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Root system scientists strive to understand how a single root, emerging from a plant’s seed, can form a complex, dynamic and plastic network of thousands of individual roots. They investigate how such a network is ideally suited to perform a number of functions required for the harmonious development of the whole plant. Everyone in the community also knows how complicated it can be to study root systems, with tasks ranging from digging plants out of the soil, creating experimental set-ups that allow the observation of the roots, to quantifying the root network itself or the processes underlying its formation. Within the community, there is one person, Dr Loïc Pagès, who has been working on all these tasks for many years, and who has moved the field forward numerous times. On the occasion of his soon-to-be retirement, we would like to express our appreciation to him via this editorial.

National audience; Parmi les éléments traces métalliques et les mycotoxines, le Cadmium et le déoxynivalénol (DON) sont actuellement les contaminants réglementés majeurs et les plus préoccupants des récoltes de blé dur en France. Le blé dur est par ailleurs l’espèce céréalière accumulant le plus de Cadmium dans ses grains et aussi une des espèces céréalières très sensible à la contamination par Fusarium et donc à la contamination en mycotoxines. Les réglementations européennes fixant les seuils limites de Cadmium et DON dans les récoltes destinées à l’alimentation humaine font donc peser des contraintes importantes sur l’amont de la filière pour garantir la conformité des lots en vue de leur commercialisation. A ce titre, les éléments de compréhension et d’anticipation des risques sont fortement attendus sur le terrain.Suite à de récentes études de l’EFSA indiquant une exposition de certaines catégories de population parfois très proche de l’actuelle Dose Hebdomadaire Tolérable, le législateur européen a décidé en février 2019 d’abaisser la teneur maximale en Cadmium dans les grains destinés à l’alimentation humaine. Le premier projet visait une diminution par deux de l’actuel seuil passant ainsi de 0,20 à 0,10mg/kg ce qui conduirait à exclure du marché des volumes considérables de matière première. Même si les dernières propositions du groupe d’experts sur les contaminants industriels sont revues à la hausse, la politique de haute sécurité sanitaire menée au sein de la Commission Européenne incite à identifier rapidement des solutions pour garantir la pérennité des filières agricoles. Dans le cadre de la tâche 1 du Projet CaDON financé par l’ANR, de très bons modèles de prédiction de la teneur en Cadmium dans le grain ont pu être élaborés. Ils font intervenir un nombre de variables limité, toutes inhérentes aux facteurs de biodisponibilité du sol. La sensibilité et la fiabilité des meilleurs modèles sont d’un très bon niveau. La mise en œuvre pratique des modèle permet un diagnostic avant l’implantation de sa culture. En cas de risque de non conformité évalué par les modèles, le choix variétal pourrait constituer le recours principal sinon unique pour moduler le risque de présence de Cadmium dans le grain à la récolte. Un classement pertinent des principales variétés cultivées en France a pu être établi. L’enjeu des pratiques, qu’il s’agisse de la nature et de gestion du précédent cultural ou des modalités de fertilisation reste à évaluer mais en première approche semble moins prometteur que dans le cas des mycotoxines.

International audience; Repeated applications of organic waste products (OWP) are a source of trace elements (TE) inputs to agricultural topsoils. The present study aimed at (i) assessing the effects of repeated OWP inputs on the chemical properties of topsoils in two long-term field experiments (13 and 15 years; calcareous and non-calcareous soils), (ii) evaluating TE phytoavailability and their transfer to grain (winter wheat and maize) and (iii) identifying the underlying factors causing alterations of TE phytoavailability. In both field experiments, receiving compliant or slightly high doses of OWP in compliance with regulations, OWP and soil physicochemical properties and TE concentrations in soils and grains were determined. In situ phytoavailability of TE was assessed at two juvenile crop growth stages by analyzing TE concentrations in shoot plantlets. Depending on the OWP input amount, results showed that compared to the soil receiving no organic amendment, repeated OWP inputs significantly increased soil organic carbon content, pH, cation exchange capacity, total soil Cu, Mo and Zn concentration and the phytoavailability of Mo, while the phytoavailability of Cd, Mn, Ni and Tl was significantly reduced. No notable effect was observed for Cr, Cu, Hg, Pb and Zn phytoavailability. Statistical approaches suggested that due to the repeated OWP applications, increased soil organic carbon content and pH, were likely responsible for decreased TE phytoavailability (e.g., Cd).

Anopheles darlingi is the main vector of malaria in South America. In French Guiana, malaria transmission occurs inland and along the rivers with a regular reemergence in the lower Oyapock area. Control against malaria vectors includes indoor residual spraying of deltamethrin and the distribution of long-lasting impregnated bednets. In this context, the level of resistance to pyrethroids was monitored for 4 years using CDC bottle tests in An. darlingi populations. A loss of susceptibility to pyrethroids was recorded with 30-minute knock-down measured as low as 81%. However, no pyrethroid molecular resistance was found by sequencing a 170 base pair fragment of the S6 segment of domain II of the voltage-gated sodium channel gene. Fluctuation of resistance phenotypes may be influenced by the reintroduction of susceptible alleles from sylvatic populations or by other mechanisms of metabolic resistance.

