Search

Your search keyword '"Prasad, Megana"' showing total 5 results
Start Over Author "Prasad, Megana" Database OpenAIRE
5 results on '"Prasad, Megana"'

1. Insights into Ciliary Genes and Evolution from Multi-Level Phylogenetic Profiling

Author

Nevers, Yannis, Prasad, Megana, Poidevin, Laetitia, Chennen, Kirsley, Allot, Alexis, Kress, Arnaud, Ripp, Raymond, Thompson, Julie, Dollfus, Hélène, Poch, Olivier, Lecompte, Odile, Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), and univOAK, Archive ouverte

Subjects
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], cilium, Eukaryota, comparative genomics, Genomics, Sequence Analysis, DNA, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Ciliopathies, Evolution, Molecular, phylogenetic profiling, Eukaryotic Cells, Cell Movement, Flagella, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, evolution, Animals, Humans, Cilia, Databases, Nucleic Acid, Discoveries, Phylogeny
Abstract

Cilia (flagella) are important eukaryotic organelles, present in the Last Eukaryotic Common Ancestor, and are involved in cell motility and integration of extracellular signals. Ciliary dysfunction causes a class of genetic diseases, known as ciliopathies, however current knowledge of the underlying mechanisms is still limited and a better characterization of genes is needed. As cilia have been lost independently several times during evolution and they are subject to important functional variation between species, ciliary genes can be investigated through comparative genomics. We performed phylogenetic profiling by predicting orthologs of human protein-coding genes in 100 eukaryotic species. The analysis integrated three independent methods to predict a consensus set of 274 ciliary genes, including 87 new promising candidates. A fine-grained analysis of the phylogenetic profiles allowed a partitioning of ciliary genes into modules with distinct evolutionary histories and ciliary functions (assembly, movement, centriole, etc.) and thus propagation of potential annotations to previously undocumented genes. The cilia/basal body localization was experimentally confirmed for five of these previously unannotated proteins (LRRC23, LRRC34, TEX9, WDR27, and BIVM), validating the relevance of our approach. Furthermore, our multi-level analysis sheds light on the core gene sets retained in gamete-only flagellates or Ecdysozoa for instance. By combining gene-centric and species-oriented analyses, this work reveals new ciliary and ciliopathy gene candidates and provides clues about the evolution of ciliary processes in the eukaryotic domain. Additionally, the positive and negative reference gene sets and the phylogenetic profile of human genes constructed during this study can be exploited in future work.

Published
2017

2. Protocol GenoDENT: Implementation of a New NGS Panel for Molecular Diagnosis of Genetic Disorders with Orodental Involvement

Author

Rey, Tristan, Tarabeux, Julien, Gerard, Bénédicte, Delbarre, Marion, Le Béchec, Antony, Stoetzel, Corinne, Prasad, Megana, Laugel-Haushalter, Virginie, Kawczynski, Marzena, Muller, Jean, Chelly, Jamel, Dollfus, Hélène, Maniere, Marie-Cécile, Bloch-Zupan, Agnès, Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nanomédecine Régénérative (NanoRegMed), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics
Abstract

Rare genetic disorders are often challenging to diagnose. Anomalies of tooth number, shape, size, mineralized tissue structure, eruption, and resorption may exist as isolated symptoms or diseases but are often part of the clinical synopsis of numerous syndromes (Bloch-Zupan A, Sedano H, Scully C. Dento/oro/craniofacial anomalies and genetics, 1st edn. Elsevier, Boston, MA, 2012). Concerning amelogenesis imperfecta (AI), for example, mutations in a number of genes have been reported to cause isolated AI, including AMELX, ENAM, KLK4, MMP20, FAM83H, WDR72, C4orf26, SLC24A4, and LAMB3. In addition, many other genes such as DLX3, CNNM4, ROGDI, FAM20A, STIM1, ORAI1, and LTBP3 have been shown to be involved in developmental syndromes with enamel defects. The clinical presentation of the enamel phenotype (hypoplastic, hypomineralized, hypomature, or a combination of severities) alone does not allow a reliable prediction of possible causative genetic mutations. Understanding the potential genetic cause(s) of rare diseases is critical for overall health management of affected patient. One effective strategy to reach a genetic diagnosis is to sequence a selected gene panel chosen for a determined range of phenotypes. Here we describe a laboratory protocol to set up a specific gene panel for orodental diseases.

