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14 pages, 5 figures, 2 tables, supplementary material https://doi.org/10.3354/meps14110, To obtain a better understanding of the functioning of ecosystems and how they respond to disturbance, it is necessary to identify the relevant biotic interactions and specific trophic roles. Predation is one of the most important biotic interactions that can also define the spatial patterns of other species. Many predators are considered key species for the functioning and maintenance of ecosystems, as they play an important ecological role that can influence the dynamics at lower trophic levels. The Norway lobster Nephrops norvegicus is one of the most valued European fishing stocks. However, its value and capture have declined over the last decade. In the Atlantic Ocean, Atlantic cod Gadus morhua is the main predator of N. norvegicus. However, this species is not present in the Mediterranean Sea, and little is known about which species might prey on N. norvegicus in this area. Here, we combine 2 methodologies—genetic identification of stomach contents and stable isotope analyses—to identify, for the first time, the main predators of N. norvegicus in the Mediterranean Sea. Moreover, we have created the Predation Index, which determines the most influential predator affecting N. norvegicus population dynamics. Our results reveal that the major predators are the cephalopods Sepietta spp. and Abralia veranyi, which probably affect the early stages of N. norvegicus, followed by the elasmobranch Scyliorhinus canicula and the bony fishes Merluccius merluccius, Trigla lyra, and Conger conger. To evaluate possible fluctuations in the N. norvegicus population, we consider the assessment of these predator populations crucial, M.V. was supported by a predoctoral fellowship of the FPU program of the Spanish Government (FPU18/01775). J.N. and J.G. were funded by the Spanish National Program Ramón y Cajal (RYC-2015-17809) and Juan de la Cierva-Formación (FJC2019-040016-I) of the Ministry of Science and Innovation of Spain, respectively. This study is part of the projects RESNEP (CTM2017-82991-C2-1-R) and BITER (PID2020-114732RB-C31) financed by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, Spain. This work acknowledges the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2019-000928-S)

Resumen del trabajo presentado en el VII International Symposium on Marine Sciences, celebrado en modalidad virtual del 1 al 3 de julio de 2020., The ecological role of consumers in a food web requires identifying their energy sources to estimate their trophic positions (TPs). This is relevant in ecosystems inhabited by endemic species such as the decapod crustacean Dugastella valentina. This species inhabits the freshwater streams around the Gulf of Valencia (eastern Spain) which has been categorized as “Near Threatened” by the IUCN. The stable isotopes of N (15N/14N, δ15N) and C (13C/12C, δ13C) have been proposed as a powerful technique for estimating the TP of consumers using one or multiple baselines (BL). In this study, the TP of D. valentina wasestimated from primary producers (plants and algae), organic matter (leaf litter and detritus), and different functional groups of invertebrates (scrapers, filter feeders and collectors) of the upper stretch of the Algar River (eastern Spain). We model consumer and BL observations using the R package, "tRophicPosition" (Quezada-Romegialli et al., 2018). Among potential BL indicators, we selected the organisms showing the lowest values of δ15N. That is, oligochetes which feed on organic matter (representing the benthic BL) and bivalve mollusks, as filter feeders on phytoplankton (representing the pelagic BL). The estimated TP for this decapod in this study is consistent with previous work carried out in other streams, with intermediate values observed between primary consumers (e.g. filter feeders) and secondary (e.g. predatory invertebrates). In this way, the fact that this predatory invertebrates ingest algae and detritus could explain values TP, Financial support to EGO was given by CSIC through Intramural Research program 2018 under grant number 201830I081.

[Abstract]: The maintenance of species and the promotion of speciation are closely related to chromosomal rearrangements throughout evolution. Decapoda represents the most species-rich order among crustaceans and, despite its ecological and economic importance, little is known about decapod karyology. We aim at cytogenetically characterizing two sympatric prawn species. Ministerio de Economía, Industria y Competitividad; CTM2014-53838-R Xunta de Galicia; GRC2014/050

Trabajo presentado en la The Crustacean Society Mid-Year Meeting (TCS), celebrado en Barcelona del 19 al 22 de junio. de 2017.-- Esta reunión de la Sociedad internacional de Crustáceos se incluyó el 11th Colloquium Crustacea Decapoda Mediterranea y la 5th Crustacean Larval Conference.

Trabajo presentado en la The Crustacean Society Mid-Year Meeting (TCS), celebrado en Barcelona del 19 al 22 de junio. de 2017.-- Esta reunión de la Sociedad internacional de Crustáceos se incluyó el 11th Colloquium Crustacea Decapoda Mediterranea y la 5th Crustacean Larval Conference.

Trabajo presentado en el Seminar of Cytogenetic, celebrado en mayo de 2016.

[Abstract] Rock lizards of the genus Iberolacerta constitute a promising model to examine the process of sex chromosome evolution, as these closely related taxa exhibit remarkable diversity in the degree of sex chromosome differentiation with no clear phylogenetic segregation, ranging from cryptic to highly heteromorphic ZW chromosomes and even multiple chromosome systems (Z1Z1Z2Z2/Z1Z2W). To gain a deeper insight into the patterns of karyotype and sex chromosome evolution, we performed a cytogenetic analysis based on conventional staining, banding techniques and fluorescence in situ hybridization in the species I. monticola, for which previous cytogenetic investigations did not detect differentiated sex chromosomes. The karyotype is composed of 2n = 36 acrocentric chromosomes. NORs and the major ribosomal genes were located in the subtelomeric region of chromosome pair 6. Hybridization signals of the telomeric sequences (TTAGGG)n were visualized at the telomeres of all chromosomes and interstitially in 5 chromosome pairs. C-banding showed constitutive heterochromatin at the centromeres of all chromosomes, as well as clear pericentromeric and light telomeric C-bands in several chromosome pairs. These results highlight some chromosomal markers which can be useful to identify species specific diagnostic characters, although they may not accurately reflect the phylogenetic relationships among the taxa. In addition, C-banding revealed the presence of a heteromorphic ZW sex chromosome pair, where W is smaller than Z and almost completely heterochromatic. This finding sheds light on sex chromosome evolution in the genus Iberolacerta and suggests that further comparative cytogenetic analyses are needed to understand the processes underlying the origin, differentiation and plasticity of sex chromosome systems in lacertid lizards. Xunta de Galicia; PGIDIT03RFO10301PR Xunta de Galicia; PGIDIT06RFO10301PR Italia. Ministero dell'istruzione, dell'università e della ricerca; PRIN 2009

[Resumen] EL ANALISIS COMPARATIVO DE LAS TRES ESPECIES DE MEJILLON EUROPEO (MYTILUS EDULIS, M: GALLOPROVINCIALIS Y M. TROSSULUS) MEDIANTE TECNICAS CITOGENETICAS DE BANDEO C,TINCION CON NITRATO DE PLATA, TINCION CON FLUOROCROMOS Y DIGESTION IN SITU CON DIFERENTES ENDONUCLEASAS DE RESTRICCION, NOS HA PERMITIDO IDENTIFICAR POSIBLES MARCADORES CROMOSOMICOS UTILES PARA DIFERENCIAR DICHAS ESPECIES. EN LOS GENOMAS DE ESTAS ESPECIES EXISTEN POCAS REGIONES RICAS EN PARES DE BASES G+C, QUE SON COINCIDENTES CON LA LOCALIZACION DE LAS REGIONES ORGANIZADORAS DEL NUCLEOLO. HEMOS DETECTADO LA EXISTENCIA DE HETEROGENEIDAD MOLECULAR SUBYACENTE A LA HETEROCROMATINA COSTITUTIVA. EL ANALISIS DE LA RESPUESTA DE LOS CROMOSOMAS A LA DIGESTION POR LOS ISOSQUIZOMEROS HPA II - MSP I PONE DE MANIFIESTO LA EXISTENCIA DE UN CIERTO GRADO DE METILACION EN EL GENOMA DE ESTOS ORGANISMOS.

[Abstract] Five polymorphic microsatellite loci in the razor clam Ensis siliqua are described. A collection consisting of 34 individuals from Finisterre, Spain, was analysed. Loci were isolated from the sequences of intersimple sequence repeat (ISSR) markers. Detailed analysis of 42 ISSR markers led to the design of 16 primer pairs. Five of these yielded consistent and polymorphic products. The number of alleles ranged from five to 23 per locus with the observed heterozygosity ranging from 0.46 to 0.94. Linkage equilibrium was observed in all loci and three of them showed significant deviations from Hardy–Weinberg equilibrium.

[Abstract:] The razor clam Solen marginatus has a diploid chromosome number of 38. The karyotype consists of one metacentric/submetacentric, three submetacentric/metacentric, five submetacentric, one submetacentric/subtelocentric, one subtelocentric/submetacentric, six subtelocentric and two telocentric chromosome pairs. Staining with chromomycin A3 revealed bright positive bands subcentromerically in the long arms of one medium-sized subtelocentric pair, while DAPI staining showed uniform fluorescence in all chromosomes of the complement. Fluorescence in situ hybridization using an 18S-5.8S-28S rDNA probe locates these loci at the subcentromeric region of one subtelocentric pair and at the subtelomeric region of another subtelocentric pair. Xunta de Galicia; PGIDT99 MAR10302

[Abstract] We have analyzed natural polyploidy in a population of “Mytilus trossulus” from Vancouver Island (British Columbia, Canada) by means of cytogenetic techniques. Results obtained are the first reporting on this type of numerical chromosome aberrations in mussels. Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC); OGP0046399 Xunta de Galicia; 10303B93 Xunta de Galicia; 10306B95

Programa Oficial de Doutoramento en Bioloxía Celular e Molecular . 5004V01, [Abstract] High concentrations of herbicides proceeding from the agricultural practices come to the aquatic systems, where they exercise its toxic action on no-target organisms, such as microalgae. These organisms are in the base of the trophic chain; any alteration carries effects of long scope on the set of the trophic chain and the flow of energy of the ecosystem, causing permanent functional and structural modifications in ecosystems. The main purpose of this project was to penetrate into the knowledge of the cellular response of the microalga Chlamydomonas reinhardtii, to stress situations provoked by the exposure to atrazine. A methodological approach based on the analysis of the cytome, proteome and transcriptome of this microalga was proposed to characterize in depth the interaction xenobiotic-cell. Molecular and cellular alterations reported in the present work suggest that exposure to chemical substances, such as atrazine, induces ROS that produces physiological and biochemical alterations in cells that finally lead to the occurrence of cellular senescence alterations in the microalgal populations., [Resumo] Debido ao uso estendido de herbicidas na agricultura, a súa presenza en augas naturais é cada vez máis importante. Estes contaminantes exercen a súa actividade tóxica sobre algunhas especies de plantas ou de microorganismos fototróficos para os que non se deseñaron, como as microalgas. Estes organismos unicelulares atópanse na base da cadea trófica dos ecosistemas acuáticos, e calquera axente externo que os perturbe pode causar un desequilibrio maior nos niveis superiores da cadea, provocando modificacións funcionais e estructurais permanentes nos ecosistemas. O proxecto levado a cabo trata sobre o estudo da resposta da microalga Chlamydomonas reinhardtii, sometida a situación de estrés provocada pola atrazina, avaliando os cambios que se producen nas células a curto e medio prazo, a través dunha aproximación metodolóxica baseada na análise do citoma, proteoma e transcriptoma desta especie para caracterizar en profundidade a interacción xenobiótico-célula. Os cambios moleculares e celulares obtidos nestes estudos suxiren que a exposición a produtos químicos, como a atrazina, induce a produción excesiva de especies reactivas de osíxeno que produce cambios fisiolóxicos e bioquímicos nas células que finalmente conducen a fenómenos de senescencia celular en poboacións microalgais., [Resumen] Debido al uso extendido de herbicidas en la agricultura, su presencia en las aguas naturales es cada vez más importante. Estos contaminantes ejercen su actividad tóxica sobre algunas especies de plantas o de microorganismos fototróficos para los que no se habían diseñado, como las microalgas. Estos organismos unicelulares se encuentran en la base de la cadena trófica de los sistemas acuáticos, y cualquier agente externo que los perturbe puede ocasionar un desequilibrio mayor en los niveles superiores de la cadena, provocando modificaciones funcionales y estructurales permanentes en los ecosistemas. El proyecto que se ha llevado a cabo aborda el estudio de la respuesta de la microalga Chlamydomonas reinhardtii, sometida a un estrés provocado por la atrazina, evaluando los cambios producidos en las células a corto y medio plazo, a través de una aproximación metodológica basada en el análisis del citoma, proteoma y transcriptoma de esta especie para caracterizar en profundidad la interacción xenobiótico-célula. Las alteraciones moleculares y celulares obtenidas sugieren que la exposición a sustancias químicas, como la atrazina, induce una sobreproducción de especies reactivas de oxígeno que produce alteraciones fisiológicas y bioquímicas en las células que finalmente conllevan a fenómenos de senescencia celular en las poblaciones microalgales.

