1. Identification of putative genes in bean (Phaseolus vulgaris) genomic (Bng) RFLP clones and their conversion to STSs.
- Author
-
Murray, J, Larsen, J, Michaels, T E, Schaafsma, A, Vallejos, C E, and Pauls, K P
- Subjects
- *
PLANT genetics , *COMMON bean , *KIDNEY bean , *PLANT clones , *GENETIC markers - Abstract
A set of 79 previously mapped bean (Phaseolus vulgaris) genomic (Bng) clones were partially sequenced. BLAST database searches detected homologies between 59 of these clones and genes from a variety of plants, especially Arabidopsis thaliana. Some matches in the database to the Bng clones included a putative P-glycoprotein – ABC transporter from Arabidopsis, an early nodulin-binding protein (ENBP1) from Medicago truncatula, a lon-protease protein from spinach, a branched-chain amino-acid aminotransferase from Arabidopis, and a vacuolar sorting receptor (BP-80) from Pisum sativum. Additional matches were found for genes involved in isoprenoid biosynthesis, sulfur metabolism, proline biosynthesis, and floral development. Sequence tagged site (STSs) were produced for 16 of the clones, 2 of which contain simple sequence repeats (SSRs). Polymorphisms were detected for six of the STSs.Key words: CAPS, SSR, molecular markers, gene identification.Un jeu de 79 clones d'ADN génomique (Bng) du haricot (Phaseolus vulgaris), dont la position chromosomique était connue, ont été partiellement séquencés. L'interrogation des bases de données à l'aide de BLAST a permis de déceler de l'homologie entre 59 de ces clones et des gènes provenant de diverses plantes mais principalement de l'Arabidopsis thaliana. Parmi les séquences homologues à des clones Bng, il y avait : une glycoprotéine-P – transporteur ABC putative chez Arabidopsis, une protéine de liaison à la noduline (ENBP1) du Medicago trunculata, une protéase lon de l'épinard, une aminotransférase pour acides aminés à chaînes latérales de l'Arabidopsis et un récepteur pour le ciblage vacuolaire (BP-80) du Pisum sativum. D'autres homologies ont été observées pour des gènes impliqués dans la synthèse des isoprénoïdes, le métabolisme du soufre, la synthèse de la proline et le développement floral. Des marqueurs STS (« sequence tagged site ») ont été produits pour 16 des clones dont 2 qui contenaient un microsatellite (SSR). Du polymorphisme a été détecté pour six des marqueurs STS.Mots clés : CAPS, SSR, marqueurs moléculaires, identification de gènes.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2002
- Full Text
- View/download PDF