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[ES] El resistoma ruminal está compuesto por todos los genes de resistencia antimicrobiana (ARG) presentes en los microorganismos que habitan en el rumen. La Organización Mundial de la Salud advirtió sobre el problema de los patógenos resistentes a antimicrobianos (AMR), ya que se prevé que para 2050 las bacterias multirresistentes dejarán 10 millones de víctimas al año, superando al cáncer como nuestro principal problema de salud. Entre las 1,461 enfermedades reconocidas en humanos, el 60% de ellas son causadas por patógenos de múltiples huéspedes capaces de moverse a través de especies. Aproximadamente el 75% de las enfermedades infecciosas recientemente detectadas han sido zoonóticas. Aquí radica la importancia de caracterizar el resistoma ruminal, ya que los ARG podrían saltar de las heces y la saliva tanto inter como intra-especies, llegando a los humanos por contacto directo, a través de la cadena alimentaria o diseminados en el medio ambiente (por ejemplo, estiércol). Un buen enfoque para reducir los riesgos de la aparición de AMR es comprender cómo aparecen, su relación con el huésped, cómo interactúan o cómo se transmiten a los humanos. Este es uno de los objetivos de la Iniciativa Una Única Salud (One Health Initiative) que busca la integración de la salud humana, animal y ambiental bajo el mismo marco. Esta tesis tiene como objetivo caracterizar el resistoma ruminal y determinar la la heredabilidad de la composición de este resistoma en el vacuno lechero. Para ello, el metagenoma ruminal de 472 vacas frisonas de 14 granjas comerciales españolas fue secuenciado usando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies. Después del control de calidad, las lecturas de ADN se analizaron con la herramienta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames y Puente-Sánchez, 2019), una pipeline para metagenómica, que alinea cada lectura con una base de datos de referencia de genes y proporcionando el número de copias de cada gen presente en la muestra. Implementamos una integ, [EN] The rumen resistome is the compound of all the antimicrobial resistance genes (ARGs) present in the microbes that inhabit the rumen. The World Health Organization (WHO) warned about the issue with antimicrobial resistant (AMRs) pathogens, as it is predicted that by 2050 multi-resistant bacteria will kill 10 million people per year, surpassing cancer as our main health concern. Among the 1,461 diseases recognised in humans, 60% of them are caused by multi- host pathogens capable of moving across species. And roughly 75% of the newly detected infective diseases over the last 30 years have been zoonotic. Here lies the importance of characterizing the rumen resistome, as ARGs could jump from faeces and saliva within and across species, arriving to humans via direct contact, through the food chain or disseminated in the environment (e.g. manure). A good approach to reduce the risks of the emergence of AMR is to understand how they appear, their relationship with the host, how they interact or how they are transmitted to humans. This is one of the goals of the One Health Initiative, which is the integration of human, animal and environmental health under the same framework. This thesis aims to contribute to this Initiative by characterizing the rumen resistome and estimating the host genetic control over thereof. The ruminal metagenome of 472 Friesian cows from 14 commercial Spanish farms were sequenced using the MinION device from Oxford Nanopore Technologies. After quality control, the DNA reads were analysed with the SQMreads tool from SqueezeMeta (Tamames and Puente-Sánchez, 2019), a pipeline for metagenomics. Aligning each read to a gene reference database and providing the number of copies of each gene present in the sample. We implemented a custom integration of the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The pipeline was implemented in the CESGA super-computing centre in Galicia. As a result, the 69 most prevalent ARGs