Search

The gut microbiome has shown promise as a predictive biomarker for various diseases. However, the potential of gut microbiota for prospective risk prediction of liver disease has not been assessed. Here, we utilized shallow shotgun metagenomic sequencing of a large population-based cohort (N > 7,000) with ∼15 years of follow-up in combination with machine learning to investigate the predictive capacity of gut microbial predictors individually and in conjunction with conventional risk factors for incident liver disease. Separately, conventional and microbial factors showed comparable predictive capacity. However, microbiome augmentation of conventional risk factors using machine learning significantly improved the performance. Similarly, disease-free survival analysis showed significantly improved stratification using microbiome-augmented models. Investigation of predictive microbial signatures revealed previously unknown taxa for liver disease, as well as those previously associated with hepatic function and disease. This study supports the potential clinical validity of gut metagenomic sequencing to complement conventional risk factors for prediction of liver diseases.

Our aim was to validate a Finnish version of the Eating Assessment Tool (F-EAT-10) for clinical use and to test its reliability and validity in a multicenter nationwide study. Normative data were acquired from 180 non-dysphagic participants (median age 57.0 years, 62.2% female). Dysphagia patients (n = 117, median age 69.7 years, 53.0% female) referred to fiberoptic endoscopic evaluation of swallowing (FEES) completed F-EAT-10 before the examination and after 2 weeks. Patients underwent the 100-ml water swallow test (WST) and FEES was evaluated using the following three scales: the Yale Pharyngeal Residue Severity Rating Scale, Penetration-Aspiration Scale, and the Dysphagia Outcome Severity Scale. An operative cohort of 19 patients (median age 75.8 years, 57.9% female) underwent an endoscopic operation on Zenker’s diverticulum, tight cricopharyngeal muscle diagnosed in videofluorography, or both. Patients completed the F-EAT-10 preoperatively and 3 months postoperatively. The cut-off score for controls was < 3 (sensitivity 94.0%, specificity 96.1%) suggesting that ≥ 3 is abnormal. Re-questionnaires for test–retest reliability analysis were available from 92 FEES patients and 123 controls. The intraclass correlation coefficient was excellent for the total F-EAT-10 score (0.93, 95% confidence interval 0.91–0.95). Pearson correlation coefficients were strong (p < 0.001) for each of the questions and the total score. Internal consistency as assessed by Cronbach’s alpha was excellent (0.95). Some correlations between findings in FEES and 100-ml WST with F-EAT-10 were observed. The change in subjective symptoms of operative patients paralleled the change in F-EAT-10. F-EAT-10 is a reliable, valid, and symptom-specific patient-reported outcome measure for assessing dysphagia among Finnish speakers.

Objective: Previous studies on the association between metabolic biomarkers and hypertension have been limited by small sample sizes, low number of studied biomarkers, and cross-sectional study design. In the largest study to date, we assess the cross-sectional and longitudinal associations between high-abundance serum biomarkers and blood pressure (BP). Methods: We studied cross-sectional (N = 36 985; age 50.5 ± 14.2; 53.1% women) and longitudinal (N = 4197; age 49.4 ± 11.8, 55.3% women) population samples of Finnish individuals. We included 53 serum biomarkers and other detailed lipoprotein subclass measures in our analyses. We studied the associations between serum biomarkers and BP using both conventional statistical methods and a machine learning algorithm (gradient boosting) while adjusting for clinical risk factors. Results: Fifty-one of 53 serum biomarkers were cross-sectionally related to BP (adjusted P < 0.05 for all). Conventional linear regression modeling demonstrated that LDL cholesterol, remnant cholesterol, apolipoprotein B, and acetate were positively, and HDL particle size was negatively, associated with SBP change over time (adjusted P < 0.05 for all). Adding serum biomarkers (cross-sectional root-mean-square error: 16.27 mmHg; longitudinal: 17.61 mmHg) in the model with clinical measures (cross-sectional: 16.70 mmHg; longitudinal 18.52 mmHg) improved the machine learning model fit. Glucose, albumin, triglycerides in LDL, glycerol, VLDL particle size, and acetoacetate had the highest importance scores in models related to current or future BP. Conclusions: Our results suggest that serum lipids, and particularly LDL-derived and VLDL-derived cholesterol measures, and glucose metabolism abnormalities are associated with hypertension onset. Use of serum metabolite determination could improve identification of individuals at high risk of developing hypertension.

