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Le rôle des protéines avec un motif TerD est depuis toujours insaisissable. La séquence en acides aminés qui correspond au motif TerD est répandue dans les génomes de plusieurs espèces bactériennes. Les recherches effectuées dans le cadre de ce doctorat avaient pour objectif d’identifier le rôle du gène tdd8 (SCO2368) qui code pour une protéine avec un motif TerD chez Streptomyces coelicolor. Sur la base d’une étude comparative du transcriptome de souches présentant une expression différentielle de tdd8, il a été possible de déterminer l’implication de tdd8 dans plusieurs systèmes de régulation. Les résultats obtenus ont permis d'établir que le niveau d’expression de tdd8 peut jouer un rôle dans le mécanisme de la différenciation morphologique et de la sporulation, dans le métabolisme de l’azote et dans l’équilibre redox. La protéine Tdd8 semble avoir un rôle dans divers processus cellulaires de par son implication dans l’homéostasie du calcium intracellulaire qui a été démontrée dans cette étude. Parmi les gènes qui semblent affectés par le taux d’expression de tdd8, ces recherches ont identifié un regroupement de gènes impliqués dans la réponse au stress redox. La plupart de ces gènes sont positionnés sur deux loci et leur expression implique un système de régulation analogue au régulon DosR retrouvé chez Mycobactérium tuberculosis. La croissance de la souche M145 de S. coelicolor en conditions de stress (hypoxie et présence d’oxyde nitrique) a permis de confirmer l’induction de ces gènes et des recherches bioinformatiques ont permis d’identifier un motif de liaison DosR dans les séquences qui précèdes la région codante de plusieurs gènes situés dans les deux loci identifiés. Les recherches ont également permis une meilleure caractérisation du métabolisme de l’azote et notamment une implication de tdd8 dans la régulation de ce métabolisme. Ces travaux s’inscrivent dans un processus de recherche fondamentale qui permet de mieux comprendre le rôle des protéines avec

This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event. The gene oyster-gonadal-TGFbeta-like, specifically expressed in the somatic cells of the gonad, could be involved in the differential reproductive investment observed between R and S lines. This hypothesis gives additional clue to study the implication of reproductive cost in the summer mortality phenomena. Genes will be studied by functional analyses and will also be mapped, in order to unravel their function and to identify their role in the mortality event., Ce travail a contribué au développement d'outils de génomique spécifiques à l'huître Crassostrea gigas et visait à identifier des déterminants moléculaires de la survie estivale chez cette espèce. Dans cette optique, un effort de séquençage a été réalisé, permettant l'obtention d'un total de 29745 unigènes, assemblées dans une base de données. 9058 d'entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADNc spécifique de C. gigas, servant de support à la comparaison transcriptomique des lignées d'huîtres Résistantes (R) et Sensibles (S) à la mortalité estivale. 34 gènes sont apparus différentiellement exprimés au cours de la période précédant les mortalités. Ces gènes sont notamment associés aux processus de reproduction et de stress oxydatif, soulignant le coût de la reproduction et l'importance de la défense anti-oxydante dans l'apparition d'une déficience immunitaire avant les mortalités. Parmi eux, le gène oyster-TGFbeta-like, exprimé spécifiquement dans les cellules somatiques de la gonade, pourrait être à l'origine des différences d'investissement reproducteur observées entre les lignées R et S. Cette hypothèse ouvre de nouvelles perspectives d'étude du coût de la reproduction dans les mortalités estivales. Ces gènes font l'objet d'analyses fonctionnelles et seront cartographiés afin de comprendre leur rôle chez l'huître et de déterminer leur implication dans les mortalités.