were determined. The herita, [CA] El resistoma ruminal està compost per tots els gens de resistència antimicrobiana (ARG) presents en els microorganismes que habiten en el rumen. L'Organització Mundial de la Salut va advertir sobre el problema dels patògens resistents a antimicrobians (AMR), ja que es preveu que per a 2050 els bacteris multirresistentes deixaran 10 milions de matesal any, superant al càncer com el nostre principal problema de salut. Entre les 1,461 malalties reconegudes en humans, el 60% d'elles són causades per patògens de múltiples hostes capaços de moure's a través d'espècies. Aproximadament el 75% de les malalties infeccioses recentment detectades han sigut zoonóticas. Ací radica la importància de caracteritzar el resistoma ruminal, ja que els ARG podrien botar de les excrements i la saliva tant entre com intra espècies, arribant als humans per contacte directe, a través de la cadena alimentària o disseminats en el medi ambient (per exemple, fem) . Un bon enfocament per a reduir els riscos de l'aparició d'AMR és comprendre com apareixen, la seua relació amb l'hoste, com interactuen o com es transmeten als humans. Este és un dels objectius de la Iniciativa Una Única Salut (One Health Initiative) que busca la integració de la salut humana, animal i ambiental davall el mateix marc. El metagenoma ruminal de 472 vaques frisones de 14 granges comercials espanyoles va ser seqüenciat usant el dispositiu miniàs d'Oxford Nanopore Technologies. Després del control de qualitat, les lectures d'ADN es van analitzar amb la ferramenta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames i Puente-Sánchez, 2019), una pipeline per a metagenómica. Alineant cada lectura amb una base de dades de referència de gens i proporcionant el nombre de còpies de cada gen present en la mostra. Implementem una integració personalitzada de la Base de dades integral de resistència a antibiòtics (CARD). La pipeline es va implementar en el centre de supercomputació CESGA. Com resultat, es van determinar els 69 ARG més prevalents.

[ES] El resistoma ruminal está compuesto por todos los genes de resistencia antimicrobiana (ARG) presentes en los microorganismos que habitan en el rumen. La Organización Mundial de la Salud advirtió sobre el problema de los patógenos resistentes a antimicrobianos (AMR), ya que se prevé que para 2050 las bacterias multirresistentes dejarán 10 millones de víctimas al año, superando al cáncer como nuestro principal problema de salud. Entre las 1,461 enfermedades reconocidas en humanos, el 60% de ellas son causadas por patógenos de múltiples huéspedes capaces de moverse a través de especies. Aproximadamente el 75% de las enfermedades infecciosas recientemente detectadas han sido zoonóticas. Aquí radica la importancia de caracterizar el resistoma ruminal, ya que los ARG podrían saltar de las heces y la saliva tanto inter como intra-especies, llegando a los humanos por contacto directo, a través de la cadena alimentaria o diseminados en el medio ambiente (por ejemplo, estiércol). Un buen enfoque para reducir los riesgos de la aparición de AMR es comprender cómo aparecen, su relación con el huésped, cómo interactúan o cómo se transmiten a los humanos. Este es uno de los objetivos de la Iniciativa Una Única Salud (One Health Initiative) que busca la integración de la salud humana, animal y ambiental bajo el mismo marco. Esta tesis tiene como objetivo caracterizar el resistoma ruminal y determinar la la heredabilidad de la composición de este resistoma en el vacuno lechero. Para ello, el metagenoma ruminal de 472 vacas frisonas de 14 granjas comerciales españolas fue secuenciado usando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies. Después del control de calidad, las lecturas de ADN se analizaron con la herramienta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames y Puente-Sánchez, 2019), una pipeline para metagenómica, que alinea cada lectura con una base de datos de referencia de genes y proporcionando el número de copias de cada gen presente en la