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Societal Impact Statement Crop wild relatives (CWR) are plant taxa closely related to crops and are a source of high genetic diversity that can help adapt crops to the impacts of global change, particularly to meet increasing consumer demand in the face of the climate crisis. CWR provide vital ecosystem services and are increasingly important for food and nutrition security and sustainable and resilient agriculture. They therefore are of major biological, social, cultural and economic importance. Assessing the extinction risk of CWR is essential to prioritise in situ and ex situ conservation strategies in Mesoamerica to guarantee the long‐term survival and availability of these resources for present and future generations worldwide. Summary Ensuring food security is one of the world's most critical issues as agricultural systems are already being impacted by global change. Crop wild relatives (CWR)—wild plants related to crops—possess genetic variability that can help adapt agriculture to a changing environment and sustainably increase crop yields to meet the food security challenge. Here we report the results of an extinction risk assessment of 224 wild relatives of some of the world's most important crops (i.e. chilli pepper, maize, common bean, avocado, cotton, potato, squash, vanilla and husk tomato) in Mesoamerica—an area of global significance as a centre of crop origin, domestication and of high CWR diversity. We show that 35% of the selected CWR taxa are threatened with extinction according to The International Union for Conservation of Nature (IUCN) Red List demonstrates that these valuable genetic resources are under high anthropogenic threat. The dominant threat processes are land use change for agriculture and farming, invasive and other problematic species (e.g. pests, genetically modified organisms) and use of biological resources, including overcollection and logging. The most significant drivers of extinction relate to smallholder agriculture—given its high incidence and ongoing shifts from traditional agriculture to modern practices (e.g. use of herbicides)—smallholder ranching and housing and urban development and introduced genetic material. There is an urgent need to increase knowledge and research around different aspects of CWR. Policies that support in situ and ex situ conservation of CWR and promote sustainable agriculture are pivotal to secure these resources for the benefit of current and future generations.

Lima bean is an important crop for improving food security in Latin America and elsewhere. Here, the authors assemble its genome, conduct population genomics analysis using genotyping-by-sequencing data, and identify differentially expressed genes between two pod developmental stages.

The Adapting Agriculture to Climate Change Project set out to improve the diversity, quantity, and accessibility of germplasm collections of crop wild relatives (CWR). Between 2013 and 2018, partners in 25 countries, heirs to the globetrotting legacy of Nikolai Vavilov, undertook seed collecting expeditions targeting CWR of 28 crops of global significance for agriculture. Here, we describe the implementation of the 25 national collecting programs and present the key results. A total of 4587 unique seed samples from at least 355 CWR taxa were collected, conserved ex situ, safety duplicated in national and international genebanks, and made available through the Multilateral System (MLS) of the International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture (Plant Treaty). Collections of CWR were made for all 28 targeted crops. Potato and eggplant were the most collected genepools, although the greatest number of primary genepool collections were made for rice. Overall, alfalfa, Bambara groundnut, grass pea and wheat were the genepools for which targets were best achieved. Several of the newly collected samples have already been used in pre-breeding programs to adapt crops to future challenges.

The genus Phaseolus, native to the Americas, is composed of more than eighty wild species, five of which were domesticated in pre-Columbian times. Since the beginning of domestication events in this genus, ample opportunities for gene flow with wild relatives have existed. The present work reviews the extent of gene flow in the genus Phaseolus in primary and secondary areas of domestication with the aim of illustrating how this evolutionary force may have conditioned ecological fitness and the widespread adoption of cultigens. We focus on the biological bases of gene flow in the genus Phaseolus from a spatial and time perspective, the dynamics of wild-weedy-crop complexes in the common bean and the Lima bean, the two most important domesticated species of the genus, and the usefulness of genomic tools to detect inter and intraspecific introgression events. In this review we discuss the reproductive strategies of several Phaseolus species, the factors that may favor outcrossing rates and evidence suggesting that interspecific gene flow may increase ecological fitness of wild populations. We also show that wild-weedy-crop complexes generate genetic diversity over which farmers are able to select and expand their cultigens outside primary areas of domestication. Ultimately, we argue that more studies are needed on the reproductive biology of the genus Phaseolus since for most species breeding systems are largely unknown. We also argue that there is an urgent need to preserve wild-weedy-crop complexes and characterize the genetic diversity generated by them, in particular the genome-wide effects of introgressions and their value for breeding programs. Recent technological advances in genomics, coupled with agronomic characterizations, may make a large contribution.

