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Little is known about the genetic architecture of traits important for salmonid restoration ecology. We mapped quantitative trait loci (QTL) using single nucleotide polymorphisms (SNPs) for juvenile body length, weight, shape, and vertical skin pigmentation patterns (parr marks) within three hybrid backcross families between European and North American subspecies of Atlantic salmon. Amounts of variation in skin colour and pattern quantified in the two second-generation transAtlantic families exceeded the ranges seen in purebred populations. GridQTL analyses using low-density female-specific linkage maps detected QTL showing experiment-wide significance on Ssa02, Ssa03, Ssa09, Ssa11, Ssa19, and Ssa26/28 for both length and weight; on Ssa04 and Ssa23 for parr mark number; on Ssa09 and Ssa13 for parr mark contrast; and on Ssa05, Ssa07, Ssa10, Ssa11, Ssa18, Ssa23, and Ssa26/28 for geometric morphometric shape coordinates. Pleiotrophic QTL on Ssa11 affected length, weight, and shape. No QTL was found that explained more than 10% of the phenotypic variance in pigmentation or shape traits. Each QTL was approximately positioned on the physical map of the Atlantic salmon genome. Some QTL locations confirmed previous studies but many were new. Studies like ours may increase the success of salmon restoration projects by enabling better phenotypic and genetic matching between introduced and extirpated strains. Key words: conservation genetics, geometric morphometrics, parr marks, quantitative trait mapping, single nucleotide polymorphisms. Peu de choses sont connues au sujet de l'architecture genetique des caracteres importants en matiere de l'ecologie de retablissement chez les salmonides. Les auteurs ont effectue une cartographie QTL a l'aide de marqueurs mononucleotidiques (SNP) pour la taille, la masse, la forme et la pigmentation cutanee verticale (marques de tacon) chez les juveniles au sein de trois familles hybrides retrocroisees entre les sous-especes europeennes et nord-americaines du saumon atlantique. La variation pour la couleur et les motifs de la peau a ete quantifiee au sein des deux familles transatlantiques de seconde generation et elle excedait celle rencontree au sein des populations pures. Des analyses GridQTL a l'aide de cartes genetiques femelles a faible densite en marqueurs ont permis de detecter des QTL significatifs sur Ssa02, Ssa03, Ssa09, Ssa11, Ssa19 et Ssa26/28 tant pour la taille que pour la masse, sur Ssa04 et Ssa23 pour le nombre de marques de tacon, sur Ssa09 et Ssa13 pour le contraste des marques de tacon, et sur Ssa05, Ssa07, Ssa10, Ssa11, Ssa18, Ssa23 et Ssa26/28 pour les coordonnees morphometriques geometriques. Des QTL pleiotropiques sur Ssa11 affectaient la taille, la masse et la forme. Aucun QTL expliquant plus de 10 % de la variation phenotypique pour la pigmentation ou la taille n'a ete identifie. Chaque QTL a ete assigne a une position approximative sur la carte physique du genome du saumon atlantique. Certaines positions de QTL confirmaient celles rapportees dans des etudes precedentes, mais plusieurs etaient inedites. Des etudes comme celle-ci peuvent permettre d'accroitre le succes des projets de repeuplement en permettant une meilleure concordance phenotypique et genetique entre les individus introduits et extirpes. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : genetique de la conservation, morphometrie geometrique, marques de tacon, cartographie de caracteres quantitatifs, polymorphisme mononucleotidique., Introduction Atlantic salmon (Salmo salar) is an economically important species, generating large revenues in the aquaculture industry, and in the recreational angling industry. There has been an overall decline of [...]

Background: The detection of eDNA with high-throughput sequencing has rapidly emerged as a method to detect organisms from environmental samples. Environmental DNA (eDNA) studies of aquatic biomes have focused on [...]