muestra. Implementamos una integ, [EN] The rumen resistome is the compound of all the antimicrobial resistance genes (ARGs) present in the microbes that inhabit the rumen. The World Health Organization (WHO) warned about the issue with antimicrobial resistant (AMRs) pathogens, as it is predicted that by 2050 multi-resistant bacteria will kill 10 million people per year, surpassing cancer as our main health concern. Among the 1,461 diseases recognised in humans, 60% of them are caused by multi- host pathogens capable of moving across species. And roughly 75% of the newly detected infective diseases over the last 30 years have been zoonotic. Here lies the importance of characterizing the rumen resistome, as ARGs could jump from faeces and saliva within and across species, arriving to humans via direct contact, through the food chain or disseminated in the environment (e.g. manure). A good approach to reduce the risks of the emergence of AMR is to understand how they appear, their relationship with the host, how they interact or how they are transmitted to humans. This is one of the goals of the One Health Initiative, which is the integration of human, animal and environmental health under the same framework. This thesis aims to contribute to this Initiative by characterizing the rumen resistome and estimating the host genetic control over thereof. The ruminal metagenome of 472 Friesian cows from 14 commercial Spanish farms were sequenced using the MinION device from Oxford Nanopore Technologies. After quality control, the DNA reads were analysed with the SQMreads tool from SqueezeMeta (Tamames and Puente-Sánchez, 2019), a pipeline for metagenomics. Aligning each read to a gene reference database and providing the number of copies of each gene present in the sample. We implemented a custom integration of the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The pipeline was implemented in the CESGA super-computing centre in Galicia. As a result, the 69 most prevalent ARGs were determined. The herita, [CA] El resistoma ruminal està compost per tots els gens de resistència antimicrobiana (ARG) presents en els microorganismes que habiten en el rumen. L'Organització Mundial de la Salut va advertir sobre el problema dels patògens resistents a antimicrobians (AMR), ja que es preveu que per a 2050 els bacteris multirresistentes deixaran 10 milions de matesal any, superant al càncer com el nostre principal problema de salut. Entre les 1,461 malalties reconegudes en humans, el 60% d'elles són causades per patògens de múltiples hostes capaços de moure's a través d'espècies. Aproximadament el 75% de les malalties infeccioses recentment detectades han sigut zoonóticas. Ací radica la importància de caracteritzar el resistoma ruminal, ja que els ARG podrien botar de les excrements i la saliva tant entre com intra espècies, arribant als humans per contacte directe, a través de la cadena alimentària o disseminats en el medi ambient (per exemple, fem) . Un bon enfocament per a reduir els riscos de l'aparició d'AMR és comprendre com apareixen, la seua relació amb l'hoste, com interactuen o com es transmeten als humans. Este és un dels objectius de la Iniciativa Una Única Salut (One Health Initiative) que busca la integració de la salut humana, animal i ambiental davall el mateix marc. El metagenoma ruminal de 472 vaques frisones de 14 granges comercials espanyoles va ser seqüenciat usant el dispositiu miniàs d'Oxford Nanopore Technologies. Després del control de qualitat, les lectures d'ADN es van analitzar amb la ferramenta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames i Puente-Sánchez, 2019), una pipeline per a metagenómica. Alineant cada lectura amb una base de dades de referència de gens i proporcionant el nombre de còpies de cada gen present en la mostra. Implementem una integració personalitzada de la Base de dades integral de resistència a antibiòtics (CARD). La pipeline es va implementar en el centre de supercomputació CESGA. Com resultat, es van determinar els 69 ARG més prevalents.