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Bioinformatics methods are helpful to identify new molecules for diagnostic or therapeutic applications. For example, the use of peptides capable of mimicking binding sites has several benefits as replacing a protein difficult to produce, or toxic. Using peptides is less expensive. Peptides are easier to manipulate, and can be used as drugs. Continuous epitope predicted by bioinformatics tools are commonly used and these sequential epitopes are used as such in further experiments. Numerous discontinuous epitope predictors have been developed but only two bioinformatics tools proposed so far to predict peptide sequences: Superficial and PEPOP. PEPOP can generate series of peptide sequences that can replace continuous or discontinuous epitopes in their interaction with their cognate antibody. We have developed an improved version of PEPOP dedicated to answer to the experimentalists' need for a tool able to handle proteins and to turn them into peptides. The PEPOP web site has been reorganized by peptide prediction category and is therefore better formulated to experimental designs. Since the first version of PEPOP, 32 new methods of peptide design were developed. In total, PEPOP proposes 35 methods in which 34 deal specifically with discontinuous epitopes, the most represented epitope type in nature. We present the user-friendly, well-structured web-site of PEPOP and its validation through the use of predicted immunogenic or antigenic peptides mimicking discontinuous epitopes in different experimental ways. PEPOP proposes 35 methods of peptide design to guide experimentalists in using peptides potentially capable of replacing the cognate protein in its interaction with an Ab.

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National audience; La notion d'éléments traces (ET) regroupe les métaux et métalloïdes présents dans l'environnement à des concentrations très faibles de l'ordre ou inférieures au mg d'élément par kg de matrice. Les éléments traces comprennent aussi bien les oligo-éléments essentiels à la vie (Fe, Cu, Zn, Mn, Mo, Co, etc.) que des éléments non essentiels et extrêmement toxiques (Cd, Pb, Hg, As etc.). Les sols contiennent naturellement les éléments traces en quantité variable et l'activité humaine contribue également à les en enrichir. La mobilité des ET dans les sols régit leur transfert vers les organismes biologiques. Le prélèvement et l'accumulation des ET du sol par les plantes cultivées conditionnent la qualité nutritive mais aussi sanitaire des produits végétaux entrant dans la chaîne alimentaire. L'exposé présentera successivement ce double enjeu, les approches d'évaluation de la mobilité des ET dans les sols agricoles, les éléments de physiologie végétale permettant de comprendre l'accumulation dans les organes consommés ainsi que les voies de recherche visant à réduire la contamination des végétaux par les ET toxiques sans affecter leurs teneurs en oligoéléments.

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Contamination of food crops by cadmium (Cd) is a major concern, particularly for durum wheat, which is widely consumed and which accumulates this toxic metal to a greater extent than bread wheat. Following the assessment of the risks to human health related to the presence of cadmium in foodstuffs, the European Commission intended to reduce the maximum content of Cd in wheat from 0.2 to 0.1 mg/kg grain. France is in the top 5 of European countries for the production of durum wheat and the project of a lower regulation limit for Cd stressed the urgent need i) to characterize the risk that harvests could exceed the new limit, ii) to identify, in the field, the major factors controlling the level of contamination. For that purpose, a specific project 'Cadur' was conducted between 2011 and 2014 in France. Samples of grains were collected in 2011, 2012 and 2013 among farmers of the different areas of production. The median value of Cd in durum wheat grain was 0.07 mg/kg with less than 5% of samples above the 0.2 mg/kg limit but 25% above 0.1 mg/kg (n=244). However, there were strong variations depending on the geographical areas and for some of them, up to 60% of the samples exceeded 0.1 mg Cd /kg. In order to understand the source of these variations, trials crossing cultivars and the areas of production were investigated. The cultivars were estimated to be responsible of 10-25% of the variation of the grain Cd concentration against 60-70% for the location of the culture. The effect of the location was mainly due to the concentration of Cd in the soil and to the soil pH. A statistical model with these two explanatory variables was able to explain 57% of the variability of the Cd concentration in the grains. Some of the durum wheat cultivars commonly grown in France were assessed with respect to their ability to accumulate Cd. It was found that the high:low ratio for the Cd content in grains was around 1.5 when cultivars were grown on the same soils. Contrary to Canadian cultivars, in France, no specific genetic selection has yet been performed to lower the contamination by Cd. Nitrogen fertilization was shown to have a significant effect, both by the dose and by the timing of application, presumably by modifying the mobility of Cd in the soil. Increasing N supply from 200 to 250 kg N/ha increased the Cd in grains by 20% and by 25% if the total N reached 300 kg N/ha. However, if the additional N was applied as two applications including a late one instead of a single dose, the increase in the grain contamination was not significant for a total of 250 kg N/ha. These studies confirm that both the soil conditions (Cd content, pH) and the cultivars are key points for controlling the contamination of durum wheat by Cd. French cultivars have the potential to be genetically selected to improve their ability to exclude Cd from the grain. They also have to be carefully chosen depending on the local bioavailability of Cd in soil, which can be in part, managed by controlling the pH and the nitrogen fertilisation. Funded by the projects 'Cadur', Arvalis-Inra and ANR-15-CE21-0001-04 'Cadon'

International audience; General presentation of the Simtraces model to predict the soil to plant transfer of trace elements