Tiivistelmä. Terrafame Oy:llä on ollut vuosien saatossa haasteita malmin murskaimien pinnanmittauksen kanssa ja tämä on luonut tähän päivään mielikuvan mittauksen epäluotettavuudesta. Tässä diplomityössä oli tarkoitus selvittää pinnanmittauksen tämän hetkinen luotettavuus, esiintuoda haasteet, joita mittauksessa on sekä selvittää syyt pinnan voimakkaaseen ja nopeaan vaihteluun. Lisäksi työssä tarkastellaan murskaimien lämpötilanmittauksia sekä murskaimien aputoimintojen käytettävyyttä. Työ tehtiin toimeksiantona Terrafame Oy:lle 1.2.2019–31.7.2019 välisenä aikana. Kirjallisuudessa on käyty läpi tilastollisen analyysin ja käytettävyyden laskennan perusteet, sekä tyypilliset vikadiagnostiikan keinot. Diplomityö toteutettiin tilastollisena tutkimuksena käyttäen data-analyysissa murskaamon mittaushistoriaa, materiaalikulutusten historiaa sekä asiantuntijahaastatteluja. Murskaimien pinnanmittauksen luotettavuuden tarkastelua varten asennettiin varmentava malminpinnanmittaus murskaimeen 342MRK0008. Tutkimuksen aikana kyettiin parantamaan pinnanmittauksien luotettavuutta toteuttamalla tutkille päivitykset, joilla mahdollistettiin laitevalmistajan uusimpien teknologioiden käyttö murskaamolla. Tämän lisäksi pintatutkille toimitettiin kolme työohjetta. Murskaimen huippulaakerin lämpötilamittauksen tarkastelussa havaittiin virhettä, joka poistettiin. Tutkimuksessa tarkasteltiin murskaimien tukitoiminnoista huippulaakerin rasvausjärjestelmää, sähköistä paineventtiiliä sekä puhdistavaa paineilmaa. Huippulaakerin rasvausjärjestelmästä ja sähköisestä paineventtiilistä toimitettiin Terrafamelle tekniset selvitykset. Tutkimuksessa tehtiin esitutkimusta tukitoiminnoista, joiden toiminnasta kaivoksella ei aikaisemmin ole ollut virallista selvitystä. Tämän tutkimuksen pohjalta voidaan Terrafame Oy:llä kohdentaa suunnittelun resursseja suoraan ongelmien juurisyiden ratkaisemiseen.Extensive analysis of the usability of the tertiary and quatenary crushing plants. Abstract. Over the years

The prognostic significance of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) has been studied recently in many cancers. For the first time in a nonendemic region, we have evaluated the prognostic value of TILs in a whole population–based nationwide cohort of nasopharyngeal carcinoma (NPC) in Finland. A total of 115 cases from Finnish hospitals were included. TILs were analyzed using hematoxylin and eosin–stained slides according to the criteria of the International Immuno-Oncology Biomarker Working Group. TILs were evaluated separately in stromal and tumor compartments. The log-rank test and univariable and multivariable analyses were used to compare survival in patients with tumors with low and high TILs. A significant positive correlation was observed between the occurrence of intratumoral and stromal TILs (P < .001). In multivariable analysis, NPC cases with low intratumoral TILs had poor overall survival with a hazard ratio (HR) of 2.55 and 95% confidence interval (95% CI) of 1.60 to 4.05 (P < .001). Cases with low intratumoral TILs also had poor disease-specific survival (HR, 2.02; 95% CI, 1.16–3.52; P = .015). Keratinized tumors with low intratumoral TILs were associated with an even poorer overall survival (HR, 3.94; 95% CI, 2.17–7.15; P < .001) and a poor disease-specific survival (HR, 2.97; 95% CI, 1.46–6.05; P = .009). Our study demonstrates that the evaluation of TILs is simple and can be assessed routinely in NPC.

