Para a caracterização físico-química da carga dissolvida dos rios Jundiaí e Capivari, foram quantificadas, durante o período de abril de 2011 a dezembro de 2012, as concentrações dos principais parâmetros físico-quimicos, pH, condutividade elétrica, temperatura, oxigênio dissolvido e demanda bioquímica de oxigênio, associadas às respectivas vazões instantâneas nas águas fluviais dos rios Jundiaí e Capivari, próximos às nascentes e à foz. Foi possível verificar que o pH variou próximo à neutralidade da nascente para a foz dos rios Jundiaí e Capivari, não apresentando padrão de diluição, enquanto a variabilidade da temperatura das águas para ambas as bacias de drenagem foi influenciada principalmente por fatores externos. As concentrações de oxigênio dissolvido e demanda bioquímica de oxigênio nas águas da foz dos rios Jundiaí e Capivari se mostraram em desacordo com os limites de referência estabelecidos pelo CONAMA 375/05, indicando influência antrópica nas áreas próximas às nascentes de ambos os rios estudados e maior antropização na foz do rio Jundiaí em comparação com a foz do rio Capivari. A condutividade elétrica se mostrou elevada na foz dos rios estudados, e sua variabilidade em função da vazão permitiu o ajuste de modelos de potência, evidenciando influência antrópica mais efetiva na bacia do rio Jundiaí, sendo observados também indícios de degradação hídrica nas áreas próximas às nascentes dos rios Jundiaí e Capivari pela variabilidade do oxigênio dissolvido em função da temperatura.