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Accumulation of soil trace elements by cultivated plants is a threat for food and feed quality but on the other hand, it is also a valuable solution for cleaning-up polluted soils. In order to guarantee the quality of crops or to optimize phytoextraction, it is necessary to identify the key mechanisms that govern the geochemistry of the trace elements in soils, their uptake by a growing root system and their partitioning between plant organs. The main objective of the SimTrace project is to integrate all the key mechanisms governing the accumulation of trace elements in plant parts into a simulation model that also considers the environmental conditions of the crop : climate, and agricultural practices. Besides being a scientific tool, the simulation model should allow farmers and environmental stakeholders not only to assess the risk that crops do not comply the regulations for their content in trace elements but also to test scenarios of agricultural practices in order i) to make the crops comply with the regulation and ii) to optimize the phytoextraction of trace elements from polluted soils by dedicated crops. SimTraces is a research project dedicated to be transferred to applications in the field. It has been coordinated by UMR 1391 INRA ISPA (Ch. Nguyen). It relied on a scientific consortium of five INRA groups (UMR ISPA Bordeaux, LSE Nancy, PSH, Agroclim and BioSP, Avignon). The project started in January 2012 and lasted four years and a half. SimTraces was funded by the French National Research Agency (ANR) (448 810€) and the total cost was around 2 663 964€.

This study aimed at determining the influential mechanisms governing the phytoavailability of the toxic trace element cadmium (Cd) in agricultural soils using a mechanistic model. We built a phytoavailability model simulating the Cd2+ uptake by 1 cm² root surface and including the transport by diffusion and convection, the kinetics of sorption/desorption and of complexation with the dissolved soil organic matter. The model variables were ranked by performing a sensitivity analysis where a 30-days uptake of Cd2+ was simulated for 100 000 combinations of the parameters chosen within ranges consistent with the French agricultural soils. Generally, the most influential variable was the initial concentration of Cd2+, which was low, making the root capacity for absorbing Cd2+ of little influence. The convection was almost always negligible and the diffusion was the dominant process of Cd phytoavailability. The soil impedance factor, the water content and more particularly the soil buffer power for Cd2+ were therefore the following most influential variables. The kinetics of adsorption and desorption were of little Influence. The Cd-complex was shown to generally contribute little to the uptake due to a strong kinetic limitation for the dissociation. Consequently, the dominant process buffering the Cd2+ concentration at the root surface was desorption. Significant complex contributions were observed for very labile complex and high water flux toward the root surface. On the whole, the simulated uptake correlated very well with a simplified model considering only the transport and sorption at equilibrium of Cd2+. This model relied on the total soil Cd concentration, the soil pH, the soil organic carbon content, the concentrations of calcium and dissolved organic matter, and the partitioning of the dissolved organic matter between fulvic and humic acids; these variables determined the soil/solution partitioning of Cd2+.

Predicting the phytoavailability of toxic trace elements such as cadmium (M) in soils is an important issue for crop quality. A set of partial differential equations can be derived for simulating the root influx of M2+, the transport by diffusion and convection, the kinetics of sorption/desorption, and the kinetics of complexation in solution, for the free ionic species (M2+), for a mean ligand, and for the complex. The aim of this study was to develop a simple meta-model that would be easier to handle than these partial differential equations. d and are out of equilibrium in a reaction layer of thickness μ < d; in this reaction layer the concentration of the complex is assumed constant, and the association rate of the complex is neglected. Under these assumptions and for two extreme behaviors of the complex, i.e. when complex is totally labile (μ=0) or totally inert (μ=d), the analytical equation for calculating the concentration of trace element at the root surface, and therefore the uptake, was derived. For intermediate complex lability (0

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Evaluating the usefulness of ligand addition on phytoextraction of Cd-polluted soil using a mechanistic model. . 18th World Congress of CIGR

Background The snake Bothrops atrox is responsible for the majority of envenomings in the northern region of South America. Severe local effects, including hemorrhage, which are mainly caused by snake venom metalloproteinases (SVMPs), are not fully neutralized by conventional serum therapy. Little is known about the immunochemistry of the P-I SVMPs since few monoclonal antibodies (mAbs) against these molecules have been obtained. In addition, producing toxin-neutralizing mAbs remains very challenging. Methodology/Principal Findings Here, we report on the set-up of a functional screening based on a synthetic peptide used as a biosensor to select neutralizing mAbs against SVMPs and the successful production of neutralizing mAbs against Atroxlysin-I (Atr-I), a P-I SVMP from B. atrox. Hybridomas producing supernatants with inhibitory effect against the proteolytic activity of Atr-I towards the FRET peptide Abz-LVEALYQ-EDDnp were selected. Six IgG1 Mabs were obtained (named mAbatr1 to mAbatr6) and also two IgM. mAbatrs1, 2, 3 and 6 were purified. All showed a high specific reactivity, recognizing only Atr-I and B. atrox venom in ELISA and a high affinity, showing equilibrium constants in the nM range for Atr-I. These mAbatrs were not able to bind to Atr-I overlapping peptides, suggesting that they recognize conformational epitopes. Conclusions/Significance For the first time a functional screening based on a synthetic biosensor was successfully used for the selection of neutralizing mAbs against SVMPs., Author Summary In this work, we propose a new screening strategy to produce monoclonal antibodies against Atr-I, a P-I class SVMP from Bothrops atrox, which is the snake responsible for the majority of the accidents in South America. SVMPs are the main toxic factors in Bothrops venom causing systemic and local hemorrhage, which may evolve to inflammation and/or necrosis. Since the toxic effects of SVMPs are related to their proteolytic activity, we have produced a peptide which was used as a biosensor for Atr-I hydrolysis. Hydrolysis of this substrate was monitored and the clones possessing inhibitory activity against the proteolytic activity of Atr-I upon the peptide were selected. Using our new approach, we have obtained four monoclonal antibodies highly specific and with neutralizing capacity against the hemorrhagic activity of either Atr-I alone or Bothrops atrox whole venom. To the best of the authors' knowledge, this is the first time where a functional screening is used for the selection of neutralizing mAbs against SVMPs. It is also the first description of mAbs anti-Atr-I, with inhibitory potential against its toxic activities which may be useful for diagnosis and treatment in the future.

