coastal lagoons that are showing a water quality deterioration due to an increasing anthropogenic pressure. Altogether, these are relevant aspects to consider regarding Ria Formosa present and future management, including climate change and anthropogenic pressures susceptibility assessment and to use them within an international context by comparison with other similar systems. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

The Ria Formosa is an important transitional and coastal lagoon on the south coast of Portugal that provides valuable ecosystem services. The lagoon is a protected area under national and international conventions. There is a great potential for Blue Growth sectors, such as aquaculture and coastal tourism, but these rely on good water quality. European environmental legislation, such as the Water Framework Directive, requires member states, such as Portugal to implement management measures if a surface water body is not of good ecological status. This work addresses the effectiveness of management measures, such as wastewater treatment plant implementation and dredging, on the water quality of the Ria Formosa coastal lagoon system. This is an important social-ecological issue, since management measures can be very expensive. The ecological status of Ria Formosa was evaluated, according to the physico-chemical and biological quality elements of the Water Framework Directive. The main indicators were the physico-chemical quality elements of nutrient and oxygen condition, and the biological quality element chlorophyll a, as a proxy for phytoplankton biomass, under the Water Framework Directive. The data for these quality elements from the Ria Formosa were analyzed for consistency with the classification for the Water Framework Directive water bodies. The data after the implementation of management measures was compared with historical data to evaluate if these measures had been effective. The relation between nutrient pressures, meteorological and hydrological conditions was addressed, especially rainfall and runoff. Results showed a decrease in nutrient concentration after the management interventions, despite the increase of population and intensifying agriculture in the catchment. The Ecological Status is spatially variable with an overall moderate status, indicating the need for further management measures. There is a significant reduction in nutrient pressure on the lagoon during drought years. This indicates that climate change may alter the structure and function of the lagoon in the future., AN and JI were funded by EU contract number EVK3-CT-1999-00002 (OAERRE) during the sampling phase in the lagoon. AN, JI, and DM were funded by EC 7FP grant agreement 226675 (KnowSeas); AN was also funded by EC 7FP grant agreement 308392 (DEVOTES), the preparation of the publication. JI was funded by H2020 grant no. 678193 (CERES) and H2020 grant no. 773330 (GAIN) during the current preparation and submission of the publication. MC-A was supported by a Ramón y Cajal contract funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation (RYC2020-029829-I). SC and PG were supported by Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., Portugal through contracts CEECIND/01635/2017, UID/MAR/00350/2019CIMA and CEECIND/02014/2017, UID/MAR/00350/2019CIMA, respectively.

Localizada no sul de Portugal, a Ria Formosa é um estuário composto por sapais, canais, barras e ilhas-barreira que, pelas atividades económicas provenientes da pesca e cultura de bivalves e pela manutenção e preservação do ecossistema e das espécies que usam a Ria Formosa como local de alimentação, desova e habitat, tem uma grande importância local e nacional. Considerando as consequências causadas por fenómenos climáticos como o aquecimento global, espera-se que os seus impactos, nomeadamente o aumento do nível médio do mar, serão refletidos, a uma escala regional, nos sistemas costeiros, como é o caso da Ria Formosa. Utilizando o sistema de modelação numérica MOHID, foram realizadas simulações considerando projeções climáticas regionais para a costa da Europa (downscalling climático), divulgadas por Vousdoukas et al. (2017), tendo como base o trabalho desenvolvido por Martins e Janeiro (2018) no Plano Intermunicipal de Adaptações às Alterações Climáticas da AMAL (PIAAC). Foram avaliados um cenário de validação, dois cenários de linha de base e quatro cenários de subida do nível médio do mar na Ria Formosa, pondo enfase nas alterações para elevação do nível médio do mar, velocidade e tempos de inundação nas suas regiões inter-marés. Dos resultados ob tidos, notou-se um aumento das áreas submersas em resposta ao aumento relativo do nível médio do mar para cada cenário analisado. Também foi observado uma variação na ve locidade causada pela utilização de mais harmónicas de maré. Por fim, realizou-se a com paração entre a metodologia apresentada nesta dissertação e a metodologia proposta por Martins e Janeiro (2018), onde concluiu-se que, apesar de a metodologia de Martins e Janeiro (2018) considerar uma elevação maior do que a metodologia apresentada neste trabalho, a utilização de dados regionais para o aumento do nível médio do mar e a utili zação de mais harmónicas de maré reproduziram resultados que indicam uma maior área submersa, mesmo a elevação sendo menor. Os resultados obtidos neste trabalho contri buem para ampliar a perceção das consequências do aumento do nível médio do mar, nomeadamente as áreas mais sensíveis aos maiores ou menores tempos de inundação, em comparação com a situação atual. Sendo assim, o trabalho possibilita uma perspetiva mais ampla sobre os desafios futuros para a gestão da Ria Formosa. Ria Formosa is an estuary located in the southern Portugal. It is composed by salt marshes, channels, inlets and barrier islands among another coastal landforms. Ria Formosa per forms an important role in the local community by providing economic resources through fishing activities, bivalve molluscs farming and in an environmental aspect, through maintenance and preservation of the area and its species. In a global warming context, it is expected that the impacts in a rise of the mean sea level in a global scale will be re flected in coastal systems as Ria Formosa. These impacts are expected to occur mainly as morphodynamical changes. Therefore, the impacts caused by a mean sea level rise in the Ria Formosa becomes a relevant subject to study and analyze its consequences. Simula tions were made to compare and evaluate the sea level rise, in a present situation and in the future, using the data published by Vousdoukas et al. (2017). The simulations were made with MOHID and aimed to evaluate three sea level rise scenarios for the Ria For mosa, with emphasis in sea level rise, water speed and intertidal flood times. The results were analyzed for each scenery in consideration to the sea level rise for the correspondent scenario. An increase in submerged areas was noted in response to the relative sea level rise in all scenarios. It was observed that the use of more tidal harmonics caused a varia tion in the water speed. Finally, a comparison was made between the methodology pre sented in this thesis and the methodology proposed by Martins and Janeiro (2018). De spite the methodology of Martins and Janeiro (2018) considers a higher sea level rise, the use of regional data and more tidal harmonics reproduced results that indicates a greater submerged area, even though the elevation been lower. This present thesis aimed to be an overall look about future challenges to manage the complex Ria Formosa lagoon system. By the end of the present work, it was possible to obtain relevant data and information to help understanding the consequences of the mean sea level rise in Ria Formosa. This thesis aimed to reveal the most sensitive areas to the changes in the inundation time in comparison with the actual state. In the end it was discussed the consequences to the local ecosystem and it was presented further studies suggestions.

The main objective of this article is to understand the relationship that the residents of Fuzeta, a fishing village in southern Portugal, establish with the Ria Formosa Natural Park, through the concept of place attachment. Recent studies on the relationship between individuals and places highlight the importance of this place attachment, but despite its abundant use, it remains in a stage of theoretical underdevelopment. Furthermore, the lack of research on the attachment to Portuguese Natural Parks endowed this research with an exploratory character and led to the need to a new definition of the concept of place attachment and to the construction of a broader analytical model. The attribution and maintenance of meanings and values to the places, implies not only the relationship of people with the physical elements of the territory but also the interactions of individuals with each other, their sharing of history and culture, and other aspects that can either strengthen or weaken people’s attachments to places. We propose in this article a new analytical model that includes, at the same time, the factors that participate in the attribution of meanings and values to places, and also those that participate in the place attachment process whether in a contributory way or in a disruptive way. The empirical study presented in this article adopted a qualitative interpretative methodology through the use of semi-structured in-depth interviews. Thus, 26 Fuzeta residents engaged in leisure or professional activities in the Ria Formosa lagoon were interviewed. The interviewees were workers from several professional activities that use the lagoon – such as fishermen and shellfish catchers, restaurant and hospitality workers, as well as those engaged in leisure activities such as sunbathing, recreational fishing, the catching of shellfish and crustaceans, hiking, boating, windsurfing and camping. The results indicate that the inhabitants of Fuzeta have a very strong and multidimensional attachment to the Ria Formosa that is related to the meanings, emotions, feelings they attribute to it and mainly to the perception of its irreplaceability., O principal objetivo deste artigo é compreender a relação que os residentes da Fuzeta, uma vila piscatória do sul de Portugal, estabelecem com o Parque Natural da Ria Formosa, através do conceito de apego ao lugar (place attachment). Estudos recentes sobre a relação entre os indivíduos e os lugares têm vindo a destacar a importância do conceito de apego ao lugar, mas apesar da abundante utilização, o conceito parece ainda subteorizado. Acresce que a escassez de investigação sobre o apego ao lugar nos Parques Naturais portugueses dotou esta investigação de um carácter exploratório e conduziu à necessidade de dar uma nova definição ao conceito e à construção de um modelo analítico mais alargado. A atribuição e manutenção de significados e valores aos lugares implica, não só a relação das pessoas com os elementos físicos dos territórios, mas também as interações sociais que aí têm lugar, a sua história e cultura partilhadas, bem como outros aspetos que tanto podem fortalecer como enfraquecer o apego das pessoas aos lugares. Propõe-se, neste artigo, um novo modelo analítico para o conceito que inclui, ao mesmo tempo, os fatores que participam na atribuição de significados e valores aos lugares, e também aqueles que participam deste processo quer de forma contributiva, quer disruptiva. O estudo empírico apresentado neste artigo adotou uma metodologia qualitativa e interpretativa com recurso a entrevistas semiestruturadas em profundidade. Assim, foram entrevistados 26 residentes da Fuzeta que exercem atividades profissionais ou de lazer na Ria Formosa. Os entrevistados são profissionais de diversas atividades que utilizam a Ria - pescadores e mariscadores, trabalhadores de restaurantes e hotelaria - bem como, aqueles que se dedicam a atividades de lazer - fazer praia, pesca lúdica, apanha de moluscos e crustáceos, caminhadas, passeios de barco e campismo. Os resultados indicam que os habitantes da Fuzeta têm uma forte e multidimensional ligação à Ria Formosa a qual está relacionada com as emoções e os sentimentos sentimento que a Ria lhes desperta e, principalmente, e com a perceção da sua insubstituibilidade.

The main objective of this article is to understand the relationship that the residents of Fuzeta, a fishing village in southern Portugal, establish with the Ria Formosa Natural Park, through the concept of place attachment. Recent studies on the relationship between individuals and places highlight the importance of this place attachment, but despite its abundant use, it remains in a stage of theoretical underdevelopment. Furthermore, the lack of research on the attachment to Portuguese Natural Parks endowed this research with an exploratory character and led to the need to a new definition of the concept of place attachment and to the construction of a broader analytical model.The attribution and maintenance of meanings and values to the places, implies not only the relationship of people with the physical elements of the territory but also the interactions of individuals with each other, their sharing of history and culture, and other aspects that can either strengthen or weaken people’s attachments to places. We propose in this article a new analytical model that includes, at the same time, the factors that participate in the attribution of meanings and values to places, and also those that participate in the place attachment process whether in a contributory way or in a disruptive way.The empirical study presented in this article adopted a qualitative interpretative methodology through the use of semi-structured in-depth interviews. Thus, 26 Fuzeta residents engaged in leisure or professional activities in the Ria Formosa lagoon were interviewed. The interviewees were workers from several professional activities that use the lagoon – such as fishermen and shellfish catchers, restaurant and hospitality workers, as well as those engaged in leisure activities such as sunbathing, recreational fishing, the catching of shellfish and crustaceans, hiking, boating, windsurfing and camping. The results indicate that the inhabitants of Fuzeta have a very strong and multidimensional attachment to the Ria Formosa that is related to the meanings, emotions, feelings they attribute to it and mainly to the perception of its irreplaceability.