Published
2019

3. Evolutionary Analysis Predicts Sensitive Positions of MMP20 and Validates Newly- and Previously-Identified MMP20 Mutations Causing Amelogenesis Imperfecta

Author

Gasse, Barbara, Prasad, Megana, Delgado, Sidney, Huckert, Mathilde, Kawczynski, Marzena, Garret-Bernardin, Annelyse, Lopez-Cazaux, Serena, Bailleul-Forestier, Isabelle, Manière, Marie-Cécile, Stoetzel, Corinne, Bloch-Zupan, Agnès, Sire, Jean-Yves, Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Faculté de chirurgie dentaire - Strasbourg, Université de Strasbourg (UNISTRA), Faculté d'Odontologie de Nantes, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Strasbourg - Faculté d'Odontologie, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT), and HAL UPMC, Gestionnaire

Subjects
stomatognathic system, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV.MHEP.PHY] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Physiology, phenotype, evolution, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], MMP20, amelogenesis imperfecta, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, mutations, Original Research
Abstract

International audience; Amelogenesis imperfecta (AI) designates a group of genetic diseases characterized by a large range of enamel disorders causing important social and health problems. These defects can result from mutations in enamel matrix proteins or protease encoding genes. A range of mutations in the enamel cleavage enzyme matrix metalloproteinase-20 gene (MMP20) produce enamel defects of varying severity. To address how various alterations produce a range of AI phenotypes, we performed a targeted analysis to find MMP20 mutations in French patients diagnosed with non-syndromic AI. Genomic DNA was isolated from saliva and MMP20 exons and exon-intron boundaries sequenced. We identified several homozygous or heterozygous mutations, putatively involved in the AI phenotypes. To validate missense mutations and predict sensitive positions in the MMP20 sequence, we evolutionarily compared 75 sequences extracted from the public databases using the Datamonkey webserver. These sequences were representative of mammalian lineages, covering more than 150 million years of evolution. This analysis allowed us to find 324 sensitive positions (out of the 483 MMP20 residues), pinpoint functionally important domains, and build an evolutionary chart of important conserved MMP20 regions. This is an efficient tool to identify new- and previously-identified mutations. We thus identified six functional MMP20 mutations in unrelated families, finding two novel mutated sites. The genotypes and phenotypes of these six mutations are described and compared. To date, 13 MMP20 mutations causing AI have been reported, making these genotypes and associated hypomature enamel phenotypes the most frequent in AI.

Published
2017

4. A targeted next-generation sequencing assay for the molecular diagnosis of genetic disorders with orodental involvement