[ES] El resistoma ruminal está compuesto por todos los genes de resistencia antimicrobiana (ARG) presentes en los microorganismos que habitan en el rumen. La Organización Mundial de la Salud advirtió sobre el problema de los patógenos resistentes a antimicrobianos (AMR), ya que se prevé que para 2050 las bacterias multirresistentes dejarán 10 millones de víctimas al año, superando al cáncer como nuestro principal problema de salud. Entre las 1,461 enfermedades reconocidas en humanos, el 60% de ellas son causadas por patógenos de múltiples huéspedes capaces de moverse a través de especies. Aproximadamente el 75% de las enfermedades infecciosas recientemente detectadas han sido zoonóticas. Aquí radica la importancia de caracterizar el resistoma ruminal, ya que los ARG podrían saltar de las heces y la saliva tanto inter como intra-especies, llegando a los humanos por contacto directo, a través de la cadena alimentaria o diseminados en el medio ambiente (por ejemplo, estiércol). Un buen enfoque para reducir los riesgos de la aparición de AMR es comprender cómo aparecen, su relación con el huésped, cómo interactúan o cómo se transmiten a los humanos. Este es uno de los objetivos de la Iniciativa Una Única Salud (One Health Initiative) que busca la integración de la salud humana, animal y ambiental bajo el mismo marco. Esta tesis tiene como objetivo caracterizar el resistoma ruminal y determinar la la heredabilidad de la composición de este resistoma en el vacuno lechero. Para ello, el metagenoma ruminal de 472 vacas frisonas de 14 granjas comerciales españolas fue secuenciado usando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies. Después del control de calidad, las lecturas de ADN se analizaron con la herramienta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames y Puente-Sánchez, 2019), una pipeline para metagenómica, que alinea cada lectura con una base de datos de referencia de genes y proporcionando el número de copias de cada gen presente en la muestra. Implementamos una integ, [EN] The rumen resistome is the compound of all the antimicrobial resistance genes (ARGs) present in the microbes that inhabit the rumen. The World Health Organization (WHO) warned about the issue with antimicrobial resistant (AMRs) pathogens, as it is predicted that by 2050 multi-resistant bacteria will kill 10 million people per year, surpassing cancer as our main health concern. Among the 1,461 diseases recognised in humans, 60% of them are caused by multi- host pathogens capable of moving across species. And roughly 75% of the newly detected infective diseases over the last 30 years have been zoonotic. Here lies the importance of characterizing the rumen resistome, as ARGs could jump from faeces and saliva within and across species, arriving to humans via direct contact, through the food chain or disseminated in the environment (e.g. manure). A good approach to reduce the risks of the emergence of AMR is to understand how they appear, their relationship with the host, how they interact or how they are transmitted to humans. This is one of the goals of the One Health Initiative, which is the integration of human, animal and environmental health under the same framework. This thesis aims to contribute to this Initiative by characterizing the rumen resistome and estimating the host genetic control over thereof. The ruminal metagenome of 472 Friesian cows from 14 commercial Spanish farms were sequenced using the MinION device from Oxford Nanopore Technologies. After quality control, the DNA reads were analysed with the SQMreads tool from SqueezeMeta (Tamames and Puente-Sánchez, 2019), a pipeline for metagenomics. Aligning each read to a gene reference database and providing the number of copies of each gene present in the sample. We implemented a custom integration of the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The pipeline was implemented in the CESGA super-computing centre in Galicia. As a result, the 69 most prevalent ARGs were determined. The herita, [CA] El resistoma ruminal està compost per tots els gens de resistència antimicrobiana (ARG) presents en els microorganismes que habiten en el rumen. L'Organització Mundial de la Salut va advertir sobre el problema dels patògens resistents a antimicrobians (AMR), ja que es preveu que per a 2050 els bacteris multirresistentes deixaran 10 milions de matesal any, superant al càncer com el nostre principal problema de salut. Entre les 1,461 malalties reconegudes en humans, el 60% d'elles són causades per patògens de múltiples hostes capaços de moure's a través d'espècies. Aproximadament el 75% de les malalties infeccioses recentment detectades han sigut zoonóticas. Ací radica la importància de caracteritzar el resistoma ruminal, ja que els ARG podrien botar de les excrements i la saliva tant entre com intra espècies, arribant als humans per contacte directe, a través de la cadena alimentària o disseminats en el medi ambient (per exemple, fem) . Un bon enfocament per a reduir els riscos de l'aparició d'AMR és comprendre com apareixen, la seua relació amb l'hoste, com interactuen o com es transmeten als humans. Este és un dels objectius de la Iniciativa Una Única Salut (One Health Initiative) que busca la integració de la salut humana, animal i ambiental davall el mateix marc. El metagenoma ruminal de 472 vaques frisones de 14 granges comercials espanyoles va ser seqüenciat usant el dispositiu miniàs d'Oxford Nanopore Technologies. Després del control de qualitat, les lectures d'ADN es van analitzar amb la ferramenta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames i Puente-Sánchez, 2019), una pipeline per a metagenómica. Alineant cada lectura amb una base de dades de referència de gens i proporcionant el nombre de còpies de cada gen present en la mostra. Implementem una integració personalitzada de la Base de dades integral de resistència a antibiòtics (CARD). La pipeline es va implementar en el centre de supercomputació CESGA. Com resultat, es van determinar els 69 ARG més prevalents.