National audience; The accumulation of trace elements in agricultural soils may have long-term implications for quality of crops. Pig slurry is known as a major source of copper or zinc, because these elements are supplemented in pig feed. But the inputs in arsenic, cadmium or lead are not well quantified. The aims of our study were to quantify the trace elements inputs by pig slurry spreading, to compare them to other sources and to estimate the balances. This analysis was performed on 24 fields located in the South-West of France. Copper and zinc fluxes from pig slurry corresponded to 90 % of the total input fluxes. Soils accumulated these elements with an annual increase of the metal stock equal to 0.5 % for copper and 0.3 % for zinc. For cadmium, the major source was the phosphate fertilizers (60 % of the total inputs). Accumulation of As and Cd in soils was low (2,6 g/year/ha and 1,2 g/year/ha respectively). The major contamination source for lead was the atmospheric inputs.

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Le transfert et l’accumulation des éléments traces métalliques et minéraux (ETM) au long des différentes étapes de la production porcine du Sud-Ouest de la France ont été décrits et quantifiés lors d’un programme de recherche. Dans une première phase, les flux d’éléments traces ont été étudiés au sein d’exploitations de polyculture-élevage porcin du Sud-Ouest. Au niveau analytique, les travaux ont permis une validation de la méthode d’analyse des éléments en total ainsi que la mise au point d’une méthode d’analyse de spéciation de l’arsenic. Durant la deuxième phase de l’étude, les flux d’ETM ont été quantifiés dans la chaîne de production porcine en distinguant d’une part le système sol-plante et d’autre part le système animal (aliment - organes animaux - lisiers). Les transferts d’ETM ont été suivis du sol à la plante lors de sa croissance, pour une culture modèle utilisée pour l'alimentation des porcs : le maïs. Une expérimentation en station porcine a été menée afin de mesurer les transferts entre l’aliment et l’animal., The potential transfer and accumulation of metallic trace elements (MTE) through the different stages of the pork food chain were studied in a research program. In the first phase, the dynamics of trace elements was studied within farms combining crops and pig production in the Southwest of France. Analytical work had enabled a validation of the analytical determination of elements in total and the development of an analytical method of arsenic speciation. During the second phase of the study, the flow of MTE along the pork food chain was quantified, distinguishing the animal system (feed - animal tissues - manure) and the soil -plant system. The flow of MTE from soil to growing plants was estimated using a corn plant model. An experiment was conducted to measure the transfer of MTE from feed to pig body tissues.