[Resumen] La citogenética es el estudio de la morfología, la estructura y el funcionamiento de los cromosomas. En el transcurso de poco más de 100 años, ha nacido y se ha desarrollado hasta convertirse en una de las herramientas más versátiles de la genómica, gracias al perfeccionamiento de técnicas cada vez más selectivas y refinadas. En este trabajo, se obtuvieron cromosomas metafásicos de varias especies: Palaemon elegans, Mytilus galloprovincialis, Lens culinaris, Allium cepa, Canis familiaris y Homo sapiens. Después, se puso en práctica el bandeo G en los cromosomas de H. sapiens. Debido a las variedad de especies, con cada una se llevaron a cabo protocolos específicos de obtención de cromosomas metafásicos. Los resultados obtenidos fueron después contrastados con la literatura existente respecto a cada una de las especies utilizadas. {Abstract] Cytogenetics is the study of the morphology, the structure and the functioning of chromosomes. In the course of slightly more than 100 years, it has been born and developed into one of the most versatile tools in the field of genomics, thanks to the perfectioning of continuously more selective and refined techniques. In this project, metaphase chromosomes of several species have been obtained: Palaemon elegans, Mytilus galloprovincialis, Lens culinaris, Allium cepa, Canis familiaris and Homo sapiens. Afterwards, G banding was carried out on H. sapiens chromosomes. Due to the high variety of species, specific protocols of chromosome obtention were used in each case. The results of this project were then contrasted with existing literature about each of the selected species. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2022/2023

[Resumen] En los últimos años, el ADN ambiental (eDNA) ha demostrado ser un método prometedor y eficiente para el monitoreo de la biodiversidad, por ejemplo, los peces en los ecosistemas acuáticos. La fauna de peces del Canal de Panamá ha cambiado dramáticamente en los últimos años con la introducción de especies marinas no autóctonas (Castellanos-Galindo y col., 2020) lo que merece estudios más profundos para evaluar los futuros riesgos ambientales. Los avances recientes permiten amplios estudios de los sistemas acuáticos utilizando técnicas de código de barras de ADN (metabarcoding) de ADN ambiental. Sin embargo, el éxito de estos estudios depende en gran medida de la disponibilidad de bases de datos de ADN de referencia de relevancia local y de la elección de los cebadores utilizados para la amplificación por PCR. La mayoría de los estudios basados en el ADN de la diversidad de los vertebrados apuntan al uso del locus mitocondrial COI, pero para los peces están mejor resueltos a especies que utilizan otros loci (Zhang y col., 2020). Con el presente estudio se evalúa el uso de tres loci mitocondriales: ARNr 12S, ARNr 16S y COI, para proporcionar opciones multilocus para identificaciones a nivel de especie que tendrán una amplia aplicación en la identificación de especies de peces y estudios en donde se utilice ADN ambiental. [Abstract] In recent years, environmental DNA (eDNA) has proven to be a promising and efficient method for monitoring biodiversity, for example, fish in aquatic ecosystems. The fish fauna of the Panama Canal has changed dramatically in recent years with the introduction of non-native marine species (Castellanos-Galindo et al., 2020), which requires further studies to assess future environmental risks. Recent advances allow extensive studies of aquatic systems using DNA barcoding (metabarcoding) techniques of environmental DNA. However, the success of these studies is highly dependent on the availability of locally relevant reference DNA databases and the choice of primers used for PCR amplification. Most DNA-based studies of vertebrate diversity use the mitochondrial COI locus for species identification, but fish may be better resolved to species using other loci (Zhang et al., 2020). In this study, I evaluated the use of three mitochondrial loci: the 12S rRNA, 16S rRNA and COI, to provide multilocus options for species-level identifications that will have broad application for identification of fish species and studies using environmental DNA. Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía molecular, celular e xenética. Curso 2021/2022

[Resumen]: En Galicia (Noroeste de España), la centolla Maja brachydactyla Balss, 1922, es uno de los invertebrados marinos costeros de mayor interés comercial e importancia económica en la pesca artesanal. Sus poblaciones se encuentran sometidas a una gran presión pesquera. Sin embargo, existen aspectos importantes de su biología que son desconocidos y que están relacionados con el impacto de la pesca. Su comprensión, ayudaría a implantar mejores medidas de gestión para proteger los stocks. El objetivo del presente trabajo de fin de máster consiste en analizar la relación entre la talla materna y la calidad de las puestas y larvas de la centolla Maja brachydactyla en las costas gallegas. Los resultados obtenidos mostraron diferencias en cuanto al porcentaje de nitrógeno de los huevos entre hembras de diferentes tallas, y diferencias en cuanto al contenido de proteínas de las larvas y lípidos de los huevos y larvas de hembras con diferentes tipos de dieta. [Abstract]: In Galicia (northwest Spain), the spider crab Maja brachydactyla Balss, 1922, is one of the coastal marine invertebrates of greatest commercial interest and economic importance in artisanal fishing. Its population structure is subject to great fishing pressure, and there are important aspects of its biology that are unknown and that are related to the impact of fishing, such as the study of the quality of the eggs influenced by the size of females, since that its understanding would help to implement better management measures to conserve and protect the stocks. The objective of this master's thesis is to analyze the relationship between the quality of the eggs and larvae of the spider crab Maja brachydactyla on the Galician coast, with respect to maternal size. The obtained results showed differences in the nitrogen percentage of the eggs between females of different sizes, and differences in the protein content of the larvae and lipid content of the eggs and larvae of females with different types of diet. [Resumo]: En Galicia (Noroeste de España), a centola Maja brachydactyla Balss, 1922, é un dos invertebrados mariños costeiros de maior interese comercial e importancia económica na pesca artesanal. As súas poboacións están sometidas a unha gran presión pesqueira. Porén, hai aspectos importantes da súa bioloxía que son descoñecidos e que están relacionados co impacto da pesca. A súa comprensión axudaría a implementar mellores medidas de xestión para protexer os stocks. O obxectivo deste traballo de fin de máster é analizar a relación entre o tamaño materno e a calidade das postas e das larvas da centola Maja brachydactyla no litoral galego. Os resultados obtidos mostraron diferenzas na porcentaxe de nitróxeno dos ovos entre femias de diferentes tamaños, e diferenzas no contido proteico das larvas e lípidos dos ovos e das larvas das femias con diferentes tipos de alimentación. Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía mariña. Curso 2021/2022

[Resumen]: La heteroplasmia mitocondrial es un fenómeno por el cual dos secuencias diferentes de ADN mitocondrial coexisten en una misma célula o individuo. Recientemente se ha descubierto una alta incidencia de este fenómeno en la centolla (Maja brachydactyla Balss, 1922) en una población de Galicia. Se creía que el origen de esta heteroplasmia podría estar relacionada con cruces interespecíficos entre Maja brachydactyla y Maja squinado al sur de la Península Ibérica. Estas hibridaciones provocarían fallos en los sistemas de eliminación de las mitocondrias paternas generándose heteroplasmia. Además, se debería formar un gradiente positivo N-S de incidencia de heteroplasmia a lo largo de la costa europea. Sin embargo, los resultados de este estudio rechazan la hipótesis al no encontrar una incidencia menor en una región más al norte no Galicia. Por tanto, se plantea la posibilidad de que estos fallos deban a errores en los mecanismos de eliminación de las mitocondrias paternas provocados por un factor desconocido. Además, debido a la elevada diversidad detectada y la ausencia de zonación en las redes haplotípicas, se ha detectado que esta especie se comporta como una única unidad de apareamiento aleatoria en el Atlántico norte. [Abstract]: Mitochondrial heteroplasmy is a phenomenon by which two different mitochondrial DNA sequences coexist in the same cell or individual. A high incidence of this phenomenon has recently been discovered in the spider crab (Maja brachydactyla Balss, 1922) in a population of Galicia. It was believed that the origin of this heteroplasmy could be related to interspecific crosses between Maja brachydactyla and Maja squinado in the south of the Iberian Peninsula. These hybridizations would cause failures in the paternal mitochondria elimination systems, generating heteroplasmy. In addition, a positive N-S gradient of heteroplasmy incidence should form along the European coast. However, the results of this study reject the hypothesis by not finding a lower incidence in a region further north than Galicia. Therefore, the possibility arises that these failures are due to errors in the mechanisms of elimination of paternal mitochondria caused by an unknown factor. In addition, due to the high diversity detected and the absence of zonation in the haplotype networks, it has been detected that this species behaves as a single random mating unit in the North Atlantic. Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía mariña. Curso 2021/2022

[Resumen]: En Galicia (Noroeste de España), la centolla Maja brachydactyla Balss, 1922, es uno de los invertebrados marinos costeros de mayor interés comercial e importancia económica en la pesca artesanal. Sus poblaciones se encuentran sometidas a una gran presión pesquera. Sin embargo, existen aspectos importantes de su biología que son desconocidos y que están relacionados con el impacto de la pesca. Su comprensión, ayudaría a implantar mejores medidas de gestión para proteger los stocks. El objetivo del presente trabajo de fin de máster consiste en analizar la relación entre la talla materna y la calidad de las puestas y larvas de la centolla Maja brachydactyla en las costas gallegas. Los resultados obtenidos mostraron diferencias en cuanto al porcentaje de nitrógeno de los huevos entre hembras de diferentes tallas, y diferencias en cuanto al contenido de proteínas de las larvas y lípidos de los huevos y larvas de hembras con diferentes tipos de dieta. [Abstract]: In Galicia (northwest Spain), the spider crab Maja brachydactyla Balss, 1922, is one of the coastal marine invertebrates of greatest commercial interest and economic importance in artisanal fishing. Its population structure is subject to great fishing pressure, and there are important aspects of its biology that are unknown and that are related to the impact of fishing, such as the study of the quality of the eggs influenced by the size of females, since that its understanding would help to implement better management measures to conserve and protect the stocks. The objective of this master's thesis is to analyze the relationship between the quality of the eggs and larvae of the spider crab Maja brachydactyla on the Galician coast, with respect to maternal size. The obtained results showed differences in the nitrogen percentage of the eggs between females of different sizes, and differences in the protein content of the larvae and lipid content of the eggs and larvae of females with different types of diet. [Resumo]: En Galicia (Noroeste de España), a centola Maja brachydactyla Balss, 1922, é un dos invertebrados mariños costeiros de maior interese comercial e importancia económica na pesca artesanal. As súas poboacións están sometidas a unha gran presión pesqueira. Porén, hai aspectos importantes da súa bioloxía que son descoñecidos e que están relacionados co impacto da pesca. A súa comprensión axudaría a implementar mellores medidas de xestión para protexer os stocks. O obxectivo deste traballo de fin de máster é analizar a relación entre o tamaño materno e a calidade das postas e das larvas da centola Maja brachydactyla no litoral galego. Os resultados obtidos mostraron diferenzas na porcentaxe de nitróxeno dos ovos entre femias de diferentes tamaños, e diferenzas no contido proteico das larvas e lípidos dos ovos e das larvas das femias con diferentes tipos de alimentación. Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía mariña. Curso 2021/2022

