Search

Infektion med Escherichia coli er tidligere blevet associeret med forskellige typer af sygdomme hos mink. Infektionerne forårsager nedsat trivsel og forhøjet mortalitet hos afficerede dyr og udgør derfor et dyrevelfærdsmæssigt, men også økonomisk problem i minkproduktionen. Årsagen til, at E.coli forårsager sygdom hos mink er ikke belyst og kun meget få studier har tidligere forsøgt at komme en forklaring nærmere. Dette speciale er et pilotprojekt, der har til formål gennem vurdering for tilstedeværelse af hæmolyse, typning og patologisk og histopatologisk evaluering at komme patogenesen for sygdomme associeret med hæmolytiske E.coli nærmere. I alt blev 334 prøver fra 4 forskellige dyregrupper undersøgt for tilstedeværelse af hæmolyse. Af disse var 196 prøver fra fæces fra raske mink fodret med to forskellige fodertyper, 54 prøver var fra fæces fra dyr med diarré, 13 isolater var svaberprøver fra lunger fra dyr med hæmorrhagisk pneumoni og 39 isolater var svaberprøver fra mammae fra dyr med mastitis og 33 svaberprøver fra leveren af samme dyr. Af de hæmolytiske isolater blev 46 artsbestemt ved MALDI-TOF-MS og undersøgt for relation ved Pulsed-field gel elektroforese (PFGE). Yderligere blev 6 tilfældigt udvalgte isolater undersøgt for tilstedeværelse af 23 forskellige O-serotyper, 47 H-serotyper, 12 antibotikaresistenstyper og 6 forskellige kategorier af virulensgener ved hjælp af DNA-microarray. Slutteligt blev 9 histologiske præparater fra dyr med henholdsvis diarré, hæmorrhagisk pneumoni og mastitis undersøgt for histopatologiske forandringer. Undersøgelsen viste, at det var muligt at isolere hæmolytiske E.coli fra alle prøvetyper, men at der fra fæcesprøverne fra de raske dyr var signifikant flere udsåninger, der viste hæmolyse fra dyr fodret med en bestemt type foder. Ved PFGE-typning blev det fundet, at der for alle dyregrupper var en varierende grad af forskellige genotyper knyttet til sygdomsudbrud. Signifikant færre genotyper kunne dog knytte

Infektion med Escherichia coli er tidligere blevet associeret med forskellige typer af sygdomme hos mink. Infektionerne forårsager nedsat trivsel og forhøjet mortalitet hos afficerede dyr og udgør derfor et dyrevelfærdsmæssigt, men også økonomisk problem i minkproduktionen. Årsagen til, at E.coli forårsager sygdom hos mink er ikke belyst og kun meget få studier har tidligere forsøgt at komme en forklaring nærmere. Dette speciale er et pilotprojekt, der har til formål gennem vurdering for tilstedeværelse af hæmolyse, typning og patologisk og histopatologisk evaluering at komme patogenesen for sygdomme associeret med hæmolytiske E.coli nærmere. I alt blev 334 prøver fra 4 forskellige dyregrupper undersøgt for tilstedeværelse af hæmolyse. Af disse var 196 prøver fra fæces fra raske mink fodret med to forskellige fodertyper, 54 prøver var fra fæces fra dyr med diarré, 13 isolater var svaberprøver fra lunger fra dyr med hæmorrhagisk pneumoni og 39 isolater var svaberprøver fra mammae fra dyr med mastitis og 33 svaberprøver fra leveren af samme dyr. Af de hæmolytiske isolater blev 46 artsbestemt ved MALDI-TOF-MS og undersøgt for relation ved Pulsed-field gel elektroforese (PFGE). Yderligere blev 6 tilfældigt udvalgte isolater undersøgt for tilstedeværelse af 23 forskellige O-serotyper, 47 H-serotyper, 12 antibotikaresistenstyper og 6 forskellige kategorier af virulensgener ved hjælp af DNA-microarray. Slutteligt blev 9 histologiske præparater fra dyr med henholdsvis diarré, hæmorrhagisk pneumoni og mastitis undersøgt for histopatologiske forandringer. Undersøgelsen viste, at det var muligt at isolere hæmolytiske E.coli fra alle prøvetyper, men at der fra fæcesprøverne fra de raske dyr var signifikant flere udsåninger, der viste hæmolyse fra dyr fodret med en bestemt type foder. Ved PFGE-typning blev det fundet, at der for alle dyregrupper var en varierende grad af forskellige genotyper knyttet til sygdomsudbrud. Signifikant færre genotyper kunne dog knytte