Ce projet a pour objectif de quantifier et de comprendre le transfert et les accumulations potentielles des éléments traces à travers les différentes étapes de la filière agro-alimentaire porcine. Cette étude se place dans le contexte (1) d’une vérification de la qualité sanitaire des produits (teneurs en Cd, Pb, As, Cu et Zn) et (2) de l’acquisition de références sur la teneur naturelle en éléments traces et leurs fréquences dans les différents compartiments de la filière (sol, grains de maïs, soja et tournesol, ration alimentaire des porcs, viande de porc, lisier). Les flux d’éléments traces sont étudiés au sein d’exploitations de polyculture-élevage porcin du Sud-Ouest (Aquitaine, Midi-Pyrénées), avec alimentation des porcs à partir des végétaux produits sur l’exploitation et achetés (tourteaux d’oléagineux). Nos modèles végétaux sont le maïs et le tournesol. Ces deux plantes se caractérisent par des capacités différentes d’accumulation d’éléments traces. Le maïs est une plante faiblement accumulatrice alors que le tournesol est plus fortement accumulateur d’éléments traces (en particulier le cadmium dont les teneurs sont parfois proches des valeurs réglementaires). Dans la première phase du projet, réalisée en 2007-2008, nous avons caractérisé la contamination des sols, lisiers et végétaux dans douze exploitations placées sous démarche qualité. Les parcelles choisies couvrent une large gamme de sols. Nous avons une gamme de sols qui représente bien une contamination diffuse, sans anomalie flagrante. Les teneurs en ETM mesurées dans les lisiers et végétaux sont conformes aux valeurs réglementaires. L’analyse des flux à la parcelle montre une accumulation de Cu et Zn liée à l’apport de lisier. Les parcelles accumulent également Pb, As et Cd mais pour des quantités annuelles beaucoup plus faibles, la source majoritaire pour As et Cd étant les engrais minéraux et pour Pb les retombées atmosphériques. Les pertes en ETM par lessivage/lixiviation n’ont pas été prises en compte dans ce projet par manque de données fiables. Dans le cadre de cette enquête, nous n’avons pas observé d’effet négatif de l’épandage de lisier sur la qualité des récoltes. Au niveau analytique, les travaux ont permis une validation de la méthode d’analyse des éléments en total (comparaison de différentes méthodes de minéralisation) ainsi que la mise au point d’une méthode d’analyse de spéciation de l’arsenic dans les matrices du projet qui est transférable à ces laboratoires de routine. Durant la deuxième phase de l’étude, en 2008-2010, nous avons recherché à quantifier les flux d’ETM le long de la filière porcine en distinguant d’une part le système animal (aliment - organes animaux - lisiers) et d’autre part le système sol-plante. Nous avons suivi les flux d’ETM dans la plante modèle maïs en croissance et à les modéliser sur une base mécaniste prenant en compte le développement de l’organe de prélèvement (système racinaire) et la concentration dans la solution du sol ou le flux de diffusion maximal obtenu par DGT, dans 4 exploitations identifiées durant la première phase d’enquête de terrain (essai « maïs croissance »). Cet essai a notamment montré que les teneurs en ETM dans les grains ne peuvent pas être prédites précisément à partir de variables du sol, et que l’accumulation des ETM dans la plante est liée à la croissance selon un modèle conduisant à une dilution dans la biomasse avec le temps. Une expérimentation en station porcine (station expérimentale IFIP à Villefranche sur Rouergue) a été menée afin de mesurer des flux à l’échelle de l’animal dans des conditions contrôlées, où les lisiers peuvent être récupérés individuellement. Les animaux exposés à des aliments aux teneurs en Pb et Cd élevées (mais respectant la réglementation en alimentation animale) présentent des concentrations en ces éléments plus élevées dans les foies et reins. Elles sont inférieures à la réglementation pour les foies, et pour le Pb dans les reins, mais dépassent la limite réglementaire pour le Cd dans les reins. Par contre, les concentrations en Pb et Cd dans les muscles (jambon) sont très faibles, majoritairement inférieures à la limite de quantification. Une large part des ETM ingérée est excrétée par les déjections. Concernant l’effet du mode de gestion des lisiers sur le flux d’ETM, les simulations réalisées ont permis de pointer que les différentes techniques (techniques séparatives, traitement par nitrification/dénitrification couplé à une simple ou double séparation de phase, traitement par digestion anaérobie) ne modifient pas de façon conséquente les flux d’ETM sur l’exploitation, et conduisent à l’obtention d’un coproduit concentré en Cu et Zn qui ne sont pas exportables car ne répondant pas aux exigences de la norme NF-U44-051.

National audience; The potential transfer and accumulation of metallic trace elements (MTE) through the different stages of the pork food chain were studied in a research program. In the first phase, the dynamics of trace elements was studied within farms combining crops and pig production in the Southwest of France. Analytical work had enabled a validation of the analytical determination of elements in total and the development of an analytical method of arsenic speciation. During the second phase of the study, the flow of MTE along the pork food chain was quantified, distinguishing the animal system (feed - animal tissues - manure) and the soil -plant system. The flow of MTE from soil to growing plants was estimated using a corn plant model. An experiment was conducted to measure the transfer of MTE from feed to pig body tissues.; Le transfert et l’accumulation des éléments traces métalliques et minéraux (ETM) au long des différentes étapes de la production porcine du Sud-Ouest de la France ont été décrits et quantifiés lors d’un programme de recherche. Dans une première phase, les flux d’éléments traces ont été étudiés au sein d’exploitations de polyculture-élevage porcin du Sud-Ouest. Au niveau analytique, les travaux ont permis une validation de la méthode d’analyse des éléments en total ainsi que la mise au point d’une méthode d’analyse de spéciation de l’arsenic. Durant la deuxième phase de l’étude, les flux d’ETM ont été quantifiés dans la chaîne de production porcine en distinguant d’une part le système sol-plante et d’autre part le système animal (aliment - organes animaux - lisiers). Les transferts d’ETM ont été suivis du sol à la plante lors de sa croissance, pour une culture modèle utilisée pour l'alimentation des porcs : le maïs. Une expérimentation en station porcine a été menée afin de mesurer les transferts entre l’aliment et l’animal.

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National audience; Les ETM « Eléments Traces Métalliques » sont présents dans les sols agricoles naturellement, mais aussi en raison des apports humains. Ils sont plus ou moins prélevés par les plantes cultivées et peuvent potentiellement poser des problèmes de sûreté des produits agricoles destinés à l’alimentation humaine comme animale.