[Resumen]: El propósito de este estudio es poder aprender acerca de la especie Columba livia (Gmelin, 1789), recogiendo información acerca de poblaciones de varios territorios de Europa, desde septiembre hasta diciembre del 2021, con el fin de estudiar sus distribuciones fenotípicas, agrupándolos por sus semejanzas. Hemos contado y evaluado un total de 645 individuos, más la información recogida de otros estudios. Tras esto, hemos confirmado que las distribuciones son diferentes entre poblaciones, así que hemos determinado si estas diferencias se deben a algunas características de los territorios estudiados. [Resumo]: O propósito de este estudo é aprender acerca da especie Columba livia (Gmelin, 1789), recollendo información sobre poboacións de territorios de Europa, dende setembro ata decembro de 2021, co fin de estudar as súas distribucións fenotípicas, agrupándoos polas súas semellanzas. Contamos e avaliamos un total de 645 individuos, máis a información recollida doutros estudos. Tras isto, confirmamos que as distribucións son diferentes entre población, polo que determinamos se estas diferenzas débense a algunhas características dos territorios estudados. [Abstract]: The purpose of this study is to learn about the specie Columba livia (Gmelin, 1789), recording data about populations from some territories of Europe from September to December of 2021, in order to study their phenotypic distributions, grouping them by their similarity. We counted and successfully evaluated a total of 645 individuals, plus the information collected by other studies. After this, we have confirmed that there are different distributions between populations, so we determined if these differences are due to some characteristics of the studied territories. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2021/2022

[Resumen]: Octopus vulgaris es una especie abundante en Galicia y actualmente es considerado como una especie de gran importancia pesquera a nivel mundial. Sin embargo, en los últimos años las capturas de pulpos en el Mediterráneo y en el Atlántico nororiental se están viendo reducidas y por ello su demanda comercial y valor económico están en alza. Asimismo, comprender las relaciones tróficas entre depredadores y presas es vital para conocer que procesos están detrás de los cambios en ambas poblaciones. La finalidad de este estudio es el empleo de la PCR para evaluar la presencia de este cefalópodo en los estómagos de posibles depredadores. Para ello, se realizarán PCRs con primers específicos de O. vulgaris en DNAs obtenidos de los estómagos de estos posibles depredadores. Este estudio facilitará conocer los depredadores potenciales de esta especie y tendrá, por lo tanto, una aplicación en modelos de gestión pesquera. [Resumo]: Octopus vulgaris é unha especie abundante en Galicia e actualmente é considerado como unha especie de grande importancia pesqueira a nivel mundial. Con todo, nos últimos anos as capturas de polbos no Mediterráneo e no Atlántico nororiental están a verse reducidas e por iso a súa demanda comercial e valor económico están en alza. Así mesmo, comprender as relacións tróficas entre depredadores e presas é vital para coñecer que procesos están detrás dos cambios en ambas as poboacións. A finalidade deste estudo é o emprego da PCR para avaliar a presenza deste cefalópodo nos estómagos destes posibles depredadores. Para iso, realizaranse PCRs con primers específicos de O. vulgaris en DNAs obtidos dos estómagos destes posibles depredadores. Este estudo facilitará coñecer os depredadores potenciais desta especie e terá, polo tanto, unha aplicación en modelos de xestión pesqueira. [Abstract]: Octopus vulgaris is and abundant species in Galicia and is currently considered a species of great fishing importance worldwide. However, in recent years the catches of octopus in the Mediterranean and the Northeast Atlantic have been reduced and therefore their commercial demand and economic value are on the rise. Likewise, understanding the trophic relationships between predators and prey is vital to know what processes are behind the changes in both populations. The purpose of this study is the use of PCR to evaluate the presence of this cephalopod in the stomachs of possible predators. To do this, PCRs with specific primers of O. vulgaris will be carried out on DNAs obtained from the stomachs of these possible predators. This study will facilitate knowing the potential predators of this species and will therefore have an application in fisheries management models. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2021/2022

[Resumo] A síntese de novos receptores moleculares no eido da química supramolecular experimentou un gran auxe nos últimos anos debido ás súas potenciais aplicacións biolóxicas. En especial, os sistemas receptor-substrato presentan unha serie de características interesantes para a súa aplicación en sistemas de liberación controlada de fármacos, que van dende a súa capacidade de autoensamblaxe ata a resposta a estímulos. Sen embargo, para o seu uso en biomedicina é necesario que amosen unha boa biocompatibilidade. Trala síntese do ciclofano tetracatiónico red box – derivado do coñecido blue box – e os bos resultados obtidos no estudo de complexos de inclusión, prevese un elevado potencial no campo biomédico para este receptor. Neste traballo, como unha aproximación inicial ás posibles aplicacións da red box, levouse a cabo unha avaliación da súa biocompatibilidade en dúas liñas celulares – unha normal e unha tumoral –,e estimouse de xeito indirecto a cantidade internalizada mediante medidas de absorbancia. Os resultados obtidos amosaron que o macrociclo presenta unha toxicidade relativamente baixa en ambas liñas, cunha maior sensibilidade na liña non tumoral. [Resumen] experimentado un gran auge en los últimos años debido a sus potenciales aplicaciones biológicas. En particular, los sistemas receptor-sustrato presentan una serie de características interesantes para su aplicación en sistemas de liberación controlada de fármacos, que van desde su capacidad de autoensamblaje hasta la respuesta a estímulos. Sin embargo, para su uso en biomedicina es necesario que muestren una buena biocompatibilidad. Tras la síntesis del ciclofano tetracatiónico red box- derivada de la conocida blue box - y los buenos resultados obtenidos en el estudio de los complejos de inclusión, se prevé un alto potencial en el campo biomédico para este receptor. En este trabajo, como aproximación inicial a las posibles aplicaciones de la red box , se realizó una evaluación de su biocompatibilidad en dos líneas celulares, una normal y una tumoral, y se estimó indirectamente la cantidad internalizada mediante medidas de absorbancia. Los resultados obtenidos mostraron que el macrociclo presenta una toxicidad relativamente baja en ambas líneas, con una mayor sensibilidad en la línea no tumoral. [Abstract] The synthesis of new molecular receptors in the field of supramolecular chemistry has experienced a great boom in recent years due to their potential biological applications. In particular, host-guest systems present a number of interesting features for their application in controlled drug delivery systems, ranging from their self-assembly capacity to their stimuli responsivness. However, for their use in biomedicine it is necessary that they show good biocompatibility. After the synthesis of the tetracathionic cyclophane red box - derived from the well-known blue box - and the good results obtained in the study of inclusion complexes, a high potential in the biomedical field is foreseen for this receptor. In this work, as an initial approach to the possible applications of the red box, an evaluation of its biocompatibility was carried out in two cell lines, one normal and one tumor, and the amount internalized was indirectly estimated by absorbance measurements. The results obtained showed that the macrocycle exhibits a relatively low toxicity in both lines, with a higher sensitivity in the non-tumor line. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2020/2021

[Resumen] En la actualidad, el autoensamblaje de moléculas a través de interacciones covalentes se ha postulado como una herramienta de gran utilidad para la síntesis de nuevos receptores moleculares, que son de gran interés en biomedicina por su versatilidad y múltiples aplicaciones. Específicamente, los complejos host-guest resultan especialmente interesantes, ya que pueden responder a estímulos externos como cambios en el medio celular externo y ser modulados para su utilización como sistemas de liberación controlada de fármacos. Entre estos compuestos, destaca el macrociclo red box cuya capacidad aceptora puede ser modulada mediante reacciones redox y cambios de pH, con el fin de maximizar su potencial como vehículo de liberación controlada de fármacos en aplicaciones biomédicas. Como primer paso para evaluar el potencial de la red box como sistema de liberación de fármacos, en el presente estudio se evaluó su biocompatibilidad mediante la realización de ensayos biológicos basados en medidas de la viabilidad celular y citotoxicidad en una línea celular normal (HFF-1) y otra tumoral (HeLa). Además, para confirmar que el macrociclo es capaz de atravesar la membrana plasmática, se llevó a cabo un estudio de internalización celular. Los resultados mostraron que la red box afectó en mayor medida a la viabilidad y proliferación celular de la línea no tumoral, lo cual podría estar relacionado con la mayor velocidad de división de las células cancerosas y/o una mayor permeabilidad al compuesto de la línea no tumoral. Asimismo, el estudio preliminar de internalización celular en células HeLa reveló la entrada de un pequeño porcentaje de red box en el interior de las células siendo mayor a las 24 h de exposición. [Resumo] Na actualidade, a autoensamblaxe de moléculas a través de interaccións covalentes postulouse como unha ferramenta de gran utilidade para a síntese de novos receptores moleculares, que son de gran interese en biomedicina pola súa versatilidade e múltiples aplicacións. Especificamente, os complexos host-guest resultan especialmente interesantes, xa que poden responder a estímulos externos, coma cambios no medio celular externo e ser modulados para a súa utilización como sistemas de liberación controlada de fármacos. Entre estes compostos, destaca o macrociclo red box cuxa capacidade aceptora pode ser modulada mediante reaccións redox e cambios de pH, co fin de maximizar o seu potencial como vehículo de liberación controlada de fármacos en aplicacións biomédicas. Como primeiro paso para avaliar o potencial da red box como sistema de liberación de fármacos, no presente estudo avaliouse a súa biocompatibilidade mediante a realización de ensaios biolóxicos baseados en medidas da viabilidade celular e citotoxicidade nunha liña celular normal (HFF-1) e outra tumoral (HeLa). Ademais, para confirmar que o macrociclo é capaz de atravesar a membrana plasmática, levouse a cabo un estudo de internalización celular. Os resultados mostraron que a red box afectou en maior medida á viabilidade e proliferación celular da liña non tumoral, o cal podería estar relacionado coa maior velocidade de división das células cancerosas e/ou unha maior permeabilidade ao composto da liña non tumoral. Así mesmo, o estudo preliminar de internalización celular en células HeLa revelou a entrada dun pequeno porcentaxe de red box no interior das células sendo maior ás 24 h de exposición. [Abstract] Nowadays, self-assembly of molecules through covalent interactions has been postulated as a very useful tool for the synthesis of new molecular receptors, being of great interest in biomedicine due to their versatility and multiple applications. Specifically, hostguest complexes are especially interesting, since they can respond to external stimuli as those from the external cellular environment and be modulated for their use as controlled drug delivery systems. Among these compounds, the macrocycle red box, whose acceptor capacity can be modulated by redox reactions and changes in pH to maximize its potential as a vehicle for controlled drug delivery in biomedical applications, is of great interest. As a first step to evaluate its potential as a drug delivery system, in the present study the biocompatibility of red box was evaluated by conducting biological assays based on measurements of cell viability and cytotoxicity in a normal cell (HFF-1) and in a tumor cell (HeLa) lines. Furthermore, to confirm the macrocycle capability to cross the cell membrane, a cell internalization study was carried out. The results showed that the red box affected the cell viability and proliferation of the non-tumor line to a greater extent, which could be related to the higher division rate of cancer cells and/or the major permeability to the compound of the non-tumor line. Likewise, the preliminary study of cellular internalization in HeLa cells revealed the entry of a small percentage of red box inside the cells, being higher after 24 h of exposure. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2020/2021

