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Additional file 1: Figure S1. Histogram of gene ontology classification for all mapped genes. Figure S2. Histogram of genes COG classification for all mapped genes. Figure S3. Overview of DEGs in three pairwise comparisons for cacao cell bioreactors under light treatments. Figure S4. Cluster analysis of DEGs in cacao cell bioreactor under light treatments and significant KEGG enrichment listed for each cluster (p-value

Additional file 1: Fig S1. Thin-layer chromatography plaques photographs. Fig S2. Cultures Photographs. Fig. S3. Photomicrographs of B. braunii cells in DIC and fluorescence.

Four basidiomycete fungi, Agaricus blazei Murrill (Agaricomycetideae), Ganoderma lucidum (W.Curt.: Fr.) P. Karst., Grifola frondosa (Dicks.: Fr.) S.F. Gray (Higher Basidiomycetes), and Pleurotus pulmonarius (Fr.) Quél. (Agaricomycetideae) were evaluated using three conservation methods for 12 months, recording their viability in order to establish the best conservation method. Growth kinetics, biomass, and polysaccharide production were studied. The conservation methods implemented included: distilled water at 24 °C; sawdust and rice bran with 10% glycerol at -20 °C; sawdust and rice bran with 10% glycerol at -80 °C; and freeze-drying of biomass with trehalose or skimmed milk. After conducting the analysis of the results after 12 months of conservation, we determined that the distilled water treatment at 24 °C was the best conservation method with the highest percentage of recoverability, at 83.3% during the 12th month, followed by the cryoconservation treatment at 80 °C, where 75% were recovered with no negative effects on biomass and polysaccharide production. The -20 °C and freeze-drying treatments were not effective; with cryoconservation at -20 °C treatment, strain recovery only occurred during the first month and with freeze-drying it was not possible to recover any strains during the entire 12-month period evaluated. Cuatro hongos basidiomycetes, Agaricus blazei Murrill (Agaricomycetideae), Ganoderma lucidum (W.Curt.: Fr.) P. Karst. y Grifola frondosa (Dicks.: Fr.) S.F. Gray (Higher Basidiomycetes), y Pleurotus pulmonarius (Fr.) Quél. (Agaricomycetideae) fueron evaluados bajo tres métodos de conservación durante 12 meses, observando su viabilidad con el fin de establecer el mejor método de conservación. La cinética de crecimiento, producción de biomasa y polisacáridos fueron estudiados. Los métodos de conservación implementados incluyeron: agua destilada a 24 °C; aserrín y salvado de arroz con glicerol 10% a -20 °C; aserrín y salvado de arroz con glicerol 10% a -80 °C y; liofilización de biomasa con trehalosa o leche desnatada. Luego de realizar el análisis de los resultados de 12 meses de conservación, se determinó que el tratamiento de agua destilada a 24 °C fue el mejor método de conservación con el porcentaje de recuperabilidad más alto un 83,3% en el mes 12, seguido por el tratamiento de crioconservación a - 80 °C donde se recuperó el 75%, sin afectar negativamente la producción de biomasa y polisacáridos. El tratamiento a -20 °C y la liofilización no fueron efectivos; con la crioconservación a -20 °C solo se recuperaron cepas en el primer mes y con la liofilización no fue posible recuperar cepas en el período de 12 meses evaluado.