Author

Prasad, Megana K., Geoffroy, Véronique, Vicaire, Serge, Jost, Bernard, Dumas, Michael, Le Gras, Stéphanie, Switala, Marzena, Gasse, Barbara, Laugel-Haushalter, Virginie, Paschaki, Marie, Leheup, Bruno, Droz, Dominique, Dalstein, Amelie, Loing, Adeline, Grollemund, Bruno, Muller-Bolla, Michèle, Lopez-Cazaux, Serena, Minoux, Maryline, Jung, Sophie, Obry, Frédéric, Vogt, Vincent, Davideau, Jean-Luc, Davit-Béal, Tiphaine, Kaiser, Anne-Sophie, Moog, Ute, Richard, Béatrice, Morrier, Jean-Jacques, Duprez, Jean-Pierre, Odent, Sylvie, Bailleul-Forestier, Isabelle, Rousset, Monique Marie, Merametdijan, Laure, Toutain, Annick, Joseph, Clara, Giuliano, Fabienne, Dahlet, Jean-Christophe, Courval, Aymeric, Alloussi, Mustapha El, Laouina, Samir, Soskin, Sylvie, Guffon, Nathalie, Dieux, Anne, Doray, Bérénice, Feierabend, Stephanie, Ginglinger, Emmanuelle, Fournier, Benjamin, De la Dure Molla, Muriel, Alembik, Yves, Tardieu, Corinne, Clauss, François, Berdal, Ariane, Stoetzel, Corinne, Manière, Marie Cécile, Dollfus, Hélène, Bloch-Zupan, Agnès, Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution Paris Seine, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique Médicale Pédiatrique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service d'anatomo-pathologie [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Institut de recherches interdisciplinaires sur les sciences et la technologie (IRIST), Université de Strasbourg (UNISTRA), Université Nice Sophia Antipolis - Faculté de Chirurgie Dentaire (UNS UFR Odontologie), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Service d’Odontologie Conservatrice et Pédiatrique [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre de compétences Malformations orales et dentaires rares [CHU Nantes], Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Evolution et développement du squelette (EDS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Systématique, adaptation, évolution (SAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institute of Human Genetics, Universität Heidelberg [Heidelberg], Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service de génétique [Tours], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Dpt génétique médicale [CHU Nice], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de Génétique clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Génétique Médicale, Hôpital Civil, Strasbourg, Centre Hospitalier Emile Muller [Mulhouse] (CH E.Muller Mulhouse), Groupe Hospitalier de Territoire Haute Alsace (GHTHA), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Medical Genetics, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Chirurgie orthopédique et pédiatrique [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Hôpitaux universitaires, Département Odontologie Pédiatrique, Centre de Référence National pour les maladies génétiques à expression odontologique, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Biomatériaux Innovants et Interfaces (URB2i (URP_4462)), Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Heidelberg University, Université de Lyon, Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Université de Toulouse (UT), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), CHU Lille, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Nantes Université (Nantes Univ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Université de Nice Sophia-Antipolis (UNSA), Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Les Hôptaux universitaires de Strasbourg (HUS), CHU Strasbourg, Université Mohammed V de Rabat [Agdal] (UM5), CHU Lyon, Universitäts Klinikum Freiburg = University Medical Center Freiburg (Uniklinik), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Rothschild [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé (ADES), Aix Marseille Université (AMU)-EFS ALPES MEDITERRANEE-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Centre de Référence pour les Affections Rares en Génétique Ophtalmologique (CARGO) et Service de Génétique Médicale, Faculté de chirurgie dentaire - Strasbourg, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Evolution Paris-Seine, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Service de Consultations et de Traitements Dentaires [HCL, Lyon], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), DNA Microarrays and Sequencing Platform, Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Médecine Infantile III et Génétique Clinique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux ( NGERE ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lorraine ( UL ), Service d'Odontologie [CHRU Nancy], Faculté de Chirurgie Dentaire, Human Genetics Institute, Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Bretonneau-CHRU Tours, Service de génétique médicale, Hôpital l'Archet, Centre de Référence des Maladies Héréditaires du Métabolisme, Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] ( HFME ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Service de Génétique, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de cytogénétique, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé ( ADES ), Aix Marseille Université ( AMU ) -EFS ALPES MEDITERRANEE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Faculté dentaire, Université de Strasbourg, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de Référence des Maladies Rares de la Face et de la Cavité Buccale ( MAFACE ), Laboratoire de Génétique Médicale, Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg]-AVENIR-Inserm, Faculté de Chirurgie Dentaire de Strasbourg, Reference Centre for Oro-dental Manifestations of Rare Diseases, Pôle de Médecine et Chirurgie Bucco-Dentaires-Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de Génétique Médicale [CHRU Nancy], COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Faculté d’Odontologie, Université de Lyon-Université de Lyon, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Référence des Maladies Rares de la Face et de la Cavité Buccale (MAFACE), Hôpital Rothschild [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-INSERM U 132, Hôpital Necker - Enfants Malades, Paris, France, Université Paris Cité (UPC)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Toulouse [Toulouse], University of Mohammed V, École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPC), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), INSERM U 132, Hôpital Necker - Enfants Malades, Paris, France-Hôpital Rothschild [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)

Subjects
Amelogenesis Imperfecta, Hearing Loss, Sensorineural, [SDV]Life Sciences [q-bio], Aucun, Chromosome Disorders, Genetic screening/counselling, Autoantigens, methods, Cohort Studies, Methods, Genetics, Humans, genetics, Genome-wide, Molecular genetics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Tooth Abnormalities, Chromosomes, Human, Pair 11, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Reproducibility of Results, Non-Fibrillar Collagens, Coloboma, Dentin Dysplasia, Mutation, France, Chromosome Deletion, Diagnostics tests
Abstract