[Resumen]: Las especies reactivas de oxígeno (ROS: reactive oxygen species) son fundamentales en la señalización celular de múltiples procesos como la expresión génica o la apoptosis. Asimismo, se ha descrito una relación entre el aumento de ROS intracelular y diversas patologías como el cáncer o el Alzheimer. Debido a esto, el desarrollo de herramientas que permitan regular los niveles de ROS es necesario. El presente trabajo de fin de grado se centró en el estudio preliminar de la citotoxicidad y la producción de ROS de distintos compuestos derivados del viológeno. Dos de estos compuestos presentan una unidad de viológeno en su estructura: el Paraquat (P), un herbicida conocido por su citotoxicidad y capacidad de inducción de estrés oxidativo y PTPP, un compuesto análogo al Paraquat que presenta un transportador mitocondrial que aporta selectividad en su diana celular. Los otros dos compuestos estudiados presentan un enlace hidrazona entre los anillos de piridinio de la unidad del viológeno: H es un compuesto de estructura similar a P pero con este enlace en su estructura y HTPP, un análogo de H dirigido a la mitocondria. La capacidad de estos compuestos de disminuir la viabilidad celular y de aumentar el estrés oxidativo fue estudiado en varias líneas celulares (RAW264.7, HeLa, A549), siendo las 2 últimas de origen tumoral. Los resultados obtenidos parecen indicar que los compuestos con enlace hidrazona en su estructura (H, HTPP) presentan patrones de citotoxicidad y de producción de ROS distintos a los observados con los derivados del viológeno (P, PTPP). Además, se encontró una citotoxicidad selectiva para las células cancerígenas del compuesto H, si bien, es necesario realizar más estudios para determinar su potencial antitumoral y mecanismo de actuación. [Resumo]: As especies reactivas de osíxeno (ROS: reactive oxygen species) son fundamentais na sinalización celular de múltiples procesos como a expresión xénica ou a apoptose. Do mesmo xeito, describiuse unha relación entre o aumento de ROS intracelular e distintas patoloxías coma o cancro ou o Alzheimer. Debido a isto, é necesario o desenvolvemento de ferramentas que permitan regular os niveis de ROS. Este traballo de fin de grado centrouse no estudo preliminar da citotoxicidade e a produción de ROS de distintos compostos derivados do violóxeno. Dous destes compostos presentan unha unidade de violóxeno na súa estrutura: O Paraquat (P), un herbicida coñecido pola súa citotoxicidade e a capacidade de inducir estrés oxidativo e PTPP, un composto análogo ao Paraquat que presenta un transportador mitocondrial, que aporta selectividade na diana celular. Os outros dous compostos estudados presentan un enlace hidrazona entre os aneis de piridinio do violóxeno : H é un composto cunha estrutura similar a P pero con este enlace na súa estrutura e, HTPP, é un análogo de H dirixido á mitocondria. A capacidade destes compostos de diminuír a viabilidade celular e aumentar o estrés oxidativo estudouse en varias liñas celulares (RAW264.7, HeLa, A549), sendo as últimas dúas de orixe tumoral. Os resultados obtidos parecen indicar que os compostos con enlace hidrazona na súa estrutura (H, HTPP) presentan patróns de citotoxicidade e de produción de ROS distintos aos observados nos derivados do violóxeno (P, PTPP). Ademais, encontrouse unha citotoxicidade selectiva para as células canceríxenas do composto H, aínda que é necesario realizar máis estudos para determinar o seu potencial antitumoral e o seu mecanismo de acción. [Abstract]: Reactive oxygen species (ROS) are essential in cell signalling of multiple processes such as gene expression or apoptosis. Likewise, a relationship between the increase in intracellular ROS and various pathologies such as cancer or Alzheimer's has been described. Due to this, the development of tools to regulate ROS levels is necessary. This TFG is focused on the preliminary study of cytotoxicity and ROS production of different compounds derived from viologen. Two of these compounds contains a viologen moiety: Paraquat (P), an herbicide known for its cytotoxicity and capacity to induce oxidative stress, and PTPP, an analog of Paraquat bearing a mitochondrial carrier that provides selectivity in its cellular target. The other two compounds studied have a hydrazone bond between the pyridinium rings of the viologen: H, that is a compound with a similar structure to P but with this bond in its structure, and HTPP, an analog of H targeted to the mitochondria. The ability of these compounds to decrease cell viability and increase oxidative stress was studied in several cell lines (RAW264.7, HeLa, A549), being the last 2 ones from tumor origin. The results obtained seem to indicate that the compounds with hydrazone bond in their structure (H, HTPP) presented patterns of cytotoxicity and ROS production different from those observed with the viologen derivatives (P, PTPP). In addition, a selective cytotoxicity for cancer cells of compound H was found, although more studies are needed to determine its antitumor potential and mechanism of action. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2020/2021

[Resumen] La terapia celular con células madre mesenquimales (MSCs) se ha convertido en una herramienta de gran interés en diversas aplicaciones de medicina regenerativa debido a las numerosas propiedades de estas células, entre las que se incluyen, su capacidad de renovación y diferenciación. A su vez, la terapia génica de MSCs permite potenciar las propiedades de esta población celular, de modo que expresen el gen terapéutico de interés, con el fin de promover el proceso de regeneración tisular. Los transposones son un tipo de sistema de transferencia génica no viral con gran potencial en este tipo de terapias, debido a que combinan la capacidad de lograr una expresión génica estable característica de los vectores virales, con el uso de componentes no infecciosos más seguros. Estos sistemas se basan en la utilización de dos plásmidos, un plásmido donante (tranposón piggyBac) y un plásmido ayudante (transposasa) que mediante un mecanismo de “corta y pega” producen la integración del transposón en regiones específicas de la célula huésped. En el presente trabajo se estudió la eficiencia de transfección del transposón piggyBac en cultivos primarios de MSCs mediante la utilización de dos tipos de vectores no virales: Lipofectamina y TransIT2020. Los resultados obtenidos mostraron que la combinación 100/100 transposón/transposasa con el reactivo TransIT2020 llevó a los niveles más altos y sostenidos de expresión de la proteína verde fluorescente (GFP) en MSCs. Futuros estudios incluyendo la cuantificación de la expresión de GFP mediante medidas de fluorescencia y la selección de colonias de MSCs transfectadas de forma estable con el antibiótico G418, podrían ayudar a confirmar estas observaciones. [Resumo] A terapia celular con células nai mesenquimais (MSCs) converteuse nunha ferramenta de grande interese en diversas aplicacións de medicina rexenerativa, debido ás múltiples propiedades destas células, entre as que se inclúen a súa capacidade de renovación e diferenciación. Á súa vez, a terapia xénica de MSCs permite mellorar as propiedades desta poboación celular, de xeito que expresen o xene terapéutico de interese, co fin de promover o proceso de rexeneración do tecido. Os transposóns son un tipo de sistema de transferencia xénica non viral cun gran potencial neste tipo de terapia, pois combinan a capacidade de obter unha expresión xénica estable característica dos vectores virais, co uso de compoñentes non infecciosos máis seguros. Estes sistemas están baseados na utilización de dous plásmidos, un plásmido doante (tranposón piggyBac) e un plásmido auxiliar (transposasa) que mediante un mecanismo "corte e pegado" producen a integración do transposón en rexións específicas da célula hóspede. No presente traballo, estudouse a eficiencia de transfección do transposón piggyBac nos cultivos primarios de MSC utilizando dous tipos de vectores non virais: Lipofectamina e TransIT2020. Os resultados obtidos mostraron que a combinación de transposón/ transposasa 100/100 co reactivo TransIT2020 levou aos niveis de expresión máis altos e sostidos da proteína fluorescente verde (GFP) en MSC. Futuros estudos incluíndo a cuantificación da expresión de GFP por medicións de fluorescencia e a selección de colonias de MSC transfectadas de forma estable con antibióticos G418, poderían axudar a confirmar estas observacións. [Abstract] Cell therapy with mesenchymal stem cells (MSCs) has emerged as a tool of great interest in regenerative medicine, due to the multiple properties from these cells, including their capacity for renewal and differentiation. Likewise, gene therapy of MSCs allows to enhance the properties from this cell population, in order to express the therapeutic gene of interest promoting tissue regeneration process. Transposons are a type of non-viral gene transfer system with strong potential in this type of therapy, as it combines the ability to achieve stable levels of transgene expression characteristic from viral vectors, with the use of safe non-infectious components. These systems are based on the use of two plasmids, a donor plasmid (transposon piggyBac) and a helper plasmid (transposase) that by means of a "cut and paste" mechanism lead to the integration of the transposon in specific regions from the host cell. In the present work, the transfection efficiency of the piggyBac transposon in MSC primary cultures was studied using two types of non-viral vectors: Lipofectamine and TransIT2020. The results obtained showed that the 100/100 transposon/transposase combination with TransIT2020 reagent led to the highest and most sustained levels of green fluorescent protein (GFP) expression in MSCs. Further studies including the quantification of GFP expression by fluorescence measurements and the selection of MSC colonies stably transfected with G418 antibiotics, could help to confirm these observations. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2019/2020

Programa Oficial de Doutoramento en Bioloxía Celular e Molecular . 5004V01 [Abstract] The rockpool shrimp Palaemon elegans and the common littoral shrimp P. serratus are two ecologically important crustacean species on European coastlines. Palaemon serratus is also an economically relevant resource, since it is considered a prized delicacy in European markets. This PhD thesis aims to contribute to the understanding of the population and reproductive biology of P. elegans and P. serratus by investigating the underlying genetics. Firstly, a phylogeographic analysis was carried out in P. elegans using twenty-one newly developed microsatellite loci. A Mediterranean sympatric cryptic species was revealed, while genetic differentiation was detected in P. elegans sensu stricto across the Atlantic-Mediterranean transition area, with the Almería-Orán Front as biogeographical barrier. Secondly, seven Palaemon mitochondrial genomes, including those of P. elegans and P. serratus, were described and used to conduct phylogenetic analyses. The cryptic species within P. elegans was confirmed, and the Messinian Salinity Crisis was disclosed as its origin. Furthermore, we proposed that the Atlantic and Mediterranean lineages of P. serratus could actually be two separated species. Finally, a gonadal reference transcriptome of P. serratus was de novo assembled and annotated. The first findings on sex-related genes were reported, providing new insights into the sexual development of this commercial species. [Resumen] El camarón de roca Palaemon elegans y el camarón común P. serratus son crustáceos ecológicamente importantes en las costas europeas. Palaemon serratus es también económicamente importante al considerarse una apreciada delicia en los mercados europeos. Esta tesis doctoral pretende ampliar el conocimiento de la biología poblacional y reproductiva de P. elegans y P. serratus investigando diferentes aspectos de la genética subyacente. En primer lugar, se realizó un análisis filogeográfico en P. elegans con veintiún marcadores microsatélite nuevamente desarrollados. Se encontró una especie críptica y mediterránea, así como diferenciación genética en P. elegans sensu stricto a través de la transición Atlántico-Mediterráneo, con el Frente Almería-Orán como barrera biogeográfica. En segundo lugar, se describieron siete genomas mitocondriales de Palaemon, incluyendo los de P. elegans y P. serratus, con los que se realizaron análisis filogenéticos. Se confirmó la especie críptica de P. elegans y se determinó su origen en la Crisis Salina del Messiniense. Además, se propuso que los linajes atlántico y mediterráneo de P. serratus son realmente dos especies. Finalmente, se analizó de novo el transcriptoma gonadal de P. serratus, aportándose los primeros hallazgos sobre genes relacionados con el sexo y proporcionando nueva información sobre el desarrollo sexual de esta especie comercial. [Resumo] O camarón de roca Palaemon elegans e o camarón común P. serratus son crustáceos ecoloxicamente importantes nas costas europeas. Palaemon serratus é tamén economicamente importante ao considerarse unha prezada delicia nos mercados europeos. Esta tese de doutoramento pretende ampliar o coñecemento da bioloxía poboacional e reprodutiva de P. elegans e P. serratus investigando diferentes aspectos da xenética subxacente. En primeiro lugar, realizouse unha análise filoxeográfica en P. elegans con vinte e un marcadores microsatélite novamente desenvolvidos. Atopouse unha especie críptica mediterránea e simpátrica, así como diferenciación xenética en P. elegans sensu stricto a través da transición Atlántico-Mediterráneo, coa Fronte Almería-Orán coma barreira bioxeográfica. En segundo lugar, describíronse sete xenomas mitocondriais de Palaemon, incluídos os de P. elegans e P. serratus, e leváronse a cabo análises filoxenéticas empregándoos. Confirmouse a especie críptica de P. elegans e a súa orixe fixouse na Crise Salina do Messiniense. Ademais propúxose que as liñaxes atlántica e mediterránea de P. serratus sexan realmente dúas especies distintas. Finalmente, analizouse de novo o transcriptoma das gónadas de P. serratus, proporcionando os primeiros achados de xenes relacionados co sexo e ampliando a información sobre o desenvolvemento sexual desta especie comercial.