[ES] El resistoma ruminal está compuesto por todos los genes de resistencia antimicrobiana (ARG) presentes en los microorganismos que habitan en el rumen. La Organización Mundial de la Salud advirtió sobre el problema de los patógenos resistentes a antimicrobianos (AMR), ya que se prevé que para 2050 las bacterias multirresistentes dejarán 10 millones de víctimas al año, superando al cáncer como nuestro principal problema de salud. Entre las 1,461 enfermedades reconocidas en humanos, el 60% de ellas son causadas por patógenos de múltiples huéspedes capaces de moverse a través de especies. Aproximadamente el 75% de las enfermedades infecciosas recientemente detectadas han sido zoonóticas. Aquí radica la importancia de caracterizar el resistoma ruminal, ya que los ARG podrían saltar de las heces y la saliva tanto inter como intra-especies, llegando a los humanos por contacto directo, a través de la cadena alimentaria o diseminados en el medio ambiente (por ejemplo, estiércol). Un buen enfoque para reducir los riesgos de la aparición de AMR es comprender cómo aparecen, su relación con el huésped, cómo interactúan o cómo se transmiten a los humanos. Este es uno de los objetivos de la Iniciativa Una Única Salud (One Health Initiative) que busca la integración de la salud humana, animal y ambiental bajo el mismo marco. Esta tesis tiene como objetivo caracterizar el resistoma ruminal y determinar la la heredabilidad de la composición de este resistoma en el vacuno lechero. Para ello, el metagenoma ruminal de 472 vacas frisonas de 14 granjas comerciales españolas fue secuenciado usando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies. Después del control de calidad, las lecturas de ADN se analizaron con la herramienta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames y Puente-Sánchez, 2019), una pipeline para metagenómica, que alinea cada lectura con una base de datos de referencia de genes y proporcionando el número de copias de cada gen presente en la muestra. Implementamos una integ, [EN] The rumen resistome is the compound of all the antimicrobial resistance genes (ARGs) present in the microbes that inhabit the rumen. The World Health Organization (WHO) warned about the issue with antimicrobial resistant (AMRs) pathogens, as it is predicted that by 2050 multi-resistant bacteria will kill 10 million people per year, surpassing cancer as our main health concern. Among the 1,461 diseases recognised in humans, 60% of them are caused by multi- host pathogens capable of moving across species. And roughly 75% of the newly detected infective diseases over the last 30 years have been zoonotic. Here lies the importance of characterizing the rumen resistome, as ARGs could jump from faeces and saliva within and across species, arriving to humans via direct contact, through the food chain or disseminated in the environment (e.g. manure). A good approach to reduce the risks of the emergence of AMR is to understand how they appear, their relationship with the host, how they interact or how they are transmitted to humans. This is one of the goals of the One Health Initiative, which is the integration of human, animal and environmental health under the same framework. This thesis aims to contribute to this Initiative by characterizing the rumen resistome and estimating the host genetic control over thereof. The ruminal metagenome of 472 Friesian cows from 14 commercial Spanish farms were sequenced using the MinION device from Oxford Nanopore Technologies. After quality control, the DNA reads were analysed with the SQMreads tool from SqueezeMeta (Tamames and Puente-Sánchez, 2019), a pipeline for metagenomics. Aligning each read to a gene reference database and providing the number of copies of each gene present in the sample. We implemented a custom integration of the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The pipeline was implemented in the CESGA super-computing centre in Galicia. As a result, the 69 most prevalent ARGs were determined. The herita, [CA] El resistoma ruminal està compost per tots els gens de resistència antimicrobiana (ARG) presents en els microorganismes que habiten en el rumen. L'Organització Mundial de la Salut va advertir sobre el problema dels patògens resistents a antimicrobians (AMR), ja que es preveu que per a 2050 els bacteris multirresistentes deixaran 10 milions de matesal any, superant al càncer com el nostre principal problema de salut. Entre les 1,461 malalties