Seagrasses play a high ecological role and provide a large range of ecosystem services, yet they are globally threatened by climate change. The seagrasses Zostera marina and Cymodocea nodosa share the same ecological niche in Ria Formosa, Southern Portugal, where their thermal distribution limits meet. While C. nodosa has its northern distribution limit in Portugal, Z. marina reaches its southern distribution limit in Ria Formosa. The present work aims to comparatively evaluate the physiological responses of both species to marine heatwaves (MHWs), a phenomenon that is increasing in frequency and intensity with climate change. Shoots of both species were transplanted into a mesocosm experiment where a MHW was simulated. The heatwave design was composed of a heating ramp from 20 to 28 °C, a 7-days heatwave at 28 °C, followed by a cooling ramp and an 8-days recovery period at 20 °C. The potentially stressful effects of the MHW on the plant’s physiology were investigated, both during the MHW peak and after recovery. Photosynthetic performance was assessed with photosynthesis-irradiance (P-I) curves parameters (α, Pm and Ik) and chlorophyll fluorescence imaging (CFI). Complementarily, key biochemical stress indicators (Total phenols, TEAC, ORAC, MDA) were quantified to investigate the oxidative stress level in plant tissues. Only C. nodosa survived the acclimation period. The maximum quantum yield of photosystem II (ΦPSII) was enhanced during the heatwave, probably to maintain the photosynthetic activity at control level. Negative effects on the photosynthetic performance of C. nodosa were observed after recovery, whereas ΦPSII came back to control level. No significant oxidative stress was observed all along the experiment. Overall, although C. nodosa showed a relatively high tolerance to MHWs compared to other species such as Z. marina, C. nodosa population in Ria Formosa is likely to be negatively affected by the forecasted climate change scenarios. Seagrasses play a high ecological role and provide a large range of ecosystem services, yet they are globally threatened by climate change. The seagrasses Zostera marina and Cymodocea nodosa share the same ecological niche in Ria Formosa, Southern Portugal, where their thermal distribution limits meet. While C. nodosa has its northern distribution limit in Portugal, Z. marina reaches its southern distribution limit in Ria Formosa. The present work aims to comparatively evaluate the physiological responses of both species to marine heatwaves (MHWs), a phenomenon that is increasing in frequency and intensity with climate change. Shoots of both species were transplanted into a mesocosm experiment where a MHW was simulated. The heatwave design was composed of a heating ramp from 20 to 28 °C, a 7-days heatwave at 28 °C, followed by a cooling ramp and an 8-days recovery period at 20 °C. The potentially stressful effects of the MHW on the plant’s physiology were investigated, both during the MHW peak and after recovery. Photosynthetic performance was assessed with photosynthesis-irradiance (P-I) curves parameters (α, Pm and Ik) and chlorophyll fluorescence imaging (CFI). Complementarily, key biochemical stress indicators (Total phenols, TEAC, ORAC, MDA) were quantified to investigate the oxidative stress level in plant tissues. Only C. nodosa survived the acclimation period. The maximum quantum yield of photosystem II (ΦPSII) was enhanced during the heatwave, probably to maintain the photosynthetic activity at control level. Negative effects on the photosynthetic performance of C. nodosa were observed after recovery, whereas ΦPSII came back to control level. No significant oxidative stress was observed all along the experiment. Overall, although C. nodosa showed a relatively high tolerance to MHWs compared to other species such as Z. marina, C. nodosa population in Ria Formosa is likely to be negatively affected by the forecasted climate change scenarios.

Anthropogenic pressure on coastal areas has been increasing in the last decades, threating the saltmarshes and the ecosystem services they provide. Sarcocornia fruticosa can have an important role in sequestration of metals from human activities. This study evaluated the effect of metal toxicity in saltmarsh sediment (measured by Ecological Risk Index-ERI) on S. fruticosa ability to metal (Cd, Cr, Ni, Pb and Zn) remediation (Enrichment Factor and metal translocation). The impact of urbanization was studied through the metal loads on stormwaters during two main rainfall events, and the industrial impact was assessed through data analyses in a saltmarsh area influenced by a stream that receives industrial runoffs. The S. fruticosa response on metal remediation was affected by ERI. In more polluted locations, retained metals on roots and prevented the most toxic (Cd and Pb) from reaching the aerial organs, avoiding tissues death and metal remobilisation to the saltmarsh. Meanwhile, in rhizosediments with conditions to high metal bioavailability, S. fruticosa transported Cd and Pb to aerial organs, but used the Zn translocation to decrease their toxicity. This halophyte resilience is important to saltmarsh metal sequestration in high toxicity conditions, and allows the maintenance of other ecosystem services, contributing to the environmental protection and public health. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Highlights • Foraminifera responded faster to environmental perturbations than macroorganisms. • Population densities doubled and Asterigerinata mamilla bloomed under stronger flow. • Excess of threshold values and changes to new ecosystems induce acme occurrences. Abstract Benthic foraminifera are deemed sensitive indicators of environmental conditions. Triggers and magnitudes of faunal response to environmental changes are yet poorly constrained. Benthic foraminiferal faunas were monitored annually at Ria Formosa (Algarve, Portugal) coastal lagoon since 2013. Distinct environmental changes were recognised during the monitoring period. The relocation of a tidal inlet in winter 2015 effected faster flushing, higher tidal levels, and stronger currents in the Esteiro do Ancão tidal channel. The epibenthic foraminiferal species Asterigerinata mamilla increased in abundance and the population densities of the whole fauna were double as high as before inlet relocation. Enhanced sediment redeposition was recorded and extensive polychaete colonies successively replaced firmground patches with oysters. The standing stock of the foraminiferal fauna declined in the next year due to food impoverishment, while the high hydraulic energy levels and high percentages of Asterigerinata mamilla maintained. Benthic foraminifera responded much faster to environmental perturbations than macroorganisms identifying them as powerful proxies in environmental studies.

Coastal lagoons are very productive and economically important ecosystems that suffer several anthropogenic pressures, including from urban wastewater treatment plants (UWWTP) discharges. This last pressure can induce nutrient enrichment and development of primary producers (toxic or not), microbiological contamination of the water or even eutrophication that ultimately will have impact on the organisms living nearby and on their salubrity. Ria Formosa lagoon is a coastal lagoon on the Portuguese south coast responsible for over 90% of the Portuguese shellfish production, however along its extension it suffers influence from several UWWTP discharging in this system, some of them in in the vicinity of the production areas. Since in Tavira there is an important area of shellfish production close to the Gilão estuary it is important to determine the impact of the Almargem UWWTP upon the water quality of the receiving waters and to evaluate if there is any influence of it on the shell production area. The main goals of this work were: i) to determine the spatial extent of the influence of the Almargem UWWTP along the gradient of dispersal of the effluents in the receiving waters, potential impact on the bivalves production area, and the compliance of data with the applicable legislation; ii) to determine the dilution effect within the study area associated with the daily tidal cycles; iii) to determine the effect of different tidal ranges upon the water quality; iv) to determine the seasonal influence of the sewage discharge impact upon the water quality; v) to assess the temporal evolution of the chemical and microbiologic contamination of the water quality in the study area and vi) to calculate a trophic index (TRIX) in the study area, defining a baseline for Almargem UWWTP. The results showed that the Almargem UWWTP clearly influence the water characteristics till 750 m downstream from the UWWTP discharge. In August and February the E. coli concentration was above the limit imposed for the discharge license, both by increased anthropogenic pressure and land runoff after a rainfall event, respectively. The TRIX index varied between eutrophic and oligotrophic conditions, with a lower water quality upstream in the Almargem channel until 1000 m during the summer months. The highest impact on the water quality was registered during low water of neap tides, associated with a higher residence time. The tidal effect and the water renewal are able to decrease contamination, helping to the improve the water quality as observed at 1750 m, considered the reference station and in consequence caused no impact over the shellfish production area. In this area the microbiological contamination recorded suggest that there were external sources at the Gilão low estuary. However, for most of the sampling period, the salubrity of bivalves controlled by IPMA was of class B that can be harvested and sent to depuration, not but negatively affect their production. As lagoas costeiras são ecossistemas muito produtivos e economicamente importantes e por isso são altamente povoadas e como tal sofrem várias pressões antrópicas. Por serem áreas muito produtivas, as lagoas costeiras são fortemente utilizadas para a aquicultura, em particular para a produção de bivalves. Os impactos das pressões podem ser causados por fontes não pontuais, como escoamento agrícola, ou fontes pontuais, tais como as descargas de estações de tratamento de águas residuais urbanas (ETAR). Esta última pode induzir ao enriquecimento de nutrientes e crescimento de produtores primários (tóxicos ou não), contaminação microbiológica da água ou mesmo eutrofização que acabará por afetar os organismos que vivem nas proximidades e a sua salubridade. Contudo, a extensão destes impactos depende dos padrões de circulação de água e da hidrodinâmica do sistema. A Ria Formosa é uma lagoa costeira localizada no sul de Portugal altamente produtiva e responsável por mais de 90% da produção nacional de bivalves, mas que ao longo da sua extensão sofre a influência de descarga de efluentes de várias de ETAR. Dada a importância da Ria Formosa, as ETAR mais importantes para este sistema contam com um tratamento secundário dos resíduos e desinfeção final do efluente por radiação ultravioleta. Destas destaca-se a ETAR de Almargem, que serve maioritariamente a população de Tavira. Devido ao reduzido número de estudos realizados nesta área da Ria Formosa com intuito de compreender os impactos da ETAR na qualidade da água, incluindo em simultâneo a caracterização química, fitoplanctónica e microbiológica em áreas de produção de bivalves, é muito importante estabelecer a situação atual e compreender a extensão espacial e variabilidade temporal da influência da descarga desses efluentes nesta zona da Ria Formosa. Tavira representa 10% da produção de bivalves da Ria Formosa e tendo em conta que essa área de produção de bivalves se situa no baixo estuário do rio Gilão é importante determinar não só qual a influência descarga da ETAR de Almargem na qualidade das águas recetoras, mas também se tem alguma influência sobre a qualidade da água na área de produção de bivalves. Os principais objetivos deste trabalho foram: i) determinar a extensão espacial da influência da descarga da ETAR de Almargem na qualidade de água ao longo do gradiente de dispersão dos efluentes nas águas recetoras, o potencial impacto na área de produção de bivalves e a conformidade dos dados com a legislação aplicável; ii) determinar o efeito de diluição na área de estudo associado aos ciclos diários das marés, baixa-mar, quando a influencia da descarga é máxima em comparação com preia-mar, quando a influência da renovação da água do oceano durante a enchente é máxima; iii) determinar o efeito da variação da altura de marés, maré viva (maior taxa renovação da água) e maré morta (maior tempo de residência; iv) determinar a influência sazonal no impacto do escoamento de esgoto na qualidade da água desde o verão - junho de 2019 (quando a influência turística é máxima e os problemas de qualidade da água podem ser agravados) até o inverno -fevereiro de 2020; v) avaliar a evolução temporal considerando a contaminação química desde 2001 a 2002 e a contaminação microbiológica de 1990 a 2009 da qualidade da água na área de estudo; vi) calcular um índice trófico (TRIX) na área de estudo, comparando-o com os dados históricos de Tavira e definindo a situação de referência para a descarga da ETAR de Almargem. Os resultados mostraram que a descarga da ETAR de Almargem representa claramente uma fonte de nutrientes e contaminação microbiológica, influenciando as características da água até 750 m a jusante da descarga da ETAR em comparação com a estação de referência a 1750 m da descarga. Aqui as concentrações são baixas e típicas da Ria Formosa devido à alta renovação da água proveniente da entrada de Tavira e à mistura durante a enchente em cada ciclo diário de maré. Em condições favoráveis de luz solar, temperatura e disponibilidade de nutrientes observou-se o um crescimento fitoplanctónico e de macroalgas no canal de Almargem, com foi observado em julho, altura em que os nutrientes diminuíram acentuadamente pelo consumo dos produtores primários. Nessa altura a qualidade da água expressa pelo índice trófico (TRIX) diminuiu. Em agosto e fevereiro, a concentração do indicador de contaminação fecal Escherichia coli ultrapassou o limite imposto pela licença de descarga, valores causados potencialmente por aumento turístico e pelo escoamento superficial após um evento de chuva, respetivamente. O índice trófico (TRIX) variou entre condições eutróficas e oligotróficas, com menor qualidade da água a montante no canal da Almargem até 1000 m, durante os meses de verão, devido ao aumento do fosfato e da elevada concentração de oxigénio dissolvido. Este aumento de fosfato sugere uma entrada desproporcional de fosfato em relação ao azoto, também confirmada por uma diminuição na relação N:P, que também pode sugerir desorção de fósforo nos períodos de temperatura mais elevada. As piores condições em termos de impactos da descarga da ETAR foram observadas durante a baixa-mar nas marés vivas nos meses de verão, quando a coluna de água tem menos profundidade levando a uma diminuição da capacidade de diluição. Contudo, em preia-mar de maré viva, a renovação da água é máxima capaz de diminuir drasticamente a contaminação, ajudando a melhorar a qualidade da água, sem efeito na estação de referência (1750 m) nem causar impacto na área de produção de bivalves, junto do baixo estuário do rio Gilão. Nesta área, sem influência da ETAR que foi desativada em 2007, a contaminação microbiológica dos bivalves foi em fevereiro, segundo registos do IPMA, sugerindo que existem fontes externas de contaminação microbiológica próxima às áreas de produção de bivalves. Estes valores foram inclusivamente semelhantes aos registados de 1990 a 2009 (quando a ETAR de Tavira ainda estava operacional). Na maioria dos momentos de avaliação da salubridade dos bivalves realizados pelo IPMA a qualidade dos bivalves tem permanecido, globalmente, na classe B, em que os bivalves podem ser apanhados, e depurados antes de serem comercializados para consumo humano, sem afetar negativamente a produção dos mesmos. A descarga da ETAR de Almargem demostra ter menor impacto nas águas recetoras quando comparados com outras zonas da Ria Formosa, nomeadamente no local de descarga da ETAR de Faro-Olhão, pois a ETAR de Almargem apresenta um menor caudal, maior renovação da água em cada ciclo de maré semidiurno. Quanto à qualidade de água, esta é relativamente semelhante quando comparas com outras lagoas costeiras, tais como a Ria de Aveiro, Ria de Vigo e Mar Menor.