Die mittlere Lebenserwartung des Menschen ist über die letzten 200 Jahre kontinuierlich gestiegen. Da Langlebigkeit ohne Gesundheit wenig Wert besitzt, ist es ein zentrales Anliegen, das Auftreten altersbedingter Krankheiten zu mindern. Besonders pflanzliche Phytochemikalien, im speziellen Polyphenole (PPs), sollen erheblich an der Gesundheitsförderung mitwirken. Die exakten Mechanismen jedoch, welche die Wirkvielfalt erklären könnten, sind nicht im Detail bekannt. Diese Fragen können nur durch in vivo Studien an Modelorganismen beantwortet werden, die sowohl die Lebensdauer, sowie physiologische und genetische Parameter einschließen. In dieser Studie wurden drei PPs mit lebensverlängernden Eigenschaften in C. elegans identifiziert: Quercetin (Q), Kaffeesäure (CA) und Rosmarinsäure (RA). Für alle drei PPs wurden hormetische Konzentration-Wirkungs-Kurven gefunden, dennoch war die Hormetin-typische Aktivierung einer Stressantwort (gemessen als Geneexpressions-Level von Hitzeschock-Proteinen) auf Q und RA beschränkt. Eine Umverteilung von Ressourcen nach dem Prinzip der „Disposable Soma Theorie“ konnte anhand von Abweichungen in der Größe, verändertem Lipid-Metabolismus und verzögerter Reproduktion (bei gleichbleibender Anzahl der Nachkommen), für alle drei PPs gezeigt werden. Während direkte CR-Effekte ausgeschlossen wurden, ist dies nicht möglich für durch CA und RA ausgelöste indirekte CR-Effekte, da beide die Lebensspanne von sir-2.1 Mutanten nicht verlängern konnten. Alle drei PPs verlängerten die Lebensspanne von mev-1 Mutanten, jedoch wurde eine erhöhte TAC in vivo und eine reduzierte oxidative Schädigung, nur durch Q- und CA- Gabe erreicht. Die genetischen Wirkwege der PPs wurden durch Lebensdauer- und Thermotoleranztests mit in alters-relevanten Genen mutierten Nematoden definiert. Die gesundheitsfördernden Eigenschaften von CA und RA konnten so osr-1, sek-1, sir-2.1 and unc-43, sowie daf-16 im Falle von CA, zugeschrieben werden. Die Mechanismen von Q wurden i, The mean life expectancy of humans has increased continuously over the last 200 years. Since longevity is of little value in the absence of health, it is a central request to prevent the increasing burden of age-related diseases. It is suggested that phytochemicals in plants, specifically the polyphenols (PPs), are important factors to support the overall well-being. However, the precise mechanisms that can explain, in full, the magnitude of impact remains elusive. This knowledge gap can only be plugged by in vivo model organism approaches that integrate lifespan assays with physiological, and genetic parameters following the ingestion of PPs. In this study, three PPs with life-extending properties in C. elegans were identified: Quercetin (Q), Caffeic acid (CA) and Rosmarinic acid (RA). The underlying mechanisms were systematically studied by a broad spectrum of functional and genetic investigations. For all three compounds, life extension was characterized by hormetic concentration-response curves, but stress-response induction, a hallmark of hormetin action, was restricted to Q and RA, at least when assessed at the level of gene expression of heat shock proteins. A reallocation of resources in a disposable soma-like pattern could be shown for all three PPs, because the exposure to Q, CA and RA resulted in variations in body size, altered lipid-metabolism and a tendency towards a delay in reproductive timing. However, the total number of offspring was unaltered. While direct CR effects arising from reduced food uptake could be rejected, an indirect CR effect cannot be excluded for CA and RA, as these PPs failed to provoke longevity in sir-2.1 mutants. Furthermore, the in vitro versus in vivo antioxidative properties were evaluated. While all three PPs could prolong mev-1 lifespan, only Q and CA were shown to increase the TAC in vivo and reduce oxidative damage in the nematodes. To define the genetic pathways of PP action, lifespan and thermotolerance assays were pe