Erilaisten kokeiden suunnittelu ja suoritus erilaisiin teollisuuden tarpeisiin on hyvin eritasoista. Kokeita voidaan suunnitella hyvinkin tarkasti tai sitten toimia ”mutu”-tuntumalla. Vaikka on olemassa virallisia standardeja kokeiden suorittamiseen teollisuudessa, on toteutus kuitenkin hyvin vaihtelevaa. Koesuunnittelusta kirjoitetut kirjat ovat usein hyvin matemaattisia ja aloittelevalle suunnittelijalle työläitä, mikäli ei oikein edes tiedä mitä on etsimässä. Tämän työn tavoitteena oli selvittää, mitä aloittelevan koesuunnittelijan tulee huomioida ja minkälaisia työkaluja koesuunnitteluun on olemassa. Työ on suoritettu kokonaan kirjallisuusselvityksenä. Työn tuloksena saadaan, että laadukkaan koesuunnitelman tekeminen vaatii aiheeseen perehtymistä ja hyvää prosessituntemusta kohteesta. Tämän kandidaatintyön tarkoitus on enemmänkin herättää ajatuksia suunnitelman laatijalle kuin kyetä antamaan suoria vastauksia mihinkään kysymykseen. Työ on kirjoitettu yleisellä tasolla, joten parhaiten työ sopii koesuunnittelusta ensitietoa hakevalle.

n/a, Funding Agencies|Helsinki University Hospital Research Fund; Finska Lakaresallskapet

Pro gradu -tutkielmani aiheena on Suomen Veturimiesten Liiton Oulun osasto vuosina 1920–1970. Tutkielma kattaa ajallisesti monia Suomen historian käännekohtia, joiden mukana veturimiesten ammattiyhdistystoiminta on muotoutunut. Osaston toimintaa olen pyrkinyt tarkastelemaan kiinteänä osana ympäröivää yhteiskuntaa. Tutkielmassa on luotu katsaus näihin hyvinkin paljon toisistaan poikkeaviin vuosikymmeniin veturimieskunnan näkökulmasta katsottuna. Tutkielman primäärilähteenä on käytetty Suomen Veturimiesyhdistyksen Oulun osaston arkistoa, mikä sijaitsee Oulun maakunta-arkistosta. Täydentävänä lähteenä on ollut Veturimiesyhdistyksen julkaisema Veturimies-lehti, jonka numeroita löytyy Oulun Yliopiston Pegasus kirjastosta. Tutkimusmenetelmäni on historiallis-kvalitatiivinen analyysi. Lähdekriittisen ajattelun valossa olen koonnut kokonaiskuvan oululaisesta veturimiesten ammattiyhdistystoiminnasta 50 vuoden ajalta. Olen suorittanut vertailua toisiin vastaaviin veturimiesosastoihin ja keskusjärjestöön, mikä onkin tutkimuksen hedelmällisintä antia. Tutkielmassa selvitetään muun muassa miksi osasto perustettiin, millaisia toimintamuotoja ja vaikutuskanavia sillä oli ja ketkä olivat mukana toiminnassa. Tärkeää on ollut tuoda esille tapahtunut muutos: miten toiminta muuttui vuosien saatossa. Ammattiyhdistystoiminnan keskiöissä on jäsenistön etuuksien parantaminen. Tutkielmassa selvitetään, mihin toimiin osasto ryhtyi tavoitellessaan etuja. Osaston toiminta edunvalvonnallisissa kysymyksissä on tutkielmassani keskeisessä roolissa, mutta en ole unohtanut muuta yhdistyselämää. Merkittävimmät tutkimustulokset kuvaavat tapahtuneita muutoksia. Ennen toista maailmansotaa osaston toiminta oli varovaista ja tunnustelevaa. Sen olemassaolon oikeus varmistui vähitellen. Toinen maailman sota muodostui käännekohdaksi veturimiehille. Veturimiesten suhde muuhun ammattiyhdistykseen muuttui ja aikaisempi eristyneisyys päättyi. 1940-luvulla alkoi taistelu erilaisten edunvalvonnallisten kysymysten