Com o desenvolvimento da microscopia de epifluorescência e técnicas sensíveis de radioisótopos na década de 1970, a abundância e atividade de microrganismos pôde ser observada e estudada em águas marinhas. Estas observações resultaram num novo conceito de rápida transferência e reciclagem de matéria orgânica através de um ciclo microbiano, o “microbial loop”. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Os sapais são ecossistemas costeiros, na transição entre a terra e o mar, que se caracterizam por ser colonizados por plantas vasculares superiores, herbáceas e arbustivas, que apresentam grande resistência à salinidade, e que por isso se designam de halófitas. Estas plantas desenvolveram ao longo do tempo estratégias de adaptação, que lhes permitem resistir a períodos de submersão, mais ou menos longos, consoante se localizam em baixo, médio ou alto sapal. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A Ria Formosa localiza-se na região mais meridional de Portugal, no litoral sul do Algarve e é uma das zonas húmidas socioeconómica e ecologicamente mais importantes de Portugal continental. Em 1978, a importância ecológica da Ria Formosa foi consagrada através do Decreto-lei 45/78 de 2 de maio, com o estatuto de Reserva Natural. No entanto, quase uma década depois, o estatuto foi alterado para Parque Natural da Ria Formosa (PNRF) pelo Decreto-lei 373/87 de 9 de dezembro. Esta alteração teve como objetivo compatibilizar a proteção deste importante sistema lagunar, com as atividades socioeconómicas que aí se desenvolvem. Os reconhecidos méritos de raridade, valor científico, ecológico e social da Ria Formosa, fazem com que esteja integrada na Rede Nacional de Áreas Protegidas, que lhe concede o estatuto legal de proteção para garantir a preservação da biodiversidade e serviços ecossistémicos bem como do seu património geológico e paisagístico. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A aprendizagem e a compreensão de como um sistema dinâmico como a Ria Formosa evolui ao longo do tempo é imprescindível para a sua preservação. Os satélites de Observação da Terra do programa Europeu Copernicus levam a bordo sensores que permitem medir parâmetros essenciais para o conhecimento da Ria Formosa, tais como: a temperatura, a topografia da superfície do oceano, a cor do mar, a cobertura vegetal e as mudanças no uso e cobertura da terra ao longo dos anos. O contributo dos satélites é fundamental para um conhecimento mais abrangente do sistema lagunar, de modo a complementar os sistemas de monitorização no habitat natural. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

O crescimento económico e populacional está entre os fatores mais importantes para o aumento do consumo energético mundial. Atualmente, a forma de energia que o Homem mais utiliza é a energia química (cerca de 80%), nomeadamente, combustíveis fósseis, como o petróleo, o carvão e o gás natural. No entanto, essas fontes são muito poluentes, pois a sua utilização é responsável pela emissão de substâncias nocivas para o ambiente e para a saúde pública. Um exemplo disso, é o aumento da concentração de gases com efeito estufa na atmosfera, como o dióxido de carbono (CO2), que é uma das principais causas do aquecimento global. Além da emissão de poluentes, essas fontes de energia não são renováveis, o que significa que estão sendo consumidas a uma taxa mais rápida do que a necessária para sua produção e, portanto, a sua disponibilidade é limitada e diminuirá ao longo do tempo info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A História da Ciência é a soma das histórias dos homens e mulheres que para ela contribuíram. Eles passaram as suas vidas angariando Informação, que uma vez tratada transforma-se em Conhecimento, o qual é compilado em artigos e livros. Muitas histórias da Ciência começam com um grande estrondo, mas esta história começou com um humilde clique. Numa fria manhã de inverno de 1988, um homem muito alto permanecia imóvel e sozinho numa estrada ventosa, tirando fotografias durante a maré baixa, aparentemente a nada de especial, tendo como pano de fundo uma zona lamosa de sapal na Ria Formosa. Esse homem, chamado Martin Sprung, repetiu esse singular ritual mensal, durante vários anos, sempre no mesmo local. Martin era um zoólogo alemão, que veio para o Algarve nos anos 80, para implementar um projeto luso-alemão com o objetivo de estudar a biologia da Ria Formosa. Esse projeto foi muito importante no desenvolvimento da licenciatura em Biologia Marinha e Pescas, na recém-criada Universidade do Algarve. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Recentemente, o CIMA foi abordado por vários autarcas, membros de organizações locais e regionais, e stakeholders da região algarvia, os quais gostariam de ter uma publicação em português, que pudessem consultar aquando da tomada de posições/decisões sobre questões ambientais costeiras. O produto desse desafio é este livro, o qual se destaca pela sua facilidade de leitura e adequação à divulgação científica da investigação realizada no CIMA. Deste modo, não é um livro monotemático, pretendendo pelo contrário uma abordagem sistémica a um alvo territorial, que neste caso é o sistema lagunar da Ria Formosa. Este livro visa transmitir conhecimentos científicos, em uma linguagem simples, mas cientificamente correta. Esse compromisso às vezes é difícil de alcançar. Portanto, cada capítulo contém caixas de texto que explicam os conceitos menos comuns e também um glossário no final do livro. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A Ria Formosa é um sistema lagunar que apresenta uma grande diversidade e complexidade estrutural, fornecendo serviços e benefícios valiosos para a região. No entanto, a presença de substâncias perigosas constitui um motivo de preocupação, pois pode colocar em perigo este sistema, sendo necessário uma gestão adequada, que permita a redução de pressões derivadas das atividades humanas, para uma melhor sustentabilidade futura deste ecossistema. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A Ria Formosa é a lagoa costeira mais importante do sul de Portugal, com grande influência nas trocas de água e de matéria com o oceano adjacente, as quais controlam a produtividade biológica destes ecossistemas intimamente ligados. Neste capítulo são apresentadas as características geomorfológicas da Ria Formosa e as características dinâmicas que a tornam um sistema bastante produtivo e peculiar, com forte impacto no oceano adjacente. São ainda apresentadas, pela primeira vez, as trocas através das três barras do setor oeste da Ria Formosa, em condições de maior produtividade biológica, típicas de Primavera, evidenciando a importância da interligação entre estes dois sistemas, particularmente num período sob afloramento costeiro. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

O presente capítulo resume vários trabalhos realizados pela Universidade do Algarve no âmbito de estudos técnicos da qualidade da água do meio recetor de ETAR tendo como destino final a Ria Formosa para a empresa Águas do Algarve, S.A. Teve como principal objetivo a aplicação do modelo matemático MOHID para simular os processos de transporte e de inativação das propriedades microbiológicas dos efluentes e nos processos de acumulação nos bivalves. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A Ria Formosa é uma lagoa costeira situada na costa sul de Portugal com elevada importância social e económica para a região que representa o maior produtor nacional de amêijoa Ruditapes decussatus (ca. 90%). Este sistema está sob diversas pressões antrópicas, incluindo descargas de águas residuais urbanas que comprometem a qualidade da água. Este estudo, estando integrado no projeto CONPRAR, visa avaliar o impacto da recente ETAR Faro-Olhão (antiga Faro Nascente) na qualidade da água, especialmente na proximidade de viveiros de bivalves, utilizando uma abordagem química e bacteriológica. As ETAR Faro Nascente e de Olhão foram desativadas em outubro e foi implementada no mesmo local de Faro Nascente a nova ETAR de Faro-Olhão que trata os afluentes das duas ETAR então desativadas e parte de S. Brás de Alportel aumentando o efluente diário da ETAR (~ 14 000 m3 /dia). Esta usa um novo tratamento terciário (NEREDA). A amostragem de água foi realizada mensalmente ao longo do gradiente espacial da ETAR (2000 m) para duas secções da área de estudo no canal de descarga da ETAR (Esteiro da Garganta). Os dados obtidos mostram uma melhoria da qualidade da água ao longo do gradiente de dispersão do efluente para as variáveis químicas e bacteriológicas. Foram avaliados três períodos, setembro-outubro 2018, antes da desativação das duas ETAR de Faro Nascente e Olhão Poente, novembro de 2018 - abril de 2019, 6 meses após a implementação da nova ETAR Faro-Olhão e maio de 2019. Observou-se que o período novembro de 2018 - abril de 2019, foi quando se registou o maior impacto da nova ETAR e quando ocorreu a maior variabilidade associada à não estabilização do tratamento da mesma, a qual foi atingida em maio de 2019. Espacialmente, pelo índice trófico TRIX a maior influência da descarga foi identificada até 750 m para ambas as seções da área de estudo, zona onde não ocorre cultivo de bivalves. A maré desempenhou um papel importante na melhoria da qualidade da água, por promover uma elevada renovação da água, particularmente em preia mar de maré viva. A situação de maré morta e em baixa-mar revelou-se a pior a nível de qualidade de água, devido ao maior tempo de residência e menor renovação de água. Conclui-se assim que face à elevada taxa de troca com o oceano adjacente o impacto da ETAR é diminuído quando comparado com outros sistemas onde o renovação e circulação são mais restritas. Ria Formosa is a coastal lagoon located in the south coast of Portugal, with high social and economic importance to the region representing the largest national producer of the clam Ruditapes decussatus (ca. 90%). This system is under several anthropogenic pressures including urban wastewater discharges which compromise its water quality. This study, being integrated in the project CONPRAR, aims to assess the impact of the recent Faro-Olhão WWTP (former Faro Nascente) upon water quality, especially in the vicinity of shellfish beds using a chemical and bacteriological approach. On an initial phase, Faro Nascente and Olhão Poente were decommissioned, and their effluents are treated at the new Faro-Olhão WWTP implemented at the same place of the former Faro Nascente. It uses a new biological treatment (NEREDA) for the population served from Faro, Olhão and a part of S. Brás de Alportel increasing the daily outflow of the WWTP (~14 000 m3/day). Water sampling was conducted monthly along the spatial gradient of the WWTP (2000 m) for two sections of the study area in the discharge channel of the WWTP (Esteiro da Garganta). Data shows an improvement of water quality further from the stations closest to the discharge for both chemical and bacteriological variables. Three different periods studied: September-October 2018, corresponding to the period before the deactivation of both WWTP’s; November 2018 – April 2019, six months after the implementation of the new Faro-Olhão WWTP and May 2019. It was noticed that the period November 2018 – April 2019 was associated to the greatest impact of the WWTP, when values were highest and most variable, also associated to an non stable biological treatment, which, stability was achieved in May 2019. Spatially, the impact of the discharge was noticeable until 750 m for both sections of the study area (TRIX) where bivalve farming does not occur. The tide had an important role in the improvement of water quality by promoting a great water renewal, particularly during flood at spring tides. Low water (neap tides) was therefore associated to the worst-case scenario due to higher residence times and less water renewal. In sum, due to the high rate of water exchange with the adjacent ocean, the impact of the WWTP was decreased when compared to other coastal systems where water renewal and circulation are more restricted. Este trabalho foi realizado no âmbito do projeto CONPRAR, financiado pelo programa operacional MAR2020 (MAR-01.04.02-FEAMP-0003) para apoio do Fundo Europeu dos Assuntos Marítimos e das Pescas em Portugal.

In this study, two process-based modelling approaches built in the Delft3D domain were applied to predict changes induced by sea-level rise (SLR) in the tidal circulation and bathymetric evolution of the Ria Formosa coastal lagoon. An unstructured grid modelling approach was calibrated and validated to predict changes in the tidal circulation in the year 2100 of the western sector of the lagoon. The model was forced by tides and a static sea level, with four scenarios of sea-level rise considered. To predict bathymetric changes in the lagoon, a structured grid modelling approach was forced by tides and a linear sea-level rise, with one scenario of sea-level rise considered. Model results indicate that sea-level rise (SLR) will change residual sediment circulation patterns over the 89-year study period, with the intensity of the impact directly influenced by the intensity of SLR. Under sea-level rise, flood-dominance of the Ancão Inlet increases, hinting to an attenuation of flood dominance in the Faro-Olhão Inlet and a higher role of the Ancão Inlet in capturing the tidal prism. Bathymetric changes over time are considerable in the Ancão and Faro-Olhão inlets and marginal in the channel and tidal marsh areas. Despite some limitations, the results of this study contribute to the scientific knowledge about the impacts of SLR in the hydrodynamics and morphodynamics of coastal lagoons. This study also provides a first exploration of the morphological changes induced by SLR in the Ria Formosa coastal lagoon and recommendations for future research. Neste estudo duas abordagens de modelação baseada em processos (construídas no domínio Delft3D) foram aplicadas para prever mudanças induzidas pela subida do nível do mar na circulação das marés e evolução batimétrica da lagoa costeira da Ria Formosa. Uma abordagem de modelação de malha não estruturada foi calibrada e validada para prever mudanças na circulação das marés no ano 2100 no setor oeste da lagoa. O modelo foi forçado pelas marés e um nível do mar estático, com quatro cenários de subida do nível do mar considerados. Para prever mudanças batimétricas na lagoa, uma abordagem de modelação de malha estruturada foi forçada pelas marés e uma elevação linear do nível do mar, com um cenário de subida do nível do mar considerado. Os resultados do modelo indicam que a subida do nível do mar (SNM) mudará os padrões da circulação residual de sedimentos ao longo do período de estudo de 89 anos, com a intensidade do impacto diretamente influenciado pela intensidade da SNM. Sob o aumento do nível do mar a dominância de enchente da Barra do Ancão aumenta, sugerindo uma atenuação da dominância de enchente na Barra de Faro-Olhão e um maior protagonismo da Barra do Ancão na captura do prisma das marés. As alterações batimétricas ao longo do tempo são consideráveis nas barras do Ancão e Faro-Olhão e marginais nas zonas do canal e sapal. Apesar de algumas limitações, os resultados deste estudo contribuem para o conhecimento científico sobre os impactos da SNM na hidrodinâmica e morfodinâmica de lagoas costeiras. Este estudo também fornece uma primeira exploração das alterações morfológicas induzidas por SNM na lagoa costeira da Ria Formosa e recomendações para pesquisas futuras.