reconegudes en humans, el 60% d'elles són causades per patògens de múltiples hostes capaços de moure's a través d'espècies. Aproximadament el 75% de les malalties infeccioses recentment detectades han sigut zoonóticas. Ací radica la importància de caracteritzar el resistoma ruminal, ja que els ARG podrien botar de les excrements i la saliva tant entre com intra espècies, arribant als humans per contacte directe, a través de la cadena alimentària o disseminats en el medi ambient (per exemple, fem) . Un bon enfocament per a reduir els riscos de l'aparició d'AMR és comprendre com apareixen, la seua relació amb l'hoste, com interactuen o com es transmeten als humans. Este és un dels objectius de la Iniciativa Una Única Salut (One Health Initiative) que busca la integració de la salut humana, animal i ambiental davall el mateix marc. El metagenoma ruminal de 472 vaques frisones de 14 granges comercials espanyoles va ser seqüenciat usant el dispositiu miniàs d'Oxford Nanopore Technologies. Després del control de qualitat, les lectures d'ADN es van analitzar amb la ferramenta SQMreads de SqueezeMeta (Tamames i Puente-Sánchez, 2019), una pipeline per a metagenómica. Alineant cada lectura amb una base de dades de referència de gens i proporcionant el nombre de còpies de cada gen present en la mostra. Implementem una integració personalitzada de la Base de dades integral de resistència a antibiòtics (CARD). La pipeline es va implementar en el centre de supercomputació CESGA. Com resultat, es van determinar els 69 ARG més prevalents.

Abrão F.O., Duarte E.R., Nigri A.C.A., Silva M.L.F., Ribeiro I.C.O., Silva K.L., Rosa C.A. & Rodriguez N.M. [Physicochemical and microbiological characterization and fungal population in the rumen contents of higid beef steers or wih ruminal acidosis.] Caracterização físico-química e microbiológica e população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos de corte hígidos ou com acidose ruminal. Revista Brasileira de Medicina Veterinária, 37(1):7-14, 2015. Instituto de Ciências Agrárias, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Universitária, 1000, Universitário, Montes Claros, MG 39404-006, Brasil. E-mail: duartevet@hotmail.com In cattle fed with diets without vegetable fibers the development of fungi and other microorganisms in the rumen environment can be altered. The objective of this study was to evaluate physicochemical, microbiological characteristics and fungal population in the rumen contents of steers raised on lignified pasture or in feedlot without forage. The experimental design was completely randomized, 50 steers were randomly bred in mature pasture and 20 steers fed without forage. Immediately after collection of ruminal fluid, its physicochemical characteristics were evaluated. Micromorphological examination, direct examination for the detection of strict anaerobes fungi and culture, quantification, identification of aerobic fungi were performed. On direct examination, anaerobic fungi of the rumen, monocentric and polycentric were detected in similar proportions (P> 0.05) for rumen fluid of steers raised in tropical pastures during the dry season. However, structures of these microorganisms were not identified for any of the samples obtained from steers fed without vegetal fiber. The average colony-forming units of aerobic fungi by mℓ of ruminal fluid from confined calves was significantly higher than that of animals raised on pasture (P <0.05). After microculture, the genus Aspergillus was the most frequently identified among the i, Em bovinos alimentados com dietas sem volumosos, pode-se alterar o desenvolvimento de fungos e outros microrganismos no ambiente ruminal. Objetivou-se, com o presente estudo avaliar as características físico-químicas, microbiológicas e a população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos alimentados com e sem forragem. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, sendo amostrados 50 novilhos criados em pastagens lignificadas e 20 novilhos alimentados somente com grãos. Imediatamente após a coleta, foram avaliadas características físico-químicas do fluido ruminal. Posteriormente, realizou-se o exame micromorfológico do suco do rúmen, exame direto para detecção de fungos anaeróbios estritos e cultivo, quantificação, identificação de fungos aeróbios. No exame direto, fungos anaeróbios do rú- men, monocêntricos e policêntricos foram detectados em proporções semelhantes (P>0,05) no rúmen de novilhos criados em pastagens tropicais no período seco. Entretanto estruturas desses microrganismos não foram identificadas em nenhuma das amostras provenientes de novilhos alimentados sem volumoso. A média de unidades formadoras de colônia de fungos aeróbios por mℓ de líquido ruminal proveniente de novilhos confinados foi significativamente maior que dos animais criados em pastagem (P<0,05). Após o microcultivo, o gênero Aspergillus foi o mais frequentemente identificado entre os isolados obtidos no cultivo de amostras de ambos grupos de animais. O ambiente ruminal dos novilhos em confinamento sem volumoso é compatível com características de acidose ruminal, apresentando ausência de fungos anaeróbios do rúmen, leveduras e preomínio de Streptococcus spp. e fungos micelianos.

Abrão F.O., Duarte E.R., Nigri A.C.A., Silva M.L.F., Ribeiro I.C.O., Silva K.L., Rosa C.A. & Rodriguez N.M. [Physicochemical and microbiological characterization and fungal population in the rumen contents of higid beef steers or wih ruminal acidosis.] Caracterização físico-química e microbiológica e população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos de corte hígidos ou com acidose ruminal. Revista Brasileira de Medicina Veterinária, 37(1):7-14, 2015. Instituto de Ciências Agrárias, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Universitária, 1000, Universitário, Montes Claros, MG 39404-006, Brasil. E-mail: duartevet@hotmail.com In cattle fed with diets without vegetable fibers the development of fungi and other microorganisms in the rumen environment can be altered. The objective of this study was to evaluate physicochemical, microbiological characteristics and fungal population in the rumen contents of steers raised on lignified pasture or in feedlot without forage. The experimental design was completely randomized, 50 steers were randomly bred in mature pasture and 20 steers fed without forage. Immediately after collection of ruminal fluid, its physicochemical characteristics were evaluated. Micromorphological examination, direct examination for the detection of strict anaerobes fungi and culture, quantification, identification of aerobic fungi were performed. On direct examination, anaerobic fungi of the rumen, monocentric and polycentric were detected in similar proportions (P> 0.05) for rumen fluid of steers raised in tropical pastures during the dry season. However, structures of these microorganisms were not identified for any of the samples obtained from steers fed without vegetal fiber. The average colony-forming units of aerobic fungi by mℓ of ruminal fluid from confined calves was significantly higher than that of animals raised on pasture (P <0.05). After microculture, the genus Aspergillus was the most frequently identified among the i, Em bovinos alimentados com dietas sem volumosos, pode-se alterar o desenvolvimento de fungos e outros microrganismos no ambiente ruminal. Objetivou-se, com o presente estudo avaliar as características físico-químicas, microbiológicas e a população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos alimentados com e sem forragem. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, sendo amostrados 50 novilhos criados em pastagens lignificadas e 20 novilhos alimentados somente com grãos. Imediatamente após a coleta, foram avaliadas características físico-químicas do fluido ruminal. Posteriormente, realizou-se o exame micromorfológico do suco do rúmen, exame direto para detecção de fungos anaeróbios estritos e cultivo, quantificação, identificação de fungos aeróbios. No exame direto, fungos anaeróbios do rú- men, monocêntricos e policêntricos foram detectados em proporções semelhantes (P>0,05) no rúmen de novilhos criados em pastagens tropicais no período seco. Entretanto estruturas desses microrganismos não foram identificadas em nenhuma das amostras provenientes de novilhos alimentados sem volumoso. A média de unidades formadoras de colônia de fungos aeróbios por mℓ de líquido ruminal proveniente de novilhos confinados foi significativamente maior que dos animais criados em pastagem (P<0,05). Após o microcultivo, o gênero Aspergillus foi o mais frequentemente identificado entre os isolados obtidos no cultivo de amostras de ambos grupos de animais. O ambiente ruminal dos novilhos em confinamento sem volumoso é compatível com características de acidose ruminal, apresentando ausência de fungos anaeróbios do rúmen, leveduras e preomínio de Streptococcus spp. e fungos micelianos.