Programa Oficial de Doutoramento DO*MAR Marine Science, Technology and Management . 564V01 [Abstract] The spiny spider crab Maja brachydactyla is a decapod of high commercial interest. Despite the large number of studies conducted on this species, genetic research is still scarce. This doctoral thesis was focused on studying genetic aspects of the biology of M. brachydactyla relevant for a sustainable exploitation of stocks. As these studies require high-quality DNA, the first step consisted of performing methodological improvements of DNA extraction process, from choosing an adequate starting tissue to selecting the most effective protocol, both for adults and eggs. These improvements for DNA extraction facilitated the analysis of nuclear and mitochondrial markers. The analysis of microsatellites revealed multipaternity, although the prevalence differed between populations with different exploitation levels, probably due to the selective fishing focused on large males promoted by some fishing regulations. The analysis of mitochondrial genes disclosed heteroplasmy, likely caused by hybridisation with the congeneric species Maja squinado. Multipaternity and heteroplasmy, together with the high connectivity of the stocks, are probably responsible for the typical sperm limitation and genetic diversity loss of highly exploited populations not being detectable in this crab yet. However, if intense fishing continues, spider crab stocks will reach an unbridgeable bottleneck. For this reason, it is urgent to review the management measures that promotes male-selective fishing in M. brachydactyla. [Resumen] La centolla Maja brachydactyla es un decápodo de gran interés comercial. A pesar de los múltiples trabajos realizados sobre esta especie, los estudios genéticos son todavía escasos. Esta tesis doctoral se centró en el estudio de aspectos genéticos de la biología de M. brachydactyla relevantes para una explotación sostenible de los stocks. Dado que estos estudios requieren ADN de alta calidad, el primer paso consistió en realizar mejoras metodológicas en el proceso de extracción de ADN, desde la elección de un tejido inicial adecuado hasta la selección del protocolo más eficaz, tanto para adultos como para huevos. Estas mejoras para la extracción de ADN facilitaron el análisis de marcadores nucleares y mitocondriales. El análisis de microsatélites reveló multipaternidad, aunque la prevalencia varió entre poblaciones con diferentes grados de explotación, probablemente debido a la pesca selectiva de machos grandes promovida por algunas normas de regulación pesquera. El análisis de genes mitocondriales reveló heteroplasmia, posiblemente causada por la hibridación con la especie congénere Maja squinado. La multipaternidad y la heteroplasmia, junto con la alta conectividad de los stocks, son probablemente la causa de que la limitación de esperma y la pérdida de diversidad genética típicas de las poblaciones explotadas todavía no sean detectables en centolla. Sin embargo, si este intenso grado de explotación continúa, los stocks alcanzarán un cuello de botella insalvable. Por esta razón, es urgente revisar las medidas de gestión que promueven la pesca selectiva de machos en M. brachydactyla. [Resumo] A centola Maja brachydactyla é un decápodo de grande interese comercial. A pesar dos múltiples estudos realizados nesta especie, os estudos xenéticos son aínda escasos. Esta tese de doutoramento centrouse no estudo de aspectos xenéticos da bioloxía de M. brachydactyla relevantes para unha explotación sostible dos stocks. Dado que estes estudos requiren ADN de alta calidade, o primeiro paso consistiu en realizar melloras metodolóxicas do proceso de extracción de ADN, desde a elección dun tecido inicial adecuado ata a selección do protocolo máis eficaz, tanto para adultos como para ovos. Estas melloras para a extracción de ADN facilitaron a análise de marcadores nucleares e mitocondriais. A análise de microsatélites revelou multipaternidade, aínda que a prevalencia variou entre poboacións con distinto grao de explotación, probablemente debido á pesca selectiva de machos grandes promovida por algunhas normas de regulación pesqueira. A análise de xenes mitocondriais revelou heteroplasmia, posiblemente causada pola hibridación coa especie conxénere Maja squinado. A multipaternidade e a heteroplasmia, xunto coa elevada conectividade dos stocks, son probablemente a causa de que a limitación de esperma e a perda de diversidade xenética típica de poboacións explotadas aínda non sexan detectables en centola. Non obstante, se este elevado grao de explotación continúa, os stocks chegarán a un pescozo de botella insslvable. Por este motivo, é urxente revisar as medidas de xestión que promoven a pesca selectiva de machos en M. brachydactyla.

[Resumen] El ácido desoxirribonucleico o ADN es el contenedor de las instrucciones con las que nuestros organismos se guían durante nuestra etapa evolutiva como seres vivos. Desde finales de siglo XX, los expertos utilizan el ensayo del cometa para estudiar el daño producido en el ADN. Su estudio es importante porque proporciona información de qué agentes físicos y químicos externos pueden deteriorar su estructura. El ensayo del cometa se hizo rápidamente popular porque es sencillo, económico y accesible. Un equipo de biólogos de la Universidade da Coruña está realizando un estudio sobre el daño presente en el ADN de células espermáticas de centollo empleando el ensayo del cometa. Del ensayo obtienen imágenes microscópicas que necesitan analizar para obtener resultados cuantitativos. Para ello emplean herramientas automatizadas que segmentan el ADN en las imágenes y computan las métricas necesarias. No obstante, las herramientas gratuitas para el análisis de imágenes del ensayo no procesan adecuadamente sus imágenes mientras que las herramientas comerciales son costosas. Este proyecto consiste en el desarrollo de una herramienta que cubra sus necesidades. La solución propuesta se basa en la detección y segmentación del ADN en las imágenes mediante el uso de algoritmos automáticos de procesado de imagen por medio del estudio del histograma de las imágenes y la integración de dicha metodología en una herramienta que permite además la segmentación manual de las imágenes de forma simple y eficaz. [Abstract] Since the end of the 20th century, experts worldwide have been widely using the comet assay to study the damage caused to the DNA. Its analysis is relevant because it can reveal what physical and chemical agents have induced deterioration in its structure. The comet assay became popular due to its simplicity, affordability and accessibility. A team of biologists from the University of A Coruña is studying the damage on spider crab spermatic cells DNA using the comet assay. From the assay they obtain microscopic images that need further analysis to retrieve quantitative results. However, available free tools have not been able to process successfully their images and the commercial tools are too expensive. This project involves the development of a tool to fulfill their needs. The solution consists of image processing algorithms to detect and segment the DNA structures through the study of the image histogram which are integrated in a tool that allows the manual segmentation of the images in a simply and effective way. Traballo fin de grao (UDC.FIC). Enxeñaría informática. Curso 2019/2020

Background The common littoral shrimp Palaemon serratus is an economically important decapod resource in some European communities. Aquaculture practices prevent the genetic deterioration of wild stocks caused by overfishing and at the same time enhance the production. The biotechnological manipulation of sex-related genes has the proved potential to improve the aquaculture production but the scarcity of genomic data about P. serratus hinders these applications. RNA-Seq analysis has been performed on ovary and testis samples to generate a reference gonadal transcriptome. Differential expression analyses were conducted between three ovary and three testis samples sequenced by Illumina HiSeq 4000 PE100 to reveal sex-related genes with sex-biased or sex-specific expression patterns. Results A total of 224.5 and 281.1 million paired-end reads were produced from ovary and testis samples, respectively. De novo assembly of ovary and testis trimmed reads yielded a transcriptome with 39,186 transcripts. The 29.57% of the transcriptome retrieved at least one annotation and 11,087 differentially expressed genes (DEGs) were detected between ovary and testis replicates. Six thousand two hundred seven genes were up-regulated in ovaries meanwhile 4880 genes were up-regulated in testes. Candidate genes to be involved in sexual development and gonadal development processes were retrieved from the transcriptome. These sex-related genes were discussed taking into account whether they were up-regulated in ovary, up-regulated in testis or not differentially expressed between gonads and in the framework of previous findings in other crustacean species. Conclusions This is the first transcriptome analysis of P. serratus gonads using RNA-Seq technology. Interesting findings about sex-related genes from an evolutionary perspective (such as Dmrt1) and for putative future aquaculture applications (Iag or vitellogenesis genes) are reported here. We provide a valuable dataset that will facilitate further research into the reproductive biology of this shrimp.