Anthropogenic litter is ubiquitous throughout marine ecosystems, but its abundance and distribution are driven by complex interactions of distinct environmental factors and thus can be extremely heterogeneous. Here we compare the extent of anthropogenic litter pollution at a sheltered lagoon habitat and nearby open coast sites. Monthly surveys over a period of five months showed that both the types and sources of litter always differed significantly between lagoon and open coast sites. Pollution within the lagoon was mainly land-derived and was largely made up of construction materials (70% to 95%). At open coast sites, construction materials represented a minor portion of pollution (4% to 12%) while plastics were the most abundant (82% to 95%). We show that stranded anthropogenic litter in adjacent marine habitats can differ significantly and stress the importance of sampling at appropriate spatial scales to gain realistic insights into the sources of pollution. Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT - MEC, Portugal) [IF/01413/2014/CP1217/CT0004, UIDB/Multi/04326/2020] National Research Foundation of South AfricaNational Research Foundation - South Africa [64801] info:eu-repo/semantics/publishedVersion

The rhizophytic seaweed Caulerpa prolifera has been expanding rapidly in the Ria Formosa lagoon, southern Portugal, taking over deeper unvegetated areas and mixing with the native seagrass Cymodocea nodosa in shallower areas. In the Ria Formosa lagoon, belowground ammonium uptake from the sediment represents the main source of nitrogen for the 2 macrophytes, except during the ammonium pulses from the sediment to the water column that are incorporated through aboveground plant parts. We examined the competition for inorganic and organic nitrogen between C. prolifera and C. nodosa through a series of 15N-ammonium and 15N-amino acid surge uptake experiments combining single-species and mixed incubations at a range of nutrient concentrations. Our results showed that C. prolifera is generally faster than C. nodosa in the acquisition of ammonium and amino acids by both above- and belowground parts, and that the uptake rates of ammonium and amino acids of one species were not affected by the presence of the other species. The exception was the amino acid uptake through the rhizoids of C. prolifera, which was slightly enhanced in the presence of C. nodosa. In this situation, the aboveground ammonium uptake becomes the main contributor to the nitrogen budget of C. nodosa but not to that of C. prolifera. When ammonium pulses are considered, C. nodosa is more competitive for nitrogen than C. prolifera. In this case, the leaf uptake of ammonium is the largest contributor to the total nitrogen (ammonium plus amino acids) budget of the seagrass. Our results showed that the different nutritional strategies of the 2 macrophytes allow their coexistence in the Ria Formosa lagoon.

Dissolved oxygen (DO) is considered one of the most important environmental variables of water quality. This work aimed to provide, for the first time, insights regarding DO dynamics on a representative site of the productive Ria Formosa coastal lagoon, south Europe, using a real time monitoring station observatory (acquiring data every 15 min) deployed for a period of two and a half years. This comprehensive data set represents an added value contributing to a better understanding of the DO variability throughout analyzing semidiurnal, daily, fortnightly tidal cycles (spring tide vs. neap tide), seasonal and interannual periods. This observational station was able to capture distinct temporal signatures, including episodic upwelling and meteorological events advancing the knowledge about the functioning of Ria Formosa. DO was highly variable presenting an evident seasonal distribution with the maximum concentration in spring and the minimum in summer night periods. Critical values < 5 mg/L were recorded only in 3% of the global data set with negligible hypoxia events, showing infrequent DO stressful conditions in the study area. In addition, the disclosure of its did dynamics over long periods, provided by this data set, allows to determine the impact of biological activity upon the DO variability and related ecosystem metabolism behavior (autotrophic vs. heterotrophic), through the metric estimation of Net Ecosystem Metabolism (NEM). NEM in the study area revealed to be slightly heterotrophic along one year of observation, reflecting the median percentage of DO saturation (93%). The acquired data set is highly valuable and can contribute to Ria Formosa management and protection, which is imperative for building knowledge-based societies. Fundacao para a Ciencia e Tecnologia FCT UBEST project [PTDC/AAG-MAA/6899/2014] info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Economic activities in coastal wetlands are often perceived as incompatible with nature conservation. This negative perception stems from the visible impacts resulting from a continuous process of coastal wetland reclamation, as human pressure increases significantly in global coastal areas. The largest coastal wetland area in southern Portugal, the Ria Formosa, shares a similar perception, where current nature protection status often conflicts with the needed economic development. Here we explore how the economic activities influenced the wetland reclamation process in Ria Formosa, addressing namely aquaculture identified as an activity with a significant compatibilization potential. Different datasets were merged in a Geographical Information System, tracking land use change in Ria Formosa wetlands over the last 130 years at decadal intervals. Our results show that since the end of the 19th century nearly 2000 ha of wetlands were converted to anthropic environments, resulting in a 20 % natural area reduction. From 1885 until the mid-20th century, land use policy was influenced by the significant regional seafood preservation industry, with large swaths of wetlands diked, drained and excavated to give place to traditional salt farms. The following economic downturn gave place for the late industrialization of salt farms, further increasing the reclaimed wetland areas, later stalling with the recognition of the environmental importance of Ria Formosa in 1978. Aquaculture only gained momentum in 1980's with the support of European funding, resulting in the conversion of many unproductive diked areas. However, late 20th century and current land use policy shifted to a nature conservation focus, therefore limiting the use of previously reclaimed areas, a challenge that influenced the abandonment of the modified areas. By studying the long-term change of land use in Ria Formosa, we argue that in high conservation value areas new policies should be considered that stimulate the development of an ecosystem approach to economic activities, namely aquaculture, improving simultaneously the regional environmental status and socioeconomic sustainable development. INTERREG Program [0240_AQUA_AMBI_6_P] Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPortuguese Foundation for Science and TechnologyEuropean Commission [PTDC/MAREST/1031/2014] info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Lagoas costeiras são habitats muito importantes para várias espécies de peixe, pois elas atuam como ambiente de desenvolvimento de juvenis de peixes de diversas espécies, incluindo muitas com valor comercial. Por isso, a preservação das lagoas costeiras é importante para a manutenção da diversidade de comunidades de peixes. Apesar disso, muitos destes ecossistemas foram destruídos em todo o mundo devido à atividade humana. As ervas marinhas crescem em fundos arenosos ou lamacentos, sendo ecossistemas altamente produtivos, fornecendo alimento e proteção para diversos peixes e invertebrados. Porém, as pradarias de ervas marínhas têm sofrido um declínio, uma vez que são extremamente sensíveis a fatores estressantes, sendo já sugeridos como os indicadores biológicos da qualidade ecológica dos sistemas costeiros. Sabe-se pouco sobre o impacto deste declínio nas comunidades de peixe que utilizam este tipo de ambiente para viver. Por isso, é importante analisar a importância relativa das ervas marinhas como berçário. No Mediterrâneo, houve um declinio de pradarias de ervas marinhas que foram substituídos por algas verdes, como Caulerpa. Estudos recentes mostraram a expansão da Caulerpa prolifera, do sul da Espanha para os canais da Ria Formosa. Se os campos de ervas marinhas forem substituídos por C. prolifera, a quantidade e qualidade das espécies de peixe poderá sofrer alterações. Alguns estudos descobriram que as áreas de C. prolifera são habitats altamente ricas que suportam juvenis de várias espécies de peixes e que deveriam ser considerados um viveiro tão importante quanto as pradarias de ervas marinhas. As comunidades de peixes nos campos de C .prolifera não eram tão diferentes das pradarias de plantas marinhas. Porém, não há muitos estudos acerca deste assunto e por isso é necassário analisar os impactos ecológicos da expansão de C. prolifera na Ria Formosa. Áreas sem vegetação são consideradas habitats menos importantes comparados com áreas cobertas por ervas marinhas, e há vários estudos que apoiam este argumento ao reportarem uma diversidade de peixe mais elevada em áreas com vegetação do que em áreas sem vegetação. Porém, também foi reportado de que os fundos arenosos são habitats de alta importância, tal como os fundos com vegetação. Adicionalmente, em algumas casos descobriu-se que alguns peixes vivem exclusivamente em áreas sem vegetação. Investigar a escolha de habitat pelas espécies peixe é uma maneira de determinar a importância relativa dos diferentes habitats. Habitats variam de acordo com sua complexidade estrutural, nível de competição interespecífica e risco de predação, e estes fatores influenciam a escolha habitacional do peixe. Diferentes adaptações podem modificar a escolha de habitação. Consequentemente, a preferência habitacional do peixe varia entre espécies e diferentes agrupamentos são típicos de diferentes habitats. Por exemplo, áreas vegetativas como as ervas marinhas e macroalgas estão associadas a uma abundância dos recursos alimentares e baixas probabilidades de predação relativamente às áreas sem vegetação, ao fornecer um refúgio. Todavia, algumas espécies têm adaptações específicas, como cor de camuflagem ou a habilidade de cavar, e não precisam da vegetação para esconder-se de predadores. A estrutura e densidade das pradarias de ervas marinhas podem afetar a disponibilidade de comida e a eficiência do refúgio, o que também pode ser um fator na escolha de habitat. Por exemplo, os limites destes campos são a escolha preferida das marinhas (Syngnathidae) por terem uma disponibilidade maior de alimento. Enquanto isso, outras espécies podem considerar as áreas de pouca densidade pouco eficiente para proteção e alimentação. Adicionalmente, a escolha de habitat costuma variar de acordo com a fase de desenvolvimento do indivíduo. Por isso, a diferença de agrupamentos poderá ocorrer também entre indivíduos da mesma espécie, mas de tamanhos diferentes, já que algumas espécies apresentam comportamento de migração ontogenética ao longo do ciclo anual. Mudanças sazonais nos agrupamentos também podem ocorrer devido a mudanças em condições ambientais. Por exemplo, mudanças temporais nas estruturas cobertas por plantas e na densidade da vegetação. Por causa disto, é difícil fazer a avaliação do valor de diferentes habitats para diferentes espécies de peixe. Comparações entre diferentes agrupamentos de peixe em diferentes tipos de habitat na lagoa costeira da Ria Formosa aumentará o nosso entendimento relativamente ao valor das áreas de ervas marinhas, C. prolifera, e fundos sem vegetação. Este estudo comparou comunidades de peixe nestes 3 habitats, assim como avaliou o efeito das mudanças sazonais e variações ontogenéticas dos agrupamentos, para além de aprofundar o entendimento sobre a importância relativa e a função de berçário de cada um destes habitats para as comunidades de peixe. Também, poderá aprofundar o que se sabe sobre os possíveis impactos da invasão da espécie Caulerpa em pradarias de plantas marinhas mundialmente. Nossos resultados encontraram uma biodiversidade significativamente menor em habitats arenosos comparado com os dois outros tipos de habitat. O habitat de ervas marinhas tinha a maior abundância e era o mais rico quando se comparava com habitats de C. prolifera e areia, embora não hovesse diferença estatística significativa. É provável que isto seja devido a grande variabilidade entre cada estação sazonal em que foram coletadas as amostras e entre as duas réplicas dentre da estação, particularmente no habitat arenoso. Os resultados são parecidos com os de outras comparações entre áreas com e sem vegetação tanto na Ria Formosa quanto em outras partes do mundo. Nossos resultados mostraram que mudanças sazonais na abundância de peixe e diversidade não são significativamente afetados pelo tipo de habitat, embora fossem encontrados variações sazonais em vários testes. Não houve diferença significativa em testes de semelhança, sugerindo que a maioria das espécies é capaz de utilizar todos os 3 tipos de habitat. Encontrou-se uma alta semelhança entre estações de C. prolifera de ervas marinhas, ao contrário da alta separação com o habitat arenoso. Não houve uma diferença significativa entre os três habitats em relação à abundância de juvenis de peixes, mas sim uma grande semelhança entre os agrupamentos de juvenis, sugerindo que os 3 habitats poderão atuar como berçário para a maior parte das espécies de peixe. Apesar disso, os resultados não foram estaticamente significantes, fazendo com que a avaliação de cada habitat como berçário seja bastante limitado. Nas amostras coletadas durante o verão, houve um acréscimo na abundância de juvenis marítimos em todos os tipos de habitat, o que significa que esta estação é a mais importante para a Ria Formosa atuar como berçário em todos os tipos de habitat. O maior aumento de juvenis marinhos foi encontrado na areia durante o verão, com proporção de 88:12 juvenis comparado com espécies residents, sugerindo que a importancia relativa do habitat arenoso varia durante as estações. Não encontramos nenhuma mudança ontogenética significativa entre as 8 espécies mais abundantes que coletamos. C. prolifera foi a pradaria mais densa e teve o maior comprimento médio dos peixes. Porém, os resultados de densidade foram altamente variados entre réplicas, provavelmente devido a grande irregularidade de distribuição de vegetação que caracteriza este tipo de habitat. Diferenças sazonais de comprimento de peixe foram significativas, provavelmente devido a preferência de certas espécies e não às funções de berçário, uma vez que a abundância de juvenis de peixes no verão era mais alto neste habitat. Nossos resultados indicam de que a temporada de verão é altamente importante para um berçário e recrutamento em todos os habitats e a importância relativa do berçário varia ao longo do ano, especialmente no habitat arenoso. A invasão da espécie C. prolifera nos fundos sem vegetação na Ria pode afetar o recrutamento algumas espécies, sendo necessário investigar mais para obter resultados precisos que ajudarão nas decisões de gestão e conservação. Coastal lagoons support many fish species including of some valuable commercial fish species. Protecting coastal habitats is important to maintain the diversity of fish populations, thus it is important to asses relative important of the different habitats that those areas provide. Seagrasses are marine plants growing on sandy or muddy bottoms, they are highly productive habitat types, providing food and shelter for diverse invertebrates and fish assemblages. However, seagrass meadows have been experiencing widespread decline as they are sensitive to environmental stressors. Little is known about how these declines are affecting fish communities associated to seagrass habitats. Caulerpa seaweeds have expended in many areas outcompeting seagrass meadows. If seagrass meadows are replaced by seaweed the fish assemblages may be altered. In some studies fish assemblages in Caulerpa meadows were not significantly different then in seagrass beds. Thus, the role of macroalgae have received little attention and not many comparisons had been conducted. This study aims to investigate the relative importance of sand, Seagrass, and Caulerpa prolifera habitats, and provides insights regarding the effects of C. prolifera invasion over sand and seagrass habitats along the year, as habitats relative importance varied between seasons. Our results found Sand habitats significantly less diverse then the other two habitats, and seasonality changes in the fish abundance and diversity were not significantly affected by the habitat type. Summer had the highest juvenile abundance in all habitats. Although seagrass was the richest and most abundant habitat, differences were not significant. Moreover, our results showed that most species can utilize all 3 habitat types, and that nursery value changes along the year, especially in sand habitat. Our results showed high variability between replicates which probably affected the significance of the results. Therefore more research must be performed to obtain accurate results regarding nurseries and the relative importance of different habitats.

