Sencio, Valentin, Barthelemy, Adeline, Tavares, Luciana, Machado, Marina, Soulard, Daphnée, Cuinat, Céline, Queiroz-Junior, Celso Martins, Noordine, Marie-Louise, Salomé-Desnoulez, Sophie, Deryuter, Lucie, Foligné, Benoit, Wahl, Céline, FRISCH, Benoit, Vieira, Angelica, Paget, Christophe, Milligan, Graeme, Ulven, Trond, Wolowczuk, Isabelle, Faveeuw, Christelle, Le Goffic, Ronan, Thomas, Muriel, Ferreira, Stéphanie, Teixeira, Mauro, Trottein, François, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Instituto de Ciencias Biologicas [Minas Gerais], Universidade Federal de Minas Gerais [Belo Horizonte] (UFMG), Université Paris-Saclay, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lille Inflammation Research International Center (LIRIC), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Genoscreen [Lille], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de chimie bioorganique (LCB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Translational Pharmacology [Glasgow, Scotland, UK] (Institute of Molecular, Cell and Systems Biology), University of Glasgow, Department of Pharmacology [Copenhagen, Denmark], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), This work was supported in part by INSERM, CNRS, University of Lille, Pasteur Institute of Lille, re´ gion des Hauts-de-France, state of Minais Gerais/FAPEMIG (Franco-Brazilian call 2014-2015, FLUMICROBIOT, to F.T. and M.T.), Innovation Fund Denmark (grant 0603-00452B to T.U.), the Biotechnology and Biosciences Research Council (grant BB/S000453/1 to G.M.), and Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-17-CE15-0020-01, ACROBAT, to F.T.). V.S. and A.B. received salary support (PhD fellowship) from Lille University and the Fondation pour la Recherche Me´ dicale (V.S.), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 (INFINITE (Ex-Liric)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-17-CE15-0020,ACROBAT,Rôle de l'axe poumon/intestin/moelle osseuse et du microbiote au cours de la grippe(2017), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Lille Inflammation Research International Center - U 995 (LIRIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Institut Pasteur de Lille, Université de Strasbourg (UNISTRA), Innovation Fund Denmark: grant 0603-00452, UK Research & Innovation (UKRI) Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC): BB/S000453/1, Lille University, Fondation pour la Recherche Médicale, Région des Hauts-de-France, INSERM, CNRS, State of Minais Gerais/FAPEMIG (Franco-Brazilian call 2014-2015, FLUMICROBIOT), TROTTEIN, François, and Rôle de l'axe poumon/intestin/moelle osseuse et du microbiote au cours de la grippe - - ACROBAT2017 - ANR-17-CE15-0020 - AAPG2017 - VALID