[Resumen]: La diversidad en la apariencia humana responde principalmente a la gran cantidad de caracteres morfológicos externos que presentamos como especie. Estos, a su vez, van a depender de su expresión genética que está condicionada por los factores ambientales, el carácter, etc. En este trabajo estudiaremos dos en concreto, el ratio 2D:4D (diferencia de longitud entre el dedo índice y el dedo anular de cada mano) y del ratio 1D:2D (diferencia de tamaño entre el primer dedo del pie y el segundo). Se compararán estos ratios de las cuatro extremidades de nuestro cuerpo en dos poblaciones: la primera muestreada al azar y formada por 30 individuos, donde compararemos cada ratio en función del sexo, de la tendencia a ser zurdo o diestro y en función de cada lado del cuerpo; la segunda conformada por una familia con tres generaciones donde analizaremos como influyen los mismos rasgos que en la anterior. Los resultados reflejan que no existen diferencias significativas entre los miembros izquierdo y derecho a partir de los individuos analizados. Además también se comprueba que no existe una asociación entre los ratios estudiados y las variables con las que se comparaban. [Resumo]: A diversidade na aparencia humana responde principalmente á gran cantidade de caracteres morfolóxicos externos que presentamos como especie. Estes, á súa vez, dependen da súa expresión xenética, condicionada por factores ambientais, o carácter, etc. Neste traballo estudaranse dous en concreto, o ratio 2D:4D (diferenza de lonxitude entre o dedo índice e o dedo anular de cada man) e o ratio 1D:2D (diferenza de tamaño entre o primeiro dedo do pé e o segundo). Compararanse estes ratios das catro extremidades do noso corpo en dúas poboacións: a primeira mostreada ó azar formada por 30 individuos, nela analizaranse cada ratio en función do sexo, da tendencia a ser zurdo ou destro e en función de cada lado do corpo; a segunda fórmana una familia con tres xeracións onde estudaremos a influencia dos mesmos rasgos comentados anteriormente. Os nosos resultados reflicten que non existen diferenzas significativas entre os membros esquerdo e dereito a partires dos individuos analizados. Ademais conclúese que non existe una asociación entre os ratios estudados e as variables coas que se comparaban. [Abstract]: There are a lot of external morphological human characters which differentiate us from each other. These will depend on their genetic expression that is conditioned by environmental factors, character, etc. In this work we study two in particular, the 2D:4D ratio (difference in length between the index finger and the ring finger of each hand) and the 1D: 2D ratio (size difference between the first toe and the second toe). These four ratios will be compared in two populations: the first randomly sampled and formed by 30 individuals, where we will compare each ratio according to sex, the tendency to be left or right handed and depending on each side of the body; the second one consist in a three generation family where we will analyze this traits as in the previous one. The results reflect that there are no significant differences between the left members and the right based on the analyzed individuals. In addition, it is also verified that there is no association between the ratios studied and the variables with which they were compared. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2018/2019

[Resumen]: La diversidad en la apariencia humana responde principalmente a la gran cantidad de caracteres morfológicos externos que presentamos como especie. Estos, a su vez, van a depender de su expresión genética que está condicionada por los factores ambientales, el carácter, etc. En este trabajo estudiaremos dos en concreto, el ratio 2D:4D (diferencia de longitud entre el dedo índice y el dedo anular de cada mano) y del ratio 1D:2D (diferencia de tamaño entre el primer dedo del pie y el segundo). Se compararán estos ratios de las cuatro extremidades de nuestro cuerpo en dos poblaciones: la primera muestreada al azar y formada por 30 individuos, donde compararemos cada ratio en función del sexo, de la tendencia a ser zurdo o diestro y en función de cada lado del cuerpo; la segunda conformada por una familia con tres generaciones donde analizaremos como influyen los mismos rasgos que en la anterior. Los resultados reflejan que no existen diferencias significativas entre los miembros izquierdo y derecho a partir de los individuos analizados. Además también se comprueba que no existe una asociación entre los ratios estudiados y las variables con las que se comparaban. [Resumo]: A diversidade na aparencia humana responde principalmente á gran cantidade de caracteres morfolóxicos externos que presentamos como especie. Estes, á súa vez, dependen da súa expresión xenética, condicionada por factores ambientais, o carácter, etc. Neste traballo estudaranse dous en concreto, o ratio 2D:4D (diferenza de lonxitude entre o dedo índice e o dedo anular de cada man) e o ratio 1D:2D (diferenza de tamaño entre o primeiro dedo do pé e o segundo). Compararanse estes ratios das catro extremidades do noso corpo en dúas poboacións: a primeira mostreada ó azar formada por 30 individuos, nela analizaranse cada ratio en función do sexo, da tendencia a ser zurdo ou destro e en función de cada lado do corpo; a segunda fórmana una familia con tres xeracións onde estudaremos a influencia dos mesmos rasgos comentados anteriormente. Os nosos resultados reflicten que non existen diferenzas significativas entre os membros esquerdo e dereito a partires dos individuos analizados. Ademais conclúese que non existe una asociación entre os ratios estudados e as variables coas que se comparaban. [Abstract]: There are a lot of external morphological human characters which differentiate us from each other. These will depend on their genetic expression that is conditioned by environmental factors, character, etc. In this work we study two in particular, the 2D:4D ratio (difference in length between the index finger and the ring finger of each hand) and the 1D: 2D ratio (size difference between the first toe and the second toe). These four ratios will be compared in two populations: the first randomly sampled and formed by 30 individuals, where we will compare each ratio according to sex, the tendency to be left or right handed and depending on each side of the body; the second one consist in a three generation family where we will analyze this traits as in the previous one. The results reflect that there are no significant differences between the left members and the right based on the analyzed individuals. In addition, it is also verified that there is no association between the ratios studied and the variables with which they were compared. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2018/2019

[Resumen] Las enfermedades transmitidas por garrapatas (Ixodidae) son globalmente importantes, porque representan un riesgo para los animales domésticos y salvajes. El ganado se ve afectado por este tipo de enfermedades, ya que se encuentra libremente en los sitios con buena vegetación, lo que predetermina su papel de hospedadores para las garrapatas como vectores de enfermedades producidas por parásitos intracelulares. Nuestro estudio no confirma los conocimientos previos de que hay prevalencia de las enfermedades Anaplasma phagocytophilum y Babesia spp. en el ganado, esto se puede deber al número reducido de muestras analizadas. La distribución y número de garrapatas está afectado por varios factores bióticos y abióticos, entre ellos destacamos el factor climático, ya que el clima en los países de interés se ha cambiado en los últimos años. La muestra positiva a Theileria annulata o Theileria orientalis procede de la ganadería en Vranov nad Topľou (Eslovaquia). La enfermedad teileriasis producida por estos patógenos es transmitida por garrapatas. La vaca infectada no presentaba ninguno de los síntomas de la enfermedad, lo que se debe a que los animales fuertes y sanos pueden presentar la enfermedad crónica sin demostrar los síntomas típicos. Por esto, la enfermedad se puede transmitir a otros animales de una población por las garrapatas sin saberlo. La enfermedad, si presenta un riesgo para los animales débiles, estresados o con inmunidad baja y puede producir así la epidemia de enfermedad o pérdidas económicas debido a las muertes innecesarias. El estudio quiere señalar la importancia de controlar las enfermedades transmitidas por garrapatas y las garrapatas en el medio ambiente que presentan una amenaza para los animales, pero también para el ser humano. [Abstract] The diseases transmitted by ticks (Ixodidae) are globally important because they represent a risk for domestic and wild animals. Livestock is affected by this type of diseases, since it is found freely in sites with good vegetation, which predetermines its role as hosts for ticks as vectors of diseases produced by intracellular parasites. Our study does not confirm previous knowledge that there is a prevalence of Anaplasma phagocytophilum and Babesia spp. in cattle, which may be due to the reduced number of samples analyzed. The distribution and number of ticks are affected by several biotic and abiotic factors, among them we highlight the climatic factor, since the climate in the countries of interest has changed in recent years. The positive sample of Theileria annulata or Theileria orientalis comes from livestock in Vranov nad Topľou (Slovakia). The disease theileriasis produced by these pathogens is transmitted by ticks. The infected cow did not show any of the symptoms of the disease, which is due to the fact that strong and healthy animals can present the chronic disease without demonstrating the typical symptoms. Because of this, the disease can be transmitted to other animals in a population by ticks without knowing it. The disease does present a risk for weak, stressed or low immunity animals and thus produce epidemic of disease or economic losses due to unnecessary deaths. The study wants to point out the importance of controlling the diseases transmitted by ticks and ticks in the environment that pose a threat to animals, but also to humans. [Zhrnutie] Choroby prenášané kliešťami (Ixodidae) sú celosvetovo dôležité, pretože predstavujú riziko pre domáce a voľne žijúce zvieratá. Dobytok je postihnutý týmito ochoreniami, pretože sa nachádza voľne na miestach s dobrou vegetáciou, ktorá predurčuje ich úlohu byť hostiteľmi kliešťov ako vektorov chorôb spôsobených intracelulárnymi parazitmi. Naša štúdia nepotvrdzuje predchádzajúce vedomosti, že prevláda infekcia s Anaplasma phagocytophilum a Babesia spp. u hovädzieho dobytka, čo môže byť spôsobené nízkym počtom analyzovaných vzoriek. Distribúcia a počet kliešťov ovplyvňujú viaceré biotické a abiotické faktory, medzi ktorými upozorňujeme na klimatický faktor, pretože v posledných rokoch došlo k zmene podnebia v týchto krajinách. Pozitívna vzorka Theileria annulata alebo Theileria orientalis pochádza z hospodárskych zvierat z Vranova nad Topľou (Slovensko). Ochorenie teileriáza produkované týmito patogénmi sa prenáša kliešťami. Infikovaná krava nevykazovala žiadny zo symptómov ochorenia, čo je spôsobené tým, že silné a zdravé zvieratá môžu byť chronicky nakazené bez toho, aby preukazovali typické príznaky. Z tohto dôvodu môže choroba prenášaná kliešťami na iné zvieratá v populácii ostať bez povšimnutia. Ochorenie predstavuje riziko pre zvieratá, ktoré sú slabé, stresované alebo majú zníženú imunitu, čo môže spôsobiť epidémiu chorôb alebo ekonomické straty v dôsledku zbytočných úmrtí zvierat. Štúdia chce poukázať na dôležitosť kontroly chorôb prenášaných kliešťami a kliešťov vo voľnej prírode, ktoré predstavujú hrozbu pre zvieratá, ale aj pre ľudí. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2017/2018

[Resumen]: En el presente TFG, los primers P2/P8 propuestos por Griffiths et al. (1998) se han utilizado para tratar de sexar muestras de mosquitero ibérico (Phylloscopus ibericus). Se han encontrado una serie de dificultades motivadas por la antigüedad de algunas de las muestras. Una vez superadas, aparecen nuevos problemas derivados del uso de los primers anteriormente mencionados combinados con el uso de gel de agarosa. Para tratar de aportar luz se toman una serie de muestras de aves domésticas, entre ellas de gallinas de la variedad Brahma (Gallus gallus domesticus) y faisán común (Phasianus colchicus), y se tratan de sexar, obteniendo los mismos resultados. Finalmente, tras una búsqueda bibliográfica se llega a la causa, que no es otra que el uso de primers que aportan muy poca diferencia entre las secuencias amplificadas. [Abstract]: In the present TFG, the P2/P8 primers proposed by Griffiths et al. (1998) have been used to treat to determine the sex of iberian chiffchaff samples (Phylloscopus ibericus). A series of difficulties have been found due to the age of some of the samples. Once overcome, new problems arise from the use of the previously mentioned primers combined with the use of the agarose gel. In order to shed some light on, a series of samples of domestic birds, hens of the Brahma variety (Gallus gallus domesticus) and common pheasant (Phasianus colchicus) are taken and tried to determine sex, obtaining the same results. Finally, after a bibliographic search, the cause is reached, which is nothing else than the use of primers that provide very little difference between the amplified sequences. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2017/2018