O desenvolvimento do turismo, na região do Algarve, foi um importante ativador de transformações que culminaram em vantagens económicas e oportunidades dentro e fora do sector turístico. Contudo, o impacte ambiental e a sua implicação social nem sempre são percebidos de forma idónea. O presente estudo refere‑se a uma análise do uso turístico realizado na Ria Formosa em Faro, em conjunto com os registos de impactes ambientais. Esta pesquisa permitiu entender a necessidade de um acompanhamento dos possíveis impactes negativos na região. Entre os pontos relevantes encontrados, destaca‑se o uso continuado de utensílios plásticos entre a população residente e a indústria turística. Apesar da boa aceitação e percepção positiva do turismo, observam‑se crescentes impactes ambientais gerados pela contaminação de diferentes atividades. Conclui‑se que a gestão de resíduos, unida à conscienlização populacional e turística são fatores‑ ‑chaves para o turismo sustentável, respeitoso com o meio e com a cultura local de Faro. The tourist development in the Algarve represented an important element of change offering significant economic advantages and opportunities for tourism and other sectors. However, the environmental impacts and its social implication are not always ideally perceived. The present study refers to an analysis of Ria Formosa’s uses of tourism in Faro, with an associated evaluation of possible environmental impact registers. The results reinforce the need to evaluate the possible negative impacts in this region. Among the most relevant of the points observed is the contunued use of one‑use plastic both in the resident and the tourist population. Besides the positive perception of tourism by the interviewees, we observed an increase in negative environmental impact as the result of diverse activities. In conclusion, the management of waste and awareness programmes for both the resident and the tourist population are key factors for sustainable tourism and a respectful relationship with the environment and local culture of Faro.

Despite worldwide proliferation of the genus Caulerpa and subsequent effects on benthic communities, little is known about the nutritional physiology of the Caulerpales. Here, we investigated the uptake rates of ammonium, nitrate, amino acids, and phosphate through the fronds and rhizoids + stolon, the internal translocation of nitrogen, and developed a nitrogen budget for the rapidly spreading Caulerpa prolifera in Ria Formosa lagoon, southern Portugal. Caulerpa prolifera acquired nutrients by both aboveground and belowground parts at similar rates, except nitrate, for which fronds showed 2-fold higher uptake rates. Ammonium was the preferential nitrogen source (81% of the total nitrogen acquisition), and amino acids, which accounted for a significant fraction of total N acquisition (19%), were taken up at faster rates than nitrate. Basipetal translocation of 15 N incorporated as ammonium was nearly 3-fold higher than acropetal translocation, whereas 15 N translocation as nitrate and amino acids was smaller but equal in either direction. The estimated total nitrogen acquisition by C. prolifera was 689 μmol · m-2 · h-1 , whereas the total nitrogen requirement for growth was 672 μmol · m-2 · h-1 . The uptake of ammonium and amino acids by belowground parts accounted for the larger fraction of the total nitrogen acquisition of C. prolifera and is sufficient to satisfy the species nitrogen requirements for growth. This may be one reason explaining the fast spreading of the seaweed in the bare sediments of Ria Formosa where it does not have any macrophyte competitors and the concentration of nutrients is high. UIDB/04326/2020/ PTDC/MAR-EST/3223/2014/DL 57/2016/CP1361/CT0001 info:eu-repo/semantics/publishedVersion

O desenvolvimento do turismo, na região do Algarve, foi um importante ativador de transformações que culminaram em vantagens económicas e oportunidades dentro e fora do sector turístico. Contudo, o impacte ambiental e a sua implicação social nem sempre são percebidos de forma idónea. O presente estudo refere‑se a uma análise do uso turístico realizado na Ria Formosa em Faro, em conjunto com os registos de impactes ambientais. Esta pesquisa permitiu entender a necessidade de um acompanhamento dos possíveis impactes negativos na região. Entre os pontos relevantes encontrados, destaca‑se o uso continuado de utensílios plásticos entre a população residente e a indústria turística. Apesar da boa aceitação e percepção positiva do turismo, observam‑se crescentes impactes ambientais gerados pela contaminação de diferentes atividades. Conclui‑se que a gestão de resíduos, unida à conscienlização populacional e turística são fatores‑ ‑chaves para o turismo sustentável, respeitoso com o meio e com a cultura local de Faro. The tourist development in the Algarve represented an important element of change offering significant economic advantages and opportunities for tourism and other sectors. However, the environmental impacts and its social implication are not always ideally perceived. The present study refers to an analysis of Ria Formosa’s uses of tourism in Faro, with an associated evaluation of possible environmental impact registers. The results reinforce the need to evaluate the possible negative impacts in this region. Among the most relevant of the points observed is the contunued use of one‑use plastic both in the resident and the tourist population. Besides the positive perception of tourism by the interviewees, we observed an increase in negative environmental impact as the result of diverse activities. In conclusion, the management of waste and awareness programmes for both the resident and the tourist population are key factors for sustainable tourism and a respectful relationship with the environment and local culture of Faro.

Concerning the economic and ecological importance of salt marshes, it is of extreme importance to improve our knowledge on the physical processes involved with marsh evolution, as well as the limits and degree of interaction with the surrounding sedimentary sources. The studied salt marsh area is located fronting Ancão Inlet, in the western sector of the Ria Formosa barrier system. A 67-year time series of aerial photographs and ortho-photographs, between 1947 and 2014, was used to infer salt marsh sedimentary evolution (progression or recession) in relation to natural inlet migration and to its relocation in 1997. The following morphologies were mapped: salt marsh, tidal flat, sand banks, and inlet flood delta. The results focus on the analysis of horizontal displacement of these morphologies over time. It was noted that in general, the Salt Marsh presents a growth of its area along time. The different stages of the Ancão inlet migration and the consequent distance to the inlet throat is a limiting factor for salt marsh growth. The sand banks and flood deltas are the main sediment feeders of the Tidal Flat growth. The contribution of the Ancão inlet to the Tidal Flat growth was more significant when the inlet starts reaching its closure phase. The growth of Tidal Flat is an opportunity for salt marsh development Tendo em conta a economia e ecologia dos sapais de maré, é de extrema importância melhorar os conhecimentos sobre os processos físicos envolvidos na sua evolução, bem como o conhecimento acerca dos seus limites físicos e interações existentes com as fontes sedimentares presentes no sistema. A área de estudo deste trabalho localiza se em frente a uma barra de maré, Barra do Ancão, localizada no sector oeste do sistema de ilhas barreira Ria Formosa, Portugal. Foi utilizada uma serie temporal de 67 anos de fotografias aéreas e ortofotomapas, entre 1947 e 2014, para inferir a evolução sedimentar do sapal (progressão ou regressão) em relação à migração natural da barra do Ancão e à sua relocação em 1997. Os seguintes ambientes foram mapeados: sapal de maré, planície de maré, bancos arenosos nos canais e delta de enchente da barra. A análise de resultados incluiu a análise da variabilidade horizontal destes ambientes ao longo do tempo. No geral observou-se um crescimento na área do sapal ao longo do tempo, influenciado pela migração da barra. Os diferentes estágios de migração da barra, e consequente proximidade à barra, são fatores limitantes para o crescimento do sapal em estudo. Verificou se que os bancos arenosos no canal e o delta de enchente da barra são as principais sumidores sedimentares para o crescimento da planície de maré. A contribuição da barra para o crescimento da planície de maré é mais significativa quando a barra começa a aproximar-se da sua fase de encerramento. Este aumento na planície de mare, por sua vez, leva ao aumento da área de sapal. Would also like to acknowledge the providing of the aerial photographs obtained from the framework of the EVREST project (PTDC/MAR-EST/1031/2014), funded by FCT (Fundação para a Ciência e a Tecnologia).