This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event. The gene oyster-gonadal-TGFbeta-like, specifically expressed in the somatic cells of the gonad, could be involved in the differential reproductive investment observed between R and S lines. This hypothesis gives additional clue to study the implication of reproductive cost in the summer mortality phenomena. Genes will be studied by functional analyses and will also be mapped, in order to unravel their function and to identify their role in the mortality event., Ce travail a contribué au développement d'outils de génomique spécifiques à l'huître Crassostrea gigas et visait à identifier des déterminants moléculaires de la survie estivale chez cette espèce. Dans cette optique, un effort de séquençage a été réalisé, permettant l'obtention d'un total de 29745 unigènes, assemblées dans une base de données. 9058 d'entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADNc spécifique de C. gigas, servant de support à la comparaison transcriptomique des lignées d'huîtres Résistantes (R) et Sensibles (S) à la mortalité estivale. 34 gènes sont apparus différentiellement exprimés au cours de la période précédant les mortalités. Ces gènes sont notamment associés aux processus de reproduction et de stress oxydatif, soulignant le coût de la reproduction et l'importance de la défense anti-oxydante dans l'apparition d'une déficience immunitaire avant les mortalités. Parmi eux, le gène oyster-TGFbeta-like, exprimé spécifiquement dans les cellules somatiques de la gonade, pourrait être à l'origine des différences d'investissement reproducteur observées entre les lignées R et S. Cette hypothèse ouvre de nouvelles perspectives d'étude du coût de la reproduction dans les mortalités estivales. Ces gènes font l'objet d'analyses fonctionnelles et seront cartographiés afin de comprendre leur rôle chez l'huître et de déterminer leur implication dans les mortalités.

This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event. The gene oyster-gonadal-TGFbeta-like, specifically expressed in the somatic cells of the gonad, could be involved in the differential reproductive investment observed between R and S lines. This hypothesis gives additional clue to study the implication of reproductive cost in the summer mortality phenomena. Genes will be studied by functional analyses and will also be mapped, in order to unravel their function and to identify their role in the mortality event., Ce travail a contribué au développement d'outils de génomique spécifiques à l'huître Crassostrea gigas et visait à identifier des déterminants moléculaires de la survie estivale chez cette espèce. Dans cette optique, un effort de séquençage a été réalisé, permettant l'obtention d'un total de 29745 unigènes, assemblées dans une base de données. 9058 d'entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADNc spécifique de C. gigas, servant de support à la comparaison transcriptomique des lignées d'huîtres Résistantes (R) et Sensibles (S) à la mortalité estivale. 34 gènes sont apparus différentiellement exprimés au cours de la période précédant les mortalités. Ces gènes sont notamment associés aux processus de reproduction et de stress oxydatif, soulignant le coût de la reproduction et l'importance de la défense anti-oxydante dans l'apparition d'une déficience immunitaire avant les mortalités. Parmi eux, le gène oyster-TGFbeta-like, exprimé spécifiquement dans les cellules somatiques de la gonade, pourrait être à l'origine des différences d'investissement reproducteur observées entre les lignées R et S. Cette hypothèse ouvre de nouvelles perspectives d'étude du coût de la reproduction dans les mortalités estivales. Ces gènes font l'objet d'analyses fonctionnelles et seront cartographiés afin de comprendre leur rôle chez l'huître et de déterminer leur implication dans les mortalités.

This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event. The gene oyster-gonadal-TGFbeta-like, specifically expressed in the somatic cells of the gonad, could be involved in the differential reproductive investment observed between R and S lines. This hypothesis gives additional clue to study the implication of reproductive cost in the summer mortality phenomena. Genes will be studied by functional analyses and will also be mapped, in order to unravel their function and to identify their role in the mortality event., Ce travail a contribué au développement d'outils de génomique spécifiques à l'huître Crassostrea gigas et visait à identifier des déterminants moléculaires de la survie estivale chez cette espèce. Dans cette optique, un effort de séquençage a été réalisé, permettant l'obtention d'un total de 29745 unigènes, assemblées dans une base de données. 9058 d'entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADNc spécifique de C. gigas, servant de support à la comparaison transcriptomique des lignées d'huîtres Résistantes (R) et Sensibles (S) à la mortalité estivale. 34 gènes sont apparus différentiellement exprimés au cours de la période précédant les mortalités. Ces gènes sont notamment associés aux processus de reproduction et de stress oxydatif, soulignant le coût de la reproduction et l'importance de la défense anti-oxydante dans l'apparition d'une déficience immunitaire avant les mortalités. Parmi eux, le gène oyster-TGFbeta-like, exprimé spécifiquement dans les cellules somatiques de la gonade, pourrait être à l'origine des différences d'investissement reproducteur observées entre les lignées R et S. Cette hypothèse ouvre de nouvelles perspectives d'étude du coût de la reproduction dans les mortalités estivales. Ces gènes font l'objet d'analyses fonctionnelles et seront cartographiés afin de comprendre leur rôle chez l'huître et de déterminer leur implication dans les mortalités.