Programa Oficial de Doutoramento en Bioloxía Celular e Molecular . 5004V01 [Abstract] In this PhD thesis, different genetic studies were carried out in two marine species of the genus Palaemon Weber, 1795 (Crustacea, Decapoda): the common littoral prawn Palaemon serratus (Pennant, 1777) and the rockpool prawn Palaemon elegans Rathke, 1837. Both their European distribution and morphological similarity make them interesting candidate species for developing population and cytogenetic analyses, complementing phylogenetic studies in order to clarify the evolution of the genus Palaemon. Furthermore, given the commercial relevance of P. serratus, this thesis aims to contribute to the effective management and traceability of this natural resource. Firstly, we applied cytogenetic analyses based on conventional staining, banding techniques and fluorescence in situ hybridisation to identify and characterise these two prawn species. The results obtained from this study revealed a high degree of diversity in chromosome number, karyotype and sex determination system, ranging from the putative absence of heteromorphic sex chromosomes to the multiple chromosome system X1X1X2X2/X1X2Y. Afterwards, we carried out a phylogeographic analysis of P. serratus to test intraspecific genetic diversity and geographic structure. A pronounced genetic differentiation was detected between Mediterranean and Atlantic populations and an uncommon phylogeographic boundary was unveiled. Finally, we developed a species-specific PCR-assay as a traceability tool for authentication of P. serratus and other four economically important prawn species. [Resumen] En la presente tesis doctoral se han realizado diversos estudios genéticos en dos especies europeas de camarón pertenecientes al género Palaemon Weber, 1795 (Crustacea, Decapoda): el camarón común P. serratus (Pennant, 1777) y el camarón de roca P. elegans Rathke, 1837. Su distribución europea y su similitud morfológica, las convierten en interesantes candidatas para desarrollar análisis de poblaciones y citogenéticos que complementen los estudios filogenéticos existentes y ayuden a clarificar la evolución del género Palaemon. Además, debido a la importancia comercial de P. serratus, esta tesis pretende contribuir a la gestión y conservación efectiva de este recurso natural, así como a su trazabilidad. En primer lugar, se emplearon técnicas citogenéticas basadas en tinciones convencionales, técnicas de bandeo e hibridaciones in situ fluorescente para identificar y caracterizar estas dos especies de camarón. Los resultados obtenidos revelaron disparidad en el número cromosómico diploide, cariotipo y sistema de determinación sexual de las dos especies estudiadas, variando desde la supuesta ausencia de cromosomas sexuales heteromórficos hasta el sistema múltiple de determinación sexual X1X1X2X2/X1X2Y. En segundo lugar, se realizó un análisis filogeográfico en P. serratus para evaluar la diversidad genética intraespecífica así como su estructura poblacional. Se detectó una pronunciada diferenciación genética entre las poblaciones atlántica y mediterránea que revelaron la existencia de una barrera filogeográfica poco frecuente. Finalmente, se desarrolló un método especie-específico basado en la PCR como herramienta de trazabilidad alimentaria para la autentificación de P. serratus y otras cuatro especies de langostinos y gambas de interés comercial. [Resumo] Na presente tese de doutoramento realizáronse diversos estudos xenéticos en dúas especies europeas de camarón pertencentes ao xénero Palaemon Weber, 1795 (Crustacea, Decapoda): o camarón común P. serratus (Pennant, 1777) e o camarón de roca P. elegans Rathke, 1837. A súa distribución europea e a súa similitude morfolóxica, converten estas dúas especies en interesantes candidatas para desenvolver análises citoxenéticas e de poboacións que complementen os estudos filoxenéticos existentes e que axuden a clarificar a evolución do xénero Palaemon. Ademais, debido á importancia comercial de P. serratus, esta tese pretende contribuir á xestión e conservación efectiva deste recurso natural, así como á súa trazabilidade. En primeiro lugar, empregáronse técnicas citoxenéticas baseadas en tincións convencionais, técnicas de bandeo e hibridacións in situ fluorescentes para identificar e caracterizar as devanditas especies de camarón. Os resultados obtidos revelaron disparidade no número cromosómico diploide, cariotipo e sistema de determinación sexual das dúas especies estudadas, variando dende a suposta ausencia de cromosomas sexuais heteromórficos ata o sistema múltiple de determinación sexual X1X1X2X2/X1X2Y. En segundo lugar, realizouse unha análise filoxeográfica en P. serratus para avaliar a diversidade xenética intraespecífica así como a súa estrutura poboacional. Detectouse unha pronunciada diferenciación xenética entre as poboacións atlántica e mediterránea que revelaron entre elas unha barreira filoxeográfica pouco frecuente. Finalmente, desenvolveuse un método especie-específico baseado na PCR como ferramenta de trazabilidade alimentaria para a autentificación de P. serratus e outras catro especies de lagostinos e gambas de interese comercial.

Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2016/2017 [Resumen] La introducción de especies alóctonas puede causar un impacto considerable tanto en los ecosistemas, produciendo entre otros perdidas de biodiversidad y variaciones en las estructuras de las comunidades. Además de los daños económicos resultado de dicha introducción. Debido a la abundancia estudiaremos el pez de agua dulce Gobio lozanoi un endemismo de la península ibérica que tiene carácter de introducido en las cuenca hidrográfica del bajo Miño.Mediante el análisis de microsatélites y de DNA mitocondrial se averiguará el origen de las comunidades presentes en la cuenca mencionada para poder así cortar las vías de entrada de la especie. [Resumo] A introdución de especies alóctonas pode causar un impacto considerabel nos ecosistemas, producindo entre outras perdas na biodiversidade e variacións nas estructuras das comunidades. Ademáis dos danos económicos resultado de dita introducción. Por mor da súa abundancia imos estudar o peixe de auga doce Gobio lozanoi un endemismo da península ibérica que ten caracter de introducido na conca hidrográfica do baixo Miño. A través da analise de microsatélites e do DNA mitocondrial averiguarase a orixe das comunidades presentes na zona mencioada para así poder cortar as vías de entrada da especie. [Abstract] The introduction of alien species can have a significant impact on ecosystems mostly resulting in loss of biodiversity and variations in community structures. Otherwise the economic damages resulting from such introduction can be problematic. Due to the abundance we will study the freshwater fish Gobio lozanoi an endemism of the Iberian peninsula that has character of introduced in the watershed of the lowest Miño. Through the analysis of microsatellites and mitochondrial DNA, the origin of the communities present in the basin will be investigated in order to cut off the entrance ways of them.

[Resumo] Os percebes do xénero Pollicipes son crustáceos mariños de vida sésil que habitan costas rochosas expostas a fortes mareas e ondas nas zonas costeiras occidentais de Europa, África e América. En base a diferenzas morfolóxicas do pedúnculo describíronse dous fenotipos: percebes de sol e de sombra. Os resultados obtidos permitiron reconstruír filoxenias nesta familia en base a marcadores mitocondriais (16S ADNr e COI) e nucleares (18S-28S ADNr e EF1α) que mostraron topoloxías discrepantes debido ás diferentes forzas evolutivas ás que se atopa sometido cada marcador. Os datos estruturais obtidos nas rexións ITS1, 5.8S e ITS2 permitiron identificar a orixe monofilética de certos taxones así como establecer os patróns de pregamento de ditas rexións no subfilo Crustacea. Os marcadores microsatélites optimizados permitiron comprobar a existencia de panmixis entre as poboacións dos percebes P. pollicipes nas costas atlánticas e elaborar un modelo loxístico para determinar a súa posible orixe xeográfica. Os estudios de expresión xénica permitiron validar a utilidade dos xenes de referencia albumina, HSP70, HSP90, actina, β-actina e histona H3 para este tipo de estudios e detectar diferenzas significativas entre certos xenes relacionados coa integridade e musculatura do pedúnculo entre os dous fenotipos do percebe., [Resumen] Los percebes del género Pollicipes son crustáceos marinos de vida sésil que habitan costas rocosas expuestas a fuertes mareas y oleajes en las zonas costeras occidentales de Europa, África y América. En base a diferencias morfológicas del pedúnculo se han descrito dos fenotipos: percebes de sol y de sombra. Los resultados obtenidos permitieron reconstruir filogenias en esta familia en base a marcadores mitocondriales (16S ADNr y COI) y nucleares (18S-28S ADNr y EF1α) que mostraron topologías discrepantes debido a las diferentes fuerzas evolutivas a las que se encuentra sometido cada marcador. Los datos estructurales obtenidos en las regiones ITS1, 5.8S e ITS2 permitieron identificar el origen monofilético de ciertos taxones así como establecer los patrones de plegamiento de dichas regiones en el subfilo Crustacea. Los marcadores microsatélites optimizados permitieron comprobar la existencia de panmixis entre las poblaciones de los percebes P. pollicipes en las costas atlánticas y elaborar un modelo logístico para determinar su posible origen geográfico. Los estudios de expresión génica permitieron validar la utilidad de los genes de referencia albúmina, HSP70, HSP90, actina, β-actina e histona H3 para este tipo de estudios y detectar diferencias significativas entre ciertos genes relacionados con la integridad y musculatura del pedúnculo entre los dos fenotipos de percebe., [Abstract] Barnacles from the genus Pollicipes are marine crustaceans of sessile lifestyle which inhabit rocky coasts exposed to string waves and tides in western coasts of Europe, Africa and America. Two phenotypes have been described based on morphological differences of the peduncle: sun barnacles and shadow barnacles. Obtained results let reconstruct phylogenies in this family using mitochondrial (16S rDNA and COI) and nuclear (18S-28S rDNA and EF1α) markers which showed discrepant topologies due to the different evolutionary forces which drive the molecular evolution of each marker. Structural data obtained from ITS1, 5.8S and ITS2 regions let identified the monophyletic origin of certain taxa, and establish the folding of these regions in subphylum Crustacea. Optimised microsatellite markers let corroborate the existence of panmixis between wild populations of P. pollicipes in Atlantic coasts and develop a logistic model to determine the geographical origin of these populations. Genic expression assays let validate the utility of the reference genes albumin, HSP70, HSP90, actin, β-actin and histone H3 in this kind of studies and detected significant differences between certain genes related to peduncular integrity and muscularity between both phenotypes.

[Resumn] Actualmente nos encontramos en una situación de colapso del planeta como resultado de la explotación descontrolada y desconsiderada de la naturaleza llevada a cabo en los últimos siglos. Concluimos asi la importancia de la renovación de las técnicas de explotación como puede ser el uso de organismos transgénicos que sean resistentes a enfermedades o que mejoren su productividad. Las técnicas actuales destinadas al control de plagas y enfermedades de las plantaciones como son el uso de biocidas tienen importantes efectos medioambientales tanto a nivel ecosistémicos como en la reducción de biodiversidad. Obras como La primavera silenciosa (1962) de Rachel Carson recogen por primera vez el temor de la sociedad occidental al uso de agroquímicos como pueden ser los DDT, DDD, PCBs, etc. Así queda patente la importancia del desenvolvimiento de nuevas técnicas que sean respetuosas con el medio como puede ser la utilización de plantaciones transgénicas, alternativa disponible en la actualidad para evitar que tanto alimento sea desechado y evitando grandes pérdidas económicas. Nuestro proyecto se centra en el uso de una patata transgénica de la variedad Desirée obtenida por Simon et al. 2009 resistente al mildiu o tizón tardío causado por Phytophora infentans, para su cultivo en el territorio gallego. Proponemos así una serie de experimentos que permitan demostrar a efectividad/ seguridad no uso de plantaciones transgénicas tanto para consumo humano como para la elaboración de los piensos destinados a la ganadería. [Resumo] Actualmente encontrámonos nunha situación de colapso do planeta como resultado da explotación descontrolada e desconsiderada da natureza levada a cabo nos últimos siglos. Concluímos así a importancia da renovación das técnicas de explotación como pode ser o uso de organismos transxénicos que sexan resistentes a enfermidades ou que melloren a súa produtividade. As técnicas actuais destinadas ó control de plagas e enfermidades das plantacións como son o uso de biocidas teñen importantes efectos medioambientais tanto a nivel ecosistémicos como na redución de biodiversidade. Obras como La primavera silenciosa (1962) de Rachel Carson recollen por primeira vez o temor da sociedad occidental ó uso de agroquímicos como poden ser os DDT, DDD, PCBs, ect. Así queda patente a importancia do desenvolvemento de novas técnicas que sexan respetuosas co medio como pode ser a utilización de plantacións transxénicas alternativa dispoñible na actualidade para evitar que tanto alimento sexa desechado e evitando grandes pérdidas económicas. O noso proxecto céntrase no uso dunha patata transxénica da variedade Desirée obtida por Simon et al. 2009 resistente ó mildiu ou tizón tardío causado por Phytophora infentans , para su cultivo no territorio gallego. Propoñemos así unha seríe de experimentos que permitan demostrar a efectividade/seguridade no uso de plantacións transxénicas tanto para consumo humano como para a elaboración dos pensos destinados á gandería. [Abstract] We are currently in a situation of collapse of the planet as a result of uncontrolled and reckless explotation of nature carried out last centuries. Then, we conclude with the importance of the renewal of explotation techniques as may be the use of transgenic organisms that are resistant to diseases or tthat are able to improve their productivity. Current techniques focused on the control of pests and diseases of plantations, such as biocides use, have significant environmental effects, both ecosystem levels and biodiversity reduction. Pieces like Silent Spring (1962), by Rachel Carson, manifest for the first time the fear of Western society about the chemicals use like DDT, DDD, PCBs, ect. So it is clear the importance of the development of new techniques that are respectful with the environment such as the use of alternative transgenic crops, currently available to prevent discards of amounts of food and, also, to avoid huge and important economic losses. Our project is focused on the use of a transgenic potato of Desirée variety, obtained by Simon et al. 2009, resistant to mildew which is caused by Phytophthora infentans, for its cultivation in Galicia. We propose a several experiments to demonstrate the efective/safe use of transgenic crops for both human consumption and the production of feed for cattle Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2015/2016