BACKGROUND: Orodental diseases include several clinically and genetically heterogeneous disorders that can present in isolation or as part of a genetic syndrome. Due to the vast number of genes implicated in these disorders, establishing a molecular diagnosis can be challenging. We aimed to develop a targeted next-generation sequencing (NGS) assay to diagnose mutations and potentially identify novel genes mutated in this group of disorders. METHODS: We designed an NGS gene panel that targets 585 known and candidate genes in orodental disease. We screened a cohort of 101 unrelated patients without a molecular diagnosis referred to the Reference Centre for Oro-Dental Manifestations of Rare Diseases, Strasbourg, France, for a variety of orodental disorders including isolated and syndromic amelogenesis imperfecta (AI), isolated and syndromic selective tooth agenesis (STHAG), isolated and syndromic dentinogenesis imperfecta, isolated dentin dysplasia, otodental dysplasia and primary failure of tooth eruption. RESULTS: We discovered 21 novel pathogenic variants and identified the causative mutation in 39 unrelated patients in known genes (overall diagnostic rate: 39%). Among the largest subcohorts of patients with isolated AI (50 unrelated patients) and isolated STHAG (21 unrelated patients), we had a definitive diagnosis in 14 (27%) and 15 cases (71%), respectively. Surprisingly, COL17A1 mutations accounted for the majority of autosomal-dominant AI cases. CONCLUSIONS: We have developed a novel targeted NGS assay for the efficient molecular diagnosis of a wide variety of orodental diseases. Furthermore, our panel will contribute to better understanding the contribution of these genes to orodental disease. TRIAL REGISTRATION NUMBERS: NCT01746121 and NCT02397824. journal article research support, non-u.s. gov't 2016 Feb 2015 10 26 imported

Published
2016

5. Neuropathy target esterase impairments cause Oliver-McFarlane and Laurence-Moon syndromes

Author

Hufnagel, Robert B, Arno, Gavin, Hein, Nichole D, Hersheson, Joshua, Prasad, Megana, Anderson, Yvonne, Krueger, Laura A, Gregory, Louise C, Stoetzel, Corinne, Jaworek, Thomas J, Hull, Sarah, Li, Abi, Plagnol, Vincent, Willen, Christi M, Morgan, Thomas M, Prows, Cynthia A, Hegde, Rashmi S, Riazuddin, Saima, Grabowski, Gregory A, Richardson, Rudy J, Dieterich, Klaus, Huang, Taosheng, Revesz, Tamas, Martinez-Barbera, JP, Sisk, Robert A, Jefferies, Craig, Houlden, Henry, Dattani, Mehul T, Fink, John K, Dollfus, Helene, Moore, Anthony T, and Ahmed, Zubair M

Subjects
Central Nervous System, Protein Structure, Developmental Disabilities, Molecular Sequence Data, Hypertrichosis, Embryonic Development, Dwarfism, Dermatology, Neurodegenerative, Medical and Health Sciences, Retina, Rare Diseases, Clinical Research, Intellectual Disability, Genetics, Animals, Humans, Blepharoptosis, 2.1 Biological and endogenous factors, Genetic Predisposition to Disease, Developmental, Amino Acid Sequence, Aetiology, Zebrafish, Alleles, Genetics & Heredity, Neuro endocrinology, Laurence-Moon Syndrome, Neurosciences, Biological Sciences, Brain Disorders, Ophthalmology, Phenotype, Gene Expression Regulation, Phospholipases, Mutation, Neurological, Carboxylic Ester Hydrolases, Retinitis Pigmentosa, Tertiary
Abstract

BackgroundOliver-McFarlane syndrome is characterised by trichomegaly, congenital hypopituitarism and retinal degeneration with choroidal atrophy. Laurence-Moon syndrome presents similarly, though with progressive spinocerebellar ataxia and spastic paraplegia and without trichomegaly. Both recessively inherited disorders have no known genetic cause.MethodsWhole-exome sequencing was performed to identify the genetic causes of these disorders. Mutations were functionally validated in zebrafish pnpla6 morphants. Embryonic expression was evaluated via in situ hybridisation in human embryonic sections. Human neurohistopathology was performed to characterise cerebellar degeneration. Enzymatic activities were measured in patient-derived fibroblast cell lines.ResultsEight mutations in six families with Oliver-McFarlane or Laurence-Moon syndrome were identified in the PNPLA6 gene, which encodes neuropathy target esterase (NTE). PNPLA6 expression was found in the developing human eye, pituitary and brain. In zebrafish, the pnpla6 curly-tailed morphant phenotype was fully rescued by wild-type human PNPLA6 mRNA and not by mutation-harbouring mRNAs. NTE enzymatic activity was significantly reduced in fibroblast cells derived from individuals with Oliver-McFarlane syndrome. Intriguingly, adult brain histology from a patient with highly overlapping features of Oliver-McFarlane and Laurence-Moon syndromes revealed extensive cerebellar degeneration and atrophy.ConclusionsPreviously, PNPLA6 mutations have been associated with spastic paraplegia type 39, Gordon-Holmes syndrome and Boucher-Neuhäuser syndromes. Discovery of these additional PNPLA6-opathies further elucidates a spectrum of neurodevelopmental and neurodegenerative disorders associated with NTE impairment and suggests a unifying mechanism with diagnostic and prognostic importance.

Published
2015

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results