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International audience; One alternative to mineral fertilization is to use organic fertilizers. Our aim was to compare the impacts of 7-year applications of composted pig manure and ammonium nitrate on the structure and activity of the denitrifying community. Mineralization and organization of N, denitrification rates and N2O/N2 ratio were also investigated. Fourteen months after the last application, the potential denitrifying activity (+319%), N mineralization (+110%) and organization (+112%) were higher under pig compost than under ammonium nitrate fertilization. On the other hand, the N2O/(N2O+N2) ratio was lower (P

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Au cours de leur vie, les racines des plantes libèrent des composés organiques dans leur environnement proche. Ce processus, nommé rhizodéposition, est d'importance écologique car 1/ c'est une perte de C réduit pour la plante, 2/ c'est une flux d'intrant pour le compartiment de C organique du sol et 3/ il alimente la microflore du sol, qui est impliquée dans la grande majorité de l'activité biologique des sols tels que par exemple le cycle des éléments nutritionnels et des polluants ou encore la dynamique des pathogènes du sol. La présente revue examine en premier lieu les mécanismes par lesquels les rhizodépôts majeurs sont libérés dans le sol : la production de cellules de la coiffe racinaire, la sécrétion de mucilage, la diffusion passive et contrôlée d'exudats racinaires. En second lieu, les résultats d'études de traçage du C (43 articles) sont analysés et les valeurs de flux de C allant de la racine de la plante vers le sol sont synthétisées. En moyenne, 17 % du C net fixé par la photosynthèse est perdu par les racines et il est restitué dans la respiration de la rhizosphère (12 %) et dans les résidus de sol (5 %), ce qui correspond 50 % du C exporté par les parties aériennes vers le sol. Enfin, l'article répertorie les facteurs principaux qui modifient la répartition des photoassimilats vers le sol : les microorganismes, l'azote, la texture du sol et la concentration en CO2 de l'atmosphère du sol.

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International audience; In a previous study, we examined the kinetics of radioactivity evolution from rhizosphere respiration after the pulse labelling of maize shoots with (CO2)-C-14 (Nguyen et al., 1999). The specific activity of rhizosphere respiration demonstrated two peaks of (CO2)-C-14 production. The first one occurred a few hours after the pulse of (CO2)-C-14 and was followed by a second peak, which took place during the night following the labelling. In the present work, we demonstrate that the second phase of activity occurred in both sterile and non sterile plant-soil systems. This was inconsistent with the results obtained for wheat by Warembourg and Billes (1979) who observed the second peak solely in the case of non-sterile cultures. These authors suggested that this second phase of (CO2)-C-14 production was related to microbial mineralisation of labelled complex compounds. Their synthesis and breakdown into smaller molecules delayed their utilisation by micro-organisms. However, in the present work, we also demonstrate that the second phase of activity was closely related to photoperiod. When plants were transferred from a 16 h to 20 h photoperiod, the second mineralisation of labelled rhizosphere compounds occurred sooner after the initiation of the dark period and it was strongly attenuated. Therefore, we suggest that the second phase of activity resulted from the utilisation by roots and by micro-organisms of stored C-14-compounds, which accumulated during the previous light period.

Not available, Nous avons étudié la possibilité d'utiliser la culture in vitro de plantes du genre psoralea pour produire du psoralène une molécule photosensibilisante aux nombreuses applications industrielles. Nous avons tout d'abord envisagé la production de ces composés par la culture en milieu liquide de cellules de p. Cinerea. Nous avons constitue un souchier de 131 cals. La variabilité génétique induite par la mise en culture in vitro a été stabilisée pour la moitie d'entre eux. A partir de ces cals, nous avons également initié des cultures de cellules en milieu liquide les suspensions cellulaires. Nous avons mis en évidence que certains cals et suspensions cellulaires synthétisaient une molécule dont le spectre UV était très voisin de celui du psoralene. L'identité de ce compose demande à être confirmée. Nous avons également aborde la production de psoralène par des racines transformées par agrobacterium rhizogenes. Une souche a été inoculée à sept espèces de psoralées pour constituer un souchier de racines transformées. Cependant, nous n'avons jamais pu détecter de psoralène dans les racines transformées alors que des racines prélevées sur les plantes entières en contiennent

Sup data 1. Description of the NP-problem when predicting a peptide expected to mimic a discontinuous epitope (PDF 36 kb)

Sup data 1. Description of the NP-problem when predicting a peptide expected to mimic a discontinuous epitope (PDF 36 kb)