Seagrasses are among the most important and also mostly threatened ecosystems in the marine environment. Seagrass loss can occur in their competition with other macrophytes, like invasive macroalgae. These pose a serious threat and present numerous consequences to their new environment. Among those that can affect seagrasses, Caulerpa sp. are one of the most recognized genus. Different mechanisms can grant them a competitive advantage over seagrasses, resulting in partial or even complete replacement. Therefore, knowing how Caulerpa sp. functions and interacts with a new environment is crucial, especially in a system like Ria Formosa, where three of the four European seagrass species can be found. We aimed to study and compare different photo-physiological components of the subtidal seagrasses Cymodocea nodosa and Zostera marina and of the macroalgae Caulerpa prolifera along diel cycles, while at the same time identifying possible consequences of their interaction, using a mesocosm experiment. The first experiment was performed over the course of two days (48 hour cycle), collecting samples for biochemical analysis at pre-dawn and solar noon at the end. The mesocosm experiment involved planting Z. marina and C. prolifera separately and mixed. After 4 weeks, photosynthetic performance was tested using photosynthesis-irradiance curves and rapid light curves, and samples for biochemical analysis were collected. The seagrasses revealed higher effective quantum yield and non-photochemical quenching, mainly related to their xanthophyll pigments, while C. prolifera displayed a typical shade-adapted response. Furthermore, it displayed a different carbohydrate usage regime, which was related to its higher respiration rates. Although no different overall photosynthetic performance was detected in the interaction of the species, starch content in Z. marina rhizomes was significantly lower when C. prolifera was present. This work gives initial insight on the physiological performance of C. prolifera in Ria Formosa. Ervas marinhas são plantas angiospérmicas adaptadas ao ambiente marinho que formam pradarias extensivas em zonas costeiras a nível mundial, com exceção dos polos. Estas pradarias formam um habitat complexo e diverso, apresentando uma alta produtividade e prestando serviços ecossistémicos importantes, como o sequestro e armazenamento de carbono, reciclagem de nutrientes e proteção costeira. No entanto, apesar da sua importância, são um dos habitats marinhos mais ameaçados. A maior causa de perda de pradarias de ervas marinhas é a atividade antropogénica. Dragagens, eutrofização, descargas de nutrientes e desenvolvimento costeiro são exemplos de atividades que diminuem a qualidade da água e afetam diretamente as pradarias. Além disso, ocorrem também perdas naturais das pradarias, por exemplo, pela competição com outros macrófitos, como é o caso das algas que podem ocupar o mesmo espaço e utilizar os mesmos recursos. A sua colonização pode afetar não só o ecossistema, mas também a abundancia de espécies endémicas e a sua diversidade. Diferentes macroalgas verdes já provaram ter um elevado potencial invasor, entre as quais se destingem espécies do género Caulerpa. Este género inclui algumas das algas mais invasoras conhecidas atualmente. Caulerpa taxifolia e Caulerpa racemosa são alguns exemplos de algas que invadiram o Mar Mediterrâneo e que afetaram negativamente várias pradarias de ervas marinhas. Além de competirem por recursos como nutrientes e luz, competem também pelo mesmo substrato, previamente ocupado com ervas marinhas, não permitindo que elas recuperem. Fisiologicamente, ervas marinhas e algas, mais especificamente do género Caulerpa, são limitadas pela luz. As primeiras apresentam uma maior necessidade de luz, mas isso não impede que várias espécies tenham capacidade de sobreviver quando a irradiância é baixa. Vários mecanismos de defesa, que variam de espécie para espécie, determinam a sua resiliência a estas condições. Por outro lado, a exposição a luz excessiva também pode ser prejudicial para as plantas, nomeadamente induzindo stress foto-oxidativo. Para defesa contra o excesso de luz (fotoproteção), as plantas possuem pigmentos secundários, os carotenóides, capazes de transformar o sistema de captura de luz num sistema de dissipação de energia excessiva na forma de calor. O género Caulerpa não só apresenta uma elevada plasticidade a nível morfológico mas também ao nível dos seus pigmentos. Tal como as ervas, as algas possuem carotenóides capazes de dissipar energia excessiva. Além disso, a sua capacidade para tolerar altas intensidades de luz depende dos nutrientes disponíveis, que podem obter não só da coluna de água, mas também do sedimento, havendo assim competição entre as ervas marinhas e as algas em ambos os meios. Com o aparecimento da Caulerpa prolifera em zonas menos profundas da Ria Formosa, onde ocorrem três das quatro espécies de ervas marinhas a nível Europeu, surge a necessidade de perceber o seu funcionamento fisiológico comparativamente com as ervas e avaliar o potencial para interações fisiológicas. Para tal, analisou-se a performance circadiana de Zostera marina, Cymodocea nodosa e C. prolifera ao longo de um ciclo de 48 horas numa sistema seminatural. Foram medidos parâmetros relacionados com a fluorescência da clorofila a, medindo a eficiência quântica e recolhendo amostras para analise bioquímica. Numa outra experiência, para estudar possíveis consequências da interação entre ervas e algas, Z. marina e C. prolifera foram recolhidas no campo e plantadas em tanques, quer individualmente quer em conjunto, em cinco replicados, recebendo sempre a mesma intensidade de luz com um fotoperíodo de treze horas, durante quatro semanas. Após as quatro semanas, foi avaliada a resposta da fotossíntese à luz de curvas em ambas as espécies e recolhidas amostras para posterior analise bioquímica. Foram analisados os conteúdos em açúcares solúveis e amido, proteína solúvel, compostos adenilados e pigmentos fotossintéticos nas três espécies. Os açúcares e amido foram analisados pelo método fenol-sulfúrico e as proteínas solúveis pelo método de Bradford. Os compostos adenilados foram analisados por cromatografia liquida de alta eficiência (HPLC). Os pigmentos fotossintéticos foram analisados primeiro por espectrofotometria para identificar concentrações de clorofila, complementando com cromatografia (HPLC) para a identificação dos carotenoides. As ervas apresentaram níveis de eficiência quântica real e potencial e dissipação de energia sob a forma de calor mais elevadas comparativamente com a alga, e índices de desepoxidaçao dos pigmentos do ciclo das xantofilas mais elevados, mostrando estar mais protegidas contra intensidades de luz mais elevadas. C. prolifera, pelo contrário, apresentou uma resposta típica de espécies adaptadas a baixas intensidades de luz, com razões de clorofila a/b mais baixas do que as ervas e índices de desepoxidação do ciclo das xantofilas muito baixos. Apresentou ainda taxas fotossintéticas ligeiramente mais baixas, uma taxa de respiração mais elevada e uma maior resposta foto-inibitória a intensidade de luz mais alta, comparado a Z. marina. O conteúdo de açúcar solúvel da alga foi significativamente mais baixo do que o das ervas, enquanto que as suas reservas de amido foram muito mais elevadas, revelando um regime de utilização de hidratos de carbono bastante distinto. A interação de Z. marina com C. prolifera não mostrou ter influência nas capacidades fotossintéticas e teores de pigmentos fotossintéticos de ambas as espécies. No entanto, verificou-se um esgotamento das reservas de amido nos rizomas de Z. marina. Uma vez que não foram observadas alterações nas taxas de respiração, colocamos a hipótese que os hidratos de carbono foram utlizadas como base para síntese de moléculas com funções alelopáticas. Desta forma, a alga parece induzir um efeito fisiológico nesta erva marinha, ao nível da utilização dos hidratos de carbono. Esta é a primeira vez que é reportado um efeito fisiológico deste tipo. Apesar de apresentar adaptações para ambientes de baixa intensidade luminosa, o avanço observado de C. prolifera em zonas menos profundas da Ria Formosa pode estar relacionado com a sua plasticidade morfológica e a sua resistência a intensidades mais elevadas desde que os nutrientes não são o fator limitante. Este estudo apresenta uma introdução às diferenças fotofisiológicas entre C. prolifera e as ervas marinhas nativas da Ria Formosa, mas deverá ser completado eventualmente com uma análise sazonal e de crescimento, para uma compreensão mais detalhada de como a C. prolifera interage com as ervas marinhas, tanto a nível ecológico como também a nível bioquímico.

Hoje em dia, a poluição plástica é cada vez mais reconhecida como uma séria ameaça ambiental e económica que compromete a biodiversidade dos ecossistemas marinhos e os serviços que estes prestam. A crescente entrada de lixo plástico nos oceanos exige esforços imediatos para coletar dados sobre a ocorrência, abundância e dispersão de detritos plásticos para uma melhor avaliação ambiental e para impulsionar práticas de gestão. Para alcançar esses resultados, é necessário um foco importante em ecossistemas-chave, como os formados por bioengenharia. Os bioengenharia são espécies que modulam a disponibilidade de recursos diminuindo o estresse ambiental ou aumentando a complexidade do habitat, influenciando positivamente as espécies em sua comunidade, resultando em um aumento geral da biodiversidade. No entanto, há uma lacuna de conhecimento sobre o papel potencial dos bioengineiros costeiros marinhos na captura de detritos plásticos que exige atenção. Ao aumentar a complexidade do habitat, os engenheiros dos ecossistemas costeiros, tais como ervas marinhas, marismas e macroalgas rizófitas, podem agir indirectamente como sumidouros de plástico dos oceanos. Além disso, se o acúmulo de detritos plásticos em ecossistemas formados por bioengenheiros for realmente promovido, isso pode ter, por sua vez, efeitos deletérios sobre sua fauna associada. A exposição direta dos organismos que vivem dentro das estruturas dos bioengineiros a altas concentrações de poluentes plásticos pode ter efeitos negativos sobre sua saúde. Em particular, o risco de ingestão acidental de microplásticos pode ser aumentado em bivalves com hábitos de alimentação por filtração que ocorrem em habitats bioengenharia. É importante notar que, em zonas onde as espécies comerciais de bivalves são directamente colhidas de ecossistemas naturais, como os prados de ervas marinhas, o potencial destes habitats para actuarem como sumidouros de plástico pode, em última análise, afectar a saúde humana. Aqui, eu investiguei o papel potencial dos bioengenharia costeira como sumidouros de macro e microplástico. Assim, quantifiquei a ocorrência, tipologia e abundância de detritos plásticos em ervas marinhas intertidais (Zostera noltei), ervas marinhas subtidais (Cymodocea nodosa e Zostera marina), macroalgas rizófitas (Caulerpa prolifera) e sapais intertidais (Sporobolus maritimus) habitando uma lagoa costeira antropizada. Hipotetizei que estes bioengenheiros acumulam mais macroplásticos entre as frondes das copas e microplásticos no sedimento superficial do que as manchas adjacentes de sedimentos nus. No geral, não encontrei diferenças significativas entre a capacidade de aprisionamento de bioengenharia vegetal e sedimentos nus laterais. Uma diferença significativa foi detectada apenas entre a abundância de macroplásticos em S. maritimus e seu sedimento pelado intertidais lateralmente. No entanto, apesar da falta de diferença estatística significativa, os sedimentos coletados em Z. noltei intertidais (0.019 ± 0.017 n MPs g-1) e S. maritimus (0.024 ± 0.019 n MPs g-1) resultaram ligeiramente menos contaminados por microplásticos do que os das espécies sub-mareais C. nodosa e C. prolifera (0.035 ± 0.027 n MPs g-1 e 0.034 ± 0.025 n MPs g-1). Em geral, o microplástico mais abundante detectado foi a fibra (86,5%) e a cor mais comum foi o azul (45%). Por outro lado, a avaliação macroplástica revelou S. maritimus (0,220 ± 0,157 macroitems m-2) e C. prolifera (0,048 ± 0,061 macroitems m-2) com a maior concentração macroplástica por número (n macroitems m-2) e a menor por massa (0,513 ± 0,428 g macroitems m-2 e 0,848 ± 1.056 g macroitems m-2, respectivamente), enquanto C. nodosa (0,013 ± 0,021 macroitems m-2) e Z. noltei (0,013 ± 0,020 macroitems m-2) apresentaram a menor abundância macroplástica (n macroitems m-2) e a maior massa (16,431 ± 39,752 g macroitems m-2 e 6,326 ± 14,827 g macroitems m-2, respectivamente). No total, 61,4% dos detritos macroplásticos encontrados eram fragmentos. Em seguida, avaliei se os bioengineiros intertidais e subtidais aprisionaram diferentes quantidades e tipologias de macro e microplásticos. Para tanto, comparei as espécies intertidais Z. noltei e S. maritimus com as espécies subtidais C. nodosa/Z. marina e C. prolifera. Hipotetizei que o padrão de distribuição do tipo plástico difere entre-marés e bioengenharia sub-marítima de acordo com a forma como a sua formação estrutural modifica as condições ambientais locais. Em geral, eu esperava encontrar mais plástico em espécies sub-mareais devido à sua maior exposição aos poluentes presentes na coluna de água. No entanto, nenhuma diferença significativa foi detectada entre a quantidade e a tipologia dos macro e microplásticos acumulados em habitats intertidais e subtidais. Para fornecer uma declaração completa da deposição de plástico nos prados dos bioengineiros, eu também quantifiquei a ocorrência, tipologia e abundância de microplásticos aderidos nas copas dos bioengineiros. Para atingir este objectivo, analisei as lâminas das folhas dos cinco bioengineiros visados: Z. noltei, S. maritimus, Z. marina, C. nodosa e C. prolifera. Hipotetizei que parte dos microplásticos aprisionados nos bioengineiros não atingiria a superfície do sedimento, mas poderia potencialmente aderir às folhas de ervas marinhas. A expectativa era encontrar um número maior de MPs na superfície das folhas das espécies sub-mareais devido à sua maior exposição aos poluentes presentes na coluna de água. Diferenças significativas na abundância de microplástico nas folhas dos bioengineers intertidais e subtidais confirmaram a minha hipótese, com as espécies subtidais aprisionando mais detritos do que as intertidais. Em geral, a maior concentração microplástica foi encontrada nas folhas de C. prolifera (0,0559 ± 0,0936 MPs cm-2) e Z. noltei (0,0529 ± 0,1238 MPs cm-2), seguido por C. nodosa (0,0198 ± 0,0308 MPs cm-2) e Z. marina (0,0114 ± 0,0113 MPs cm-2). A menor contaminação foi registrada em S. maritimus com 0 MPs cm-2. No geral, os microplásticos detectados nas folhas eram todas fibras e as cores mais comuns eram o azul (36%). Finalmente, para entender se altas concentrações de plástico nos bioenginheiros e nos sedimentos laterais nus podem afetar a fauna associada, avaliei a ocorrência e abundância de microplástico ingerido por espécies bivalves rentáveis (Ruditapes decussatus, Polititapes sp. e Cerastoderma sp.), comumente colhidas na Ria Formosa. Encontrei que MPs ocorrem em altas concentrações em todas as espécies bivalves investigadas. Especificamente, Ruditapes decussatus continha em média 18,4 ± 21,9 MP itens g-1 (u.i.) tecido e exibiu a maior concentração de MP por peso, Cerastoderma sp. e Polititapes sp. seguidos de 11,9 ± 5,5 MP itens g-1 (u.i.) e 10,4 ± 10,4 MP itens g-1 (u.i.), respectivamente. Globalmente, 88% das MP encontradas eram fibras sintéticas, a maioria das quais eram azuis (51,6%). Os polímeros mais representados foram o polietileno (PE) e o poliestireno (PS). O número inesperadamente elevado de microplásticos registados em bivalves sugere que este sistema lagunar semi-fechado está a sofrer uma pressão antropogénica superior à dos sistemas costeiros abertos e afirma um esforço imediato para reduzir os resíduos plásticos e melhorar a gestão da eliminação de águas residuais na Ria Formosa. Os resultados desta investigação ajudariam a preencher as lacunas de conhecimento existentes e a definir novas zonas potenciais de acumulação de plástico em habitats costeiros chave para a vida selvagem marinha, mas é necessária investigação futura para melhor inferir o padrão de deposição de plástico nestes ecossistemas vitais. The rapid rise of plastic pollution in the world's oceans demands immediate efforts to investigate the occurrence, abundance and dispersal of plastic debris in the marine environment. The identification of plastic accumulation areas or sinks in key habitat for marine wildlife, such as foraging or nursery areas, is a high priority for the implementation of management strategies. Habitats formed by coastal bioengineers play a crucial role in modifying local environmental conditions and in maintaining a high biodiversity. Here, we investigated the potential role of coastal vegetated bioengineers as sink for macro- and microplastics. We focused on intertidal (Zostera noltei) and subtidal seagrasses (Cymodocea nodosa and Z. marina), rhizophytic macroalgae (Caulerpa prolifera) and intertidal saltmarsh (Sporobolus maritimus) from the Ria Formosa lagoon. We found no significant differences in microplastic (MP) abundance or type between any of the bioengineer and its side bare sediments as well as between intertidal and subtidal habitats. A similar pattern was observed for macroplastics abundance, type and mass except for S. maritimus that had significantly more macroplastic than its intertidal bare sediment. The most abundant microplastic type and colour was fibre (86.5%) and blue (45%) respectively while 61.4% of macroplastics found were fragments. Subtidal bioengineers trapped significantly more MPs than intertidal species on their leaves, with 100% MPs being fibres, 36% of which blue in colour. To understand if eventual high concentrations of plastic in the bioengineer can affect its associated fauna, we also assessed the occurrence and abundance of microplastic ingested by profitable bivalve species (Ruditapes decussatus., Polititapes sp. and Cerastoderma sp.). MPs occurred at high concentrations in all the bivalve species investigated. Specifically, Ruditapes decussatus contained on average 18.4 ± 21.9 MP items g-1 (w.w.) tissue followed by Cerastoderma spp. and Polititapes spp. with 11.9 ± 5.5 MP items g-1 (w.w.) and 10.4 ± 10.4 MP items g-1 (w.w.), respectively. Our findings suggest that this semi-closed lagoon system is experiencing high anthropogenic pressure and claim for immediate effort to reduce plastic waste and improve the management of wastewater disposal.

