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Introduction: the present study evaluated the microbial contamination of gutta-percha cones proceeding from packages used clinically by endodontic specialists and general practitioners. Methods: two gutta-percha cones were selected from 30 original packages, already in clinical use, in dental clinics. The cones were transferred directly to test tubes containing thioglycolate broth and incubated at 37 °C for 21 days in aerobiosis. All tests were done in triplicate. Fractions proceeding from the tubes that presented turbidity were plated in CLED agar and Gram staining. Results: among the gutta-percha cone boxes tested, 9 (30%) showed bacterial contamination in the tested cones, 4 (13%) of those coming from general practitioners and 5 (17%) coming from specialists. There was no significant difference in the contamination of cones in relation to their origin (p>0,05). Conclusion: the results of the present study reinforce the need for both clinical dentists and endodontics specialists to implement a strict disinfection protocol before using gutta-percha cones, due to the frequency of contamination. RESUMEN. Introducción: el presente estudio consiste en una evaluación de la contaminación microbiana de los conos de gutapercha procedentes de paquetes usados clínicamente por odontólogos generales y endodoncistas. Métodos: se seleccionaron dos conos de gutapercha de cada uno de 30 paquetes que estaban siendo utilizados en clínica dental. Los conos fueron llevados a tubos que contenían caldo de tioglicolato e incubados a 37 °C durante 21 días en aerobiosis. Todas las pruebas se realizaron por triplicado. Los fragmentos procedentes de los tubos que presentaban turbidez fueron tratados con agar CLED y tinción de Gram. Resultados: de las cajas de conos de gutapercha evaluadas, 9 (30%) presentaron contaminación bacteriana en los conos evaluados, 4 (13%) de los cuales provenían de odontólogos y 5 (17%) de endodoncistas. No hubo ninguna diferencia significativa en cuanto a la contaminación de los conos con respecto a su origen (p > 0,05). Conclusión: los resultados del presente estudio resaltan la necesidad de que tanto odontólogos como especialistas en endodoncia implementen un estricto protocolo de desinfección antes de usar los conos de gutapercha, dado que las contaminaciones son frecuentes.