Abrão F.O., Duarte E.R., Nigri A.C.A., Silva M.L.F., Ribeiro I.C.O., Silva K.L., Rosa C.A. & Rodriguez N.M. [Physicochemical and microbiological characterization and fungal population in the rumen contents of higid beef steers or wih ruminal acidosis.] Caracterização físico-química e microbiológica e população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos de corte hígidos ou com acidose ruminal. Revista Brasileira de Medicina Veterinária, 37(1):7-14, 2015. Instituto de Ciências Agrárias, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Universitária, 1000, Universitário, Montes Claros, MG 39404-006, Brasil. E-mail: duartevet@hotmail.com In cattle fed with diets without vegetable fibers the development of fungi and other microorganisms in the rumen environment can be altered. The objective of this study was to evaluate physicochemical, microbiological characteristics and fungal population in the rumen contents of steers raised on lignified pasture or in feedlot without forage. The experimental design was completely randomized, 50 steers were randomly bred in mature pasture and 20 steers fed without forage. Immediately after collection of ruminal fluid, its physicochemical characteristics were evaluated. Micromorphological examination, direct examination for the detection of strict anaerobes fungi and culture, quantification, identification of aerobic fungi were performed. On direct examination, anaerobic fungi of the rumen, monocentric and polycentric were detected in similar proportions (P> 0.05) for rumen fluid of steers raised in tropical pastures during the dry season. However, structures of these microorganisms were not identified for any of the samples obtained from steers fed without vegetal fiber. The average colony-forming units of aerobic fungi by mℓ of ruminal fluid from confined calves was significantly higher than that of animals raised on pasture (P <0.05). After microculture, the genus Aspergillus was the most frequently identified among the i, Em bovinos alimentados com dietas sem volumosos, pode-se alterar o desenvolvimento de fungos e outros microrganismos no ambiente ruminal. Objetivou-se, com o presente estudo avaliar as características físico-químicas, microbiológicas e a população de fungos no conteúdo ruminal de novilhos alimentados com e sem forragem. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, sendo amostrados 50 novilhos criados em pastagens lignificadas e 20 novilhos alimentados somente com grãos. Imediatamente após a coleta, foram avaliadas características físico-químicas do fluido ruminal. Posteriormente, realizou-se o exame micromorfológico do suco do rúmen, exame direto para detecção de fungos anaeróbios estritos e cultivo, quantificação, identificação de fungos aeróbios. No exame direto, fungos anaeróbios do rú- men, monocêntricos e policêntricos foram detectados em proporções semelhantes (P>0,05) no rúmen de novilhos criados em pastagens tropicais no período seco. Entretanto estruturas desses microrganismos não foram identificadas em nenhuma das amostras provenientes de novilhos alimentados sem volumoso. A média de unidades formadoras de colônia de fungos aeróbios por mℓ de líquido ruminal proveniente de novilhos confinados foi significativamente maior que dos animais criados em pastagem (P<0,05). Após o microcultivo, o gênero Aspergillus foi o mais frequentemente identificado entre os isolados obtidos no cultivo de amostras de ambos grupos de animais. O ambiente ruminal dos novilhos em confinamento sem volumoso é compatível com características de acidose ruminal, apresentando ausência de fungos anaeróbios do rúmen, leveduras e preomínio de Streptococcus spp. e fungos micelianos.