Este trabalho pretendeu estudar a variabilidade das características físicas e químicas da água na barra da Armona, uma das mais importantes na circulação do setor oeste da Ria Formosa, e avaliar a sua contribuição para a troca de matéria (água, nutrientes, clorofila a e sólidos em suspensão) com o oceano adjacente. Realizaram-se quatro campanhas de amostragem durante ciclos de maré completos nas duas estações do ano mais produtivas, outono e primavera, em maré viva e maré morta. Os resultados mostram que as características da água não dependem somente da altura da maré, das estações do ano e de processos internos de interação sedimento-água e biológicos, mas também de processos externos como afloramento costeiro, que foi particularmente evidente na primavera, com reflexo notório na concentração dos nutrientes e clorofila a. A variabilidade das características da água foi maior em maré viva, pelo maior volume de água trocado. Os valores dos parâmetros analisados foram semelhantes aos das outras barras do setor oeste, pois as três barras estão em permanente ligação com o oceano adjacente, notando-se uma melhoria na qualidade da água desde os anos 80. Comparativamente com outros sistemas lagunares, onde a pressão antropogénica é maior e/ou a renovação menor, a qualidade da água da Ria Formosa é superior. Quanto ao transporte de matéria, como seria de esperar, as trocas foram maiores nas marés vivas de que nas marés mortas. O transporte dos parâmetros analisados nem sempre seguiu o sentido da água, revelando que estes balanços de matéria variam temporal e espacialmente. A barra da Armona contribuiu com ca. 30%-40% para o total das trocas de matéria nas três barras do setor oeste, tendo um papel importante na importação, particularmente durante eventos de afloramento costeiro, que aumentam a produtividade da Ria Formosa, mas também na exportação de compostos, particularmente amónia e sólidos orgânicos que fertilizam o oceano adjacente. This work aimed to study the variability of physical and chemical characteristics of the water in Armona inlet, one of the most important inlets in the circulation of the western sector of Ria Formosa, and to evaluate its contribution to the exchange of matter (water, nutrients, chlorophyll a and suspended solids) with the adjacent ocean. Four sampling campaigns were conducted during complete tidal cycles in the two most productive seasons, autumn and spring, at spring tide and at neap tide. The results show that water characteristics depend not only on tidal height, seasons and internal coupling sediment-water and biological processes, but also on external processes such as upwelling, which was particularly evident in spring, with noticeable reflex on the concentration of nutrients and chlorophyll a. The variability of water characteristics was higher at spring tide due to the higher volume of water exchanged. The values of the analyzed parameters were similar to those of the other west sector inlets, since the three inlets are in permanent connection with the adjacent ocean, noticing an improvement in water quality since the 80's. Compared to other lagoon systems, where the anthropogenic pressure is higher and/or renewal lower, the water quality of Ria Formosa is higher. Concerning the transport of matter, as might be expected, exchanges were higher in the spring tides than in the neap tides. The transport of the analyzed parameters did not always follow the water direction, revealing that these matter balances vary temporally and spatially. Armona's inlet contributed approximately 30-40% of the total of material exchange in the three western inlets, playing an important role in importation, particularly during upwelling events, which increase Ria Formosa's productivity, but also in the exportation of compounds, particularly ammonium and organic solids that fertilize the adjacent ocean.

We investigated the nutrient acquisition of the seagrass Cymodocea nodosa and the importance of sediment to water column nutrient pulses, which regularly occur in coastal lagoons forced by incoming flood tides. Ammonium was preferentially taken up and accounted for 60-90% of the total daily N acquisition, whereas amino acid acquisition through belowground plant parts represented the second most important source of N, accounting 8-34%. The uptake of ammonium pulses increased dramatically the daily N acquisition from 9.5 mmol m-2 day-1 to 1.33 mmol m-2 day-1 at ambient nutrient concentrations, enabling the species to meet its N demand. Roots accounted for 96% of the total phosphate acquisition, with no evidence for P limitation. The ability of seagrasses to adapt to nutrient pulses may be an overlooked nutrition strategy common to many ecosystems where nutrient availability in the water column is low but nutrient pulses occur. Portuguese national funds from FCT -Foundation for Science and Technology UIDB/04326/2020 PTDC/MAR-EST/3223/2014 DL 57/2016/CP1361/CT0001 info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Since the 1980s, scientific interest in nudibranch species has grown due to their potential in biotechnology and neurobiology. But only a limited number of ecological studies have been undertaken specifically on this mollusk group in a lagunary environment. This MSc thesis aims at assessing the nudibranch ecology of the Armona biodiversity hotspot in the Ria Formosa lagoon and at collecting information helpful to its conservation. The scope includes investigating the abundance of each species, which environment it prefers, its behaviour, biometrics and role in the trophic web as well as their relationship with the other benthos. In situ data acquisition during scientific diving forms the basis of the study. The diving survey took place during May 2018, a time of the year for which previous studies had typically observed higher densities of nudibranchs. Data gathered from 10 dives was dissimilar but consistent. Flabellina affinis was the most abundant species identified in the Armona hotspot during the survey. Whilst previous surveys pointed out to other species of nudibranchs in the Ria Formosa area, these findings could not be confirmed in May 2018. This leads to questions about migration and general behaviour patterns of the nudibranch. Determining the density of invertebrates other than nudibranchs, observing their behavior and recording their biometrics were secondary goals of this thesis. These tasks were performed through random quadrat sampling and should contribute to the knowledge of benthos inside the surveyed biodiversity patches. The Armona biodiversity hotspot or patch consists of sea urchins accumulating in the sandy bottom of the Ria Formosa and generating livable niches for a great number of organisms. This results in the creation of a specific community with unique features Desde a década de 1980 que a comunidade científica tem vindo a desenvolver trabalhos de investigação centrados nas múltiplas espécies de Nudibrânquios, dado o seu potencial na biotecnologia, na neurobiologia e como bioindicadores. Porém poucos têm sido os estudos desenvolvidos sobre estes moluscos em ambiente lagunar. O principal objetivo desta tese de mestrado versa contribuir para o estudo ecológico dos nudibrânquios observados no hotspot de biodiversidade localizado na zona lagunar adjacente poente da barra da Armona, na Ria Formosa e registar informações que possam contribuir para a sua conservação. Este trabalho pretendeu estudar a abundância de nudibrânquios, identificar as eventuais preferências de cada espécie, o seu comportamento, obter informações biométricas, determinar qual o seu papel na rede trófica, bem como avaliar a sua relação com os outros bentos. Pretendeu-se igualmente determinar as densidades dos macroinvertebrados presentes nas manchas de biodiversidade, para além das dos nudibrânquios. Cada hotspot ou mancha de biodiversidade estudada na zona adjacente à barra da Armona é constituída por populações de ouriços-do-mar e ascídias assentes numa camada de valvas de bivalves acumuladas no fundo arenoso da Ria Formosa, gerando nichos habitáveis para um grande número de animais (esponjas, crustáceos, moluscos, pepinos-do-mar, estrelas-do-mar, ofiurídeos, poliquetas, cavalos marinhos e outros peixes, que compõem um ecossistema. Várias manchas de biodiversidade foram analisadas e a respetiva comunidade macrobentónica estudada. Na identificação de nudibrânquios usou-se uma chave dicotómica modificada, baseada numa chave existente de um estudo anterior realizado na Ria Formosa. Foi necessário alterar e adaptar essa chave às espécies nudibrânquios versadas nesta tese, de modo a facilitar a sua utilização durante a campanha de mergulho. A aquisição de dados no ambiente lagunar in situ decorreu com recurso a várias técnicas que envolveram o mergulho científico. Foram utilizados métodos específicos de mergulho de forma a não interferir ou danificar as manchas de biodiversidade e ainda técnicas e metodologias científicas de aquisição de dados dos habitats em estudo e dos vários parâmetros, tendo para o efeito sido dada formação específica à equipa de mergulhadores. Para a aquisição de dados in situ recorreu-se ao método dos transeptos combinados com quadrantes (0.50x0.50m) para uma melhor avaliação do macrobentos nas manchas de biodiversidade. A aquisição de dados iniciou-se em maio de 2018, numa época do ano em que estudos anteriores apontavam para densidades mais altas de nudibrânquios nas manchas de biodiversidade da área em estudo. Para o efeito, foram realizadas 10 campanhas de mergulho distintas, mas relacionadas entre si. Na primeira campanha de mergulho foram estudadas seis hotspots de biodiversidade, que incluiu etiquetar, geolocalizar e caracterizar morfologicamente essas manchas. Embora se tenha observado variação no tamanho e forma, verificou-se que genericamente têm uma forma oblonga. A hipótese apontada para que essa forma oblonga ocorra é a hidrodinâmica da Ria Formosa. Durante as campanhas de aquisição de dados in situ seis espécies diferentes de nudibrânquios foram identificadas nas manchas de biodiversidade durante estes trabalhos: Flabellina affinis, Cratena peregrina, Dendrodoris grandiflora, Doriopsilla areolata, Felimida purpurea e Pleurobranchaea meckeli, uma lesma do mar pertencente ao género Pleurobranchaea. No que respeita aos resultados quantitativos, D. areolata e F. purpúrea não foram considerados por falta de dados. A espécie Flabellina affinis foi a mais abundante entre os nudibrânquios no hotspot da barra da Armona. Os resultados obtidos apontam no sentido de algumas espécies de nudibrânquios preferirem os habitas das manchas de biodiversidade como fonte de alimento, reprodução e abrigo (Flabellina affinis, Cratena peregtina), enquanto as espécies Dendrodoris grandiflora e Doriospilla areolata preferem o habitat arenoso envolvente. Durante este trabalho não foram encontradas as mesmas espécies que tinham sido observadas em campanhas de anos anteriores. As razões para esta diferença podem ser: variações sazonais; pela localização escolhida para estudo; concentração de alimento ou pelas correntes costeiras. As densidades de macroinvertebrados identificadas durante estes levantamentos nas manchas de biodiversidade da barra da Armona foram inferiores à observada noutros habitats na Ria Formosa, embora a metodologia de amostragem não seja diretamente comparável. Estas baixas densidades observadas poderão estar relacionadas com o elevado stress físico nesta zona da Ria Formosa, devido às fortes correntes de maré e ainda a diversas atividades antrópicas. Neste local é habitual a ancoragem de múltiplos veleiros e consequente destruição das manchas de biodiversidade pelas respetivas ancoras, a pesca continua na área em estudo presenciada pela equipa de investigação aquando das campanhas, os impactes resultantes da intensa passagem e paragem de embarcações de recreio e marítimo turísticas, entre outras. Os resultados obtidos no âmbito deste trabalho podem assim contribuir para que sejam tomadas medidas para a melhoria da gestão, preservação e conservação desta área lagunar em estudo, bem como servir de base para trabalhos futuros. Seria da maior importância, em trabalhos futuros, proceder ao estudo ecológico dos nudibrânquios nestas manchas de biodiversidade, em diferentes estações do ano, estudar uma eventual variabilidade comportamental diurna, diferenças no âmbito de outras condições hidrodinâmicas às estudadas (designadamente a marés extremas, fases de maré intermédias às estofas e períodos de maior aporte de água doce ao sistema lagunar) assim como possíveis padrões de migração, períodos de acasalamento e posturas. Estes estudos da ecologia das espécies de nudibrânquios, realizados não só à escala local da barra da Armona, mas também à escala do sistema lagunar da Ria Formosa, permitiriam comparações a um nível mais abrangente com outros sistemas lagunares, de forma a utilizar estes organismos como bioindicadores das mudanças no ambiente (naturais e antrópicas) e das alterações climáticas. O estudo destas espécies de gastrópodes em ambiente natural, baseado em observações in situ, sem interferir ou condicionar o seu habitat requerem muitos recursos humanos, técnicos, logísticos e de segurança, sendo muito difíceis e dispendiosos as respetivas campanhas, mas de primordial importância a informação ecológica obtida. Os resultados obtidos no âmbito deste estudo apontaram, para trabalhos futuros, formas de melhorar em alguns detalhes as metodologias usadas neste trabalho (por exemplo, no tipo de levantamento usado com scooters, nos métodos dos quadrantes, ...), e de melhorar também o planeamento dos mergulhos quanto à parte logística e na previsão das condições ambientais adversas