Choibá (Dipteryx oleifera Benth) es un árbol de la familia Fabaceae (Papilionoideae), con una distribución geográfica reportada desde Nicaragua hasta Colombia a una altura de hasta 1000 msnm. Crece en bosque húmedo, muy húmedo o premontano húmedo. Esta especie es considerada vulnerable debido a la sobreexplotación de su madera, ya que es un árbol altamente apetecido por esta y por sus frutos. Su almendra almacena una buena cantidad de aceites con potencial para la industria alimentaria, lo que podría resultar en una nueva fuente alimenticia, por lo cual el cultivo in vitro de vegetales con el propósito de producir compuestos de interés, marca un punto de partida para reducir el uso del suelo y lograr componentes bioactivos bajo condiciones controladas. En este trabajo, como una primera etapa experimental, se evaluó el crecimiento celular en suspensiones, a partir de callo inducido en explantes de cotiledón; se ensayaron 6 tratamientos diferentes, la mitad de estos con MS como medio basal y la otra mitad con B5, cada uno de los dos grupos con un control y la combinación hormonal de 2.5 mg/L de 2,4-D y 1 mg/L de BAP o kinetina, suplementado con adenina, biotina, glutamina y ácido pantoténico y 30 g/L de sacarosa, bajo completa oscuridad. Se encontró que dos tratamientos con MS en combinación con 2.5 mg/L de 2,4-D y 1 mg/L de kinetina o BAP fueron los mejores. Choibá (Dipteryx olifera) is a tree of the Fabaceae family, with a geographical distribution reported from Nicaragua to Colombia, nearly 1.000 msnm in a tropical rain forest. This species is a highly desired tree for its timber and fruits, the kernel store a lot of important oils for the food industry, resulting in a new possible food source, so we are making in vitro cultivation of vegetables with the purpose of producing compounds of interest and that mark a starting point on the reduction of land use and it achieves bioactive components under controlled conditions. In this work, as a first experimental step was evaluated the tissue cell growth in suspension, using fragments of cotyledon and testing 6 different treatments, the half of those with MS as basal medium and the other half with B5, each of the two groups with one control and hormone combination of 2.5 mg/L 2,4-D and 1 mg/L BAP or kinetin, supplemented with adenine, biotin, pantothenic acid and glutamine and 30 g l sucrose under complete darkness. It was found that two treatments with MS in combination with 2.5 mg/L 2,4-D and 1 mg/L kinetin or BAP were the best.

Grifola frondosa es un hongo Basidiomycete comestible y medicinal que produce polisacáridos tipo glucanos (β-1,6 y β-1,3) con actividad antitumoral e inmunomoduladora. Para el presente trabajo, el objetivo fue evaluar la incidencia de diferentes fuentes de carbono (FC) en la producción de biomasa y exopolisacáridos (EPS), bajo condiciones de cultivo sumergido, utilizando un diseño estadístico factorial con dos factores: fuente de carbono (FC(1-7)) y medio (MB y MS). La máxima producción de biomasa micelial (21,10 ± 0,82) g/l y la máxima producción de EPS (6,53 ± 0,14) g/l se logró utilizando el medio MB suplementado con FC4.dos (EPS), bajo condiciones de cultivo sumergido, utilizando un diseño estadístico factorial con dos factores: fuente de carbono (FC(1-7)) y medio (MB y MS). La máxima producción de biomasa micelial (21,10 ± 0,82) g/l y la máxima producción de EPS (6,53 ± 0,14) g/l se logró utilizando el medio MB suplementado con FC4.Abstract: Grifola frondosa is a Basidiomycete fungus edible and medicinal, it produces polysaccharides such a glucans (β-1,6 and β-1,3) with anti-tumor and inmuno-stimulating activity. For this work, the aim was evaluate the incidence of different carbon sources (FC) in biomass and exo-polymer (EPS) production, under submerged culture conditions, by using a factorial statistical design with two factors: carbon source (FC(1-7)) and medium (MB and MS). The maximal yield of mycelial biomass (21,10 ± 0,82) g/l and the maximal yield in EPS (6,53 ± 0,14) g/l was achieved by using the MB medium supplemented with FC4. Besides, it was possible to develop a medium that fulfills the objective of reducing costs from $18.455 to $656 Colombian pesos for each liter of medium used, which produces (14,14 ± 0,82) g/l of biomass and (5,16 ± 0,14) g/l of EPS, using the MS medium supplemented with FC4. This result opens new alternatives and possibilities in our country for developing products of this species with cost that can be reached by population. Grifola frondosa es un hongo Basidiomycete comestible y medicinal que produce polisacáridos tipo glucanos (β-1,6 y β-1,3) con actividad antitumoral e inmunomoduladora. Para el presente trabajo, el objetivo fue evaluar la incidencia de diferentes fuentes de carbono (FC) en la producción de biomasa y exopolisacáridos (EPS), bajo condiciones de cultivo sumergido, utilizando un diseño estadístico factorial con dos factores: fuente de carbono (FC(1-7)) y medio (MB y MS). La máxima producción de biomasa micelial (21,10 ± 0,82) g/l y la máxima producción de EPS (6,53 ± 0,14) g/l se logró utilizando el medio MB suplementado con FC4.dos (EPS), bajo condiciones de cultivo sumergido, utilizando un diseño estadístico factorial con dos factores: fuente de carbono (FC(1-7)) y medio (MB y MS). La máxima producción de biomasa micelial (21,10 ± 0,82) g/l y la máxima producción de EPS (6,53 ± 0,14) g/l se logró utilizando el medio MB suplementado con FC4.Abstract: Grifola frondosa is a Basidiomycete fungus edible and medicinal, it produces polysaccharides such a glucans (β-1,6 and β-1,3) with anti-tumor and inmuno-stimulating activity. For this work, the aim was evaluate the incidence of different carbon sources (FC) in biomass and exo-polymer (EPS) production, under submerged culture conditions, by using a factorial statistical design with two factors: carbon source (FC(1-7)) and medium (MB and MS). The maximal yield of mycelial biomass (21,10 ± 0,82) g/l and the maximal yield in EPS (6,53 ± 0,14) g/l was achieved by using the MB medium supplemented with FC4. Besides, it was possible to develop a medium that fulfills the objective of reducing costs from $18.455 to $656 Colombian pesos for each liter of medium used, which produces (14,14 ± 0,82) g/l of biomass and (5,16 ± 0,14) g/l of EPS, using the MS medium supplemented with FC4. This result opens new alternatives and possibilities in our country for developing products of this species with cost that can be reached by population.

