The order Harpacticoida (Copepoda) is composed of microcrustaceans, generally benthic, with wide distribution, and can be found even in deep-sea regions. In these environments, the presence of undersea canyons that present peculiar characteristics that influence the benthic communities is common. The present work aimed to study the occurrence and spatio-temporal distribution of the harpacticoid community in two submarine canyons on the continental margin of Sergipe, Brazil, relating them to environmental variables. The biotic and abiotic samples came from two oceanographic campaigns carried out in March/April (SED3) and October/November (SED4) 2013, through the project “Environmental Characterization of the Sergipe-Alagoas Basin” (MARSEAL), coordinated by PETROBRAS/ CENPES, on the Sergipe continental slope, in the regions of the São Francisco (C) and Japaratuba (E) canyons, at depths of 400, 700, 1,000, 1,300, 1,900 and 3,000 m. At each station, the sediment samples were collected in triplicate, with the aid of a box corer to carry out the physicochemical and biological analyses. The samples for the study of the fauna were cut into strata of 0-2 and 2-5 cm. In the laboratory, the samples were washed in 300 μm sieves and all retained material was sorted under a stereomicroscope and then identified under an optical microscope. As a result, 40 new occurrences were registered for the continental margin of Sergipe, being 27 of these taxa, new records for the Brazilian coast. The Harpacticoida community was composed of 87 species, 45 genera and 18 families. Argestidae, Pseudotachidiidae, Ameiridae, Aegisthidae and Ectinosomatidae were the most abundant families. Of the 2.968 specimens identified in both canyons, the taxa with the highest total abundance were: Sarsameira sp.1, Pseudotachidius spp., Argestes mollis, Cervinia bradyi, Bradya spp., Anoplosomella sp., Pseudotachidius coronatus, Dactylopusia sp., Keraia longiseta and Bradya scotti. The presence of harpacticoids was significantly more abundant in the 0-2 cm superficial stratum (ANOVA, F=69.40, p=3.44e10), confirming existing records in the literature. Considering the sum of the strata, it was observed that the ecological descriptors of the harpacticoids did not vary significantly between the months sampled. Multivariate permutation analysis detected a significant difference in the composition of the harpacticoid community between the two canyons (PERMANOVA, F=24.31, p=0.001). The São Francisco canyon was represented by 616 adult harpacticoid copepods distributed in 59 taxa, 19 of which were not registered in Japaratuba. In the Japaratuba canyon, 2.352 individuals distributed in 81 taxa were identified, however 41 of these did not occur in the São Francisco canyon region. The abundance, richness and diversity index of harpacticoids were higher at intermediate depths when compared to shallower and deeper regions. Depth, temperature and total carbonate were the environmental variables that most influenced the structuring of the harpacticoid community in both canyons. A ordem Harpacticoida (Copepoda) é composta por microcrustáceos, geralmente bentônicos, de ampla distribuição, podendo ser encontrados inclusive em regiões de mar profundo. Nesses ambientes, é comum a presença de cânions submarinos que apresentam características peculiares que influenciam as comunidades bentônicas. O presente estudo teve como objetivo estudar a ocorrência e a distribuição espaço-temporal da comunidade de harpacticóides em dois cânions submarinos na margem continental de Sergipe, Brasil, relacionando-as com as variáveis ambientais. As amostras bióticas e abióticas foram provenientes de duas campanhas oceanográficas realizadas em março/abril (SED3) e outubro/novembro (SED4) de 2013, através do projeto “Caracterização Ambiental da Bacia de Sergipe-Alagoas”(MARSEAL), coordenado pela PETROBRAS/CENPES, no talude continental de Sergipe, nas regiões dos cânions São Francisco (C) e Japaratuba (E), em profundidades de 400, 700, 1.000, 1.300, 1.900 e 3.000 m. Em cada estação, as amostras de sedimentos foram coletadas em triplicata, com o auxílio de um box corer para a realização das análises físico-químicas e biológicas. As amostras destinadas ao estudo da fauna foram recortadas em estratos de 0-2 e 2-5 cm. No laboratório, as amostras foram lavadas em peneiras de 300 μm e todo o material retido foi triado sob microscópio-estereoscópio e, em seguida, identificado sob microscópio ótico. Como resultados, foram registradas 40 novas ocorrências para margem continental de Sergipe, sendo 27 destes táxons, novos registros para costa brasileira. A comunidade de Harpacticoida foi composta por 87 espécies, 45 gêneros e 18 famílias. Argestidae, Pseudotachidiidae, Ameiridae, Aegisthidae e Ectinosomatidae foram as famílias mais abundantes. Dos 2.968 exemplares identificados em ambos os cânions, os táxons que apresentaram maior abundância total foram: Sarsameira sp.1, Pseudotachidius spp., Argestes mollis, Cervinia bradyi, Bradya spp., Anoplosomella sp., Pseudotachidius coronatus, Dactylopusia sp., Keraia longiseta e Bradya scotti. A presença dos harpacticóides foi significativamente mais abundante no estrato superficial de 0-2 cm (ANOVA, F=69,40, p=3,44e-10), confirmando os registros já existentes na literatura. Considerado a soma dos estratos, observou-se que os descritores ecológicos dos harpacticóides não variaram significativamente entre os meses amostrados. A análise multivariada de permutação detectou diferença significativa na composição da comunidade de harpacticóides entre os dois cânions (PERMANOVA, F=24,31, p=0,001). O cânion São Francisco foi representado por 616 copépodes harpacticóides adultos distribuídos em 59 táxons, sendo que 19 destes, não foram registrados no Japaratuba. No cânion Japaratuba, foram identificados 2.352 indivíduos distribuídos em 81 táxons, contudo 41 destes, não ocorreram na região do cânion São Francisco. A abundância, riqueza e índice de diversidade dos harpacticóides se mostraram mais elevados em profundidades intermediárias quando comparada a regiões mais rasas e profundas. A profundidade, a temperatura e o carbonato total foram as variáveis ambientais que mais influenciaram na estruturação da comunidade de harpacticóide em ambos os cânions. São Cristóvão, SE