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National audience; In this review we compiled the data obtained by our team and those found in the bibliography in order to improve understanding of the ecology of bacterial and archaeal communities of digestive fermenters from herbivorous mammals. We performed a comparative analysis of the fermenters of two animal models, the cow and rabbit, whose digestive physiologies are representative of the two major evolutionary strategies encountered in mammalian herbivores. After recalling the anatomical and physico-chemical properties of these digestive fermenters, we analyzed the specificities of their prokaryotic communities: related to the host, individual variability, spatial (inter-and intra- digestive fermenters) and temporal dynamics (daily and weekly) with or without induced nutritional perturbation.; Dans cette revue nous avons synthétisé les données obtenues dans notre équipe et celles de la bibliographie afin de contribuer à une meilleure connaissance de l’écologie des communautés bactériennes et archées des fermenteurs digestifs des mammifères herbivores. L’analyse a porté sur la comparaison des deux principales stratégies digestives rencontrées chez les mammifères herbivores actuels : un fermenteur en position proximale, le rumen, et un fermenteur en position distale, le caecum. Parmi les espèces d’intérêt agronomique, la vache et le lapin on été choisis comme animaux modèles. Après avoir rappelé les caractéristiques anatomiques et physicochimiques de ces fermenteurs digestifs, nous avons analysé les spécificités de leurs communautés procaryotiques liées à l’hôte, la variabilité individuelle, la structuration spatiale (inter- et intra- fermenteurs digestifs) et la dynamique temporelle (journalière et hebdomadaire) avec ou sans perturbation nutritionnelle induite.

International audience; Dynamic and individual variability of caecal bacterial community were compared to those of hard and soft feces using capillary electrophoresis single strand conformation polymorphism (CE-SSCP). Soft and hard feces of 14 adult rabbits were weekly sampled during 5 weeks while caecal content was sampled on the 3rd (after surgery) and 5th week (after sacrifice). Bacterial communities were compared for their structure (peaks of CE-SSCP profiles analysis) and their diversity (estimation of Simpson diversity index on CE-SSCP profiles, D’). Bacterial community of caecal content, soft and hard feces presented individual variability (P