Le cadmium (Cd) est un élément toxique. Les activités humaines ont contaminé un large éventail de sols agricoles. L'exposition de l'homme au Cd se fait majoritairement par voie alimentaire, notamment à travers les aliments de base tels que les céréales. Le blé dur accumule naturellement plus de Cd dans ses grains que les autres céréales. Une fraction significative de la production française de blé dur dépasse la limite réglementaire européenne fixée pour le Cd. Il est donc nécessaire de réduire l'accumulation de Cd dans les grains de blé dur. Cette thèse portant sur l'écophysiologie de l'allocation du Cd aux grains chez le blé dur a pour ambition d'aider au développement de stratégies agronomiques visant à réduire le niveau de contamination en Cd du blé dur et de ses dérivés.Dans un premier temps, nous avons étudié la relation entre la structure de la biomasse aérienne et l'allocation de Cd aux grains. Nous avons fait l'hypothèse que la répartition de la biomasse aérienne entre pailles et grains était un facteur déterminant de l'allocation du Cd aux grains. Huit cultivars Français de blé dur - de hauteur de paille contrastée - ont été cultivés en présence de Cd. Comme prévu, le principal facteur expliquant la différence d'accumulation de Cd dans le grain était la structure de la biomasse aérienne. Les cultivars allouant une plus grande proportion de leur biomasse aérienne aux pailles - autrement dit les cultivars à longue tige - avaient tendance à accumuler moins de Cd dans leurs grains, car les tiges et les feuilles sont des puits de Cd en concurrence avec les grains lors de leur remplissage.Les minéraux importés dans les grains proviennent soit de leur absorption directe par la racine après l'anthèse, soit de leur remobilisation depuis des réserves constituées avant l'anthèse. La deuxième partie de ce travail a été consacrée à déterminer l'importance quantitative de ces deux « sources » pour le Cd chez le blé dur, et de préciser comment leur contribution relative varie entre cultivars et avec le niveau d'azote (N). Le traçage isotopique a été utilisé pour suivre le flux de Cd absorbé après l'anthèse. L'impact du niveau d'azote a été testé en privant la moitié des plantes de N après l'anthèse, sur deux cultivars montrant une capacité contrastée à accumuler le Cd dans leurs grains. La contribution de la remobilisation a été estimé à 50%, ce qui signifie que la moitié du Cd accumulé dans les grains provenait du Cd prélevé après l'anthèse. Le Cd a été remobilisé à partir des tiges, peut-être des racines, mais pas à partir des feuilles. La contribution de la remobilisation n'a pas varié entre les deux cultivars, de sorte qu'aucune relation entre la « source » de Cd et son niveau d'accumulation dans le grain n'a été mise en évidence. La privation d'azote en phase de remplissage a stimulé la remobilisation de N sans affecter celle de Cd, ce qui suggère que la remobilisation de Cd est un processus indépendant de la sénescence.En troisième lieu, nous avons examiné comment les caractéristiques d'allocation de Cd aux grains étaient modulées par le niveau d'exposition au Cd. [...]Enfin, nous nous sommes intéressés à la localisation de Cd dans le grain. [...] Ce travail a fourni la première carte de localisation de Cd dans un grain de blé dur. La distribution de Cd s'est caractérisée par une forte accumulation de Cd dans le sillon et par une dissémination dans l'endosperme amylacé plus prononcée que celle de Fe et Zn., Cadmium (Cd) is a toxic element. Human activities have contaminated a wide range of agricultural soils. Most of Cd entering human bodies is through the dietary intake, and especially through staple food like cereals. Durum wheat naturally accumulates more Cd in its grains than other cereals. A significant fraction of the French durum wheat production has been found to exceed the European regulatory limit set for Cd. There is thus a need to reduce the accumulation of Cd in durum wheat grains. This thesis is dedicated to a better understanding of the ecophysiology of Cd allocation to the grains in durum wheat, with the ambition of helping to find agronomic strategies to reduce the Cd contamination level of durum wheat products.In first, we investigated the relationship between the aboveground partitioning of Cd and the shoot allometry. We hypothesized that the partitioning of shoot biomass between grains and straws is a driver of the allocation of Cd to the grains. Eight French durum wheat cultivars differing in their stem height were grown in presence of Cd. As expected, the main factor explaining the difference in their grain Cd was the shoot biomass partitioning. Cultivars allocating a higher proportion of their aerial biomass to the straws, i.e. long-stem cultivars, tended to accumulate less Cd in their grains because stems and leaves are sinks for Cd in competition with developing grains.Minerals imported into cereal grains originate from either direct post-anthesis root uptake or from the remobilization of pre-anthesis stores. The second part of this work was dedicated to determine the quantitative importance of these two pathways for Cd in durum wheat, and how their relative contribution vary between cultivars and with the level of nitrogen (N) supply. Stable isotopic labelling was used to trace the flux of Cd taken up post-anthesis. The impact of N supply was tested by depriving half of the plants of N after anthesis, in two cultivars showing a contrasted ability to accumulate Cd in their grains. The contribution of Cd remobilization was around 50%, which means that half of Cd in grains originated from Cd taken up pre-anthesis. Cd was remobilized from stems, possibly from roots, but not from leaves. The contribution of remobilization did not vary between the two cultivars so that no relationship between the pathway and the level of accumulation of Cd in grain was evidenced. Post-anthesis N deprivation triggered the remobilization of N without affecting that of Cd, which suggests that Cd remobilization is a senescent-independent process.In third, we investigated how the characteristics of Cd allocation to the grains was affected by the level of Cd exposure. [...]In last, we focused on how Cd was distributed within durum wheat grains. [...] This work provided the first map of Cd localization in durum wheat grains. Cd distribution was characterized by a strong accumulation of Cd in the crease and by a non-negligible dissemination in the starchy endosperm, as compared to Fe and Zn.