[Resumen] El camarón Palaemon elegans es un crustáceo decápodo distribuido a lo largo de toda la costa europea y caracterizado por su capacidad de adaptación a condiciones ambientales extremadamente variables. El amplio nicho ecológico y la reciente expansión geográfica de esta especie determinan que sea considerada como una especie importante dentro de la fauna litoral europea. En este trabajo se estudia la estructura y la diversidad genética de las poblaciones de P. elegans empleando marcadores moleculares mitocondriales y nucleares. Los resultados obtenidos revelan la compleja filogeografía de esta especie, determinada por su historia evolutiva y la existencia actual de barreras al flujo génico entre las diferentes poblaciones. Asimismo, se detectó una elevada diversidad genética en todas las localidades analizadas, con la excepción de aquellas en las que esta especie ha sido introducida por acción humana y en las que ha adquirido un carácter invasor. Finalmente, se desarrollaron y caracterizaron marcadores microsatélite por primera vez en esta especie de camarón, proporcionándose así nuevas herramientas moleculares que permitirán profundizar en la genética de poblaciones de esta especie, entre otras posibles aplicaciones de interés. [Abstract] Shrimp Palaemon elegans is a decapod crustacean distributed along the entire European coast. This species is characterized by its ability to adapt to highly variable enviromental conditions. Due to its broad ecological niche and recent geographic expansion, this shrimp species is considered an important species in European coastal fauna. Genetic structure and genetic diversity of P. elegans populations were studied in this work using mitochondrial and nuclear molecular markers. The obtained results show a complex phylogeography in P. elegans, determined by its evolutionary history and the current existence of barriers to gene flow between different populations. High genetic diversity was detected in most of the analyzed locations. Locations where P. elegans has been introduced by human action show low genetic diversity, acquiring this species an invasive behavior. Finally, microsatellite markers were developed and characterized for the first time in this shrimp species. New molecular tools, provided by this work, will allow to go into detail about population genetics of this species, among other possible applications of interest. Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía molecular, celular e xenética. Curso 2015/2016

[Resumen:] El pulpo es una de las especies de cefalópodo con más interés comercial. Así en la costa gallega las lonjas nos muestran que durante el 2015 se han extraido 1.769.660,19Kg de pulpo, lo que supone un total de 10.211.476,29€. En base a esto, el objetivo fundamental del proyecto es obtener más información sobre la posibilidad de criar pulpos en cautividad, de cara a una mayor producción en un futuro próximo. Realizaremos varias pruebas que nos mostrarán el efecto de factores como la densidad de población y la alimentación en el crecimiento de los individuos. Veremos también si recreando las condiciones ambientales de invierno y verano los pulpos se desarrollan igual en cautividad. Realizaremos también un análisis bioquímico comparativo entre los individuos salvajes y los individuos en cautividad y estudiaremos la expresión de los genes de estrés con la realización de q-PCRs. [Resumo:] O polbo é unha das especies de cefalópodos con máis interese comercial. Así, na costa de Galicia mercados de peixe mostran que en 2015 foron extraídos 1.769.660,19Kg de polbo, representando un total de 10.211.476,29 €. Con base niso, o obxectivo fundamental do proxecto é para aprender máis sobre a posibilidade de aumentar o polbo en catividade, de cara a unha maior produción no futuro próximo. Imos facer varias probas que amosará o efecto de factores tales como alimentación ou densidade poboacional no crecemento dos individuos. Tamén veremos se recreando as condicións ambientais de inverno e verán se desenvolven do mesmo xeito os polbos en catividade. Faremos unha análise bioquímica comparativa entre os individuos salvaxes e os individuos en catividade e estudaremos a expresión de xenes de estrés coa realización de Q-PCRs. [Abstract:] The octopus is an cephalopod species with more commercial interests. So on the Galician coast fish markets show that during 2015 have been extracted 1.769.660,19Kg octopus, representing a total of 10.211.476,29 €. Based on this, the fundamental objective of the project is to obtain more information about the possibility of raising octopus in captivity, facing higher production in the near future. We will make several tests that will show the effect of factors such as population density and the food in the growth of individuals. We will also see if recreating the environmental conditions of winter and summer alike develop octopuses in captivity. We will also make a comparative biochemical analysis between wild individuals and individuals in captivity and study the expression of stress genes with conducting some q-PCRs. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2015/2016

[Resumen] En este trabajo se llevan a cabo tres tipos de análisis en cinco de los genes mitocondriales presentes en las especies y subespecies del género Panthera. Se realizó un primer análisis de sesgo de codones para averiguar si hay preferencia por unos codones sinónimos específicos. Un segundo análisis para saber las diferencias sinónimas y no sinónimas entre las especies, que es un indicativo de la importancia de la deriva genética y la selección natural a la evolución de estos genes en este género. Y por último un análisis filogenético de las especies que permite dar una idea general de los mecanismos de divergencia de la especies de este género. [Resumo] Neste traballo lévanse a cabo tres tipos de análises en cinco xens mitocondriais presentes nas especies e subespecies do xénero Panthera. Unha primeira análise do sesgo de codons para averiguar se hai preferencia por uns codons sinónimos específicos. Unha segunda análise para coñecer as diferenzas sinónimas e non sinónimas entre as especies, que é un indicativo da importancia da deriva xenética e da seleción natural na evolución destes xens deste xénero. E por último unha análise filoxenética das especies que permite dar unha idea xeral dos mecanismos de diverxencia nas especies deste xénero. [Abstract] In this work three types of analysis are taken in five mitochondrials genes of the species and two subespecies of genus Panthera. The first analysis is a codon bias usage in order to find out if some synonymous codons are preferred. The second analysis in order to know the synonymous and non synonymous substitutions between the species, which shows the importance of genetic drift and natural selection in the evolution of these genes in that genus. Finally a phylogenetic analysis among the species which give us a general idea of the divergence mechanism of the species in that genus. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2015/2016

Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Bioloxía mariña. Curso 2014/2015

[Resumen] El erizo de mar común Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816) es la especie diana de la pesquería de erizo en Europa. A pesar de que esta especie alcanza su máxima abundancia en las costas gallegas, la sobreexplotación de los bancos está conduciendo a su colapso. Actualmente se están estudiando estrategias para la acuicultura y la recuperación de poblaciones naturales del erizo de mar común. Análisis genéticos en esta especie, como el desarrollo de marcadores cromosómicos o estudios filogeográficos, pueden proporcionar herramientas útiles para una gestión comercial sostenible. Este trabajo avanza en la caracterización citogenética de P. lividus a la vez que estudia la optimización de protocolos para la obtención de metafases, a partir de tejidos adultos y embrionarios, y la herencia del DNA mitocondrial. Los resultados obtenidos revelan que la dotación diploide en P. lividus es 2n = 36 así como la existencia de dos loci rDNA 18S-5.8S-28S, la presencia de repeticiones de la secuencia telomérica (TTAGGG)n en los telómeros de todos los cromosomas y la herencia uniparental materna de las mitocondrias. Este trabajo puede considerarse un buen punto de partida para la mejora de protocolos destinados a la obtención de metafases de calidad en la clase Echinoidea. Asimismo, los datos proporcionados permiten incrementar el conocimiento actual de la evolución cromosómica de los equinodermos, un grupo escasamente estudiado a nivel citogenético a día de hoy. [Abstract] The common sea urchin Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816) is the target species of European sea urchin fishery. Although this species reaches its maximun richness in the Galician coasts, the overexploitation of sea urchin stocks is leading to its collapse. Nowadays, strategies for aquaculture and the recoveringof natural populations for the common sea urchin are being studied. Genetic analysis in this species, as development of chromosome markers or phylogeographic studies, can provide helpful tools for sustainable commercial management. This work goes into detail about cytogenetic characterization of P. lividus. It also studiesthe optimization of protocols for obtaining metaphases, from both adult and embryonic tissues. Finally, the mitochondrial DNA inheritance has been verified. The results reveal that diploid number is2n = 36 as well as the existance of two rDNA 18S-5.8S-28S loci, the presence of telomeric sequence (TTAGGG)n repeats in each chromosome telomeres and the maternal uniparental inheritance of mitochondria. This work can be considered a good starting point for improving cytogenetic protocols for Echinoidea class. At the same time, data provided allow to increase the current knowledge of echinoderms chromosome evolution, a poorly cytogenetically studied group until now. Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2014/2015

Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía

Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía

Traballo fin de mestrado (UDC.CIE). Biotecnoloxía avanzada. Curso 2011/2012

[Resumen] Se realiza un análisis poblacional, mediante marcadores RAPDs (Random Amplified Polymorphic DNA), de la estructura genética de 12 poblaciones de mejillón pertenecientes al género Mytilus, procedentes de diferentes lugares geográficos. Este trabajo constituye el primer ensayo, aplicando este tipo de marcador molecular, en un número tan elevado de poblaciones de mejillón. Los resultados obtenidos reflejan, en base al análisis de 32 loci polimórficos, la existencia de una elevada variabilidad genética, tanto intrapoblacional como intraespecífica y, como consecuencia, revelan el establecimiento de una estructura genética definida. Por otra parte, se ha detectado la existencia de una estructura panmíctica a nivel de las 3 localidades gallegas de M.galloprovincialis, así como un flujo genético restringido entre las poblaciones europeas de mejillón, probablemente relacionado con la existencia de barreras genéticas a lo largo de la costa Oeste de Europa. El conjunto de análisis realizados, que incluyen componentes princiaples, análisis de la varianza molecular, estimadores de distancia, índices de fijación y diferentes topologías, también reveló la posible presencia de individuos híbridos M.edulis-M.trossulus en la población de Isle of Man, así como la posible influencia humana en el establecimiento del flujo genético. El análisis de las especies japonesas que cohabitan la Bahía de Otsuchi (M.galloprovincialis y M.coruscus) reveló una mayor proximidad de éstas a M.californianus que a culaquier otra forma de mejillón. Asimismo, se han desarrollado marcadores, diagnóstico que permiten identificar inequívocamente determinadas especies de mejillón de interés comercial con el fin de evitar posibles fraudes, lo cual, desde el punto de vista de su aplicación industrial, resulta de un elevado interés. En este sentido se ha desarrollado un marcador que permite identificar stocks de poblaciones de M.galloprovincia