Die mittlere Lebenserwartung des Menschen ist über die letzten 200 Jahre kontinuierlich gestiegen. Da Langlebigkeit ohne Gesundheit wenig Wert besitzt, ist es ein zentrales Anliegen, das Auftreten altersbedingter Krankheiten zu mindern. Besonders pflanzliche Phytochemikalien, im speziellen Polyphenole (PPs), sollen erheblich an der Gesundheitsförderung mitwirken. Die exakten Mechanismen jedoch, welche die Wirkvielfalt erklären könnten, sind nicht im Detail bekannt. Diese Fragen können nur durch in vivo Studien an Modelorganismen beantwortet werden, die sowohl die Lebensdauer, sowie physiologische und genetische Parameter einschließen. In dieser Studie wurden drei PPs mit lebensverlängernden Eigenschaften in C. elegans identifiziert: Quercetin (Q), Kaffeesäure (CA) und Rosmarinsäure (RA). Für alle drei PPs wurden hormetische Konzentration-Wirkungs-Kurven gefunden, dennoch war die Hormetin-typische Aktivierung einer Stressantwort (gemessen als Geneexpressions-Level von Hitzeschock-Proteinen) auf Q und RA beschränkt. Eine Umverteilung von Ressourcen nach dem Prinzip der „Disposable Soma Theorie“ konnte anhand von Abweichungen in der Größe, verändertem Lipid-Metabolismus und verzögerter Reproduktion (bei gleichbleibender Anzahl der Nachkommen), für alle drei PPs gezeigt werden. Während direkte CR-Effekte ausgeschlossen wurden, ist dies nicht möglich für durch CA und RA ausgelöste indirekte CR-Effekte, da beide die Lebensspanne von sir-2.1 Mutanten nicht verlängern konnten. Alle drei PPs verlängerten die Lebensspanne von mev-1 Mutanten, jedoch wurde eine erhöhte TAC in vivo und eine reduzierte oxidative Schädigung, nur durch Q- und CA- Gabe erreicht. Die genetischen Wirkwege der PPs wurden durch Lebensdauer- und Thermotoleranztests mit in alters-relevanten Genen mutierten Nematoden definiert. Die gesundheitsfördernden Eigenschaften von CA und RA konnten so osr-1, sek-1, sir-2.1 and unc-43, sowie daf-16 im Falle von CA, zugeschrieben werden. Die Mechanismen von Q wurden i, The mean life expectancy of humans has increased continuously over the last 200 years. Since longevity is of little value in the absence of health, it is a central request to prevent the increasing burden of age-related diseases. It is suggested that phytochemicals in plants, specifically the polyphenols (PPs), are important factors to support the overall well-being. However, the precise mechanisms that can explain, in full, the magnitude of impact remains elusive. This knowledge gap can only be plugged by in vivo model organism approaches that integrate lifespan assays with physiological, and genetic parameters following the ingestion of PPs. In this study, three PPs with life-extending properties in C. elegans were identified: Quercetin (Q), Caffeic acid (CA) and Rosmarinic acid (RA). The underlying mechanisms were systematically studied by a broad spectrum of functional and genetic investigations. For all three compounds, life extension was characterized by hormetic concentration-response curves, but stress-response induction, a hallmark of hormetin action, was restricted to Q and RA, at least when assessed at the level of gene expression of heat shock proteins. A reallocation of resources in a disposable soma-like pattern could be shown for all three PPs, because the exposure to Q, CA and RA resulted in variations in body size, altered lipid-metabolism and a tendency towards a delay in reproductive timing. However, the total number of offspring was unaltered. While direct CR effects arising from reduced food uptake could be rejected, an indirect CR effect cannot be excluded for CA and RA, as these PPs failed to provoke longevity in sir-2.1 mutants. Furthermore, the in vitro versus in vivo antioxidative properties were evaluated. While all three PPs could prolong mev-1 lifespan, only Q and CA were shown to increase the TAC in vivo and reduce oxidative damage in the nematodes. To define the genetic pathways of PP action, lifespan and thermotolerance assays were pe

Microarrays allow researchers to measure the expression of thousands of genes in a single experiment. Before statistical comparisons can be made, the data must be assessed for quality and normalisation procedures must be applied, of which many have been proposed. Methods of comparing the normalised data are also abundant, and no clear consensus has yet been reached. The purpose of this paper was to compare those methods used by the EADGENE network on a very noisy simulated data set. With the a priori knowledge of which genes are differentially expressed, it is possible to compare the success of each approach quantitatively. Use of an intensity-dependent normalisation procedure was common, as was correction for multiple testing. Most variety in performance resulted from differing approaches to data quality and the use of different statistical tests. Very few of the methods used any kind of background correction. A number of approaches achieved a success rate of 95% or above, with relatively small numbers of false positives and negatives. Applying stringent spot selection criteria and elimination of data did not improve the false positive rate and greatly increased the false negative rate. However, most approaches performed well, and it is encouraging that widely available techniques can achieve such good results on a very noisy data set.

Genome-wide expression profiling with DNA microarrays has and will provide a great deal of data to the plant scientific community. However, reliability concerns have required the development data quality tests for common systematic biases. Fortunately, most large-scale systematic biases are detectable and some are correctable by normalization. Technical replication experiments and statistical surveys indicate that these biases vary widely in severity and appearance. As a result, no single normalization or correction method currently available is able to address all the issues. However, careful sequence selection, array design, experimental design and experimental annotation can substantially improve the quality and biological of microarray data. In this review, we discuss these issues with reference to examples from the Arabidopsis Functional Genomics Consortium (AFGC) microarray project., QC 20100525