Tese de mestrado, Qualidade Alimentar e Saúde, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2019 Submitted by Biblioteca FFULisboa (biblioteca@ff.ulisboa.pt) on 2020-04-22T18:54:44Z No. of bitstreams: 1 TM_Carolina_Feijo_Pinto_Ventura.pdf: 2257941 bytes, checksum: d29caeda299086553688719b460b9bb3 (MD5) Made available in DSpace on 2020-04-27T16:27:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TM_Carolina_Feijo_Pinto_Ventura.pdf: 2257941 bytes, checksum: d29caeda299086553688719b460b9bb3 (MD5) Previous issue date: 2019-12-06

The Ria Formosa is a coastal lagoon comprising six tidal inlets. The western sector encompassing three inlets, Ancao, Faro-Olhao and Armona is the most important one since it represents approximately 90% of the total tidal prism. The Ancao inlet is characterized by a cyclic eastward migration pattern, but until now the knowledge of the real impact of its dynamics in the last 20 years in terms of tidal prisms and interconnectivity between these three inlets is scarce. This work presents the most exhaustive data set acquired so far, comprising 25 field surveys led in the period 2004-2013 on the western sector of Ria Formosa. This provides a long-term analysis of the recent temporal evolution of the tidal prisms from the three inlets during a single migration cycle (18 years) of the Ancao inlet. It determines the relative contribution of the three inlets to the total prism of the western sector of Ria Formosa before the last artificial opening of the Ancao inlet. Results show that at Ancao inlet the tidal prism decreased in spring tide mainly due to its eastward migration. The other natural inlet, Armona inlet, depict a progressive narrowing responsible for the decrease of the tidal prism in neap tide while during the same tidal phase, at the Faro-Olhao inlet, the most important one in terms of exchanges, the tidal prism increased. Those alterations at the three inlets could be related to morphodynamic changes and morphological evolution and confirmed the strong interconnectivity between them to compensate the variations of their relative contributions to the total prism. The tidal prisms errors were low for all cases (< 10%) and confirm that, globally, there was an increase of the prisms with time. Centro de Investigacao Marinha e Ambiental (CIMA) Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT)Portuguese Foundation for Science and Technology [PTDC/MAR/114217/2009-COALA] info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Jacob, J.; Correia, C.; Torres, A.F.; Xufre, G.; Matos, A.; Ferreira, C.; Reis, M.P.; Caetano, S.; Freitas, C.S.; Barbosa, A.B., and Cravo, A., 2020. Impacts of decommissioning and upgrading urban wastewater treatment plants on the water quality in a shellfish farming coastal lagoon (Ria Formosa, South Portugal). In: Malvarez, G. and Navas, F. (eds.), Global Coastal Issues of 2020. Journal of Coastal Research, Special Issue No. 95, pp. 45–50. Coconut Creek (Florida), ISSN 0749-0208.Ria Formosa is a productive coastal lagoon, located on the south coast of Portugal, and represents the largest national producer of shellfish bivalves (ca. 90% production). This ecosystem is subjected to various anthropogenic pressures, including the discharge of urban wastewater treatment plants (UWWTP), which impacts the lagoon water quality. This study aimed to assess the impact of alterations in the functioning of two UWWTP on the water quality of Ria Formosa, based on chemical variables, phytoplankton composition (including potential harmful species) and faecal contamination. During the period September 2018 - October 2019, water sampling was conducted along dominant longitudinal gradients of the effluent dispersion from the discharge point (1-2 km), for two sites: a decommissioned (OP) and a modified (FO) UWWTP. After modification, the later started receiving a higher influent volume (ca. 40%), under an innovative technology system (biological treatment in aerobic granular sludge). Based on chemical water quality variables, phytoplankton and indicators of faecal contamination, a significant improvement along the longitudinal gradient from the discharge point was observed after OP decommissioning. This improvement was fast, being detected two months after decommissioning, positively affecting areas used as shellfish farming grounds. However, distribution patterns of bacteriological indicators and regular shellfish harvesting interdictions suggested an alternative source of faecal contamination after OP decommissioning. At FO, both chemical variables and bacteriological indicators of faecal contamination revealed a slower improvement, only six-months after the UWWTP alteration. Before that, increased and highly variable ammonium, chlorophyll a concentration, phytoplankton abundances and Escherichia coli densities, revealed an unstable phase. Overall, a lower water quality at FO in respect to OP reflected not only a higher effluent volume but also more restricted water circulation for the former.

This paper presents a study for estimating the size of a tidal turbine array for the Faro-Olhão Inlet (Potugal) using a surrogate optimization approach. The method compromises problem formulation, hydro-morphodynamic modelling, surrogate construction and validation, and constraint optimization. A total of 26 surrogates were built using linear RBFs as a function of two design variables: number of rows in the array and Tidal Energy Converters (TECs) per row. Surrogates describe array performance and environmental effects associated with hydrodynamic and morphological aspects of the multi inlet lagoon. After validation, surrogate models were used to formulate a constraint optimization model. Results evidence that the largest array size that satisfies performance and environmental constraints is made of 3 rows and 10 TECs per row. Eduardo González-Gorbeña has received funding for the OpTiCA project (http://msca-optica.eu/) from the Marie Skłodowska-Curie Actions of the European Union's H2020-MSCA-IF-EF-RI-2016 / GA#: 748747. The paper is a contribution to the SCORE pro-ject, funded by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT–PTDC/AAG-TEC/1710/2014). André Pacheco was supported by the Portuguese Foun-dation for Science and Technology under the Portuguese Researchers’ Programme 2014 entitled “Exploring new concepts for extracting energy from tides” (IF/00286/2014/CP1234). info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Holothuria arguinensis is a potential species for sea cucumber aquaculture in Europe. In a first experiment, feeding rate (FR), growth, absorption efficiency (AE) and survival of adults (135.01 +/- 10.87g eviscerated weight) were assessed under sediment tank conditions. In a second experiment, the feasibility to use sea bream (Sparus aurata) biodeposits as a food source was studied for adults (168.69 +/- 14.59g eviscerated weight). Individuals in the first experiment showed an increase of weight (specific growth rate (SGR)=0.2% d(-1)), positive FRs and mean value of AE close to 80% with a mean organic matter content of 90.07 +/- 11.5mg/g in the offered sediment. Sea cucumbers fed with fish biodeposits showed a reduction of weight (SGR

Dissertação de Mestrado Integrado em Arquitetura apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia A temática desta tese centra-se na requalificação urbana e na valorizaçãoambiental do território de Olhão, especificamente associada ao Parque Natural da RiaFormosa, pela introdução dos temas do Desporto, Lazer e Cultura na articulação entre ocentro urbano histórico, a frente de Ria e a frente de Mar, com o propósito domelhoramento do turismo local, dominado pela prática do turismo de “Sol e Mar “.Neste contexto, o projeto prático desenvolvido baseia-se na definição de umpercurso de caráter cultural, que interligará a frente de Ria à frente de Mar, explorando o potencial dos recursos naturais e humanos locais.As diversas intervenções preconizadas são, então, estruturadas a partir da criação de uma relação física – hoje inexistente – entre as duas frentes de água, a costa marítima da Ilha de Armona e a frente ribeirinha da cidade de Olhão, com a construção de uma ponte pedonal. Outro princípio adotado, foi o da ligação destas duas frentes ao centro urbano histórico, conhecido pela pequena “vila cubista”, na perspetiva de complementar a vertente turística da cidade e da região. . The theme of this thesis focuses on the urban requalification and environmental valuation of the territory of Olhão, specifically associated with the Natural Park of Ria Formosa, by introducing the themes of Sport, Leisure and Culture in the articulation between the historical urban center, in front of Ria and the sea front, with the purpose of improving local tourism, dominated by the practice of "Sun and Sea" tourism. In this context, the practical project developed is based on the definition of a cultural course, which will connect the Ria de Mar front, exploring the potential of local natural and human resources. The various interventions that have been advocated are then structured through the creation of a physical relationship - now non-existent - between the two water fronts, the maritime coast of the Island of Armona and the riverside front of the city of Olhão, with the construction of a bridge pedestrian Another principle adopted was the connection of these two fronts to the historical urban center, known by the small "cubist village", in the perspective of complementing the tourist side of the city and the region. .

In the Algarve the potential for birdwatching tourism is widely recognized, especially in the Ria Formosa Natural Park (RFNP). This study aims to describe birdwatchers' profile in the RFNP. For this purpose, a survey was applied. The results show that the most frequent nationalities of birdwatchers are: British (39%), Dutch (17%) and Portuguese (17%). The majority of birdwatchers are male (55%) and married (57%). The average age is 50 years old. They are highly educated (74% have an academic degree). Concerning profession, the most frequent answer was retired (41%). Respondents are committed to the activity as the majority possess special equipment and practice birdwatching in vacations. This study also tests if nationality is related to other characteristics of the birdwatchers, by using the Kruskal-Wallis and the Chi-square tests. Overall, the results of this study highlight that regional management organizations should invest in developing birdwatching in the RFNP. O potencial para o turismo de birdwatching é vastamente reconhecido, especialmente no Parque Natural da Ria Formosa (PNRF). Este estudo tem como objetivo descrever o perfil dos observadores de aves que visitam o PNRF. Para esse propósito, foi aplicado um questionário. Os resultados mostram que as nacionalidades mais frequentes dos observadores de aves são: britânica (39%), holandesa (17%) e portuguesa (17%). A maioria dos observadores de aves é do sexo masculino (55%), sendo o seu estado civil casado (57%). A idade média é de 50 anos. O seu nível educacional é elevado (74% têm um grau académico). Quanto à profissão, a resposta mais frequente foi aposentado (41%). Os inquiridos estão comprometidos com a atividade, pois a maioria possui equipamentos especiais e pratica observação de aves nas férias. Este estudo também testa se a nacionalidade está relacionada com outras características dos observadores de aves, através de testes Kruskal-Wallis e Qui-quadrado. Os resultados deste estudo indicam que as organizações de gestão regional devem investir no desenvolvimento do birdwatching no PNRF. info:eu-repo/semantics/publishedVersion