Protocormos in vitro de Phalaenopsis de tres meses de edad se transfirieron a contenedores RITA® con el fin de propagarlos masivamente. Los factores evaluados fueron la concentración de sacarosa en el medio y la frecuencia de inmersión. Se dispusieron cinco pares de contenedores RITA® con medio de cultivo líquido a concentraciones de sacarosa de 0, 15, 30, 45 y 60 g/L. El medio utilizado fue el MS a la mitad de la concentración de las sales, suplementado con vitaminas y tidiazuron (5 mg/L). El experimento se realizó en dos etapas, cada una con duración de dos meses. La primera etapa con una frecuencia de inmersión de cuatro horas y la segunda con una frecuencia de inmersión de ocho horas, ambas con un tiempo de inmersión de un minuto. Los resultados mostraron que la mejor respuesta proliferativa, con 8,2 protocormos adventicios por protocormo por mes, se obtuvo en el medio con 15 g/L de sacarosa y un tiempo de inmersión de un minuto cada cuatro horas. Palabras clave: Phalaenopsis, protocormo, propagación in vitro, inmersión temporal, RITA. In order to massively propagate Phalaenopsis orchids, three months old in vitro protocorms were transferred to RITA® vessels. The evaluation factors were the sucrose concentration in the culture medium and the frequency immersion. There was a set of five pairs of RITA® vessels with liquid culture medium containing sucrose at 0,15, 30, 45, 60 g/L. A half-strength MS medium plus vitamins, supplemented with vitamins and thidiazuron (5 mg/L) was used. The experiment had two stages, each lasting two months. Each stage had a one minute immersion. The first stage had a four hour immersion frequency and the second one had an eight hour immersion frequency. Results showed that the best proliferating response was reached in a 15 g/L of sucrose medium with one minute of immersion time every four hours, resulting in 8,2 adventitious protocorms per protocorm per month. Key words: Phalaenopsis, protocorm, in vitro propagation, temporary immersion, RITA.