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Les espaces naturels protégés (ENP) offrent des terrains privilégiés pour la recherche et l'expertise, dans un contexte marqué par la nécessité, pour les gestionnaires d'ENP, de réagir à des problèmes socio-écologiques complexes de manière scientifiquement fondée et, pour les chercheurs, de démontrer la pertinence sociale et environnementale de leurs travaux. Chercheurs et gestionnaires constituent des groupes professionnels distincts, dotés d'objectifs et de contraintes spécifiques, qui peuvent tirer parti de leurs différences pour améliorer leurs propres pratiques et poser ensemble de nouvelles questions. Toutes les recherches menées dans les ENP ne font pas et n'ont pas nécessairement vocation à faire l'objet de collaborations. Toutefois, le développement de collaborations qui soient considérées satisfaisantes par les deux parties répond au souhait et au besoin croissants des chercheurs et des gestionnaires de davantage et mieux travailler ensemble, dans le respect de leurs spécificités. Il requiert une meilleure interconnaissance entre les deux univers professionnels et la constitution d'une communauté transdisciplinaire à la frontière entre science et gestion. Les collaborations entre chercheurs et gestionnaires peuvent relever de plusieurs modèles : un modèle pratico-centré orienté prioritairement vers l'appréhension des questions des gestionnaires, un modèle sciento-centré orienté prioritairement vers la production de connaissances scientifiques fondamentales ou finalisées, et un modèle hybride qui vise également les deux objectifs.

Des signes de modifications de la biodiversité terrestre, aquatique et marine, attribuables aux changements graduels induits par le changement climatique, sont d'ores et déjà observables. La biodiversité est affectée directement par la modification de la température et de la pluviométrie, à laquelle s'ajoute l'acidification des eaux en domaine marin. Protéger les espèces et les écosystèmes impose de réduire les pressions qui diminuent leur résilience : fragmentation des milieux naturels, artificialisation des sols, etc. Le groupe insiste sur le rôle des effets indirects à moyen terme, qui pourraient être au moins aussi importants (par exemple, la reconstruction des infrastructures littorales sur les espaces naturels en arrière des côtes). Il est donc essentiel d'analyser systématiquement les effets croisés des impacts du changement climatique d'une part et des adaptations spontanées ou planifiées d'autre part, afin de prévenir les conséquences négatives pour la biodiversité. L'évaluation des services rendus par la biodiversité pour certains types d'occupation du territoire les estime à 900¤/ha/an pour les forêts et 300¤/ha/an pour les prairies, dans un récent rapport du Centre d'Analyse Stratégique, ce qui permet de cerner les enjeux économiques. Des impacts négatifs sont révélés par cette approche, appliquée aux écosystèmes coralliens et aux services non-marchands fournis par la forêt. Plus globalement, des pertes économiques significatives liées à la diminution voire la disparition de services de production (forêts de hêtre du Sud et de l'Ouest par exemple) et de régulation (tels que le stockage du carbone, la prévention des crues et des inondations, la régulation de l'érosion) sont à envisager à des niveaux accrus à la fin du siècle. L'Outre-mer est particulièrement fragile du fait des impacts sur les récifs coralliens, les forêts tropicales et les nombreuses espèces endémiques. Grâce à une gouvernance des politiques d'adaptation conduites à des échelles spatiales pertinentes avec le plus grand nombre d'acteurs et à une politique intégrée pour favoriser les approches transversales et systémiques, ces pertes pourront être limitées. Enfin, la préservation d'écosystèmes naturels choisis peut constituer une action d'adaptation en tant que telle pour un maximum d'espèces et de milieux.