Le cadmium (Cd) est un élément trace présent dans les sols agricoles qui contamine la chaîne alimentaire en étant prélevé par les plantes et accumulé dans les produits végétaux consommés. La biodisponibilité du Cd est un concept au cœur de l’évaluation des risques de transfert excessif du Cd du sol vers les plantes. Les plantes prélevant essentiellement l’ion Cd2+ dans la solution de sol, la biodisponibilité est fonction de deux principaux processus, la spéciation du Cd en solution (les différentes formes chimiques prises par le Cd en solution) et le partitionnement du Cd2+ entre la phase solide et la solution. L’objectif principal de ce travail a été d’élaborer des modèles simples à visée opérationnelle prédictifs de la concentration en Cd2+ dans la solution de sols agricoles, en modélisant soit la spéciation du Cd en solution de sol, soit le partitionnement phase solide-solution du Cd2+, celui-ci permettant de renseigner en outre la capacité de la phase à réapprovisionner la solution de sol lors de l’absorption racinaire. Nous avons également recherché des modèles pour la prédiction des teneurs en Cd2+ retrouvées dans les grains de blé dur. Nous avons développé deux approches de modélisation. La première, statistique, permet de produire des modèles simples à visée opérationnelle. La seconde, géochimique, permet de comprendre les mécanismes dominants et donc de juger de la cohérence de modèles statistiques simples pour représenter des processus physico-chimiques complexes. Ces deux approches ont montré de manière cohérente que pour les sols agricoles faiblement contaminés, le Cd qui s’échange entre la phase solide et la solution est vraisemblablement sorbé faiblement et peut-être estimé par le Cd extrait par NH4NO3 1 M minoré par une fraction fixée à des oxydes de manganèse. Les modélisations ont également montré l’importance du pH et de la teneur en Ca en solution comme variables contrôlant la solubilité de Cd2+, probablement en raison de leur rôle à régir la disponibilité des sites de sorption et de complexation vis-à-vis du Cd. Le modèle statistique le plus performant pour prédire la teneur en Cd dans le grain de blé dur reprend également ces variables, suggérant ainsi que les modèles statistiques simples de prédiction de la spéciation en solution et de partitionnement sol-solution du Cd sont des modèles pertinents pour estimer la biodisponibilité et qu’ils peuvent permettre de classer des sols en fonction des risques de transfert du Cd du sol vers une culture. Par rapport à l’évolution du contexte réglementaire, le modèle statistique prédictif de la teneur en Cd dans le grain a montré par validation croisée qu’il pourrait discerner de façon assez fiable (88 %) des différences de 0.05 mg Cd.kg-1 de grain et que sa fiabilité serait moindre (65 %) pour des différences de 0.025 mg Cd.kg-1., Cadmium (Cd) is a trace element found in agricultural soils which can contaminate the food chain by being taken up by plants and accumulated in consumed plant products. The bioavailability of Cd is a concept at the centre of the risk assessment of Cd transfer from soil to plants. Plants, taking up essentially the free form of Cd (Cd2+) in the soil solution, bioavailability is a function of two main processes, the Cd speciation in solution (the different chemical forms taken by the Cd in solution) and the partitioning of Cd2+ between the solid phase and the solution. The main objective of this work was to develop simple predictive operational models of Cd2+ concentrations in agricultural soil solution, by modelling either Cd speciation in soil solution or Cd2+ solid-solution partitioning, the latter to further inform the ability of the phase to replenish the soil solution during root absorption. We also looked for models for the prediction of Cd2+ levels found in durum wheat grains. We have developed two modelling approaches. The first, statistical, allows to produce simple models for operational purposes. The second, geochemical, allows to understand the dominant mechanisms and thus to judge the coherence of simple statistical models to represent complex physicochemical processes. These two approaches have consistently shown that for poorly contaminated agricultural soils, the exchanged Cd between the solid phase and the solution is likely to be weakly sorbed and can be estimated by the Cd extracted by 1M NH4NO3 minus a fraction attached to amorphous manganese oxides. Modelling also showed the importance of pH and Ca content in solution as variables controlling the solubility of Cd2+, probably because of their role in controlling the sorption site availability and Cd complexation. The best-performing statistical model for predicting Cd content in durum wheat also picks up these variables, suggesting that simple statistical models for speciation in solution and soil-solution partitioning of Cd are relevant models to estimate bioavailability and that they can be used to classify soils according to the risks of the transfer of soil Cd to a crop. Compared to the evolution of the regulatory context, the statistical model predictive of the Cd content in the grain shown by cross validation that it could discern relatively reliably (88%) the differences of 0.05 mg Cd.kg-1 of grain and that its reliability would be less (65%) for differences of 0.025 mg Cd.kg-1.

246 p., This PhD Thesis has been carried out as a co-tutelle between the UPV/EHU and the University of Bordeaux, in the framework of the Cross-Border Euroregional Campus of International Excellence IdEx Bordeaux ¿ Euskampus. The work is focused on the accumulation of essential and non-essential elements, paying special attention to the edible part of the plants, in terms of food safety and human health. This Thesis work has been divided in two main parts: The first one is related to a field experiment performed in open-air plots, where Swiss chards and tomato plants were grown from seedlings to maturity in natural soil during five months, using organic or conventional agricultural practices. Plants were harvested at six different growth stages and the total concentrations of 27 elements were measured in all plant organs. The objective was to study the partitioning of the elements between the plant organs, depending on the plant age and on the cultivation practice. The second part of the Thesis is devoted to the understanding and modelling of the partitioning of Cd in sunflowers at the reproductive stages. Sunflowers were grown in a nutrient solution at low Cd availability consistent with that found in the field, from germination to maturity. During the reproductive period, five samplings were carried out to investigate the partitioning of the total Cd between plant organs and the origin of the Cd allocated to seeds (root uptake vs. remobilization from other plant organs). A the flower bud and grain filling stages, the partitioning of the Cd recently taken up between the different plant organs was followed and modelled by exposing several plants for three days to a 111Cd enriched nutrient solution. The roles of the transpiration and of the plant allometry were specially investigated.