El objetivo de esta investigación fue estimar el porcentaje de alogamia entre dos variedades de frijol común en Fraijanes y Alajuela, localidades del Valle Central de Costa Rica. La parcela experimental consistió en tres bloques de diez lomillos de 15 m de largo espaciados 0,8 m. En el bloque central se ubicó la variedad de grano color negro, UCR 55 en Fraijanes y Guaymí en Alajuela, y en los laterales la variedad de grano color blanco PAN 68. Los ensayos se llevaron a cabo del 2002 al 2003 en Fraijanes y del 2002 al 2007 en Alajuela, y se evaluó el efecto de la dirección predominante del viento, la estación (seca y lluviosa) y la distancia de la fuente de polen. En ambas localidades se presentó sincronía floral de las variedades de frijol. Se cosecharon y numeraron todas las plantas de PAN 68 en las cinco hileras próximas al bloque central. El cruzamiento natural se estimó como el porcentaje de plántulas con hipocotilo morado en la progenie F 1 de la variedad PAN 68, con hipocotilo verde. En Alajuela el cruzamiento natural varió de 0,000 a 0,096% y en Frai - janes de 0,004 a 0,033%. Se obtuvo una alogamia general de 0,031%, baja en comparación con estudios realizados en otros países. La polinización cruzada natural no fue afectada por la condición de clima (seca o lluviosa) o la dirección predominante del viento, pero fue afectada inversamente por la distancia desde la fuente de polen en Alajuela (r 2 =0,9622, p≤0,05), donde se acercó a cero después de 4 m.

Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is an important legume crop worldwide. However, abiotic and biotic stress limits bean yields to

Frijol silvestre en el Valle Central de Costa Rica: distribución ecológica y caracterización molecular. Este trabajo presenta una actualización sobre la distribución de las formas silvestres de fríjol común en Costa Rica, su ecología y su caracterización molecular. Ala fecha 22 poblaciones fueron encontradas en cuatro cuencas alrededor del Valle Central, generalmente en vegetaciones ruderales (frecuentemente bordes de cafetales), con estatuto de conservación variable (desde protegido a amenazado). Su caracterización molecular indica su pertenencia al acervo genético mesoamericano. Varios marcadores indican una variabilidad aumentada en las formas silvestres y permiten inferir la presencia de un fenómeno de flujo genético e introgresión desde materiales cultivados.

El objetivo de esta investigación fue estimar el porcentaje de alogamia entre dos variedades de frijol común en Fraijanes y Alajuela, localidades del Valle Central de Costa Rica. La parcela experimental consistió en tres bloques de diez lomillos de 15 m de largo espaciados 0,8 m. En el bloque central se ubicó la variedad de grano color negro, UCR 55 en Fraijanes y Guaymí en Alajuela, y en los laterales la variedad de grano color blanco PAN 68. Los ensayos se llevaron a cabo del 2002 al 2003 en Fraijanes y del 2002 al 2007 en Alajuela, y se evaluó el efecto de la dirección predominante del viento, la estación (seca y lluviosa) y la distancia de la fuente de polen. En ambas localidades se presentó sincronía floral de las variedades de frijol. Se cosecharon y numeraron todas las plantas de PAN 68 en las cinco hileras próximas al bloque central. El cruzamiento natural se estimó como el porcentaje de plántulas con hipocotilo morado en la progenie F1 de la variedad PAN 68, con hipocotilo verde. En Alajuela el cruzamiento natural varió de 0,000 a 0,096% y en Fraijanes de 0,004 a 0,033%. Se obtuvo una alogamia general de 0,031%, baja en comparación con estudios realizados en otros países. La polinización cruzada natural no fue afectada por la condición de clima (seca o lluviosa) o la dirección predominante del viento, pero fue afectada inversamente por la distancia desde la fuente de polen en Alajuela (r2=0,9622, p≤0,05), donde se acercó a cero después de 4 m.

Este trabajo presenta una actualización sobre la distribución de las formas silvestres de fríjol común en Costa Rica, su ecología y su caracterización molecular. Ala fecha 22 poblaciones fueron encontradas en cuatro cuencas alrededor del Valle Central, generalmente en vegetaciones ruderales (frecuentemente bordes de cafetales), con estatuto de conservación variable (desde protegido a amenazado). Su caracterización molecular indica su pertenencia al acervo genético mesoamericano. Varios marcadores indican una variabilidad aumentada en las formas silvestres y permiten inferir la presencia de un fenómeno de flujo genético e introgresión desde materiales cultivados.